◆ Jmolで見るジカウイルス ◆


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参考情報最新ニュースJmolトピック(2017年ノーベル化学賞受賞のクライオ電子顕微鏡について)

PDBデータ 5ireの360量体(Chain A-F×60〈α炭素とHETATMのみ〉;ジカウイルスの構造)
Zika virus - Wikipedia
バックボーン 二次構造 | DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) (*印のみ)
空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示
 
  
背景・黒 灰 白 
5ire(ジカウイルスの構造)
5ireの360量体(Chain A-F×60〈α炭素とHETATMのみ〉;ジカウイルスの構造) ※オリジナルデータ(gz形式)
5iz7の360量体(Chain A-F×60〈α炭素とHETATMのみ〉;ジカウイルスの構造) ※オリジナルデータ(gz形式)
5gzrの600量体(Chain ABCDEFHLMN×60〈α炭素のみ〉;中和抗体Z23-Fabが結合したジカウイルスの構造) Z23 Fab重鎖(Chain H・M)選択 Z23 Fab軽鎖(Chain L・N)選択 ※オリジナルデータ(gz形式)
5u4wの360量体(Chain A-F×60〈α炭素とHETATMのみ〉;未成熟なジカウイルスの構造) ※オリジナルデータ(gz形式)
5h37の720量体(Chain ABCDEFGHIKLM×60〈α炭素とHETATMのみ〉;Fab C10と構造タンパク質Mが結合したジカウイルスの構造) 構造タンパク質M(Chain D・E・F)選択 C10 IgG重鎖(Chain G・I・K)選択 C10 IgG軽鎖(Chain H・L・M)選択 ※同時公開の5h305h32は略,オリジナルデータ(gz形式)
5ireの60量体(Chain A-F×10〈α炭素とHETATMのみ〉;ジカウイルスの構造) ※オリジナルデータ(gz形式)
※以下ジカウイルス関連別データ
5iy3(ジカウイルスの非構造タンパク質NS1) | 5k6k(同) [Viral nonstructural protein - Wikipedia
5gs6(ジカウイルスの完全長NS1)
5x8y(ジカウイルスのNS1) [NEW!]
5lc0(ジカウイルスのNS2B-NS3プロテアーゼ;ボロン酸阻害剤が結合) B(ホウ素)選択 同PDBsumデータ5lc0_6T8$
5t1v(ジカウイルスのNS2B-NS3プロテアーゼ;アポ体)
5gj4のChain A・B・E・F(ジカウイルスの自己切断後のNS2B-NS3プロテアーゼ)
5gxj(ジカウイルスのNS2B-NS3プロテアーゼ) [NEW!]
5h6v(ジカウイルスのプロテアーゼ) [NEW!]
5jmt(ジカウイルスの非構造タンパク質NS3;ヘリカーゼ) | 5jrz(同)
5gjc(ジカウイルスのNS3ヘリカーゼ;ATPが結合) ATP選択
5jmt(ジカウイルスのNS3ヘリカーゼ)
5mfx(ジカウイルスのNS3ヘリカーゼ;RNAが結合)
5txg(ジカウイルスのNS3ヘリカーゼ)
5kqs(ジカウイルスのNS5メチルトランスフェラーゼ) SAM選択 M7G選択 同PDBsumデータ5kqs_SAM$ 5kqs_M7G$ ※他に5kqr
5tfrのChain A(ジカウイルスのNS5タンパク質) SAH選択 同PDBsumデータ5tfr_SAH$
5tmhのChain A(ジカウイルスのNS5タンパク質) SAH選択 同PDBsumデータ5tmh_SAH$
5u04(ジカウイルスのNS5 RNA依存性RNAポリメラーゼ) [RNA-dependent RNA polymerase - Wikipedia
5wz1のChain A(ジカウイルスのNS5 メチルトランスフェラーゼ) SAM(S-アデノシル-L-メチオニン)選択 同PDBsumデータ5wz1_SAM$5wz2のChain A(ジカウイルスのNS5 メチルトランスフェラーゼ) 同PDBsumデータ5wz2_SAM$ 5wz2_GTA$5wz3(ジカウイルスのNS5 RNA依存性RNAポリメラーゼ)
5u0bのChain A(ジカウイルスの完全長NS5タンパク質) SAH(S-アデノシル-L-ホモシステイン)選択 同PDBsumデータ 5u0b_SAH$5u0cのChain A(ジカウイルスのNS5 RNA依存性RNAポリメラーゼ)
5jhm(ジカウイルスのエンベロープタンパク質) | 5jhl(同;フラビウイルス広域中和抗体が結合) A鎖(エンベロープ)選択5lbsのChain A・H・L(同;交差性中和抗体が結合) | 5lbv(同) | 5lcv(同;交差性中和抗体が結合) A・B鎖(エンベロープ)選択
5kvd(ジカウイルスのエンベロープタンパク質DIII;ジカ特異抗体ZV-2が結合) E鎖(エンベロープ)選択
5vigのChain A・B・G (ジカウイルスのエンベロープタンパク質DIII;ジカ抗体Z006が結合) [NEW!] G鎖(エンベロープ)選択
5tpy*(ジカウイルスのエキソヌクレアーゼ耐性RNA)


ジカウイルスの構造例5ire(左)と60量体(Chain A-F×10;右)

    
[左]5ire [中]5iz7 [右]5u4w(未成熟なジカウイルス) ※いずれも360量体(Chain A-F×60;α炭素とリガンドのみ

  
[左]5gzrの600量体(Chain ABCDEFHLMN×60) [右]5h37の720量体(Chain ABCDEFGHIKLM×60) ※いずれもα炭素とリガンドのみ

    
[左]ジカウイルスの非構造タンパク質NS15iy3 [中]同5k6k [右]同5gs6(full-length)

  
[左]非構造タンパク質NS3(ヘリカーゼ)5jrz [右]RNAが結合したNS3ヘリカーゼ5mfx

  
NS2B-NS3プロテアーゼ5lc0(ボロン酸阻害剤が結合)とそのPDBsumデータ(Science論文でAsp83に言及)


ジペプチドインヒビターが結合したプロテアーゼ5h6v

  
[左]NS5メチルトランスフェラーゼ5kqs(アミノ酸残基番号5-308) [右]NS5 RNA依存性RNAポリメラーゼ5u04


[左]NS5メチルトランスフェラーゼ5wz2のChain A [右]NS5 RNA依存性RNAポリメラーゼ5wz3


[左]完全長NS5タンパク質5u0bのChain A(PBBsumデータの図は以下に) [右]NS5 RNA依存性RNAポリメラーゼ5u0cのChain A

    
[左から]NS5タンパク質5tfrのChain A(アミノ酸残基番号6-887)とPDBsumデータ,5tmhのChain AとPDBsumデータ,5u0b(完全長NS5)のPDBsumデータ

  
広域中和抗体が結合したジカウイルスのエンベロープタンパク質5jhl(左)と5lcv(右)

  
[左]ジカ特異抗体ZV-2が結合したジカウイルスのエンベロープタンパク質DIII 5kvd
[右]ジカ抗体Z006が結合したエンベロープタンパク質DIII 5vig(Chain A・B・G)


ジカウイルスのエキソヌクレアーゼ耐性RNA 5tpy



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