◆ 今週の分子 ◆
★連載76(2004/12/01〜):クラスリンの例(PDBデータ1XI4より)
Jmol版

 サッカーボール型分子として連載第1回で紹介したフラーレンがすっかり有名になりましたが,タンパク質が集合してサッカーボール型の構造体になったのがクラスリン(clathrin)です。この話題は,2004/08/29の高エネルギー加速器研究機構(KEK)一般公開で催された,若槻壮市さんによる講演「放射光で探るタンパク質のライフサイクル」の中で取り上げられたものです。そこで紹介されたアニメーションも以下で参照できます。
 なお,分子モデルはα-炭素原子だけですので,二次構造表示などはできません。


※Googleイメージ検索による“clathrin”検索結果例

若槻壮市(高エネルギー加速器研究機構物質構造科学研究所),『輸送系の構造生物学』 〈PDF〉
◎若槻壮市,『タンパク質の成熟:糖鎖修飾と輸送』(田之倉優 編,「タンパク質のかたちから生命のなぞを解く」,クバプロ 2005)
Clathrin Protein (Movie by Allison Bruce)
クラスリン格子:膜輸送の重要な成分 (Nature,2004/12/02号)
Clathrin - Molecule of the Month(PDB,2007/04)


クラスリンの例
1XI4のChain A-C,α-炭素原子のみ

空間充填 球棒 スティック OFF
CPK amino | ラベル表示 OFF
酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
疎水性インデックス順(タンパク質)
log P値順(タンパク質)
有機概念図I/O値順(Protein特性基 R)| 同(アミノ酸)
ドット表面表示 OFF
光沢表示 OFF 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
回転 OFF
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※amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO

= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR
ASN GLN PRO MET
 PHE TYR TRP LYS ARG HIS

極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG
HIS
 GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP

※hydropathy index順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP
SER THR GLY
 ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE

※log P値順
ARG ASP ASN GLU GLN HIS GLY SER LYS THR
ALA PRO
 CYS VAL TYR MET ILE LEU PHE TRP

※有機概念図I/O値順(特性基 R
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS
TYR TRP
 CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE

※同上(アミノ酸)
GLY SER ASN ASP GLN THR GLU ALA ARG HIS
VAL LYS
 CYS PRO LEU TYR ILE MET TRP PHE


1XI4の全体構造(A〜IがHeavy Chain,j〜rがLight Chain)


KEK入口のモニュメント

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