◆ Jmolで見るトピックス分子(Vol.6) ◆
最新版
※初期表示はToll様受容体の構造例3ciy(二重らせんRNAを含む)

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Vol.1(No.1-50)2(51-100)3(101-150)4(151-200)5(201-250)
  1. PDBデータ 3th5*(Rac1〈Rhoファミリーの低分子量Gタンパク質;野生型〉) [RAC1 - WikipediaRho family of GTPases - Wikipedia
  2. PDBデータ 3vr3(V1-ATPase〈A3B3複合体〉) [V-ATPase - Wikipedia
  3. ラパチニブ(lapatinib) ‖ PDBデータ 3bbt(チロシンキナーゼErbB4;ラパチニブが結合) [Lapatinib - Wikipedia
  4. PDBデータ 3iyr(転移伝令RNA) [Transfer-messenger RNA - Wikipedia
  5. スクアレン・コレステロール・テトラヒマノール・ホパノイド例の同時表示 | スクアレン | コレステロール | テトラヒマノール | ホパノイドの例 [Squalene - WikipediaCholesterol - WikipediaHopanoids - Wikipedia
  6. テルペンドールE(terpendole E)
  7. Cs検出用蛍光プローブ(NIMS開発)
  8. PDBデータ 3sldのChain A・C#(ノロウイルスのカプシド) [Norovirus - WikipediaCapsid - Wikipedia
  9. PDBデータ 3oz2(ジゲラニルゲラニルグリセロリン脂質レダクターゼ) OZ2(脂質)選択 FAD(フラビンアデニンジヌクレオチド)選択 同PDBsumデータ 3oz2_OZ2$ [Archaea - WikipediaLipid bilayer - Wikipedia
  10. PDBデータ 3i0g(糖転移酵素) 同PDBsumデータ 3i0g_UDP-GAL$PDBデータ 1lzi(糖転移酵素) 同PDBsumデータ 1lzi_UDP$(UDP-GAL) [Glycosyltransferase - Wikipedia
  11. PDBデータ 1mg4(Dclk1;ダブルコルチン様キナーゼ1〈N末端ドメイン〉) [DCLK1 - Wikipedia
  12. 2lnlのModel 1(ケモカイン受容体CXCR1;IL-8A受容体の別名) [Chemokine receptor - WikipediaCXC chemokine receptors - Wikipedia
  13. PDBデータ 3myrのChain A・B(Ni-Feヒドロゲナーゼ) 同PDBsumデータ 3myr_NFV$([Ni-Fe]活性中心) [Hydrogenase - Wikipedia
  14. チゲサイクリン(tigecycline) [Tigecycline- Wikipedia] ‖ アビソマイシンC(abyssomicin C)
  15. PDBデータ 1db1(ビタミンD受容体) 同PDBsumデータ 1db1_VDX$(1,25-ジヒドロキシビタミンD3) [Nuclear receptor - WikipediaCalcitriol receptor - Wikipedia
  16. PDBデータ 1h2s(センソリーロドプシンII) Chain A [Sensory rhodopsin II - Wikipedia
  17. PDBデータ 3sn6(β2アドレナリン受容体(β2AR)-Gsタンパク質複合体;GPCR) ‖ 3pqr*#(メタロドプシンII) [G protein-coupled receptor - Wikipedia
  18. PDBデータ 4dvy(ピロリ菌がんタンパク質CagA) 塩基性アミノ酸残基(Lys,Arg,His)選択 [Helicobacter pylori - WikipediaCagA - Wikipedia
  19. PDBデータ 4fb2のChain A(P450) [Cytochrome P450 - Wikipedia
  20. オフタルミン酸 (ophthalmic acid, ophthalmate) [Ophthalmic acid - Wikipedia
  21. PDBデータ 1gruのChain O〜U(分子シャペロンのGroES;1gruからGroEL部分を除いたもの) [Chaperone (protein) - Wikipedia] ‖ テプレノン(teprenone;セルベックスの一般名) [Teprenone - Wikipedia
  22. キサントマチン(xanthommatin,還元型;異性体あり) [Xanthommatin reductase - Wikipedia
  23. (+)-フクゲチン((+)-fukugetin)
  24. PDBデータ 2dts#(IgG1抗体のFcフラグメント;フコース低減〈ポテリジェント〉) フコース低減PDBsumデータ 2dts_01(NAG-NAG-BMA-MAN-MAN-NAG)$#フコース含むPDBsumデータ 3ave_01(NAG-NAG-BMA-MAN-NAG-MAN-NAG-FUC)(アミノ酸の結合表示不調)$# [Mogamulizumab - WikipediaMonoclonal antibodies - Wikipedia
  25. フェブキソスタット(febuxostat) [Febuxostat - Wikipedia
  26. PDBデータ 4e99(血清アルブミン;パーフルオロオクタンスルホン酸含む) 同PDBsumデータ 4e99_P8S$(パーフルオロオクタンスルホン酸) [Perfluorooctanesulfonic acid - Wikipedia
  27. PDBデータ 3u5zのChain A-J(T4ファージのスライディングクランプ,クランプローダー) クランプ(F-G鎖)選択 [DNA clamp - Wikipedia
  28. PDBデータ 3min(ニトロゲナーゼ) 同PDBsumデータ 3min_CLF$(8Fe-7Sクラスター) 同PDBsumデータ 3min_HCA-CFM$([MoFe]コファクター) [Nitrogenase - Wikipedia
