◆ Jmolで見るトピックス分子(11-3) ◆

No.401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520
→ 以下は今後改変: Vol.12345678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 2014年にエボラ出血熱感染拡大危険ドラッグ

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Javaバージョンの関係でJmol分子が表示されない場合はこちらで最新版をインストールしてください。


  1. インフルエンザウイルスの増殖に関わる宿主たんぱく質を発見 〜新たな抗ウイルス薬の開発に道〜(JST,2014/11/21) ※記事中のルキソリチニブ(ruxolitinib)とゴルジシドA(Golgicide A)を以下に。

    ルキソリチニブ(ruxolitinib)
    Ruxolitinib - Wikipedia

    ルキソリチニブ(ruxolitinib)
    ゴルジシドA(Golgicide A;異性体あり)
    参考(ルキソリチニブが結合したPDBデータ):4u5jのChain A(がん原遺伝子チロシンプロテインキナーゼC-Src;) 同PDBsumデータ4u5j_RXT$ → Jmol別トピック

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    「GoogleドライブとChem3D for iPad/RCSB PDB Mobileで分子を見る」
    によるルキソリチニブ(ruxolitinib)の表示


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. 忍び寄る病 〜“COPD”の脅威〜 - NHK クローズアップ現代(2014/11/26放映) ※発症に関係するとされる腫瘍壊死因子TNF-αの構造例(トピックスNo.285の再掲)と気管支拡張吸入薬例チオトロピウムを以下に。

    PDBデータ 2az5のChain A・B(TNF-α〈腫瘍壊死因子α〉;阻害剤含む)
    Tumor necrosis factors - Wikipedia

    2az5のChain A・B(TNF-α;阻害剤含む) Leu選択(消去用;C末端のLeu)
    チオトロピウム(tiotropium;臭化物がCOPD治療薬例)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    阻害剤が結合したTNF-α(腫瘍壊死因子α)の構造2az5のChain A・B


  3. RCSB PDB 2014/11/26 新規公開データより:4rpn PcpR inducer binding domain complex with pentachlorophenol ※同日公開の4rpoには2,4,6-トリクロロフェノール結合。

    PDBデータ 4rpnのChain A(ペンタクロロフェノールが結合したPCP分解転写活性化タンパク質PcpR)

    4rpnのChain A(PCP分解転写活性化タンパク質PcpR;ペンタクロロフェノールが結合) 同PDBsumデータ4rpn_PCI [401(D)]$
    ペンタクロロフェノール

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    2az5のChain A


  4. RCSB PDB 2014/11/26 新規公開データより:4u14 Structure of the M3 muscarinic acetylcholine receptor bound to the antagonist tiotropium crystallized with disulfide-stabilized T4 lysozyme (dsT4L) ※2012年ノーベル化学賞受賞のKobilkaによる。同日公開の4u15も参照。

    PDBデータ 4u14(アンタゴニストのチオトロピウムが結合したM3ムスカリン性アセチルコリン受容体;結晶化のためのT4リゾチーム融合)

    4u14(M3ムスカリン性アセチルコリン受容体;アンタゴニストのチオトロピウムが結合) 同PDBsumデータ4u14_0HK$
    チオトロピウム(tiotropium)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    4u14


  5. RCSB PDB 2014/12/24 新規公開データより:4rnb Crystal structure of the human OX2 orexin receptor bound to the insomnia drug suvorexant ※スボレキサントが結合したオレキシン2(OX2)受容体

    PDBデータ 4rnb(スボレキサントが結合したオレキシン2〈OX2〉受容体)
    Suvorexant - WikipediaOrexin receptor - Wikipedia

    4rnb(スボレキサントが結合したオレキシン2受容体) 同PDBsumデータ4rnb_SUV$
    スボレキサント(suvorexant)
    YN-1055

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [右]4rnbとスボレキサント(suvorexant) [左]YN-1055


