◆ Jmolで見るトピックス分子（23-2） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記　→ No.571（環境ホルモン） ｜ No.979（カプサイシン受容体） ｜ No.1046（ディールス・アルドラーゼ）

  1. Plant phytochrome B is an asymmetric dimer with unique signalling potential（Nature，2022/03/30）　※2022/04/13公開7rzw（下掲）

    フィトクロモビリン（PΦB）が結合したシロイヌナズナのフィトクロムB 7rzwのChain A
    ［Phytochrome - Wikipedia，Phycocyanobilin - Wikipedia］
    		7rzwのChain A（フィトクロモビリン〈PΦB〉が結合したシロイヌナズナのフィトクロムB）　同PDBsumデータ7rzw_lp（phytochromobilin）$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    フィトクロモビリン（phytochromobilin；PΦB）が結合したシロイヌナズナのフィトクロムB 7rzwのChain AとそのPDBsumデータ

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
  2. Structural basis for inhibition of the drug efflux pump NorA from Staphylococcus aureus（Nature Chemical Biology，2022/03/31）　※2022/04/20公開PDBデータ7lo7・7lo8（下掲）

    黄色ブドウ球菌の薬物排出ポンプNorA 7lo8のChain Zと結合しているFab36 CDRH3ループ（軽鎖Chain L中）
    ［AMPA receptor - Wikipedia］
    		7lo8のChain Z（黄色ブドウ球菌の薬物排出ポンプNorA；CDRH3ループが結合（Fab36軽鎖〈Chain L〉中）　Chain L（CDRH3ループのみ）選択・α炭素ラベル表示
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    黄色ブドウ球菌の薬物排出ポンプNorA 7lo8のChain Z（NorA）と結合しているFab36 CDRH3ループ（軽鎖Chain L中）

  3. 微生物学：フィダキソマイシンが特定の細菌だけに効く理由（Nature ハイライト，2022/04/21）　※2022/02/02公開PDBデータ7l7b（下掲；他に4lk1・6zca・5vi5・6bzo・6flq引用）

    フィダキソマイシンが結合したディフィシレ菌のRNAポリメラーゼ7l7bのChain D
    ［Fidaxomicin - Wikipedia］
    		7l7bのChain D（フィダキソマイシンが結合したディフィシレ菌のRNAポリメラーゼ）　同PDBsumデータ7l7bD_lp$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    フィダキソマイシン（fidaxomicin）が結合したディフィシレ菌のRNAポリメラーゼ7l7bのChain DとそのPDBsumデータ

  4. Discovery of EP300/CBP histone acetyltransferase inhibitors through scaffold hopping of 1,4-oxazepane ring（Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters，2022/04/09）　※2022/04/27公開7vhy・7vhz・7vi0（下掲）

    DS17701585が結合したヒストンアセチルトランスフェラーゼp300（EP300/CBPファミリー）7vi0のChain A
    ［Histone acetyltransferaser - Wikipedia，p300-CBP coactivator family - Wikipedia］
    		7vi0のChain A（DS17701585が結合したヒストンアセチルトランスフェラーゼp300〈EP300/CBPファミリー〉）　同PDBsumデータ7vi0A_lp$
    8gzcのChain A（DS-9300類縁体が結合したヒストンアセチルトランスフェラーゼp300〈EP300/CBPファミリー〉）　同PDBsumデータ8gzcA_lp$
    9ooc（阻害剤10aが結合したヒストンアセチルトランスフェラーゼKAT6A）　同PDBsumデータ9ooc_lp$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    DS17701585が結合したヒストンアセチルトランスフェラーゼp300（EP300/CBPファミリー）7vi0のChain AとPDBsumデータ


    DS-9300類縁体が結合したヒストンアセチルトランスフェラーゼp300（EP300/CBPファミリー）8gzcのChain AとPDBsumデータ


    阻害剤10aが結合したヒストンアセチルトランスフェラーゼKAT6A 9oocとPDBsumデータ

  5. DNA光回復酵素のFAD光還元反応を XFEL時分割構造解析にて解明（SPring8，2022/04/28）　※2022/03/09公開7f8t・7vj7・7vj8・7viw〜7vj6・7vj9〜7vjc・7vje・7vjg〜7vjk；7vj1を下掲

    DNA光回復酵素（DNAフォトリアーゼ）7vj1
    ［Photolyase - Wikipedia］
    		7vj1（DNA光回復酵素〈DNAフォトリアーゼ〉）　同PDBsumデータ7vj1_FAD（酸化型，10 μs）$ ｜ 同PDBsumデータ7vj0_FAD（酸化型，1 μs）$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    DNA光回復酵素（DNAフォトリアーゼ）7vj1とそのPDBsumデータ（7vj0との比較），“Arg378, Asn403 and Asp409”は論文参照

  6. 構造生物学：イオンチャネル型グルタミン酸受容体のゲート開閉（Nature ハイライト，2022/05/05）　※2022/04/20公開7tnj・7tnk・7tnl・7tnm・7tnn・7tno・7tnp（下掲）

