◆ 今週の分子 ◆
★連載60(2004/06/17〜):
抗がん剤イマチニブが結合したタンパク質(PDBデータ1IEPより)

 炭疽菌感染者の治療薬開発やSARS研究で,ネットにつながっている多数の一般ユーザーのコンピュータの力を借りて計算する分散コンピューティング(グリッドコンピューティング)が話題になりました。巨大な生体分子と医薬などの低分子の相互作用を計算するのは大変なことですから,この手法は極めて有効で,いろいろなプロジェクトが進行しています。もちろんそれ以外の分野でも活用されており,各種分散コンピューティングプロジェクトの紹介で詳しく解説されています。
 今回,抗がん剤を見つけるためのあるプロジェクトで用いられた標的タンパク質を取り上げたページを作成したので,ここではその中の一例を紹介します。


抗がん剤イマチニブが結合したタンパク質の例
1IEPのChain A)

バックボーン 二次構造
リガンド表示 OFF

タンパク質選択
リガンド選択 全選択
空間充填 球棒 スティック OFF
CPK amino | ラベル表示 OFF
酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
hydropathy index順(タンパク質)
log P値順(タンパク質)
有機概念図I/O値順(Protein特性基 R)| 同(アミノ酸)
Dot Surface表示 OFF
Specular OFF 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
回転 OFF
画像をクリップボードへコピー


※amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO

= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR
ASN GLN PRO MET
 PHE TYR TRP LYS ARG HIS

極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG
HIS
 GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP

※hydropathy index順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP
SER THR GLY
 ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE

※log P値順
ARG ASP ASN GLU GLN HIS GLY SER LYS THR
ALA PRO
 CYS VAL TYR MET ILE LEU PHE TRP

※有機概念図I/O値順(特性基 R
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS
TYR TRP
 CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE

※同上(アミノ酸)
GLY SER ASN ASP GLN THR GLU ALA ARG HIS
VAL LYS
 CYS PRO LEU TYR ILE MET TRP PHE


[新コンテンツ情報]
P450データ集メニューP450部分データ集〈PDB ID順〉
抗がん剤開発と標的タンパク質


「生活環境化学の部屋」ホームページ「分子の形と性質」学習帳「今週の分子」トップ