◆ Jmolで見るトピックス分子(14-1) ◆

No.401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650
→ 以下は今後改変: Vol.12345678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: ネオニコチノイド系農薬問題2014年にエボラ出血熱感染拡大危険ドラッグ

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11およびFirefox(バージョン51以前)で閲覧できます。
★一時Jmolコンテンツが表示できなくなりましたが,Jmol 14.4.0 2015-10-20版に更新して表示可能になりました。


  1. RCSB PDB 2016/01/27 新規公開データより:5f9r Crystal structure of catalytically-active Streptococcus pyogenes CRISPR-Cas9 in complex with single-guided RNA and double-stranded DNA primed for target DNA cleavage → 新ページ:CRISPR関連生体分子データ

    PDBデータ 5f9r(sgRNAおよび2本鎖DNAと結合したCRISPR-Cas9)
    CRISPR - WikipediaGenome editing - Wikipedia

    5f9r(sgRNAおよび2本鎖DNAと結合したCRISPR-Cas9)
    4oo8のChain A・B・C(Cas9タンパク質-ガイド鎖RNA-標的DNAの複合体)
    4qyz(標的ssDNAに結合したCasタンパク質-crRNA複合体)

    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 DNA選択 DNA/RNA backbone選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    [左]5f9r [中]4oo8のChain A-C [右]4qyz(空間充填がcrRNA,小さめの球表示が標的ssDNA)


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. 極限乾燥耐性生物ネムリユスリカのゲノム概要配列を解読 〜生物がカラカラに乾いても死なないメカニズムの解明へ〜(基礎生物学研究所,2014/09/15) ※記事には直接関係ないがユスリカの幼虫アカムシユスリカのPDBデータ例を以下に。

    PDBデータ 3ark(アカムシユスリカのヘモグロビンV〈Hb V〉)
    Chironomidae - WikipediaHemoglobin - Wikipedia

    3ark(アカムシユスリカのヘモグロビンV) 同PDBsumデータ3ark_HEM$
    トレハロース(trehalose) → 甘味物質の秘密
    ※参考(トレハロース結合タンパク質例):2bhy(放射線抵抗性細菌デイノコッカス・ラディオデュランスのマルトオリゴシルトレハロース トレハロヒドロラーゼ) 同PDBsumデータ2bhy_TRE [1605(A)]$ …デイノコッカス・ラディオデュランスには放射線耐性(DNA修復参)の他に乾燥耐性あり

    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 DNA選択 DNA/RNA backbone選択
    (*印のみ) HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    2hhb_HEM [A](ヒトヘモグロビン;ヘモグロビンα〈Chain A〉)
    I'/O'=0.6712
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 消去
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
    背景・黒 灰 白 

    2hhb_HEM [B](ヒトヘモグロビン;ヘモグロビンβ〈Chain B〉)
    I'/O'=0.5291
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 消去
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
    背景・黒 灰 白 

    3ark_HEM(アカムシユスリカ由来ヘモグロビン;ヘモグロビンV)
    I'/O'=0.7856
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 消去
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
    背景・黒 灰 白 