    YN-1055論文掲載図(上)およびそれを参考にした4rnbのPDBsumデータとYN-1055(下)


  6. RCSB PDB 2014/12/03 新規公開データより:4ub6 Native structure of photosystem II (dataset-1) by a femtosecond X-ray laser ※同時公開の4ub8が“dataset-2”。

    PDBデータ 4ub6のChain A(好熱性シアノバクテリア Thermosynechococcus vulcanus の光化学系IIの構造)

    4ub6のChain A(Thermosynechococcus vulcanusの光化学系IIの構造)
    参考:Mn4CaO5クラスターを含む別データ例
    3arcのChain A(Thermosynechococcus vulcanusの光化学系II;現在3arcは3wu2に更新) 同PDBsumデータ 3arc_OEX(Mn4CaO5クラスター;水4分子追加)*$光合成に関係する生体分子PDB 3ARCの部分構造例
    4pj0のChain A(Thermosynechococcus elongatusの光化学系II) 同PDBsumデータ 4pj0_OEX$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    Mn4CaO5クラスター選択 クロロフィルa(CLA)選択 水分子選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

    3wu24ub64ub8のMn4CaO5クラスターのPDBsumデータ比較

    3wu2_OEX(Mn4CaO5クラスター;3arcの更新データ
    I'/O'=2.1825
    タンパク質選択 Mn4CaO5クラスター選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

    背景・黒 灰 白 

    4ub6_OEX(Mn4CaO5クラスター)
    I'/O'=2.1825
    タンパク質選択 Mn4CaO5クラスター選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

    背景・黒 灰 白 

    4ub8_OEX(Mn4CaO5クラスター)
    I'/O'=2.1825
    タンパク質選択 Mn4CaO5クラスター選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

    背景・黒 灰 白 


    Mn4CaO5クラスターの比較


  7. RCSB PDB 2014/12/03 新規公開データより:2mlr Membrane Bilayer complex with Matrix Metalloproteinase-12 at its Alpha-face ※他に2mlsも公開。

    PDBデータ 2mlrのModel 1(細胞膜二重層に結合したマクロファージメタロエラスターゼ12〈MMP-12〉)
    Matrix metallopeptidase 12 - Wikipedia

    2mlrのModel 1(細胞膜二重層に結合したMMP-12) 同Model 2(元データにはModel 14まであり)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    2mlrのModel 1と2のアニメーション(元データにはModel 14まであり)


  8. 今月の分子 180: TALエフェクター(TAL Effectors)(PDBj,2014/11)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 3ugm(DNAに結合したTALエフェクターPthXo1)
    TAL effector - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    DNA/RNA選択 同backbone選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    3ugm


  9. RCSB PDB 2014/11/26 新規公開データより:3wsp Crystal Structure of P450BM3 with N-perfluorononanoyl-L-tryptophan

    PDBデータ 3wspのChain A(“デコイ分子”としてN-パーフルオロノナノイル-L-トリプトファンが結合したP450)
    Cytochrome P450 - Wikipedia

    3wspのChain A(N-パーフルオロノナノイル-L-トリプトファンが結合したP450BM3)  同PDBsumデータ3wsp_W09$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    HEM(ヘム)選択 W09(N-パーフルオロノナノイル-L-トリプトファン)選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    “デコイ分子”としてN-パーフルオロノナノイル-L-トリプトファン(空間充填表示)が結合したP450BM3の構造2az5のChain A


  10. 2014年は世界結晶年!(本サイト)

    塩化ナトリウム(NaCl,食塩)と水(H2O;雪と氷)の結晶構造

    塩化ナトリウム(NaCl)の結晶構造
     
    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 

    水(H2O;雪と氷)の結晶構造
    水素結合着色表示
    空間充填 球棒  スティック
       
    背景・黒 灰 白 


    「GoogleドライブとChem3D for iPad/RCSB PDB Mobileで分子を見る」
    によるNaCl結晶構造



    iycr2014International Union of Crystallography - YouTube


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