◆ Jmolで見るトピックス分子(12-4) ◆

No.401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580
→ 以下は今後改変: Vol.12345678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 2014年にエボラ出血熱感染拡大危険ドラッグ

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Javaバージョンの関係でJmol分子が表示されない場合はこちらで最新版をインストールしてください。
※Chrome以外のブラウザをご利用ください。Chromeを利用する場合はこちらをご参照ください。


  1. 新刊:永田和宏 著,キム・イェオン 絵,「細胞の不思議 すべてはここからはじまる」,講談社(2015) ※p.89図14の“Na+に依存して起こるグルコースの共輸送”に関係するデータを下掲

    PDBデータ 3dh4のChain A(ガラクトースが結合したNa+/糖共輸送体)
    Glucose transporter - WikipediaSymporter - Wikipedia

    3dh4のChain A(ガラクトースが結合したNa+/糖共輸送体)  同PDBsumデータ3dh4_GAL$ 同PDBsumデータ3dh4_NA$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    PDBデータ3dh4のChain AとそのPDBsumデータ(ガラクトースとNa+


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. RCSB PDB 2015/05/20 新規公開データより:4z9p Crystal structure of Ebola virus nucleoprotein core domain at 1.8Å resolution

    PDBデータ 4z9p(エボラウイルスのヌクレオプロテインのコアドメイン)
    Ebola virus disease - WikipediaNucleoprotein - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    4z9p


  3. NMR法によりアルツハイマー病の初期過程にアミロイドタンパク質に起こる新たな構造変化とその伝播に迫る(京都大学,2015/05/18)

    PDBデータ 2mxuのModel 1(42残基のアミロイドβ繊維;残基番号11-42)
    Amyloid beta - Wikipedia

    2mxuのModel 1(42残基のアミロイドβ繊維;残基番号11-42)
    参考:2begのModel 1(アミロイドβ繊維;残基番号17-42) | 同Chain A

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    2mxu2begの構造比較(何れもModel 1,数字は残基番号)

    42残基のアミロイドβのアミノ酸配列
    ※FASTA形式: DAEFRHDSGYEVHHQKLVFFAEDVGSNKGAIIGLMVGGVVIA → 自作秀丸マクロで下表作成
    残基番号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42
    残基 Asp Ala Glu Phe Arg His Asp Ser Gly Tyr Glu Val His His Gln Lys Leu Val Phe Phe Ala Glu Asp Val Gly Ser Asn Lys Gly Ala Ile Ile Gly Leu Met Val Gly Gly Val Val Ile Ala


  4. 神経科学: ドーパミン輸送体の構造(Nature ハイライト,2015/05/21) ※“タンパク質のリガンド結合部位が形を変え、形状もサイズも異なる構造的に無関係な低分子に結合してそれを受け入れる仕組みを示す良い例といえる”。

    PDBデータ 4xp1のChain A(ドーパミン〈ドパミン〉が結合したショウジョウバエのドーパミン輸送体)
    Dopamine transporter - Wikipedia

    4xp1のChain A#(ドーパミンが結合したドーパミン輸送体) LDP(ドーパミン)選択  同PDBsumデータ4xp1_LDP$
    4xp4のChain A#(コカインが結合したドーパミン輸送体) COC(コカイン)選択  同PDBsumデータ4xp4_COC$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    ドーパミンが結合したドーパミン輸送体4xp1のChain A(左)およびそのPDBsumデータ(右;コカイン結合の4xp4と比較)
    RCSB PDBのFacebook記事(2015/05/22)参照


  5. 外から来たDNAの細胞内侵入を感知するDNAセンサーを発見 〜DNAセンサータンパク質BAFの働きで外来DNAはオートファジーから免れる〜(情報通信研究機構,2015/05/19) ※関連でDNAとBAF(barrier-to-autointegration factor)の結合構造データ例を以下に。
    PDBデータ 2bzfの6量体(Chain A-C×2;DNAとBAFの結合構造例)
    Barrier-to-autointegration factor - Wikipedia

    2bzfの6量体(Chain A-C×2;DNAとBAFの結合構造例) | 同Chain A(BAF)

    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    DNA/RNA選択 同backbone選択
    B鎖(RNA)選択 C鎖(DNA)選択

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    DNAとBAFの結合構造例2bzfの6量体(Chain A-C×2)


