◆ Jmolで見るトピックス分子(16-1) ◆

No.401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
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701-710711-720721-730731-740741-750
→ 以下は今後改変: Vol.12345678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: ネオニコチノイド系農薬問題2014年にエボラ出血熱感染拡大危険ドラッグ

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。


  1. RCSB PDB 2017/06/28 新規公開データより:5nj8 Structural basis for aryl hydrocarbon receptor mediated gene activation [NEW!]

    PDBデータ 5nj8(アリール炭化水素受容体;AhR)
    Aryl hydrocarbon receptor - Wikipedia
    5nj8(アリール〈アリル〉炭化水素受容体,AhR)
    ※参考(AhRに結合するとされる化合物例): 2,3,7,8-TCDD(ダイオキシン類の例) | ベンゾ[a]ピレン(benzo[a]pyrene)
    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    アリール炭化水素受容体(AhR) 5nj8


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. Phosphate steering by Flap Endonuclease 1 promotes 5′-flap specificity and incision to prevent genome instability(Nature Communications,2017/06/27) [NEW!]

    PDBデータ 5um9(DNAに結合したフラップエンドヌクレアーゼ-1)
    Flap endonuclease - WikipediaFlap structure-specific endonuclease 1 - WikipediaDNA repair - Wikipedia
    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    DNAに結合したフラップエンドヌクレアーゼ-1 5um9


  3. 書籍紹介: 池田善昭・福岡伸一,「福岡伸一、西田哲学を読む 生命をめぐる思索の旅 動的平衡と絶対矛盾的自己同一」,明石書店(2017) [NEW!]

    PDBデータ 2mlrのModel 1(マトリックスメタロプロテアーゼ12が結合した細胞膜二重層;初期表示ではリン脂質のみ
    p.53ほか 細胞膜:2mlrのModel 1(マトリックスメタロプロテアーゼ12が結合した細胞膜二重層;リン脂質は1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphocholine) ‖ ※参考(他のリン脂質含むタンパク質例): 4pv1(シトクロムb6f複合体;リン脂質 dioleoyl-phosphatidylcholine,クロロフィルa,ヘムなど含む) OPC(リン脂質ジオレオイルホスファチジルコリン)選択 同PDBsumデータ4pv1_OPC[205(B)](ジオレオイルホスファチジルコリン)
    p.300ほか オートファジー:4p1w(オートファジータンパク質Atg1317BR-Atg17-Atg29-Atg31複合体) Chain G(Atg1317BR)選択 → 別トピック
    p.300ほか プロテアソーム:1g0uのChain A-G;20Sプロテアソームのαリング例 | 同Chain H-N;βリング例
    p.311ほか チューブリン/微小管:3edlの165量体(パクリタキセルが結合したチューブリン-キネシン複合体〈Chain ABDFG×33〉;AFがα-チューブリン,BGがβ-チューブリン,Dがキネシン-13モータードメイン) α炭素のみ(4.00MB)  D鎖選択 TA1(パクリタキセル)選択 CN2(コルヒチン誘導体)選択
    p.297ほか[“分解と合成”に関連して] 亜硝酸還元酵素:一酸化窒素還元酵素(NiR:NOR)複合体:5guwのChain A・B・N(亜硝酸還元酵素:一酸化窒素還元酵素(NiR:NOR)複合体)

    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    [左]マトリックスメタロプロテアーゼ12が結合した細胞膜二重層(リン脂質のみ表示2mlrのModel 1
    [中・右]リン脂質ジオレオイルホスファチジルコリン,クロロフィルaなどを含むシトクロムb6f複合体4pv1のPDBsumデータ例とその川上モデル

      
    [左]オートファジータンパク質Atg1317BR-Atg17-Atg29-Atg31複合体4p1w
    [右]プロテアソームの構造例1g0u(上掲Jmol表示は部分のみ)


    パクリタキセル(paclitaxel,商品名 タキソール Taxol)を含むチューブリン-キネシン複合体3edlの165量体(Chain ABDFG×33;α炭素のみ)


    “分解と合成”に関連して;亜硝酸還元酵素:一酸化窒素還元酵素(NiR:NOR)複合体5guwのChain A・B・N


  4. 今月の分子 211: 線毛機械(Pilus Machine)(PDBj,2017/07) [NEW!]Molecule of the Month(PDB) ※3jc8の部分構造を以下に

    PDBデータ 3jc8のChain Pa-PlおよびQa-Ql(IVa型線毛のPilPおよびPilQ)
    Pilus - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    全選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    IVa型線毛3jc8の全体構造


  5. 構造生物学: カリウムチャネルのゲートを守る結合ポケット(Nature ハイライト,2017/07/20) [NEW!]Video 1: Morph between the K2P2.1(TREK 1) and K2P2.1(TREK 1):ML335 structures ※PDBデータ5vk55vkn(下掲)・5vkp

