◆ DNAとRNAのいろいろな姿(Jmol版) ◆
※初期表示は1d66のChain D・E
《 2007/12/27作成開始 | トピックス


A-DNAの例116dのPQSによる二量体

■DNA
DNA部分構造例
116d* [A-DNA]PQSによる二量体*Wikipedia参照
151dの部分 [抗がん剤アドリアマイシンのインターカレーション]
1a02のChain A・B・F・J Leu選択 [Leucine Zipper]
1bceのModel 1 [DNA三重らせん構造]
1bna* [B-DNA]今月の分子(PDBj)参照
1d66のChain D・E
1db6のModel 1 [DNAアプタマー]
1dxaの部分 [ベンツピレン代謝物のインターカレーション]
1eqz* [ヌクレオソームコア]
1gtcのModel 1 [岡崎フラグメント]
1hcqのChain A・B・C・D [Zinc Finger]
1iv6のModel 1 | TTAGGGの例 [テロメア]
1jdg [ベンツピレン代謝物のインターカレーション]Wikipedia参照
1jes* [Z-DNA]
1kf1*TTAGGGの例 [テロメア,G-四重らせん構造]
1n4eのChain A・B [チミンダイマー]
1pnn* [PNA(ペプチド核酸)/DNA]
1tupのChain B・E・F [がん抑制遺伝子p53,Zinc Finger]
1wqz*(D2O) [B-DNA,中性子回折]
2a5pのModel 1 [MYC DNA,G-四重らせん構造]
2acj [B-DNA,Z-DNA]Wikipedia参照
2bna* [B-DNA]Wikipedia参照
2et0*PQSによる三量体 [three-way DNA junction]
2hto* [Z-DNA]
2jskのModel 1 [テロメア,G-四重らせん構造]
2rpfのModel 1 [RecO-DNA(Synthetic construct);原子No.50・119削除]理研資料参照
2z2gのModel 1 [複素芳香族アミンIQのインターカレーション]
2zke* メチル化シトシンの塩基選択 [UHRF1,DNAメチル化]
330d* [B-DNA]
3gbiの12量体(A-D鎖×3) [人工設計DNA結晶]今月の分子参照
3gom* [ホリデイジャンクション(Holliday junction)]
3mfi [DNAポリメラーゼη〔Polη〕,チミンダイマー;タンパク質A鎖は座標2種のうちAのみ] [NEW!] 同PDBsumデータ 3mfi_DTP$(dATP+チミン二量体+DOC) cis-syn チミン-チミン(T-T)二量体選択
5zna [Z-DNA(理論形)]


《参考》DNA部分構造例(mol形式データは塩基色表示ができません)
A-Tx2_G-Cx2  A-T_G-C(mol形式;以下の2データの同時表示)
A-T 同mol形式
G-C 同mol形式

■RNA ※参考:コドンと遺伝暗号表
1asyのChain A・R [tRNAAspとAspRSの複合体]
1g59のChain A・B [tRNAGluとGluRSの複合体]
1gixのChain B・C・1 [A-siteおよびP-site tRNAPheとA- and P-site mRNA codons]
1ml5のChain B・C [P-site tRNAPheとA- and P-site mRNA codons]
1mme [ハンマーヘッド型リボザイム]
1r9f* [siRNA(低分子干渉RNA)]Molecule of the Month参照
1wz2のChain A・C ‖ 2bytのChain A・B [ロイシルtRNA合成酵素LeuRSとtRNAの複合体]理研資料参照
2ckyのChain A [リボスイッチ,チアミン二リン酸(TPP),Os]
2dvi [CCA付加酵素]産総研資料参照
2ez6 [リボヌクレアーゼIII(二本鎖RNA特異的切断酵素)]Molecule of the Month参照
2oomのModel 1 [HIV-1,LNA/RNAアプタマー]
2zzm* SAM(S-アデノシルメチオニン)選択 [aTrm5-tRNA(tRNALeu)複合体]理研資料参照
2zzn* SAM(S-アデノシルメチオニン)選択 [aTrm5-tRNA(tRNACys)複合体]理研資料参照
3bnl* [ヘキサアンミンコバルト(III)塩]
3c44* [HIV-1,二本鎖RNA,二量化開始部位(DIS),パロモマイシン(アミノグリコシド系抗生物質)]
3c5d* [HIV-1,二本鎖RNA,二量化開始部位(DIS),リビドマイシン(アミノグリコシド系抗生物質)]
3c7r* [HIV-1,二本鎖RNA,二量化開始部位(DIS),ネオマイシン(アミノグリコシド系抗生物質)]
3ciy [二本鎖RNA(dsRNA),トール様受容体TLR3]
3d0u* [リボスイッチ,ヘキサアンミンイリジウム(III)塩]

■DNA+RNA
1hmhのChain A・B [RNA World]

■トピックス
●2006年 生理学医学賞関連/RNA干渉 → RNA干渉
2az0*
2b9zのModel 1

●2006年 化学賞関連/真核生物の遺伝情報転写 → 転写
1r9tChain A・N・R・Tのみ
1i6hChain A・D・Rのみ

◆2010年 NASAがCHNOAsS型生物発見
DNA部分構造のPAsに変更したデータ(座標はそのまま;As型DNAの模擬構造) | 1d66Chain D・Eの同様変更データ As選択 ※何れも水素結合表示は不可

バックボーン 二次構造 | DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 (*印のみ) HB選択($印のみ)
N選択 O選択 P選択 S選択
空間充填 球棒 球30% 球60% 球80% スティック スティック(太) 針金
CPK色 アミノ色 Chain色 ‖ Jmol色 Rasmol色
濃赤 濃青  濃ピンク 水色    灰色 濃い灰色 水灰色
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示S-S結合表示   背景・黒 灰 白 



DNAデータ例2bna


  
[左]A-TG-C [右]DNA・RNAの塩基部分の有機概念図



A-DNA,B-DNA,Z-DNA



中性子回折で求めたB-DNA構造例1wqz
※中性子解析では水素を重水素(Jmolでは薄い黄色で表示;未置換のものは白)に置換して水素・重水素の位置も求められる。




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