◆ Jmolで見るトピックス分子(Vol.4) ◆
最新版
※初期表示はエリブリン

本サイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。データ番号と資料番号が対応しているほか,[ ]の事項クリックで関連情報やブログエントリーにジャンプします。
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Vol.1(No.1-50)2(No.51-100)3(No.101-150)
  1. エリブリン(eribulin,E7389) [Eribulin - Wikipedia
  2. PDBデータ 3apo(ERdj5)
  3. クマリン [Coumarin - Wikipedia] ‖ 参考:クマリンを含むPDBsumデータ例 2pwb_COU$(プロテイナーゼK)
  4. cis-ウイスキーラクトン trans-ウイスキーラクトン
  5. PDBデータ 1melのChain A・L*(ナノボディ〈単一ドメイン抗体〉;A鎖がナノボディ,L鎖はリゾチーム) [今月の分子 2011/04(PDBj)Single-domain antibody - Wikipedia
  6. PDBデータ 2x8m(コリン結合タンパク質;抗コリン薬イプラトロピウム結合) X8M(イプラトロピウム)選択 [Ipratropium bromide - Wikipedia
  7. PDBデータ 3pqr*#(ロドプシン;Choeらによる) ‖ 2x72*#(同;Standfussらによる) [Rhodopsin - WikipediaG protein-coupled receptor
  8. PDBデータ 2y3w(SAS-6) [SASS6 - Wikipedia
  9. PDBデータ 3aicのChain A(グルカンスクラーゼ〈GSase〉;阻害剤アカルボース結合) アカルボースのSITE選択 同PDBsumデータ 3aic_ACR$ [Glucansucrase - WikipediaAcarbose - Wikipedia
  10. PDBデータ 3pcvの3量体(Chain A×3;ロイコトリエンC4合成酵素) 同PDBsumデータ 3pcv_GTT$ GTT(グルタチオン)選択 [Leukotriene C4 synthase - Wikipedia
  11. テトラシラシクロブタジエン(4つのEMind基結合)
  12. ジフェンヒドラミン(diphenhydramine) [Diphenhydramine - Wikipedia] ‖ 参考:ジフェンヒドラミンを含むPDBデータ 2aot(ヒスタミン-N-メチルトランスフェラーゼ) 同PDBsumデータ 2aot_2PM$ [Histamine N-methyltransferase - Wikipedia
  13. PDBデータ 2om2のChain A・B(Gタンパク質Gαi1〈A鎖〉,RGS14〈B鎖〉) [RGS14 - Wikipedia
  14. PDBデータ 3os1の10量体(Chain ABCDT×2;プロトタイプ泡沫状ウイルス〈PFV〉のインテグラーゼとDNA) | 1qs4のChain A(HIVウイルスのインテグラーゼ;阻害剤5CITEP含む) [Integrase - Wikipedia
  15. オクタデシルジメチル(3-トリメトキシシリルプロピル)アンモニウムクロリド〔octadecyldimethyl(3-triethoxysilypropyl) ammonium chloride〕
  16. テキサノール(Texanol〈2,2,4-trimethyl-1,3-pentanediol monoisobutyrate〉;異性体あり)
  17. リバスチグミン(rivastigmine) [Rivastigmine - Wikipedia] ‖ 参考:リバスチグミンの脱離基のSITE例PDBsumデータ 1gqr_SAF$(アセチルコリンエステラーゼ;SITEにEMMも含む)
  18. PDBデータ 3alwの4量体#(Chain A×4;麻疹ウイルスのヘマグルチニン,Form I) [Measles hemagglutinin - Wikipedia
  19. バニリン(vanillin) [Vanillin - Wikipedia] ‖ 参考:バニリンを含むPDBsumデータ例 2vss_V55(PDBsumデータからアセチルCoA削除)$
  20. ペントバルビダール(pentobarbital) [Pentobarbital - Wikipedia
  21. PDBデータ 1xg0(集光性タンパク質フィコエリトリン〈フィコエリスリン〉) 同PDBsumデータ 1xg0_PEB$ PEB(フィコエリスロビリン)選択 [Phycoerythrin - WikipediaPhycoerythrobilin - Wikipedia
  22. ロラタジン(loratadine) [Loratadine - Wikipedia
  23. PDBデータ 1mjv(細胞増殖因子A〈VEGF-A〉) [Vascular endothelial growth factor - Wikipedia] // 参考:t-PA(組織プラスミノゲンアクチベーター)のPDBデータ例 1a5hのChain A・C [Tissue plasminogen activator - Wikipedia
  24. PDBデータ 1xk4のChain A-D(カルシウム結合タンパク質 カルプロテクチン;A・B鎖がS100A8,C・D鎖がS100A9)
