◆ Jmolで見るトピックス分子(16-3) ◆

No.401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770
→ 以下は今後改変: Vol.12345678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: ネオニコチノイド系農薬問題2014年にエボラ出血熱感染拡大危険ドラッグ

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。


  1. 新刊:Alberts / Johnson / Lewis / Morgan / Raff / Roberts / Walter 著,:中村桂子・松原謙一 監訳,「THE CELL 細胞の分子生物学 第6版」,ニュートンプレス(2017)

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    「細胞の分子生物学 第6版」に出てくる生体分子名を検索!!

    PDBデータ 1lyd(T4リゾチーム)

    p.6 リゾチーム:1lyd(T4リゾチーム)
    p.12 チューブワーム《チューブワーム由来タンパク質例》:チューブワーム由来1yhu  同Chain A 同PDBsum1yhu_HEM-OXY(A鎖) $ → ヘモグロビンチューブワーム関連データのSITE例
    p.123 ヘモグロビン《上掲書ではPDB 2DHB》:4hhb A鎖(ヘモグロビンα) 同 B鎖(ヘモグロビンβ)  2hhb A鎖(ヘモグロビンα) 同4量体 | PDBsumデータ2hhb_HEM(A鎖) $ 2hhb_HEM(B鎖;ヘモグロビンβ)$ → ヘモグロビン
    p.832 GPCR:3p0g(β2アドレナリン受容体(β2AR)-ナノボディ〈ラクダの抗体分子〉複合体,Kobilkaらによる) 同PDBsumデータ3p0g_P0G$ → GPCR - 2012年ノーベル化学賞
    p.1299 Toll様受容体《上掲書ではTLR3のPDB 1ZIW》:3ciy(Toll様受容体TLR3;二重らせんRNAを含む) → Toll様受容体

    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 同backbone選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    T4リゾチーム
    1lyd(水色の楕円が触媒部位)


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. RCSB PDB 2017/11/15 新規公開データより:5mjq Single-shot pink beam serial crystallography: Phycocyanin (One chip)

    PDBデータ 5mjqの12量体(Chain A・B×6;フィコシアノビリンが結合したC-フィコシアニン)
    Phycocyanin - WikipediaPhycocyanobilin - Wikipedia
    5mjqの12量体(Chain A・B×6;フィコシアノビリンが結合したC-フィコシアニン) CYC(フィコシアノビリン)選択 同PDBsumデータ5mjq_CYC[501(A)]$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]フィコシアノビリンが結合したC-フィコシアニン5mjqの12量体(Chain A・B×6;CPK色がフィコシアノビリン,黄色はN-メチルアスパラギン) [右]同PDBsumデータ例


  3. RCSB PDB 2017/11/22 新規公開データより:5w99 Pyridine synthase, PbtD, from GE2270 biosynthesis bound to TSP

    PDBデータ 5w99(ピリジンシンターゼPbtD)
    5w99(ピリジンシンターゼPbtD) A1V選択 同PDBsumデータ5w99_A1V$
    ※参考:ピリジン(pyridine)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    ピリジンシンターゼPbtD 5w99とそのPDBsumデータ(左・中),およびピリジン(右)


  4. RCSB PDB 2017/11/29 新規公開データより:5wrc Crystal structure of proteinase K from Engyodontium album ※他に5wr8(ソーマチン/ソウマチン/タウマチン。5wr9・5wra・5wrbは未公開)

    PDBデータ 5wrc(プロテイナーゼK)
    Proteinase K - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    プロテイナーゼK 5wrc


  5. 今月の分子 216: 生分解性プラスチック(Biodegradable Plastic)(PDBj,2017/12)Molecule of the Month(PDB) ※3vzsを以下に