  29. PDBデータ 4dkl*(μオピオイド受容体) リガンドBF0選択 [mu Opioid receptor - WikipediaPDBデータ 2rh1*(アドレナリン受容体) リガンドCAU選択 → μオピオイド受容体関連別トピック
  30. ヘキサメチレンテトラミン(hexamethylenetetramine) [Hexamethylenetetramine - Wikipedia] | ホルムアルデヒド(formaldehyde) [Formaldehyde - Wikipedia
  31. PDBデータ 2yflのChain A-F(ビフェニルジオキシゲナーゼ;2-クロロベンゾフラン〈ダイオキシン類〉,鉄硫黄クラスターFe2S2含む) 同PDBsumデータ 2yfl_DC4$
  32. PDBデータ 2fk0のChain A-F#(H5N1インフルエンザウイルスのヘマグルチニン) Chain A・B# A鎖のAsn158・Asn224・Gln226・Thr318選択 [Hemagglutinin (influenza) - Wikipedia
  33. PDBデータ 3sn6(β2アドレナリン受容体(β2AR)-Gsタンパク質複合体;GPCR) 同PDBsumデータ 3sn6_P0G$ [Adrenergic receptor - WikipediaG protein - WikipediaG protein-coupled receptor - Wikipedia
  34. PDBデータ 1ewkのChain A#(代謝型グルタミン酸受容体;グルタミン酸が結合) 同PDBsumデータ 1ewk_G39$(下記論文の甘味物質結合部分ではない) リガンドGLU選択 [Glutamate receptor - Wikipedia
  35. PDBデータ 2az5のChain A・B(TNF-α〈腫瘍壊死因子α〉;阻害剤含む) Leu選択(消去用;C末端のLeu) [Tumor necrosis factors - Wikipedia
  36. PDBデータ 5p21(Rasタンパク質) [Ras subfamily - Wikipedia
  37. PDBデータ 2hu4のChain A(N1ノイラミニダーゼ;オセルタミビル〈タミフル〉の活性代謝物GS4071が結合) 同PDBsumデータ 2hu4_G39$ [Neuraminidase - WikipediaOseltamivir - Wikipedia
  38. PDBデータ 3vkhのChain A・C(ダイニン) [Dynein - Wikipedia
  39. PDBデータ 4dww(ナットウキナーゼ) [Nattokinase - Wikipedia
  40. PDBデータ 1e79(ATP合成酵素 F1サブユニット;ミトコンドリア由来) F1β(D-F鎖)選択 同D鎖 同PDBsumデータ 1e79_ATP$ [ATP synthase - Wikipedia
  41. PDBデータ 1f88のChain A#(ウシロドプシン) [Rhodopsin - Wikipedia
  42. カプロン酸エチル(ethyl caproate;ヘキサン酸エチル ethyl hexanoate) [Ester - Wikipedia
  43. PDBデータ 3u6y(Alba2-DNA複合体)
  44. PDBデータ 3rze*(ヒスタミンH1受容体;ドキセピン含む(5EHとD7Vの2構造重ね合わせ)) 5EH(3E体)消去 D7V(3Z体)消去 同PDBsumデータ 3rze_5EH-D7V$  5EH(3E体)のみ表示 D7V(3Z体)のみ表示 [Histamine H1 receptor - WikipediaDoxepin - Wikipedia
  45. PDBデータ 3ciy#(Toll様受容体;二重らせんRNAを含む) [Toll-like receptor - Wikipedia
  46. PDBデータ 1l8t(アミノグリコシドホスホトランスフェラーゼ;カナマイシンAが結合) カナマイシンA選択 [Phosphotransferase - WikipediaCategory:Aminoglycoside antibiotics - Wikipedia
  47. エベロリムス(everolimus) [Everolimus - Wikipedia
  48. PDBデータ 3vg9(アデノシンA2a受容体と抗体フラグメントFabの複合体) [G protein-coupled receptor - WikipediaAdenosine A2A receptor - Wikipedia
  49. PDBデータ 3ayg(一酸化窒素レダクターゼ) [Nitric-oxide reductase - Wikipedia
  50. PDBデータ 3ug9の2量体(チャネルロドプシン,光駆動性陽イオンチャネル) レチナール選択 同PDBsumデータ 3ug9_RET$ 3ug9_RETs(3ug9_RETにGlu162追加) [Channelrhodopsin - Wikipedia

バックボーン 二次構造 | DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) (*印のみ)
空間充填 球棒 球10% 球25% 球30% 球60% スティック スティック(太) 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色 ‖ 濃赤 濃青  ピンク 濃ピンク   
糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcAAsn,Ser,Thr選択 | Asn Ser Thr
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示S-S結合表示   背景・黒 灰 白 
 Chain選択: A B C D E F G H I J K L M N O P Q R


アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!



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