◆ Jmolで見るトピックス分子(23-2) ◆

No.1-1011-20151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830831-840841-850851-860861-870871-880861-870881-890891-900
901-910911-920921-930931-940941-950951-960961-970971-980981-990991-1000
1001-10101011-10201021-10301031-10401041-10501051-10601061-10701071-10801081-10901091-1100
1101-1110
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報川上モデル「鍵と鍵穴」模型元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。
★旧Jmolトピックへの追記 → No.571(環境ホルモン)No.979(カプサイシン受容体)No.1046(ディールス・アルドラーゼ)


  1. Plant phytochrome B is an asymmetric dimer with unique signalling potential(Nature,2022/03/30) [NEW!] ※2022/04/13公開7rzw(下掲)

    シロイヌナズナのフィトクロムB 7rzwのChain A
    Phytochrome - WikipediaPhycocyanobilin - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    シロイヌナズナのフィトクロムB 7rzwのChain A


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!
  2. Structural basis for inhibition of the drug efflux pump NorA from Staphylococcus aureus(Nature Chemical Biology,2022/03/31) [NEW!] ※2022/04/20公開PDBデータ7lo7・7lo8(下掲)

    黄色ブドウ球菌の薬物排出ポンプNorA 7lo8のChain Zと結合しているFab36 CDRH3ループ(軽鎖Chain L中)
    AMPA receptor - Wikipedia
    7lo8のChain Z(黄色ブドウ球菌の薬物排出ポンプNorA;CDRH3ループが結合(Fab36軽鎖〈Chain L〉中) Chain L(CDRH3ループのみ)選択・α炭素ラベル表示

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    黄色ブドウ球菌の薬物排出ポンプNorA 7lo8のChain Z(NorA)と結合しているFab36 CDRH3ループ(軽鎖Chain L中)


  3. 微生物学:フィダキソマイシンが特定の細菌だけに効く理由(Nature ハイライト,2022/04/21) [NEW!] ※2022/02/02公開PDBデータ7l7b(下掲;他に4lk1・6zca・5vi5・6bzo・6flq引用)

    フィダキソマイシンが結合したディフィシレ菌のRNAポリメラーゼ7l7bのChain D
    Fidaxomicin - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    フィダキソマイシン(fidaxomicin)が結合したディフィシレ菌のRNAポリメラーゼ7l7bのChain D


  4. Discovery of EP300/CBP histone acetyltransferase inhibitors through scaffold hopping of 1,4-oxazepane ring(Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters,2022/04/09) [NEW!] ※2022/04/27公開7vhy・7vhz・7vi0(下掲)

    DS17701585が結合したヒストンアセチルトランスフェラーゼp300(EP300/CBPファミリー)7vi0のChain A
    Histone acetyltransferaser - Wikipediap300-CBP coactivator family - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    DS17701585が結合したヒストンアセチルトランスフェラーゼp300(EP300/CBPファミリー)7vi0のChain A


  5. DNA光回復酵素のFAD光還元反応を XFEL時分割構造解析にて解明(SPring8,2022/04/28) [NEW!] ※2022/03/09公開7f8t・7vj7・7vj8・7viw〜7vj6・7vj9〜7vjc・7vje・7vjg〜7vjk;7vj1を下掲

    DNA光回復酵素(DNAフォトリアーゼ)7vj1
    Photolyase - Wikipedia
    7vj1(DNA光回復酵素〈DNAフォトリアーゼ〉) 同PDBsumデータ7vj1_FAD(酸化型,10 μs)$同PDBsumデータ7vj0_FAD(酸化型,1 μs)$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    DNA光回復酵素(DNAフォトリアーゼ)7vj1とそのPDBsumデータ(7vj0との比較),“Arg378, Asn403 and Asp409”は論文参照


  6. 構造生物学:イオンチャネル型グルタミン酸受容体のゲート開閉(Nature ハイライト,2022/05/05) [NEW!] ※2022/04/20公開7tnj・7tnk・7tnl・7tnm・7tnn・7tno・7tnp(下掲)