  25. PDBデータ 3pcq(好熱性シアノバクテリアBP-1の光合成光化学系I) 同36量体(Chain A-F・I-M・X×3;α炭素のみ)
  26. PDBデータ 3eqm*(アロマターゼ,P450 19A1;アンドロステンジオンが結合) [Aromatase - Wikipedia
  27. PDBデータ 3fcs#(インテグリンαIIbβ3) [Integrin - Wikipedia
  28. PDBデータ 2f10*(ノイラミニダーゼ;ペラミビル〈peramivir〉含む) 同PDBsumデータ 2f10_BCZ$ [Neuraminidase - WikipediaPeramivir - Wikipedia
  29. フルベンジアミド(flubendiamide)
  30. PDBデータ 1e79(ATP合成酵素 F1部分;ミトコンドリア由来) 同PDBsumデータ 1e79_ATP$ [Mitochondrion - WikipediaATP synthase - Wikipedia
  31. PDBデータ 3id5(リボソームタンパク質L7AeとRNA;C・G鎖がL7Ae) 同Chain C・D [Ribosome - Wikipedia
  32. PDBデータ 3nkr#(オートタキシン) NKR(22:6-LPA)選択 [Autotaxin - WikipediaG protein-coupled receptor - Wikipedia
  33. ロキソプロフェン(loxoprofen;異性体あり) [Loxoprofen - Wikipedia
  34. イミダクロプリド(imidacloprid) ‖ PDBデータ 3c79*(アセチルコリン結合タンパク質;ネオニコチノイド系農薬イミダクロプリドが結合) [Neonicotinoid - WikipediaImidacloprid - Wikipedia
  35. PDBデータ 3po7のChain A(モノアミンオキシダーゼB;ゾニサミドが結合) [Monoamine oxidase - WikipediaZonisamide - Wikipedia
  36. PDBデータ 1om4(神経性一酸化窒素合成酵素) [今月の分子 2011/01(PDBj)Nitric oxide synthase - Wikipedia
  37. PDBデータ 3py4#(ラクトペルオキシダーゼ;アセトアミノフェン含む) [Lactoperoxidase - WikipediaParacetamol - Wikipedia
  38. PDBデータ 1gtcのModel 1(DNA-RNAハイブリッド,岡崎フラグメント;重複座標データ削除) RNA選択 [Okazaki fragment - Wikipedia
  39. トリニトラミド(trinitramide) [Trinitramide - Wikipedia
  40. キサントプテリン(xanthopterin) [Xanthopterin - Wikipedia
  41. コウミン(koumine)
  42. PDBデータ 2j25*#(イミグルセラーゼ) [Imiglucerase - WikipediaGaucher's disease - Wikipedia
  43. PDBデータ 3aih#(レクチンOS-9) [Lectin - Wikipedia
  44. PDBデータ 3ahq(ヒト由来ジスルフィド結合形成酸化酵素Ero1)
  45. テトラブロモビスフェノールA(tetrabromobisphenol A) [Tetrabromobisphenol A - Wikipedia
  46. PDBデータ 1yhu(ヘモグロビン;チューブワーム由来) [Lamellibrachia - Wikipedia] ‖ 1jhd(ATPスルフリラーゼ;チューブワームに共生する硫黄酸化細菌由来)
  47. PDBデータ 1kacの6量体(Chain AB×3;アデノウイルス) [今月の分子 2010/12(PDBj)Adenoviridae - Wikipedia
  48. スフィンゴシン-1-リン酸(sphingosine-1-phosphate,S1P) [Sphingosine-1-phosphate - Wikipedia
  49. DNA部分構造のPAsに変更したデータ(座標はそのまま;As型DNAの模擬構造) | 1d66Chain D・Eの同様変更データ As選択 ※何れも水素結合表示は不可
  50. 3aoiのChain A-E・P・Q・X(RNAポリメラーゼ,Gfh1,DNA,RNA) [RNA polymerase - Wikipedia

バックボーン 二次構造 | DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) (*印のみ)
空間充填 球棒 球10% 球25% 球30% 球60% スティック スティック(太) 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色 ‖ 濃赤 濃青  ピンク 濃ピンク   
糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcAAsn,Ser,Thr選択 | Asn Ser Thr
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示S-S結合表示   背景・黒 灰 白 
 Chain選択: A B C D E F G H I J K L M N O P Q R



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