◆ Jmolで見るトピックス分子(16-2) ◆

No.401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760
→ 以下は今後改変: Vol.12345678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: ネオニコチノイド系農薬問題2014年にエボラ出血熱感染拡大危険ドラッグ

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。


  1. RCSB PDB 2017/08/23新規公開データより:5gtg Crystal structure of onion lachrymatory factor synthase (LFS) containing 1,2-propanediol [NEW!] ※他に5gte5gtf

    PDBデータ 5gtgのChain A・B(S-1,2-プロパンジオールが結合したタマネギの催涙因子合成酵素LFS)
    5gtgのChain A・B(S-1,2-プロパンジオールが結合したタマネギの催涙因子合成酵素LFS) PGO(S-1,2-プロパンジオール)選択
    ※参考(タマネギの催涙成分): syn-プロパンチアール-S-オキシド(syn-propanethial S-oxide) [Syn-Propanethial S-oxide - Wikipedia
    ※参考(タマネギやニンニクに含まれるにおい成分): アリシン(allicin) | アリイン(alliin;アリシンの前駆体)
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]S-1,2-プロパンジオールが結合したタマネギの催涙因子合成酵素(LFS)5gtgのChain A・B [右]タマネギの催涙成分 syn-プロパンチアール-S-オキシド


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. 今月の分子 213: サーチュイン(Sirtuins)(PDBj,2017/09) [NEW!]Molecule of the Month(PDB) ※5btrを以下に

    PDBデータ 5btrのChain A・D(レスベラトロールが結合したサーチュイン1〈SIRT1〉)
    Sirtuin - Wikipedia
    5btrのChain A・D(レスベラトロールが結合しSIRT1) STL(1-レスベラトロール)選択 Chain D選択 同PDBsumデータ5btr_STL[702(A)]$
    レスベラトロール(resveratrol) → 別トピック[1][2]

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    レスベラトロールが結合したサーチュイン1(SIRT1) 5btrのChain D(左)とそのPDBsumデータ(右)


  3. RCSB PDB 2017/09/06 新規公開データより:5ov9 Crystal structure of Acetylcholinesterase in complex with Crystal Violet [NEW!]

    PDBデータ 5ov9のChain A(クリスタルバイオレットが結合したアセチルコリンエステラーゼ)
    Acetylcholinesterase - WikipediaCrystal violet - Wikipedia
    5ov9のChain A#(クリスタルバイオレットが結合したアセチルコリンエステラーゼ) CVI(クリスタルバイオレット)選択 同PDBsumデータ5ov9_CVI[608(A)]$
    クリスタルバイオレット(crystal violet)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    クリスタルバイオレットが結合したアセチルコリンエステラーゼ 5ov9のChain A(左)とそのPDBsumデータ(右)


  4. iPS創薬、京大が初の治験承認 筋肉に骨できる難病で(朝日,2017/09/07) [NEW!]

    ラパマイシン(rapamycin)
    ラパマイシン(rapamycin)
    ※参考(ラパマイシンが結合したタンパク質例): 5gpg(ラパマイシンが結合したペプチジルプロリルシストランスイソメラーゼFKBP25と哺乳類ラパマイシン標的タンパク質〈mTOR〉のFRBドメイン) 同PDBsumデータ5gpg_RAP$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    ラパマイシンおよびそれを含む参考PDBデータ5gpg(ラパマイシンが結合したペプチジルプロリルシストランスイソメラーゼFKBP25とmTOR)と同PDBsumデータ


  5. RCSB PDB 2017/09/20 新規公開データより:5tv4 3D cryo-EM reconstruction of nucleotide-free MsbA in lipid nanodisc [NEW!] ※他に5ttp

    PDBデータ 5tv4(フリッパーゼMsbA)
    Flippase - WikipediaATP-binding cassette transporter - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ABC輸送体(フリッパーゼ)MsbA 5tv4


  6. The Nobel Prize in Chemistry 2017(Nobelprize.org,2017/10/09) [NEW!] ※受賞者の1人Joachim Frankによる最近のPDBデータ例5vhzを以下に(Neuron論文

    PDBデータ 5vhz(キスカル酸が結合したAMPA型グルタミン酸受容体)
    Glutamate receptor - WikipediaAMPA receptor - WikipediaQuisqualic acid - Wikipedia
    5vhz(キスカル酸が結合したAMPA型グルタミン酸受容体) QUS(キスカル酸)選択 同PDBsumデータ5vhz_QUS$
    ※参考(クライオ電子顕微鏡によるZikaウイルスの構造例) → Jmolで見るジカウイルス
    5h37の720量体(Chain ABCDEFGHIKLM×60〈α炭素とHETATMのみ〉;Fab C10と構造タンパク質Mが結合したジカウイルスの構造) 構造タンパク質M(Chain D・E・F)選択 C10 IgG重鎖(Chain G・I・K)選択 C10 IgG軽鎖(Chain H・L・M)選択 ※同時公開に5h305h32オリジナルデータ(gz形式)
    5ireの60量体(Chain A-F×10〈α炭素とHETATMのみ〉;ジカウイルスの構造) ※オリジナルデータ(gz形式)
    5iz7の360量体(Chain A-F×60〈α炭素とHETATMのみ〉;ジカウイルスの構造) ※オリジナルデータ(gz形式)
    5u4wの360量体(Chain A-F×60〈α炭素とHETATMのみ〉;未成熟なジカウイルスの構造) ※オリジナルデータ(gz形式)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    2017年ノーベル化学賞受賞者の1人J. FrankによるPDBデータ例5vhz(キスカル酸が結合したAMPA型グルタミン酸受容体)とそのPDBsumデータ

        
    クライオ電子顕微鏡によるZikaウイルスの構造例:5ire(左) 5iz7(中) 5u4w(右;未成熟なジカウイルス) ※いずれも360量体(Chain A-F×60;α炭素とリガンドのみ


  7. RCSB PDB 2017/10/11 新規公開データより:5tv4 a novel 13-ring macrocyclic HIV-1 protease inhibitors involving the P1'-P2' ligands [NEW!]

    PDBデータ 5wlo(新規大環状阻害剤が結合したHIV-1プロテアーゼ)
    HIV-1 protease
    5wlo(新規大環状阻害剤が結合したHIV-1プロテアーゼ) GR7(環状阻害剤)選択
    ※参考(他の阻害剤が結合したHIV-1プロテアーゼ例): 1ohr(ネルフィナビル〈メシル酸ネルフィナビル〉が結合したHIV-1プロテアーゼ) 同PDBsumデータ1ohr_1UN$ネルフィナビル(nelfinavir,NFV)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    新規大環状阻害剤が結合したHIV-1プロテアーゼ5wlo


「生活環境化学の部屋」ホームページJmol版「分子の学習帳」