    PDBデータ 5vkn(ML335が結合した2ポアドメインカリウムチャネル;K2P
    Tandem pore domain potassium channel - WikipediaKCNK2 - Wikipedia
    5vkn(ML335が結合した2ポアドメインカリウムチャネル) 同PDBsumデータ5vkn_Q6F$PDBsumデータ5vkp_Q5F$(ML402結合2ポアドメインカリウムチャネル)
    ※他の2ポアドメインカリウムチャネル(two-pore domainカリウム〈K2P〉チャネル)構造例 同PDBsumデータ4xdk_408[606(A)]$ 4xdk_405[607(A)]$
    4xdkのChain A・B((S)-ノルフルオキセチンと(R)-ノルフルオキセチンが結合) 405(S-体)選択 408(R-体)選択 K選択 同PDBsumデータ4xdk_408[606(A)]$ 4xdk_405[607(A)]$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    2ポアドメインカリウムチャネル5vkn(左)と5vkn5vkpのPDBsumデータ

      
    2ポアドメインカリウムチャネル4xdkのChain A・B(左;ノルフルオキセチンの(R)-体と(S)-体は重なり合っている)および(R)-体と(S)-体のPDBsumデータ(右)


  6. RCSB PDB 2017/07/26 新規公開データより:5o3l Paired helical filament in Alzheimer's disease brain [NEW!] ※他に5o3o5o3t

    PDBデータ 5o3l(アルツハイマー病患者の脳に蓄積するタウタンパク質フィラメント;Paired helical filament)
    Tau protein - Wikipedia
    5o3l(アルツハイマー病患者の脳に蓄積するタウタンパク質フィラメント;Paired helical filament)
    5o3o(同;Pronase-treated paired helical filament)
    5o3t(同;Straight filament)

    バックボーン 二次構造
    全選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    アルツハイマー病患者の脳に蓄積するタウタンパク質フィラメント(Paired helical filament)5o3l


  7. 今月の分子 212: グルタチオン転移酵素(Glutathione Transferases)(PDBj,2017/08) [NEW!]Molecule of the Month(PDB) ※3gssの部分構造を以下に

    PDBデータ 3gss(エタクリン酸-グルタチオン接合体が結合したヒトのグルタチオン-S-転移酵素P1-1〈hGSTP1-1〉)
    Glutathione S-transferase - Wikipedia
    3gss(エタクリン酸-グルタチオン接合体が結合したヒトのグルタチオン-S-転移酵素P1-1) EAA(エタクリン酸)選択 GSH(グルタチオン)選択 同PDBsumデータ3gss_GSH-EAA$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    エタクリン酸-グルタチオン接合体が結合したヒトのグルタチオン-S-転移酵素P1-1(hGSTP1-1)3gssとそのPDBsumデータ


  8. RCSB PDB 2017/08/09 新規公開データより:5x1b Paired helical filament in Alzheimer's disease brain [NEW!] ※他に5x195x1f

    PDBデータ 5x1bのChain A-M(シトクロムcオキシダーゼ)
    Cytochrome c oxidase - Wikipedia
    5x1bのChain A-M(シトクロムcオキシダーゼ) HEA(ヘムa)選択 CMO(一酸化炭素)選択

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    シトクロムcオキシダーゼ5x1bのChain A-M(右は部分拡大)


  9. RCSB PDB 2017/08/16 新規公開データより:5wr3 Paired helical filament in Alzheimer's disease brain [NEW!] ※他に5wr25wr45wr55wr6

    PDBデータ 5wr3N-カルボベンゾキシ-L-アスパラギン酸が結合したサーモリシン;水性媒体微結晶のSFX構造)
    Thermolysin - Wikipedia
    5wr3N-カルボベンゾキシ-L-アスパラギン酸が結合したサーモリシン) NX6(N-カルボベンゾキシ-L-アスパラギン酸)選択 同PDBsumデータ5wr3_NX6$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    N-カルボベンゾキシ-L-アスパラギン酸が結合したサーモリシン(水性媒体微結晶のSFX構造)5wr3(左)と同PDBsumデータ(右;油性媒体の5wr2でもI'/O'値は同じ)


  10. 細胞生物学: 細胞膜からアクセスできる脂質シグナル伝達受容体(Nature ハイライト,2017/08/17) [NEW!] ※PDBデータ5wr55xsz(2017/08/16公開データ)

    PDBデータ 5xsz(リゾホスファチジン酸〈LPA〉受容体 LPA6
    LPAR6 - Wikipedia
    5xsz(LPA受容体 LPA6) OLC(1-オレオイルグリセロール)選択 同PDBsumデータ5xsz_OLC[1201(A)]$ 5xsz_OLC[1202(A)]$ 5xsz_OLC[1203(A)]$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    1-オレオイルグリセロールが結合したリゾホスファチジン酸(LPA)受容体 LPA6 5xsz(左)とそのPDBsumデータ(右;何れもLPAの一部分)


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