◆ Jmolで見るトピックス分子(12-5) ◆

No.401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580561-590
→ 以下は今後改変: Vol.12345678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 2014年にエボラ出血熱感染拡大危険ドラッグ

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Javaバージョンの関係でJmol分子が表示されない場合はこちらで最新版をインストールしてください。
※Chrome以外のブラウザをご利用ください。Chromeを利用する場合はこちらをご参照ください。


  1. 光合成光化学系I複合体の構造を解明 〜光エネルギーの高効率利用に前進〜(SPring-8,2015/05/29) [NEW!]

    PDBデータ 4xk8のChain A-L・1-4(光化学系I-集光性アンテナタンパク質I複合体;PSI-LHCI)
    Glucose transporter - WikipediaSymporter - Wikipedia

    4xk8のChain A-L・1-4(光化学系I-集光性アンテナタンパク質I複合体)  同色素(クロロフィル,カロテノイド等)と鉄硫黄クラスターのみ CLA(クロロフィルa)選択 CHL(クロロフィルb)選択 SF4(Fe4S4)選択 

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    4xk8のChain A-L・1-4(左)とその色素と鉄硫黄クラスター(右)


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. RCSB PDB 2015/06/10 新規公開データより:4u8u The Crystallographic structure of the giant hemoglobin from Glossoscolex paulistus at 3.2Å resolution [NEW!]

    PDBデータ 4u8uの168量体(Chain A-s×4,α炭素とリガンドのみ;Glossoscolex paulistusの巨大ヘモグロビン)

    4u8uの168量体(Chain A-s×4,α炭素のみ;Glossoscolex paulistusのヘモグロビン) 同PDBsumデータ4u8u_HEM[201(A)]$
    ※参考:チューブワーム由来ヘモグロビン1yhu(左)とヒトヘモグロビン1hho(4量体;右)の同時表示
     PDBsumデータ1hho_HEM[143(A)]$  → チューブワーム関連データのSITE例

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]Glossoscolex paulistusの巨大ヘモグロビン4u8uの168量体(Chain A-s×4) [右]4u8uとヒトヘモグロビン1hhoのPDBsumデータ比較


    Glossoscolex paulistus(g.p.と略記)とヒトのヘモグロビンのヘモグロビンのアミノ酸配列比較(何れもChain A) ※ヒトは2hhbより
    いろいろな生物のヘモグロビンのアミノ酸配列比較
    g.p.(1-50) Asp Asp Asp Cys Cys Ser Ala Glu Asp Arg Arg Glu Ile Gln His Ile Trp Asp Thr Val Trp Ser Ser Ser Phe Thr Asp Arg Lys Val Ala Ile Ala Gly Ala Val Phe Lys Asp Leu Phe His His Tyr Pro Ser Ala Lys Gly Leu
    ヒト(1-50) Val Leu Ser Pro Ala Asp Lys Thr Asn Val Lys Ala Ala Trp Gly Lys Val Gly Ala His Ala Gly Glu Tyr Gly Ala Glu Ala Leu Glu Arg Met Phe Leu Ser Phe Pro Thr Thr Lys Thr Tyr Phe Pro His Phe Asp Leu Ser His
    g.p.(51-100) Phe Glu Arg Val Lys Val Ala Glu Pro Asp Ser Gly Glu Tyr His Ser His Leu Val Arg Val Ala Asn Gly Leu Asp Leu Leu Ile Asn Leu Phe Gln Asp Thr Gln Val Leu Asp Lys Gln Leu Ala His Leu Ala Glu Gln His Ile
    ヒト(51-100) Gly Ser Ala Gln Val Lys Gly His Gly Lys Lys Val Ala Asp Ala Leu Thr Asn Ala Val Ala His Val Asp Asp Met Pro Asn Ala Leu Ser Ala Leu Ser Asp Leu His Ala His Lys Leu Arg Val Asp Pro Val Asn Phe Lys Leu
    g.p.(101-150) Leu Arg Lys Gly Val Thr Gln Gln Phe Phe Lys Gly Ile Gly Glu Ser Phe Ala Arg Val Phe Pro Gln Val Ser Ser Cys Phe Asn Leu Glu Ala Trp Asn Arg Cys Phe His Thr Leu Ala Asp Arg Ile Ser Arg Asp Leu Pro His
    ヒト(101-141) Leu Ser His Cys Leu Leu Val Thr Leu Ala Ala His Leu Pro Ala Glu Phe Thr Pro Ala Val His Ala Ser Leu Asp Lys Phe Leu Ala Ser Val Ser Thr Val Leu Thr Ser Lys Tyr Arg


  3. 食べ物の「コク」、秘密の一端を解明、味の素の研究グループが報告 コク感じるのは「カルシウム感知受容体」(Medエッジ,2015/03/15) [NEW!]

