◆ 今週の分子 ◆
★連載50(2004/01/22〜):
インフルエンザウイルス関連PDBデータ例(1INGより)
 前回の鳥インフルエンザ関連のヘマグルチニンに続いてインフルエンザ関連で,今回はA型ウイルス(サブタイプN2)のノイラミニダーゼ分子の例です。

参考:鳥インフルエンザ情報(リンク資料など)


インフルエンザウイルス(N2型)関連PDBデータ例
ノイラミニダーゼ(neuraminidase)分子1ingのChain A

    ※細胞表面などから離脱する働きをもつノイラミニダーゼはシアル酸加水分解酵素でシアリターゼ(sialidase)ともいう
    ※ノイラミニダーゼほかインフルエンザウイルスについては以下を参照
◎平山令明,「分子レベルで見た薬の働き」,pp.198-209,講談社ブルーバックス(1997)
Backbone Termini 2nd Structure
Ligands表示 OFF

Protein選択
Ligand選択 Water選択 全選択
空間充填 球棒 スティック OFF
CPK amino | ラベル表示 OFF
酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
hydropathy index順(Protein)
log P値順(Protein)
有機概念図I/O値順(Protein特性基 R)| 同(アミノ酸)
Dot Surface表示 OFF
Specular OFF 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
回転 OFF
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※amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO

= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR
ASN GLN PRO MET
 PHE TYR TRP LYS ARG HIS

極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG
HIS
 GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP

※hydropathy index順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP
SER THR GLY
 ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE

※log P値順
ARG ASP ASN GLU GLN HIS GLY SER LYS THR
ALA PRO
 CYS VAL TYR MET ILE LEU PHE TRP

※有機概念図I/O値順(特性基 R
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS
TYR TRP
 CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE

※同上(アミノ酸)
GLY SER ASN ASP GLN THR GLU ALA ARG HIS
VAL LYS
 CYS PRO LEU TYR ILE MET TRP PHE


※参考:阻害剤Aromatic Bana109のSITE部分の強調表示および抽出データの画像 → PDBデータのLigand結合部位



ノイラミニダーゼ立体構造予測データベース(理研)のデータより


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