    PDBデータ 3vzs(アセトアセチル-CoAが結合したアセトアセチル-CoA還元酵素)
    Biodegradable Plastic - Wikipedia
    3vzs(アセトアセチル-CoAが結合したアセトアセチル-CoA還元酵素) CAA(アセトアセチル-CoA)選択 同PDBsumデータ3vzs_CAA$
    ※生分解性プラスチックの例: ポリ乳酸(ポリ-L-乳酸,PLLA)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    アセトアセチル-CoAが結合したアセトアセチル-CoA還元酵素 3vzsとそのPDBsumデータ


  6. RCSB PDB 2017/12/06 新規公開データより:5x5m Crystal structure of a hydrolase encoded by lin2189 from Listeria innocua

    PDBデータ 5x5mのChain A((+)-ヤタケマイシンが結合したlin2189タンパク質)
    5x5mのChain A((+)-ヤタケマイシンが結合したlin2189タンパク質) 7YU((+)-ヤタケマイシン)選択 同PDBsum5x5m_7YU$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    (+)-ヤタケマイシンが結合したlin2189タンパク質 5x5mのChain AとそのPDBsumデータ


  7. 新刊:ベンジャミン・マクファーランド 著,渡辺 正 訳,「星屑から生まれた世界 進化と元素をめぐる生命38億年史」,化学同人(2017)

      

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    「星屑から生まれた世界」に出てくる分子・生体分子名などを検索!!(光合成,鉄硫黄クラスターなども)

    4種類のテトラピロール(コエンザイムF430,ヘムb,ビタミンB12,クロロフィルa)
    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 同backbone選択
     HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 
    カバー裏/p.161ほか 天然の金属ポルフィリン類(コエンザイムF430,ヘムb,ビタミンB12,クロロフィルa)《金属のパワーを変えたハチマキ》:4種類のテトラピロール(コエンザイムF430,ヘムb,ビタミンB12,クロロフィルa)
    p.14 核酸塩基(A・T・G・C):A-TG-C → DNAとRNAのいろいろな姿
    p.16 Mg2-ATP《リン酸の相棒:マグネシウム》:Mg2-ATPを含むPDBデータ例3umoのChain A(ホスホフルクトキナーゼ2) 同PDBsum3umo_ATP[313(A)] $ → ヘモグロビン生体分子の構成元素
    p.122ほか 鉄硫黄クラスター《鉄-硫黄(Fe-S)中心を含む「電線」の例》:Fe2S2・Fe4S4・Fe3S4(以上2wqyより),Fe8S73minより),黄鉄鉱(pyrite)部分構造の同時表示 | 黄鉄鉱(pyrite;FeS2,“俗称「愚者の金」”)部分構造 → 鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例
    p.123ほか ヘモグロビン《有能なスイッチヒッター:鉄》:4hhb A鎖(ヘモグロビンα) 同 B鎖(ヘモグロビンβ)  2hhb A鎖(ヘモグロビンα) 同4量体 | PDBsumデータ2hhb_HEM(A鎖) $ 2hhb_HEM(B鎖;ヘモグロビンβ)$ → ヘモグロビン
    p.126 チューブワーム《ブラックスモーカーと生命》:チューブワーム由来タンパク質例1yhu(ヘモグロビン) 同Chain A 同PDBsum1yhu_HEM-OXY(A鎖) $チューブワーム由来ヘモグロビン1yhu(左)とヒトヘモグロビン1hho(4量体;右) → ヘモグロビンチューブワーム関連データのSITE例
    p.146ほか Mo・W《太古の海中なら…モリブデンMo,タングステンWが使えた》:Mo含む例 ニトロゲナーゼ5ijyのPDBsumデータ5ijy_ICS(HCA含む)$5ijyのChain A・B ‖ W含む例 オーロン合成酵素4z12のPDBsumデータ4z12_TEW(Te含む) → モリブデン化合物,タングステン化合物を含む生体分子のSITE例
    p.191 光化学系IIの水分解複合体《水分解の心臓部》: “歪んだ椅子”構造例3arcのPDBsumデータ 3arc_OEX(Mn4CaO5クラスター;水4分子追加)*$3arcのChain A(Thermosynechococcus vulcanusの光化学系II;現在3arcは3wu2に更新) Mn4CaO5クラスター選択 → 光合成 光化学系IIの部分構造例(“歪んだ椅子”)
    p.208 窒素利用の苦労と恵み《N≡N 三重結合はとにかく強い》:N≡N(窒素分子) | N2 + 3 H2 -→ 2 NH3 → 窒素から見る生命の世界
    p.212 ニトロゲナーゼ《窒素N2を還元する天然の鉄-モリブデン複合体》:ニトロゲナーゼ5cx1のPDBsumデータ5cx1_ICS$ ([MoFe]コファクター;HCA含む) | 同データのp.212図8.3類似部分以外消去 → 鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例参考文献[1][2]
    pp.251-252 コレステロール(他にp.195など)/テストステロン/エストロゲン《酸素つくるシグナル分子》:コレステロール テストステロン 17β-エストラジオール(エストロゲンの例) → 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝

