◆ 鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例 ◆
生命を知り生命に学ぶ金属原子を含む生体分子のSITEデータ集
バイオミネラルとして鉄Feを含むPDBデータ1TKPのSITE例光合成光化学反応中心を含む生体分子のSITE例
※鉄硫黄クラスター内の不要な結合も表示されますのでご注意ください。

  
  

複数のクラスターの同時表示例4Fe-4Sクラスター2Fe-2Sクラスター3Fe-4Sクラスター4Fe-3Sクラスター
8Fe-7Sクラスターほか(Fe・S以外の元素含むものも)その他(鉄硫黄クラスター以外も含むデータ例)文献・参考ページニュース例


2wqyのA-D鎖より(Fe2S2,Fe4S4,Fe3S4のデータをまとめたもの)
※参考構造例
黄鉄鉱(pyrite;FeS2)部分構造 …Pyrite – Virtual Museum of Molecules and Mineralsのデータを加工 | Fe2S2・Fe4S4・Fe3S4(以上2wqyより),Fe8S73minより),黄鉄鉱(pyrite)部分構造の同時表示 → 2014年は世界結晶年!

バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示
 
  
背景・黒 灰 白 


2wqyのA-D鎖より(左側からFe3S4,Fe4S4,Fe2S2



1jb0_SF4(光合成,光化学系I)
I'/O'=0.6622
リガンド球棒表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 
※参考:今月の分子 No.22 - 光化学系I(PDBj)

3pcq_SF4(光合成,光化学系I)
I'/O'=0.6622
リガンド球棒表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 
※参考:Nature 今週のハイライト(2011/02)

2b3y_SF4 (アコニターゼ)
I'/O'=1.0375
リガンド球棒表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 
※参考:今月の分子 No.89 - アコニターゼと鉄制御蛋白質1(PDBj)

1n2c_SF4 (ニトロゲナーゼ)
I'/O'=0.1212
リガンド球棒表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 
※参考:今月の分子 No.26 - ニトロゲナーゼ(PDBj)

3aek_SF4 (プロトクロロフィリドレダクターゼ)
I'/O'=1.2857
リガンド球棒表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

3aeq_SF4 (プロトクロロフィリドレダクターゼ)
I'/O'=1.0392
リガンド球棒表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

3a38_SF4_h (高電位鉄イオウタンパク質;PDBsumデータにH原子追加)*1
I'/O'=0.3789
リガンド球棒表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

5d8v_SF4(高電位鉄イオウタンパク質)
I'/O'=0.3789
リガンド球棒表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

5b4e_SF4 (鉄硫黄クラスタータンパク質TtuA)
I'/O'=1.1000
リガンド球棒表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 
※参考:Jmolトピック

4hea_SF4 [501(1)] (呼吸鎖の複合体I;他にSF4が6データ)
I'/O'=0.5137
リガンド球棒表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 
※参考:Jmolトピック

*1 日本化学会「化学と工業」,2014年1号(特集:世界結晶年(IYCr2014)によせて)のp.23図3該当データ(Journal of Structural Biologyの原報参照)



好熱性シアノバクテリアBP-1の光合成光化学系Iの構造3pcqの36量体(Chain A-M・X×3)
Nature 今週のハイライト(2011/02)参照;全体構造はJmolトピックに掲載



2xrx_FES(ビフェニルジオキシゲナーゼ)
I'/O'=1.1573
リガンド球棒表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

2xsh_FES (ビフェニルジオキシゲナーゼ)
I'/O'=1.4034
リガンド球棒表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

2hmk_FES (ナフタレンジオキシゲナーゼ)
I'/O'=1.1456
リガンド球棒表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

1bcc_FES (オキシドレダクターゼ,シトクロムbc1)
I'/O'=0.9878
リガンド球棒表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 



1qlb_F3S (オキシドレダクターゼ)
I'/O'=0.4338
リガンド球棒表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

2wqy_F3S (コハク酸デヒドロゲナーゼ,シトクロムb)
I'/O'=0.9607
リガンド球棒表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 
2wqyは他に4Fe-4Sクラスター,2Fe-2Sクラスターも含む。



バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合(太) OFF
 
 

背景・黒 灰 白 
酸素耐性膜結合型[NiFe]ヒドロゲナーゼの構造3ayx(H2還元状態)
SPring-8プレスリリース(2011/10/17)参照


3ayx_F4S ([NiFe]ヒドロゲナーゼ)
H2-reduced condition
I'/O'=0.7619
リガンド球棒表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

3ayy_SF3 ([NiFe]ヒドロゲナーゼ)
ferricyanide-oxidized condition
I'/O'=1.3065
リガンド球棒表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 


3ayx


〔左〕3ayx_F4S,〔右〕3ayy_SF3



3min(ニトロゲナーゼの構造;[MoFe]コファクター,Pファクター含む)
5n6y(バナジウムニトロゲナーゼ;CFe7S8Vクラスター含む) V(バナジウム)選択

バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合(太) OFF
 
 

背景・黒 灰 白 
ニトロゲナーゼの構造3min([MoFe]コファクター,Pファクター含む)ほか 
ニトロゲナーゼ(窒素から見る生命の世界)
日本化学会 編,「人工光合成と有機系太陽電池 最新の技術とその研究開発」,化学同人(2010)参照(口絵,pp.61-62)
ニトロゲナーゼ - Wikipedia


3min_CLF (8Fe-7Sクラスター〈Pファクター〉)
I'/O'=0.8010
リガンド球棒表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

3min_CFM ([MoFe]コファクター);HCA含む
(I'/O'=1.0904)
リガンド球棒表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

4tku_ICS(CFe7MoS9);HCA含む
(I'/O'=0.9729)
リガンド球棒表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

5cx1_ICS(CFe7MoS9);HCA含む
(I'/O'=0.9729)
リガンド球棒表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

5bvh_ICH(CFe7MoS6Se3);HCA含む
(I'/O'=1.0861)
リガンド球棒表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

4xpi_1CL(8Fe-7Sクラスター;酸化型)
I'/O'=0.8683
リガンド球棒表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

5n6y_HCA-8P8-CO3(CFe7S8V [8P8]にHCA,CO3結合)
(I'/O'=0.8762)
リガンド球棒表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 
 



Jmolトピックス(4tkv/4tkuについて)



Jmolトピックス(5bvhについて)



4xpiについてはBiochemistry(2015/04/01)参照


[1] Ni-Feヒドロゲナーゼ 3MYR


バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合(太) OFF
 
 

背景・黒 灰 白 
Ni-Feヒドロゲナーゼの構造3myrのChain A・B
ヒドロゲナーゼ酵素活性中心の振動状態の観察に成功 -持続可能な水素社会の実現に向けての研究に新たな切り口-(SPring-8,2012/11/29)の関連データ


3myr_SF4 (4Fe-4Sクラスター)
I'/O'=1.3867
リガンド球棒表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

3myr_F3S (3Fe-4Sクラスター)
I'/O'=0.8434
リガンド球棒表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

3myr_NFV ([Ni-Fe]活性中心)
I'/O'=0.7425
リガンド球棒表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 




「生活環境化学の部屋」ホームページJmol版「分子の学習帳」Chime版「分子の学習帳」