  6. RCSB PDB 2015/05/27 新規公開データより:3wzd KDR in complex with ligand lenvatinib ※同時公開の3wze(ソラフェニブ結合)も以下に

    PDBデータ 3wzd(レンバチニブが結合した血管内皮増殖因子レセプター2)
    Lenvatinib - WikipediaVEGF receptors - Wikipedia

    3wzd(レンバチニブが結合したVEGFR-2) LEV(レンバチニブ)選択レンバチニブ(lenvatinib)
    3wze(ソラフェニブが結合したVEGFR-2) BAX(ソラフェニブ)選択ソラフェニブトシル酸塩(sorafenib tosylate;商品名 ネクサバール,Nexavar)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    3wzdとレンバチニブ


  7. 今月の分子 186: 終末糖化産物受容体(Receptor for Advanced Glycation End Products, RAGE)(PDBj,2015/06)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 3b75のChain A-D(糖化ヘモグロビン)
    RAGE (receptor) - WikipediaGlycated hemoglobin - Wikipedia

    3b75のChain A-D(糖化ヘモグロビン) GLC(グルコース)選択 FRU(フルクトース)選択 Chain AのFRUとその結合アミノ酸残基Lys 99選択 同糖化アミノ酸部分3b75_FRU(Chain A) 同PDBsumデータ3b75_FRU$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    糖化ヘモグロビン3b75のChain A-D(空間充填表示はChain Aのフルクトースとその結合アミノ酸残基Lys 99)


  8. RCSB PDB 2015/06/03 新規公開データより:2msc NMR data-driven model of GTPase KRas-GDP tethered to a lipid-bilayer nanodisc

    PDBデータ 2mscのModel 1(脂質二重膜ナノディスクに結合したGTPアーゼKRas)
    KRAS - WikipediaNanodisc - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

    2mscのChain Aのアミノ酸配列(1行50残基;I/O値順着色)
    Gly Pro Leu Lys Leu Leu Asp Asn Trp Asp Ser Val Thr Ser Thr Phe Ser Lys Leu Arg Glu Gln Leu Gly Pro Val Thr Gln Glu Phe Trp Asp Asn Leu Glu Lys Glu Thr Glu Gly Leu Arg Gln Glu Met Ser Lys Asp Leu Glu
    Glu Val Lys Ala Lys Val Gln Pro Tyr Leu Asp Asp Phe Gln Lys Lys Trp Gln Glu Glu Met Glu Leu Tyr Arg Gln Lys Val Glu Pro Leu Arg Ala Glu Leu Gln Glu Gly Ala Arg Gln Lys Leu His Glu Leu Gln Glu Lys Leu
    Ser Pro Leu Gly Glu Glu Met Arg Asp Arg Ala Arg Ala His Val Asp Ala Leu Arg Thr His Leu Ala Pro Tyr Ser Asp Glu Leu Arg Gln Arg Leu Ala Ala Arg Leu Glu Ala Leu Lys Glu Asn Gly Gly Ala Arg Leu Ala Glu
    Tyr His Ala Lys Ala Thr Glu His Leu Ser Thr Leu Ser Glu Lys Ala Lys Pro Ala Leu Glu Asp Leu Arg Gln Gly Leu Leu Pro Val Leu Glu Ser Phe Lys Val Ser Phe Leu Ser Ala Leu Glu Glu Tyr Thr Lys Lys Leu Asn


    2mscのModel 1


  9. Evolution of Photoconversion(SBKB,2015/06)

    PDBデータ 4dxnのChain A(GFP様タンパク質)

    4dxiのChain A(GFP) CRQ(発色団Gln-Tyr-Gly)選択 同発色団4dxi_CRQ
    4dxnのChain A(GFP様タンパク質) CR8(発色団His-Tyr-Gly)選択 同発色団4dxn_CR8
    2gw3のChain A(蛍光タンパク質Kaede;緑色) CR8(発色団His-Tyr-Gly)選択 同発色団2gw3_CR8
    2gw4のChain A・B(蛍光タンパク質Kaede;赤色) RC7(発色団His-Tyr-Gly)選択 同発色団2gw4_RC7

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    GFP4dxiのChain A(左)とGFP様タンパク質4dxiのChain A(右)