    ヒトのヘモグロビン2hhb(Chain A)とアカムシユスリカのヘモグロビン3ark


    ヒトのヘモグロビン2hhb(Chain A・B)とアカムシユスリカのヘモグロビン3arkのPDBsumデータ


    ヘモグロビンのアミノ酸配列比較例;ヒト(2hhb),ヒト胎児HbF(4mqj),アカムシユスリカ(3ark) ※Hisはヘム近傍ヒスチジン
    001-050
    ヒト/ヒト胎児HbF A鎖 Val Leu Ser Pro Ala Asp Lys Thr Asn Val Lys Ala Ala Trp Gly Lys Val Gly Ala His Ala Gly Glu Tyr Gly Ala Glu Ala Leu Glu Arg Met Phe Leu Ser Phe Pro Thr Thr Lys Thr Tyr Phe Pro His Phe Asp Leu Ser His
    ヒト B鎖 Val His Leu Thr Pro Glu Glu Lys Ser Ala Val Thr Ala Leu Trp Gly Lys Val Asn Val Asp Glu Val Gly Gly Glu Ala Leu Gly Arg Leu Leu Val Val Tyr Pro Trp Thr Gln Arg Phe Phe Glu Ser Phe Gly Asp Leu Ser Thr
    ヒト胎児HbF B鎖 Val His Phe Thr Glu Glu Asp Lys Ala Thr Ile Thr Ser Leu Trp Gly Lys Val Asn Val Glu Asp Ala Gly Gly Glu Thr Leu Gly Arg Leu Leu Val Val Tyr Pro Trp Thr Gln Arg Phe Phe Asp Ser Phe Gly Asn Leu Ser Ser
    アカムシユスリカ A鎖 Ala Phe Val Gly Leu Ser Asp Ser Glu Glu Lys Leu Val Arg Asp Ala Trp Ala Pro Ile His Gly Asp Leu Gln Gly Thr Ala Asn Thr Val Phe Tyr Asn Tyr Leu Lys Lys Tyr Pro Ser Asn Gln Asp Lys Phe Glu Thr Leu Lys
    051-100
    ヒト/ヒト胎児HbF A鎖 Gly Ser Ala Gln Val Lys Gly His Gly Lys Lys Val Ala Asp Ala Leu Thr Asn Ala Val Ala His Val Asp Asp Met Pro Asn Ala Leu Ser Ala Leu Ser Asp Leu His Ala His Lys Leu Arg Val Asp Pro Val Asn Phe Lys Leu
    ヒト B鎖 Pro Asp Ala Val Met Gly Asn Pro Lys Val Lys Ala His Gly Lys Lys Val Leu Gly Ala Phe Ser Asp Gly Leu Ala His Leu Asp Asn Leu Lys Gly Thr Phe Ala Thr Leu Ser Glu Leu His Cys Asp Lys Leu His Val Asp Pro
    ヒト胎児HbF B鎖 Ala Ser Ala Ile Met Gly Asn Pro Lys Val Lys Ala His Gly Lys Lys Val Leu Thr Ser Leu Gly Asp Ala Ile Lys His Leu Asp Asp Leu Lys Gly Thr Phe Ala Gln Leu Ser Glu Leu His Cys Asp Lys Leu His Val Asp Pro
    アカムシユスリカ A鎖 Gly His Pro Leu Asp Glu Val Lys Asp Thr Ala Asn Phe Lys Leu Ile Ala Gly Arg Ile Phe Thr Ile Phe Asp Asn Cys Val Lys Asn Val Gly Asn Asp Lys Gly Phe Gln Lys Val Ile Ala Asp Met Ser Gly Pro His Val Ala
    101-150
    ヒト/ヒト胎児HbF A鎖 Leu Ser His Cys Leu Leu Val Thr Leu Ala Ala His Leu Pro Ala Glu Phe Thr Pro Ala Val His Ala Ser Leu Asp Lys Phe Leu Ala Ser Val Ser Thr Val Leu Thr Ser Lys Tyr Arg
    ヒト B鎖 Glu Asn Phe Arg Leu Leu Gly Asn Val Leu Val Cys Val Leu Ala His His Phe Gly Lys Glu Phe Thr Pro Pro Val Gln Ala Ala Tyr Gln Lys Val Val Ala Gly Val Ala Asn Ala Leu Ala His Lys Tyr His
    ヒト胎児HbF B鎖 Glu Asn Phe Lys Leu Leu Gly Asn Val Leu Val Thr Val Leu Ala Ile His Phe Gly Lys Glu Phe Thr Pro Glu Val Gln Ala Ser Trp Gln Lys Met Val Thr Gly Val Ala Ser Ala Leu Ser Ser Arg Tyr His
    アカムシユスリカ A鎖 Arg Pro Ile Thr His Gly Ser Tyr Asn Asp Leu Arg Gly Val Ile Tyr Asp Ser Met His Leu Asp Ser Thr His Gly Ala Ala Trp Asn Lys Met Met Asp Asn Phe Phe Tyr Val Phe Tyr Glu Cys Leu Asp Gly Arg Cys Ser Gln
    151-
    ヒト/ヒト胎児HbF A鎖
    ヒト B鎖
    ヒト胎児HbF B鎖
    アカムシユスリカ A鎖 Phe Ser


  3. 今月の分子 194: 人工設計インスリン(Designer Insulins)(PDBj,2016/02)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 4ajx(人工設計されたアシル化インスリン例デグルデク)
    Insulin - WikipediaInsulin degludec - Wikipedia
    4ajx&(人工設計されたインスリン例デグルデク)
    1trz*&(インスリン) 同Chain A・B
    1gzr(インスリン様成長因子1,IGF-1)
    ※参考:2016 RCSB PDB Video Challenge for High School Studentsの課題例リストに含まれるデータ例
    1gcn&(グルカゴン)
    4ers&(グルカゴン受容体;抗体Fab領域が結合)
    4l6r&(グルカゴン受容体;GPCR
    3b75のChain A-D&(糖化ヘモグロビン) GLC(グルコース)選択 FRU(フルクトース)選択 Chain AのFRUとその結合アミノ酸残基Lys 99選択 同糖化アミノ酸部分3b75_FRU(Chain A) 同PDBsumデータ3b75_FRU$ → 別トピック

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結our atoms [255,120,170]; select gln or lys or arg; colour atoms [255,180,200]; select his; colour atoms [255,230,240]; select val; colour atoms [255,200,0]; select ile; colour atoms [255,210,20]; select tyr or cys; colour atoms [255,220,40]; select trp or p合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]人工設計されたインスリン例デグルデク4ajx(黄色い球はタンパク質中のS原子);下記課題リストに含まれる
    [右]2016 RCSB PDB Video Challenge for High School Students課題構造リストにあがっているインスリン1trzのChain A・B


  4. RCSB PDB 2016/06/15 新規公開データより:5f4e Crystal structure of zika virus envelope protein in complex with a flavivirus broadly-protective antibody

