◆ ネオニコチノイド系農薬問題 ◆

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■ネオニコチノイド系農薬の例  ※初期表示はニコチンとネオニコチノイド系農薬4種(イミダクロプリド,クロチアニジン,チアメトキサム,ジノテフラン)の同時表示


イミダクロプリド(imidacloprid;ネオニコチノイド系農薬)
クロチアニジン(clothianidin;同)
チアメトキサム(thiamethoxam;同)
ジノテフラン(dinotefuran;同,異性体あり)
スルホキサフロル(sulfoxaflor;同,異性体あり)
参考:ニコチン(nicotine) ‖ ニコチン(最上段)とネオニコチノイド系農薬4種(イミダクロプリド,クロチアニジン,チアメトキサム,ジノテフラン;中段左から時計回りで)の同時表示 | ネオニコチノイド系農薬5種(イミダクロプリド,クロチアニジン,チアメトキサム,スルホキサフロル,ジノテフラン;上段左から時計回りで)の同時表示
参考(ネオニコチノイド系以前の農薬例):DDT(有機塩素系 → 新規POPs有害物質リスト) | マラチオン(malathion;有機リン系 → 環境ホルモンとして疑われている化合物の例) ‖ DDT,マラチオン,クロチアニジンの同時表示

空間充填 球棒 球60% スティック 針金
モル・タロウ色(CHN結合以外はJmol色)
 
背景・黒 灰 白 

  
ニコチンとネオニコチノイド系農薬4種の同時表示
(データ上掲;右は「GoogleドライブとChem3D for iPadで分子を見る」による)


ネオニコチノイド系農薬5種の同時表示

■アセチルコリン結合タンパク質の例  ※初期表示はPDBデータ 3C79(アセチルコリン結合タンパク質;ネオニコチノイド系農薬のイミダクロプリドが結合)


PDBデータ 3c79*(イミダクロプリドが結合したアセチルコリン結合タンパク質) 同PDBsumデータ 3c79_IM4$ → 論文
PDBデータ 3wti(クロチアニジンが結合したアセチルコリン結合タンパク質) 同PDBsumデータ 3wti_CT4[301(A)]$ → 論文
※参考(ニコチンが結合したアセチルコリン結合タンパク質): PDBデータ 1uw6のChain A-E(アセチルコリン結合タンパク質;ニコチンが結合) 同PDBsumデータ 1uw6_NCT[1208(A)]$

バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 

空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色
モル・タロウ色(リガンドのCHN結合のみ)
 ピンク 濃ピンク  

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示
 
  
背景・黒 灰 白 

アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!



ニコチン,イミダクロプリド,クロチアニジンが結合したアセチルコリン結合タンパク質のリガンド近傍アミノ酸(PDBsumデータより作成)



イミダクロプリド(モル・タロウ色表示)が結合したアセチルコリン結合タンパク質
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