◆ 川上モデル|分子・結晶・リガンド模型 ◆
川上モデル(Kawakami Model)紹介2014年は世界結晶年!ecosci.jp 出前講座
→ 出展予定: 第5回 サイエンスセミナー in 江戸川大学(2017/07/28,流山市) [NEW!]科学発信!! Kumamoto(2017/10/21,熊本市) [NEW!]

  
結晶と非結晶,無生物と生物(Jmolカラー参照)


全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択
空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 DNA/RNA(ATGCUbackbone

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示
 
  
背景・黒 灰 白 
様々な結晶とタンパク質内の結晶もどき 
ダイヤモンド,石英(水晶),窒化ガリウム,塩化ナトリウムの結晶構造の同時表示
C 炭素(C)の同素体:ダイヤモンド,グラファイト,フラーレン(C60),カーボンナノチューブ(アームチェア型の例) → フラーレン
AuAgCu 金(Au)・銀(Ag)・銅(Cu)の結晶構造同時表示 | 金(Au) 銀(Ag) 銅(Cu
Fe 鉄(Fe;面心立方格子構造の結晶) | ※参考: 鉄(Fe;体心立方格子)
FeS 黄鉄鉱(pyrite;FeS2)部分構造 | Fe2S2・Fe4S4・Fe3S4(以上2wqyより),Fe8S73minより),黄鉄鉱(pyrite)部分構造の同時表示 → 2014年は世界結晶年!鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例

2017年制作のリガンド・分子・結晶群 [NEW!]新旧データ群の抜粋
As 1hyv_TTA
Au 5gu2の3量体(Chain名をM・Q・Uに変更) 金(Au)選択 同 中心のAu12原子 → Jmolトピック
Cu 1c9e_MP1
Fe 2hhb_HEM(ヘム) → ヘモグロビン
Hf 1o7t_HF5(リガンドのみ;アミノ酸の多くが遠方のため)
Mg 3arc_CLA[607(A)](クロロフィルa) → 光合成 光化学系IIの部分構造例
Mo 1ogp_MTQ → Mo化合物,W化合物を含む生体分子
P 4at1_ATP(ATP)
P 4pv1_OPC[205(B)](ジオレオイルホスファチジルコリン;リン脂質の例,クロロフィルaも含む) → Jmolトピック
W 1b25_PTT(鉄硫黄クラスターも含む) → Mo化合物,W化合物を含む生体分子
TeW 4z12_TEW → Mo化合物,W化合物を含む生体分子
◆環境問題編
Br デカブロモジフェニルエーテル(DBDE,BDE-209;分子ソフトで組み立て) → 新規POPs有害物質リスト
Cl 3,3',4,4',5-PeCB(分子ソフトで組み立て) H原子消去(川上モデルでは水素省略) → ダイオキシン類
Hg 塩化メチル水銀(分子ソフトで組み立て) H原子消去 → 水俣病
I 1y0x_T44(チロキシン) → 甲状腺ホルモンと受容体
ABS(アルキルベンゼンスルホン酸塩)の例 ドデシルベンゼンスルホン酸ナトリウム(DBS;分子ソフトで組み立て) H原子消去 → 界面活性剤の種類
ビスフェノールA 2e2r_2OH → 多様なリガンドを含むエストロゲン受容体および関連受容体等のSITE比較
◆その他
DNA部分構造例 A-TG-C H原子消去 → DNAとRNAのいろいろな姿
セルロースとアミロース セルロース(セロビオース単位×2)とアミロース(マルトース単位×2)の同時表示 → 代表的な高分子


Jmol colors

  

  



4ub6_OEX(Mn4CaO5クラスター)
I'/O'=2.1825
タンパク質選択 Mn4CaO5クラスター選択
空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

4tnh_OEX(Mn4CaO5クラスター)
I'/O'=2.3955
タンパク質選択 Mn4CaO5クラスター選択
空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 




アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!



3myr_SF4 (4Fe-4Sクラスター)
 
I'/O'=1.3867
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
 
空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 

4tkv_CLF(Fe(8)-S(7)クラスター)
 
I'/O'=0.801
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
 
空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 

4tkv_ICE [502(A)](Fe-Mo-Sクラスター;C〈格子間炭素〉含む)
※一酸化炭素と3-ヒドロキシ-3-カルボキシ-アジピン酸が結合
(I'/O'=0.889)
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
C-Fe-Mo-Sクラスター(CFe7MoS8)選択 一酸化炭素選択
空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 



クロロフィルa 3arc_CLA607s〔CLA以外のヘテロ分子削除〕
(光合成光化学系IIの部分構造;35件のCLA中から607番)
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
リガンド中N選択
空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 
光合成に関係する生体分子PDB 3ARC

ヘム 2hhb_HEM_A
(ヒトのデオキシヘモグロビン,A鎖から)
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
リガンド中N選択
空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 
ヘモグロビン

ビタミンB12〈シアノコバラミン〉 1n2z_CNC
(ビタミンB12輸送タンパク質)
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
リガンド中N選択
空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 
水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン

F430 3pot_F43〔COM含む;06Cは削除〕
(メチル補酵素Mレダクターゼ)
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
リガンド中N選択 F43(F430)選択
空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 
 

    
[左]4分子同時表示  [中・右]1n2z_CNC



Colors - Jmol


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