    PDBデータ 5f4e(受精タンパク質Izumo1とJunoの複合体) …初期表示を5ejn(Juno)から変更
    Juno (protein) - WikipediaIZUMO1 - Wikipedia

    5f4e(受精タンパク質Izumo1-Juno複合体)
    5jkc(受精タンパク質Izumo1-Juno複合体;crystal form 1) | 5jkd(同;crystal form 2) | 5jke(同;crystal form 3)
    5ejn(受精タンパク質Juno) → 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン

    バックボーン 二次構造
    糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]受精タンパク質Izumo1-Juno複合体5f4e [左]Juno5ejn


  5. 今月の分子 195: RAFタンパク質キナーゼ(RAF Protein Kinases)(PDBj,2016/03)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 3og7(阻害剤ベムラフェニブが結合したB-Rafプロテインキナーゼ)
    BRAF (gene) - WikipediaVemurafenib - Wikipedia
  6. PDBデータ 3og7(B-Rafプロテインキナーゼ;阻害剤ベムラフェニブが結合) 同PDBsumデータ 3og7_032$ベムラフェニブ(vemurafenib;WIRED.jp記事参照)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

  7. 3og7


  8. 五十嵐圭日子東大准教授|ギネス世界記録 匠スペシャル・インタビュー(Guinness World Records,2016/02/03)

    PDBデータ 3x2m(セルラーゼ)
    Cellulase - Wikipedia

    3x2m(セルラーゼ) 同PDBsumデータ3x2m_GLC-BGC-BGC-BGC-BGC$
    ※他のセルラーゼ構造例:1g0c(アルカリセルラーゼ)(* CBI(セロビオース)選択 同PDBsumデータ1g0c_CBI$
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 (*印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [右]解像度0.64Åでギネス世界記録のPDBデータ3x2m(セルラーゼ) [左]同データおよび1g0cのPDBsumデータ


  9. RCSB PDB 2016/03/09 新規公開データより:5d4i Intact nitrite complex of a copper nitrite reductase determined by serial femtosecond crystallography

    PDBデータ 5d4iのChain A(銅含有亜硝酸還元酵素)
    Nitrite reductase - Wikipedia

    5d4iのChain A(銅含有亜硝酸還元酵素) 5d4i_NO2 [503(A)]$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    銅含有亜硝酸還元酵素5d4iのChain AとそのPDBsumデータ


  10. 吉村忠与志・千田範夫,『3Dプリンタ用ファイル作成のためのWinmostar機能の付加』,Journal of Computer Chemistry, Japan Vol. 15 (2016) No. 1 p. 7-12 ※以下のWinmostar(機能限定の無償版あり)とフリーのOpenSCADで3Dプリンタ用STLファイルを作成する方法が紹介されています。本サイトのmolまたはpdb形式ファイル(以下に例)も利用可能です。

        
    OpenSCADによる本サイト掲載分子の表示例
    [左]C60のモノクロ表示(フラーレンより) [中]Auの結晶構造のカラー表示(世界結晶年より) [右]DNA部分構造例のカラー表示(DNAとRNAのいろいろな姿より;下掲)

    DNAの部分構造例(PDB形式データ)

    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 DNA/RNA選択 DNA/RNA backbone選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色
    水素結合表示
      
    背景・黒 灰 白 


  11. 新型農薬、トンボ減らす? 実験水田で確認(読売,2016/03/17) ※フィプロニル(fipronil)を以下に。

    フィプロニル(fipronil;フェニルピラゾール系殺虫剤)
    Fipronil - WikipediaGABA receptor - Wikipedia

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金
     
    背景・黒 灰 白 
    フィプロニル(fipronil;フェニルピラゾール系殺虫剤)
    ※参考:ニコチン(最上段)とネオニコチノイド系農薬4種(イミダクロプリド,クロチアニジン,チアメトキサム,ジノテフラン;中段左から時計回りで)の同時表示
    ※参考(フィプロニルはGABA受容体に作用するとされる):GABA(γ-アミノ酪酸,γ-aminobutanoic acid,4-aminobutanoic acid)


    フィプロニル(fipronil)およびニコチンとネオニコチノイド系農薬4種(イミダクロプリド,クロチアニジン,チアメトキサム,ジノテフラン)の同時表示


  12. 本トピックの情報が増えてきたためこちらに独立ページとして移しました(以下に移動時点の図だけ残します)。


    ジカウイルスの構造例5ire(左)と60量体(Chain A-F×10;右)

      
    [左]5ireの360量体(Chain A-F×60) [右]5iz7の360量体(Chain A-F×60;α炭素とHETATMのみ

      
    [左]ジカウイルスの非構造タンパク質NS15iy3 [右]非構造タンパク質NS3(ヘリカーゼ)5jrz

      
    NS2B-NS3プロテアーゼ5lc0(ボロン酸阻害剤が結合)とそのPDBsumデータ(Science論文でAsp83に言及)

      
    広域中和抗体が結合したジカウイルスのエンベロープタンパク質5jhl(左)と5lcv(右)


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