◆ １文字アミノ酸配列から各種HTMLデータを作成する秀丸マクロ ◆
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　本秀丸エディタ用マクロは，１文字表記のアミノ酸配列データから以下に示すようないろいろなHTML形式の表を作成するものです。改変して様々な利用が可能と思います。改変等をされた場合は，利用した関連情報と一緒に作者までご連絡くだされば，公開可能なものはこのページで紹介させていただきます。

●１文字表記のアミノ酸配列データの入手とマクロによる本加工について（PDBデータ1qd5を例に）

　Protein Data Bank (RCSB PDB)を利用して，1qd5でChime形式の分子モデルが参照できる。また，Sequence Detailsにより以下のような配列データを参照できる。以下はhelixなどの二次構造情報が付記されている例である。なお，二次構造情報は同じタンパク質でもデータソースによって異なるので注意する。

　また，FASTA Sequence では以下のような形式である。

　PDB形式データのヘッダには，以下の例のような二次構造情報が記載されている（1qd5のβ-シート部分の抜粋） 　以上のような情報などから，HTML化したいデータ配列を作成する。以下は1qd5のβ-シート部分を抜き出した例である。 　このようなデータを作成したら（例えば単純に20配列ずつ区切るのでもよい），各マクロにより以下に列記するようなHTML形式データ等を自動で作成することができる。なお，間違ってマクロを使用した場合に備えて，データ末尾に元の１文字配列データを残すようにしてあるので，削除してからデータを拡張子htmlで保存すればブラウザで参照できる。また，アミノ酸記号以外はすべて空白セルに変換する設定になっている。これらはマクロ改変により修正可能である。

(4) PDBsumのLigand-SITE情報データを小さくすると同時に有機性・無機性を算出するマクロ 

    
// HB情報を含むPDBsumデータを加工し有機概念図の有機性・無機性を計算するマクロ
// 　pdb_org01.mac（アミノ酸残基数非表示；表示版はpdb_org02.mac）
// 詳細： http://www.ecosci.jp/pdb/hm/macro_g1.html
// データ利用コンテンツ例： http://www.ecosci.jp/pdb/pdbsum_site.html
// 有機概念図： http://www.ecosci.jp/sheet/orgs_help.html

gofiletop;
searchdown "\\nATOM" , regular;
beginsel;
gofiletop;
delete;

searchdown "\\nCONECT" , regular;
	if ( result == true ) {
		beginsel;
	}
	else {
		gofiletop;
		searchdown "\\nMASTER" , regular;
		beginsel;
	}
searchdown "\z" , regular;
delete;

#line = y;
#n = #line;

gofiletop;
delete;
right 54;

beginrect;
moveto 82, #n;
delete;

gofiletop;

#nn = 0;
#n01 = 0;
#n02 = 0;
#n03 = 0;
#n04 = 0;
#n05 = 0;
#n06 = 0;
#n07 = 0;
#n08 = 0;
#n09 = 0;
#n10 = 0;
#n11 = 0;
#n12 = 0;
#n13 = 0;
#n14 = 0;
#n15 = 0;
#n16 = 0;
#n17 = 0;
#n18 = 0;
#n19 = 0;
#n20 = 0;
#n21 = 0;
#no = 0;
#ni = 0;

while(1){
	searchdown "  N   ";
	if ( result == true ) {
	golinetop;
	selectline;
	$a = gettext(seltopx, seltopy, selendx, selendy);
	$b = midstr($a, 17, 3);
	if($b=="ALA") {#n01 = #n01 + 1;
		#no = #no + 20;
		}
	else if($b=="ARG") {#n02 = #n02 + 1;
		#no = #no + 80;
		#ni = #ni + 190;
		}
	else if($b=="ASN") {#n03 = #n03 + 1;
		#no = #no + 40;
		#ni = #ni + 200;
		}
	else if($b=="ASP") {#n04 = #n04 + 1;
		#no = #no + 40;
		#ni = #ni + 150;
		}
	else if($b=="CYS") {#n05 = #n05 + 1;
		#no = #no + 60;
		#ni = #ni + 20;
		}
	else if($b=="GLN") {#n06 = #n06 + 1;
		#no = #no + 60;
		#ni = #ni + 200;
		}
	else if($b=="GLU") {#n07 = #n07 + 1;
		#no = #no + 60;
		#ni = #ni + 150;
		}
	else if($b=="GLY") #n08 = #n08 + 1;
	else if($b=="HIS") {#n09 = #n09 + 1;
		#no = #no + 80;
		#ni = #ni + 152;
		}
	else if($b=="ILE") {#n10 = #n10 + 1;
		#no = #no + 80;
		}
	else if($b=="LEU") {#n11 = #n11 + 1;
		#no = #no + 70;
		}
	else if($b=="LYS") {#n12 = #n12 + 1;
		#no = #no + 80;
		#ni = #ni + 70;
		}
	else if($b=="MET") {#n13 = #n13 + 1;
		#no = #no + 100;
		#ni = #ni + 20;
		}
	else if($b=="PHE") {#n14 = #n14 + 1;
		#no = #no + 140;
		#ni = #ni + 15;
		}
	else if($b=="PRO") {#n15 = #n15 + 1;
		#no = #no + 60;
		#ni = #ni + 10;
		}
	else if($b=="SER") {#n16 = #n16 + 1;
		#no = #no + 20;
		#ni = #ni + 100;
		}
	else if($b=="THR") {#n17 = #n17 + 1;
		#no = #no + 40;
		#ni = #ni + 100;
		}
	else if($b=="TRP") {#n18 = #n18 + 1;
		#no = #no + 180;
		#ni = #ni + 130;
		}
	else if($b=="TYR") {#n19 = #n19 + 1;
		#no = #no + 140;
		#ni = #ni + 115;
		}
	else if($b=="VAL") {#n20 = #n20 + 1;
		#no = #no + 50;
		}
	else #n21 = #n21 + 1;
	escape;
	down 1;
	#nn = #nn +1;
	}
	else{
	break;
	}
	}

gofiletop;
	insert "# "+"\n";
	insert "# "+"\n";
	insert "# O(R) = "+str(#no)+"\n";
	insert "# I(R) = "+str(#ni)+"\n";
// アミノ酸残基数を記載する時は以下の各行頭の // 削除
//	insert "# ALA = "+str(#n01)+"\n";
//	insert "# ARG = "+str(#n02)+"\n";
//	insert "# ASN = "+str(#n03)+"\n";
//	insert "# ASP = "+str(#n04)+"\n";
//	insert "# CYS = "+str(#n05)+"\n";
//	insert "# GLN = "+str(#n06)+"\n";
//	insert "# GLU = "+str(#n07)+"\n";
//	insert "# GLY = "+str(#n08)+"\n";
//	insert "# HIS = "+str(#n09)+"\n";
//	insert "# ILE = "+str(#n10)+"\n";
//	insert "# LEU = "+str(#n11)+"\n";
//	insert "# LYS = "+str(#n12)+"\n";
//	insert "# MET = "+str(#n13)+"\n";
//	insert "# PHE = "+str(#n14)+"\n";
//	insert "# PRO = "+str(#n15)+"\n";
//	insert "# SER = "+str(#n16)+"\n";
//	insert "# THR = "+str(#n17)+"\n";
//	insert "# TRP = "+str(#n18)+"\n";
//	insert "# TYR = "+str(#n19)+"\n";
//	insert "# VAL = "+str(#n20)+"\n";
//	insert "# others = "+str(#n21)+"\n";

endmacro;

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