  10. 韓国MERS感染拡大、隔離者も急増 日本でも警戒強化(朝日,2015/06/09)中東呼吸器症候群に関するトピックス

    PDBデータ 4wmdのChain A(MERSコロナウイルスの3C様プロテアーゼ)
    Middle East respiratory syndrome coronavirus - Wikipedia

    4wmdのChain A(MERSコロナウイルスのプロテアーゼ)
    4rsp(MERSコロナウイルスのプロテアーゼ;Chain A・B) Chain B選択
    4yluのChain A(MERSコロナウイルスのプロテアーゼ) 同PDBsumデータ4ylu_R30$
    ※参考:1q2wのChain A(SARSコロナウイルスのプロテアーゼ)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    MERS-CoVのプロテアーゼ4wmdのChain A(左)とSARS-CoVのプロテアーゼ1q2wのChain A(右)


    MERS-CoVおよびSARS-CoVのプロテアーゼのアミノ酸配列比較(何れもChain A,I/O値順着色)
    ※Chain Aについては,4wmd4wme4wmfのアミノ酸配列,4rsp4yluのアミノ酸配列は同一。両者は赤字の148番残基のみ異なる。
    MERS(4wmd)1-50 Ser Gly Leu Val Lys Met Ser His Pro Ser Gly Asp Val Glu Ala Cys Met Val Gln Val Thr Cys Gly Ser Met Thr Leu Asn Gly Leu Trp Leu Asp Asn Thr Val Trp Cys Pro Arg His Val Met Cys Pro Ala Asp Gln Leu Ser
    MERS(4rsp)1-50 Ser Gly Leu Val Lys Met Ser His Pro Ser Gly Asp Val Glu Ala Cys Met Val Gln Val Thr Cys Gly Ser Met Thr Leu Asn Gly Leu Trp Leu Asp Asn Thr Val Trp Cys Pro Arg His Val Met Cys Pro Ala Asp Gln Leu Ser
    SARS(1q2w)1-50 Ser Leu Ser Gly Phe Arg Lys Met Ala Phe Pro Ser Gly Lys Val Glu Gly Cys Met Val Gln Val Thr Cys Gly Thr Thr Thr Leu Asn Gly Leu Trp Leu Asp Asp Thr Val Tyr Cys Pro Arg His Val Ile Cys Thr Ala Glu Asp
    MERS(4wmd)51-100 Asp Pro Asn Tyr Asp Ala Leu Leu Ile Ser Met Thr Asn His Ser Phe Ser Val Gln Lys His Ile Gly Ala Pro Ala Asn Leu Arg Val Val Gly His Ala Met Gln Gly Thr Leu Leu Lys Leu Thr Val Asp Val Ala Asn Pro Ser
    MERS(4rsp)51-100 Asp Pro Asn Tyr Asp Ala Leu Leu Ile Ser Met Thr Asn His Ser Phe Ser Val Gln Lys His Ile Gly Ala Pro Ala Asn Leu Arg Val Val Gly His Ala Met Gln Gly Thr Leu Leu Lys Leu Thr Val Asp Val Ala Asn Pro Ser
    SARS(1q2w)51-100 Met Leu Asn Pro Asn Tyr Glu Asp Leu Leu Ile Arg Lys Ser Asn His Ser Phe Leu Val Gln Ala Gly Asn Val Gln Leu Arg Val Ile Gly His Ser Met Gln Asn Cys Leu Leu Arg Leu Lys Val Asp Thr Ser Asn Pro Lys Thr
    MERS(4wmd)101-150 Thr Pro Ala Tyr Thr Phe Thr Thr Val Lys Pro Gly Ala Ala Phe Ser Val Leu Ala Cys Tyr Asn Gly Arg Pro Thr Gly Thr Phe Thr Val Val Met Arg Pro Asn Tyr Thr Ile Lys Gly Ser Phe Leu Cys Gly Ser Ala Gly Ser
    MERS(4rsp)101-150 Thr Pro Ala Tyr Thr Phe Thr Thr Val Lys Pro Gly Ala Ala Phe Ser Val Leu Ala Cys Tyr Asn Gly Arg Pro Thr Gly Thr Phe Thr Val Val Met Arg Pro Asn Tyr Thr Ile Lys Gly Ser Phe Leu Cys Gly Ser Cys Gly Ser
