◆ βバレル型膜タンパク質データ集(Jmol版) ◆
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βバレル型膜タンパク質の疎水性インデックス値

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《 初期表示は1thq 》

※本データ集は,膜貫通領域をもつと推定されるデータを抽出して掲載し,そのβ-シート部分を選択して表示の変更ができるようにしたものです。e1〜のボタンがあるものは,e1〜で各領域を,e_allで全領域を選択して右下フレームのボタンで各種表示の指定をすることが可能です(その他については下フレームのChime機能によるシート選択のみ)。この表示のためにPDBデータのHETATM(リガンドや水など)のデータ番号を変更してるものもあります。
 さらに,b_ex1〜とあるのは,βバレルで隣接するアミノ酸が連なっている部分の例,s1〜は元PDBデータに記載されているSITE例です。
 また,$印があるものについては,疎水性インデックス値にも解析データを掲載しています。
 なお,〈 PDB 〉をクリックすれば RCSB PDB のオリジナルデータを参照できます。
 データは当初はMembrane Proteins of Known Structureに掲載されているものを順次取り上げ,その後もさらに追加していく予定です。

1a0t Chain P 〈PDB〉 [Outer Membrane Protein]
    Sucrose-Specific Porin, With Bound Sucrose Molecules.

1bxw$PDB〉 e1 e2 e3 e4 e5 e6 e7 e8 e_all [Membrane Protein]
    Outer Membrane Protein A (Ompa) Transmembrane Domain.

1by3PDB〉 [Membrane Protein]
    Fhua From E. Coli.

1by5PDB〉 [Membrane Protein]
    Fhua From E. Coli, With Its Ligand Ferrichrome.

1e54PDB〉 [Outer Membrane Protein]
    Anion-Selective Porin From Comamonas Acidovorans.

1ek9PDB〉 [Membrane Protein]
    2.1A X-Ray Structure Of Tolc: An Integral Outer Membrane Protein and Efflux Pump Component From Escherichia Coli.

1fcpPDB〉 [Membrane Protein]
    Ferric Hydroxamate Uptake Receptor (Fhua) From E. Coli In Complex With Bound Ferrichrome-Iron.

2fcpPDB〉 [Membrane Protein]
    Ferric Hydroxamate Uptake Receptor (Fhua) From E. Coli.

1fepPDB〉 [Membrane Protein]
    Ferric Enterobactin Receptor.

1i78のChain A 〈PDB〉 [Hydrolase]
    Crystal Structure Of Outer Membrane Protease Ompt From Escherichia Coli.

1ildPDB〉 [Hydrolase, Membrane Protein]
    Outer Membrane Phospholipase A From Escherichia Coli N156A Active Site Mutant pH 4.6.

1ilz$PDB〉 e1 e2 e3 e4 e5 e6 e7 e8 e9 e10 e11 e12 e13 e_all [Hydrolase, Membrane Protein]
    Outer Membrane Phospholipase A From Escherichia Coli N156A Active Site Mutant pH 6.1.

1im0PDB〉 [Hydrolase, Membrane Protein]
    Outer Membrane Phospholipase A From Escherichia Coli N156A Active Site Mutant pH 8.3.

1k24$PDB〉 e1 e2 e3 e4 e5 e6 e7 e8 e9 e10 e11 e12 e13 e_all [Membrane Protein]
    Crystal Structure Of The Opca Outer Membrane Adhesin/Invasin From Neisseria Meningitidis.

1kmpPDB〉 [Membrane Protein]
    Crystal Structure Of The Outer Membrane Transporter Feca Complexed With Ferric Citrate.

1mm4のModel 1$PDB〉 e1 e2 e3 e4 e5 e6 e7 e8 e_all [Transferase]
    Solution NMR Structure Of The Outer Membrane Enzyme Pagp In Dpc Micelles.

2mprのChain A 〈PDB〉 [Outer Membrane Protein]
    Maltoporin From Salmonella Typhimurium.

1nqePDB〉 [Transport Protein]
    Outer Membrane Cobalamin Transporter (Btub) From E. Coli.

2omf$PDB〉 e1 e2 e3 e4 e5 e6 e7 e8 e9 e10 e11 e12 e13 e14 e15 e16 e17 e18 e19 e_all [Integral Membrane Protein Porin]
    Ompf Porin.

1osmのChain A$PDB〉 e1 e2 e3 e4 e5 e6 e7 e8 e9 e10 e11 e12 e13 e14 e15 e16 e17 e_all [Outer Membrane Protein]
    Osmoporin (Ompk36) From Klebsiella Pneumoniae.

1p4t$PDB〉 e1 e2 e3 e4 e5 e6 e7 e8 e9 e10 e_all [Membrane Protein]
    Crystal Structure Of Neisserial Surface Protein A (Nspa).

2porPDB〉 [Integral Membrane Protein Porin]
    Structure of porin refined at 1.8 A resolution.

1prnPDB〉 [Integral Membrane Protein Porin]
    Refined structure of the porin from Rhodopseudomonas blastica. Comparison with the porin from Rhodobacter capsulatus.

1q9fのModel 1 〈PDB〉 [Membrane Protein]
    NMR Structure Of The Outer Membrane Protein Ompx In Dhpc Micelles.

1qd6PDB〉 [Membrane Protein]
    Outer Membrane Phospholipase A From Escherichia Coli.

1qfgPDB〉 [Metal Transport]
    E. Coli Ferric Hydroxamate Receptor (Fhua).

1qj8$PDB〉 e1 e2 e3 e4 e5 e6 e7 e8 e_all [Integral Membrane Protein]
    Crystal Structure Of The Outer Membrane Protein Ompx From Escherichia Coli.

1qkcPDB〉 [Tonb Dependent Receptor]
    Escherichia Coli Ferric Hydroxamate Uptake Receptor (Fhua) In Complex Two-Albomycin.

1t1lのChain A 〈PDB〉 [Lipid Transport]
    Crystal Structure Of The Long-Chain Fatty Acid Transporter Fadl.

1thq$PDB〉 e1 e2 e3 e4 e5 e6 e7 e8 e_allb_ex1 [Transferase]
    Crystal Structure Of Outer Membrane Enzyme Pagp.

1tlwのChain A 〈PDB〉 e1 e2 e3 e4 e5 e6 e7 e8 e9 e10 e11 e12 e13 e14 e_all [Membrane Protein]
    Tsx Structure Complexed With Thymidine.

1ujwのChain A 〈PDB〉 [Transport Protein/Hydrolase]
    Structure Of The Complex Between Btub and Colicin E3 Receptor Binding Domain.

1uynPDB〉 e1 e2 e3 e4 e5 e6 e7 e8 e9 e10 e11 e12 e_alls1(AC1) s2(AC2) s3(AC3) [Membrane Protein]
    Translocator Domain Of Autotransporter Nalp From Neisseria Meningitidis.

バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) (*印のみ)
空間充填 球棒 球10% 球30% 球40% 球60% スティック スティック(太) 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色 ‖ 濃赤 濃青  ピンク 濃ピンク   
糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcAAsn,Ser,Thr選択 | Asn Ser Thr
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示S-S結合表示   背景・黒 灰 白 


アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


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