    初期表示はγ-グルタミルバリルグリシン(γ-glutamyl-valyl-glycine;γ-Glu-Val-Gly)

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金
     
    背景・黒 灰 白 
    グルタミルバリルグリシン(γ-Glu-Val-Gly)
    グルタチオン(glutathione)


    グルタミルバリルグリシン(γ-Glu-Val-Gly)


  4. Medエッジ「殺虫剤とADHDが関連、リスクが3倍に 家庭内のピレスロイド系殺虫剤が影響か(Medエッジ,2015/06/16) [NEW!]

    初期表示は3-PBA(3-phenoxybenzoic acid;3-フェノキシ安息香酸)

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金
     
    背景・黒 灰 白 
    3-PBA(3-フェノキシ安息香酸)
    ●天然ピレスロイド
    ピレトリンI(pyrethrin I)
    ピレトリンII(pyrethrin II)
    シネリンI(cinerin I)
    シネリンII(cinerin II)
    ジャスモリンI(jasmolin I)
    ジャスモリンII(jasmolin II)
    ●合成ピレスロイド
    アレスリンI(allethrin I)の例(異性体あり)
    アレスリンII(allethrin II)の例(異性体あり)
    エトフェンプロックス(etofenprox)
    シラフルオフェン(silafluofen)
    デルタメトリン(deltamethrin)
    ペルメトリン(permethrin)
    メトフルトリン(metofluthrin)の例(異性体あり)
    トランスフルトリン(transfluthrin)の例(異性体あり)


    ピレスロイド系殺虫剤例デルタメトリン(deltamethrin)のとその代謝物例3-PBA(3-フェノキシ安息香酸)


  5. RCSB PDB 2015/06/17 新規公開データより:4qry the ground state and the N intermediate of pharaonis halorhodopsin in complex with bromide ion [NEW!]

    PDBデータ 4qry(ハロロドプシン)
    Halorhodopsin - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    A-C鎖選択 E-G鎖選択 BRとRET(Br-とレチナール)選択

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    4qry


  6. RCSB PDB 2015/06/24 新規公開データより:5aun Crystal structure of the HypAB-Ni complex [NEW!] ※他に5auo5aup5auq公開。

    PDBデータ 5aunの4量体(Chain A-B×2;HypAB-Ni複合体)

    5aunの4量体(Chain A-B×2;HypAB-Ni複合体) 同PDBsumデータ5aun_NI$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    A鎖選択 NI(Ni)選択 ADP選択

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    HypAB-Ni複合体5aunの4量体(Chain A-B×2)とそのPDBsumデータ(Niイオン)


  7. RCSB PDB 2015/07/01 新規公開データより:4tl7 Crystal structure of N-terminal C1 domain of KaiC [NEW!] ※他に4tl64tl9-4tle公開。

    PDBデータ 4tl7(時計タンパク質KaiCのN末端ドメイン)
    KaiC - WikipediaCircadian rhythm - Wikipedia

    4tl7(時計タンパク質KaiC) 同PDBsumデータ4tl7_ATP$
    ※参考(別研究グループによるKaiC構造例):1tf7(時計タンパク質KaiC)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    A鎖選択 ATP選択

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    時計タンパク質KaiCのN末端ドメイン4tl7(空間充填表示がATP)とそのPDBsumデータ(ATP)


  8. 今月の分子 187: ニューデリー メタロβラクタマーゼ(New Delhi Metallo-β-Lactamase, NDM-1)(PDBj,2015/07)Molecule of the Month(PDB) [NEW!] ※“ここに示す構造(PDBエントリー 4eyl )は、高度先進型の カルバペネム系抗生物質 (carbapenem antibiotic)を分解した直後の酵素”の4eylを以下に。

    PDBデータ 4eylのChain A(ニューデリー・メタロ-β-ラクタマーゼ1,NDM-1)
    New Delhi metallo-beta-lactamase 1 - WikipediaCarbapenem-resistant enterobacteriaceae - Wikipedia

    4eylのChain A(ニューデリー・メタロ-β-ラクタマーゼ1,NDM-1) 同PDBsumデータ4eyl_0RV$(Znイオン2個含む) 0RV選択
    3q6xのChain A(NDM-1) 同PDBsumデータ3q6x_ZZ7$(Znイオン2個含む)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ニューデリー・メタロ-β-ラクタマーゼ1(NDM-1)構造例4eylのChain A


  9. RCSB PDB 2015/07/08 新規公開データより:4z5r Rontalizumab Fab bound to Interferon-a2 [NEW!]

    PDBデータ 4z5rのChain A・B・N(インターフェロンα2に結合したrontalizumabのFabフラグメント)
    Rontalizumab - WikipediaInterferon alfa - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    N鎖(インターフェロンα2)選択

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    インターフェロンα2に結合したrontalizumabのFabフラグメント4z5rのChain A・B・N


  10. CAS番号の登録が1億個突破!(Chem-Station,2015/07/10) [NEW!]

    CAS登録番号 1786400-23-4 の化合物(C33H37ClN6O4Si;CAS登録1億件目)
    CAS Registry Number - Wikipedia

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金
     
    背景・黒 灰 白 

      
    CAS RN 1786400-23-4(左)とCASトップページ(右,2015/07/13)


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