    SARS(1q2w)101-150 Pro Lys Tyr Lys Phe Val Arg Ile Gln Pro Gly Gln Thr Phe Ser Val Leu Ala Cys Tyr Asn Gly Ser Pro Ser Gly Val Tyr Gln Cys Ala Met Arg Pro Asn His Thr Ile Lys Gly Ser Phe Leu Asn Gly Ser Cys Gly Ser Val
    MERS(4wmd)151-200 Val Gly Tyr Thr Lys Glu Gly Ser Val Ile Asn Phe Cys Tyr Met His Gln Met Glu Leu Ala Asn Gly Thr His Thr Gly Ser Ala Phe Asp Gly Thr Met Tyr Gly Ala Phe Met Asp Lys Gln Val His Gln Val Gln Leu Thr Asp
    MERS(4rsp)151-200 Val Gly Tyr Thr Lys Glu Gly Ser Val Ile Asn Phe Cys Tyr Met His Gln Met Glu Leu Ala Asn Gly Thr His Thr Gly Ser Ala Phe Asp Gly Thr Met Tyr Gly Ala Phe Met Asp Lys Gln Val His Gln Val Gln Leu Thr Asp
    SARS(1q2w)151-200 Gly Phe Asn Ile Asp Tyr Asp Cys Val Ser Phe Cys Tyr Met His His Met Glu Leu Pro Thr Gly Val His Ala Gly Thr Asp Leu Glu Gly Lys Phe Tyr Gly Pro Phe Val Asp Arg Gln Thr Ala Gln Ala Ala Gly Thr Asp Thr
    MERS(4wmd)201-250 Lys Tyr Cys Ser Val Asn Val Val Ala Trp Leu Tyr Ala Ala Ile Leu Asn Gly Cys Ala Trp Phe Val Lys Pro Asn Arg Thr Ser Val Val Ser Phe Asn Glu Trp Ala Leu Ala Asn Gln Phe Thr Glu Phe Val Gly Thr Gln Ser
    MERS(4rsp)201-250 Lys Tyr Cys Ser Val Asn Val Val Ala Trp Leu Tyr Ala Ala Ile Leu Asn Gly Cys Ala Trp Phe Val Lys Pro Asn Arg Thr Ser Val Val Ser Phe Asn Glu Trp Ala Leu Ala Asn Gln Phe Thr Glu Phe Val Gly Thr Gln Ser
    SARS(1q2w)201-250 Ile Thr Leu Asn Val Leu Ala Trp Leu Tyr Ala Ala Val Ile Asn Gly Asp Arg Trp Phe Leu Asn Arg Phe Thr Thr Thr Leu Asn Asp Phe Asn Leu Val Ala Met Lys Tyr Asn Tyr Glu Pro Leu Thr Gln Asp His Val Asp Ile
    MERS(4wmd)251-300 Val Asp Met Leu Ala Val Lys Thr Gly Val Ala Ile Glu Gln Leu Leu Tyr Ala Ile Gln Gln Leu Tyr Thr Gly Phe Gln Gly Lys Gln Ile Leu Gly Ser Thr Met Leu Glu Asp Glu Phe Thr Pro Glu Asp Val Asn Met Gln Ile
    MERS(4rsp)251-300 Val Asp Met Leu Ala Val Lys Thr Gly Val Ala Ile Glu Gln Leu Leu Tyr Ala Ile Gln Gln Leu Tyr Thr Gly Phe Gln Gly Lys Gln Ile Leu Gly Ser Thr Met Leu Glu Asp Glu Phe Thr Pro Glu Asp Val Asn Met Gln Ile
    SARS(1q2w)251-300 Leu Gly Pro Leu Ser Ala Gln Thr Gly Ile Ala Val Leu Asp Met Cys Ala Ala Leu Lys Glu Leu Leu Gln Asn Gly Met Asn Gly Arg Thr Ile Leu Gly Ser Thr Ile Leu Glu Asp Glu Phe Thr Pro Phe Asp Val Val Arg Gln
    MERS(4wmd)301- Met Gly Val Val Met Gln
    MERS(4rsp)301- Met Gly Val Val Met Gln
    SARS(1q2w)301- Cys Ser Gly Val Thr Glu Gly


「生活環境化学の部屋」ホームページJmol版「分子の学習帳」