    血圧降下薬・利尿薬シクロチアジドが結合したイオンチャネル型グルタミン酸受容体（iGluR）7tnpのChain A
    ［Ionotropic glutamate receptor - Wikipedia，Cyclothiazide - Wikipedia］
    		7tnpのChain A（血圧降下薬・利尿薬シクロチアジドが結合したイオンチャネル型グルタミン酸受容体）
    ※別データ例：5l1f（抗てんかん薬ペランパネルが結合したイオンチャネル型グルタミン酸受容体〈AMPA受容体〉）　6ZP（perampanel）選択　同PDBsumデータ5l1f_6ZP$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］血圧降下薬・利尿薬シクロチアジドが結合したイオンチャネル型グルタミン酸受容体（iGluR）7tnpのChain A
    ［中・右］別研究のiGluR（AMPA受容体；抗てんかん薬ペランパネル結合） 5l1fとそのPDBsumデータ

  7. ケミカルタイムス誌特集『オピオイド受容体、 オレキシン受容体を標的とした創薬研究』（関東化学，2022年 No.2） [PDF]

    ナルフラフィン（nalfurafine）
    		◆モルヒネと主な合成麻薬の構造（p.2）：
    モルヒネ（モルフィン，morphine）
    ペンタゾシン（pentazocine）
    フェンタニル（fentanyl） ｜ 結合PDBsumデータ例：5tzo_7V7[202(A)] （エンド-1,4-β-キシラナーゼ）$
    ペチジン（pethidine）
    オキシコドン（oxycodone）　→ 別トピック
    ブプレノルフィン（buprenorphine）　→ 別トピック
    ◆モルヒナン型オレキシン受容体拮抗薬（p.9）：
    スボレキサント（suvorexant）　→ 別トピック ｜ 結合PDBsumデータ例：6tpj_SUV（オレキシン2〈OX2〉受容体；スボレキサントのH原子付加）$
    レンボレキサント（lemborexant）　→ 別トピック ｜ 結合PDBsumデータ例：6tot_NRK[401(A)]（オレキシン1〈OX1〉受容体）$
    EMPA ｜ 結合PDBsumデータ例：5ws3_7MA（オレキシン2〈OX2〉受容体）$
    ◆ナルフラフィン活性立体配座に基づく新規κオピオイド鎮痛薬の創出（p.16）：
    ナルフラフィン（nalfurafine）　→ GPCR
    ※κオピオイド受容体のPDBsumデータ例；PDBsumデータ6b73_CVV（アゴニストMP1104とナノボディが結合したκオピオイド受容体）$
    ◆参考：オレキシン構造例
    1r02（オレキシンA）　［Orexin - Wikipedia，Orexin-A - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    オピオイド受容体の主要なクラス例μ 4dkl，κ 4djh，δ 4ej4，および関連するノシセプチンオピオイド受容体（NOP） 4ea3　→ GPCR - 2012年ノーベル化学賞

      
    スボレキサント結合の6to7（OX1受容体）と6tpj（OX2受容体，どちらもChain A）とそれらのPDBsumデータ（後者はスボレキサントのH原子付加）

      
    レンボレキサント結合のOX1受容体6totとそのPDBsumデータ


    EMPA結合のOX2受容体5ws3とそのPDBsumデータ

      
    ［左］ナルフラフィン（nalfurafine）　［中・右］ナルフラフィンが結合したκオピオイド受容体7yitのChain AとそのPDBsumデータ（JmolデータはGPCRに）


    アゴニストMP1104とナノボディが結合したκオピオイド受容体6b73のChain A・DとそのPDBsumデータ

      
    オレキシン構造例　［左］オレキシンA 1r02
    ［右］1r02とAlphaFold3構造のPyMOLによる重ね合わせ
    オレキシンA Gln Pro Leu Pro Asp Cys Cys Arg Gln Lys Thr Cys Ser Cys Arg Leu Tyr Glu Leu Leu His Gly Ala Gly Asn His Ala Ala Gly Ile Leu Thr Leu
    オレキシンB Phe Ser Gly Pro Pro Gly Leu Gln Gly Arg Leu Gln Arg Leu Leu Gln Ala Ser Gly Asn His Ala Ala Gly Ile Leu Thr Met

  8. 生物の耐熱性を支える「錠前」の発見　〜可逆的なリン酸化修飾がRNAを安定化する〜 （東京大学，2022/04/28）　※“tRNAの可変ループ内の47位に、ウリジン（U）の2′位がリン酸化された新規RNA修飾、2′リン酸化ウリジン（Up）を発見”（Up47），2022/05/04公開データ7vnv（下掲）・7vnw・7vnx

    超好熱性アーキアのtRNA 7vnvのChain A
    		7vnvのChain A（超好熱性アーキアのtRNA）　9QV（Up47）選択
    バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　DNA/RNA選択　同backbone選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    超好熱性アーキアのtRNA 7vnvのChain A（空間充填表示がリン酸化ウリジンUp47，小さい球表示がその他のヘテロ原子）

  9. 彩恵りり『窒素の正六角形「ヘキサジン」を初合成！低圧でも比較的安定』（Lab BRAINS，2022/05/16）

    ヘキサジン（hexazine）
    ［Hexazine - Wikipedia］
    		バックボーン　二次構造
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ヘキサジン（hexazine）

  10. Free energy perturbation (FEP)-guided scaffold hopping（Acta Pharmaceutica Sinica B，2022/03/22）　※2022/05/18公開7faq（下掲）・7far

    ホスホジエステラーゼ5（PDE5）7faq
    ［cGMP-specific phosphodiesterase type 5 - Wikipedia］
    		7faq（ホスホジエステラーゼ5〈PDE5〉）　　同PDBsumデータ7faq_lp$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ホスホジエステラーゼ5（PDE5）7faqとそのPDBsumデータ

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」