    血圧降下薬・利尿薬シクロチアジドが結合したイオンチャネル型グルタミン酸受容体(iGluR)7tnpのChain A
    Ionotropic glutamate receptor - WikipediaCyclothiazide - Wikipedia
    7tnpのChain A(血圧降下薬・利尿薬シクロチアジドが結合したイオンチャネル型グルタミン酸受容体)
    ※別データ例:5l1f(抗てんかん薬ペランパネルが結合したイオンチャネル型グルタミン酸受容体〈AMPA受容体〉) 6ZP(perampanel)選択 同PDBsumデータ5l1f_6ZP$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]血圧降下薬・利尿薬シクロチアジドが結合したイオンチャネル型グルタミン酸受容体(iGluR)7tnpのChain A
    [中・右]別研究のiGluR(AMPA受容体;抗てんかん薬ペランパネル結合) 5l1fとそのPDBsumデータ


  7. ケミカルタイムス誌特集『オピオイド受容体、 オレキシン受容体を標的とした創薬研究』(関東化学,2022年 No.2) [PDF] [NEW!]

    ナルフラフィン(nalfurafine)
    ◆モルヒネと主な合成麻薬の構造(p.2):
    モルヒネ(モルフィン,morphine)
    ペンタゾシン(pentazocine)
    フェンタニル(fentanyl) | 結合PDBsumデータ例:5tzo_7V7[202(A)] (エンド-1,4-β-キシラナーゼ)$
    ペチジン(pethidine)
    オキシコドン(oxycodone) → 別トピック
    ブプレノルフィン(buprenorphine) → 別トピック
    ◆モルヒナン型オレキシン受容体拮抗薬(p.9):
    スボレキサント(suvorexant) → 別トピック | 結合PDBsumデータ例:6tpj_SUV(オレキシン2〈OX2〉受容体;スボレキサントのH原子付加)$
    レンボレキサント(lemborexant) → 別トピック | 結合PDBsumデータ例:6tot_NRK[401(A)](オレキシン1〈OX1〉受容体)$
    EMPA | 結合PDBsumデータ例:5ws3_7MA(オレキシン2〈OX2〉受容体)$
    ◆ナルフラフィン活性立体配座に基づく新規κオピオイド鎮痛薬の創出(p.16):
    ナルフラフィン(nalfurafine)
    ※κオピオイド受容体のPDBsumデータ例;同PDBsumデータ6b73_CVV(アゴニストMP1104とナノボディが結合したκオピオイド受容体)$
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    オピオイド受容体の主要なクラス例μ 4dkl,κ 4djh,δ 4ej4,および関連するノシセプチンオピオイド受容体(NOP) 4ea3 → GPCR - 2012年ノーベル化学賞

      
    スボレキサント結合の6to7(OX1受容体)と6tpj(OX2受容体,どちらもChain A)とそれらのPDBsumデータ(後者はスボレキサントのH原子付加)

      
    レンボレキサント結合のOX1受容体6totとそのPDBsumデータ


    EMPA結合のOX2受容体5ws3とそのPDBsumデータ

      
    [左]ナルフラフィン(nalfurafine) [中・右]アゴニストMP1104とナノボディが結合したκオピオイド受容体6b73のChain A・DとそのPDBsumデータ

  8. 生物の耐熱性を支える「錠前」の発見 〜可逆的なリン酸化修飾がRNAを安定化する〜 (東京大学,2022/04/28) [NEW!] ※“tRNAの可変ループ内の47位に、ウリジン(U)の2′位がリン酸化された新規RNA修飾、2′リン酸化ウリジン(Up)を発見”(Up47),2022/05/04公開データ7vnv(下掲)・7vnw・7vnx

    超好熱性アーキアのtRNA 7vnvのChain A
    7vnvのChain A(超好熱性アーキアのtRNA) 9QV(Up47)選択

    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 同backbone選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    超好熱性アーキアのtRNA 7vnvのChain A(空間充填表示がリン酸化ウリジンUp47,小さい球表示がその他のヘテロ原子)


  9. 彩恵りり『窒素の正六角形「ヘキサジン」を初合成!低圧でも比較的安定』(Lab BRAINS,2022/05/16) [NEW!]

    ヘキサジン(hexazine)
    Hexazine - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
      
    背景・黒 灰 白 


    ヘキサジン(hexazine)


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