      
    [左]4種類のテトラピロール [右]ニトロゲナーゼ5ijyのPDBsumデータ(鉄硫黄クラスター


  8. SACLAで酵素反応の可視化を実現 −生体内で起こる化学反応を原子レベルで見る−(SPring-8,2017/11/17) ※2017/12/06公開データ5y5f5y5lから5y5i(PDBsumのみ)・5y5kを下掲

    PDBデータ 5y5kのChain A(一酸化窒素が結合した一酸化窒素還元酵素〈シトクロムP450nor〉;NADH非存在下,光照射20ms後)
    5y5kのChain A(一酸化窒素が結合したシトクロムP450nor;NADH非存在下,光照射20ms後) NO(一酸化窒素)選択 HEM(ヘム)選択 同PDBsumデータ5y5k_HEM-NO$
    5y5i(一酸化窒素が結合したシトクロムP450nor;NADH存在下,光照射20ms後)のPDBsumデータ5y5i_HEM-NO$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    [左・中]一酸化窒素が結合したシトクロムP450nor 5y5kのChain A(NADH非存在下,光照射20ms後)とそのPDBsumデータ〈鉄-N-O角156°〉
    [右]同5y5iNADH存在下,光照射20ms後)のPDBsumデータ〈鉄-N-O角159°〉


  9. 構造生物学: TRPMチャネルの構造を見る(Nature ハイライト,2017/12/14) ※下記2研究紹介(何れも2017/12/13公開のTRPM4チャネルのPDBデータ,同日にTRPM8チャネルの6bpqも公開)

    PDBデータ 5wp6(デカバナジン酸結合したTRPM4チャネル)
    5wp6(デカバナジン酸が結合したTRPM4チャネル) 同PDBsumデータ5wp6_DVT[2002(A)]$
    6bco(ATPが結合したTRPM4チャネル)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    デカバナジン酸が結合したTRPM4チャネル 5wp6とそのPDBsumデータ例


  10. システインから無機硫黄を取り出す酵素反応の瞬間を捉える! −亜鉛の化学結合を鍵とするユニークな硫黄代謝機構を解明−(埼玉大学,2017/12/15) ※2017/12/20公開の5xt5(下掲)・5xt6および2017/12/13公開の5wt2(下掲)・5wt45wt55wt6

    PDBデータ 5xt5(システイン脱硫酵素SufS-SufU複合体)
    5xt5(システイン脱硫酵素SufS-SufU複合体) PLP(ビタミンB6リン酸塩;ピリドキサールリン酸)選択 同PDBsumデータ5xt5_PLP$ 5xt5_ZN$ 5xt5_ZN+Cys41[D]$
    5wt2(システイン脱硫酵素IscS) 同PDBsumデータ5wt2_PLP$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    左からシステイン脱硫酵素SufS-SufU複合体 5xt5とシステイン脱硫酵素IscS 5wt2,およびそれぞれのPDBsumデータ(左端図についてはプレスリリース図(a)参照)


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