◆ Jmolで見るトピックス分子(11-2) ◆

No.401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510
→ 以下は今後改変: Vol.12345678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 2014年にエボラ出血熱感染拡大危険ドラッグ

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Javaバージョンの関係でJmol分子が表示されない場合はこちらで最新版をインストールしてください。


  1. Genetic background of extreme violent behavior(Nature,2014/10/28) ※記事中のmonoamine oxidase A(MAOA;モノアミンオキシダーゼA)のPDBデータ例を以下に。

    PDBデータ2bxrのChain A(阻害剤クロルジリン〈クロルギリン〉が結合したモノアミンオキシダーゼA)
    Monoamine oxidase A - WikipediaClorgiline - Wikipedia

    2bxrのChain A(クロルジリンが結合したモノアミンオキシダーゼA) 同PDBsumデータ 2bxr_FAD-MLG(FAD結合)$ MLG(クロルジリン)選択

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [右]PDBデータ2bxrのChain A [左]同PDBsumデータ2bxr_FAD-MLG(FADとクロルジリン;大きい球がクロルジリン)


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. カネボウ化粧品「白斑」症状、近畿の十数人が集団提訴へ(朝日,2014/10/30) ※ロドデノール(rhododenol;4-(4-hydroxyphenyl)-2-butanol)を含む製品で,以下旧トピックスからの転載含む。

    ロドデノール(rhododenol)

    ロドデノール(rhododenol;4-(4-hydroxyphenyl)-2-butanol 異性体あり)
    ラズベリーケトン(raspberry ketone;4-(4-hydroxyphenyl)-2-butanone)
    タクロリムス(tacrolimus)
    ビタミンD3〈コレカルシフェロール〉 活性型Jmolビタミン

    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 

     
    〔左〕ロドデノール 〔右〕ロドデノールとラズベリーケトンの有機概念図
    (ロドデノール:I=215,O=200  ラズベリーケトン:I=180,O=200)


  3. 難病新法 改革に揺れる患者たち - NHK クローズアップ現代(2014/10/28放映) ※“難病、多発性のう胞腎の進行を抑える治療薬、トルバプタン”を以下に。

    トルバプタン(tolvaptan)
    Tolvaptan - Wikipedia

    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 


    「GoogleドライブとChem3D for iPad/RCSB PDB Mobileで分子を見る」
    によるトルバプタン(tolvaptan)の表示


  4. 小野薬品、Gたんぱく質共役受容体の立体構造解明へ国際連携組織を発足(日刊工業新聞,2014/10/30) ※記事とは直接ないが最近公開されたGPCRデータ例を以下に。

    PDBデータ 4qin(アゴニストSAG1.5が結合したスムーズンド)

    4qin*#(スムーズンド;アゴニストSAG1.5が結合) 同PDBsumデータ 4qin_SG8$
    4pxf(ウシロドプシン;GPCR共役制御タンパク質ファミリーのアレスチン〔B鎖〕が結合) 同PDBsumデータ 4pxf_BOG406$ BOG_406A選択 [Arrestin - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  5. 今月の分子 179: メチル補酵素M還元酵素(Methyl-coenzyme M Reductase)(PDBj,2014/11)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 1mro(メチル補酵素Mレダクターゼ)

    1mro(メチル補酵素Mレダクターゼ) 同PDBsumデータ 1mro_F43(1-thioethanesulfonic acid結合)$ F43(F430)選択

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    PDBデータ1mroと同PDBsumデータ1mro_F43(F430と1-チオエタンスルホン酸;大きい球がF430)


  6. 血小板上の受容体「CLEC-2」は糖鎖とペプチド鎖の両方を認識 −マムシ毒は糖鎖に依存せず受容体と結合−(理研,2014/11/10)

    PDBデータ 3wsr(ポドプラニンが結合したCLEC-2受容体)
    CLEC1B - WikipediaPDPN - Wikipedia

    3wsr(CLEC-2受容体;ポドプラニン〈podoplanin〉が結合) 同PDBsumデータ 3wsr_AEDDVVTPGC(ALA-GLU-ASP-ASP-VAL-VAL-THR-PRO-GLY-CYS)$  同PDBsumデータ 3wsr_A2G-SIA-GAL$ C鎖(podoplaninの各結合部位)選択

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    PDBデータ3wsrのPDBsumデータ3wsr_AEDDVVTPGC


  7. 肥大型心筋症iPS細胞の作製、病気を悪化させる因子の同定に成功 −iPS細胞を用いた肥大型心筋症の創薬開発に期待−(慶應義塾大学,2014/11/12)

    PDBデータ 1edn(エンドセリンの例;ヒトのendothelin-1)
    Endothelin - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ヒトのendothelin-1構造例,PDBデータ1edn


  8. Facebookタイムライン画像(RCSB PDB,2014/11/05)

    PDBデータ 4tkvのChain A・B(ニトロゲナーゼ)

    4tkvのChain A・B(ニトロゲナーゼ) 同Chain A

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    ICE(C-Fe-Mo-Sクラスター;CFe7MoS8)選択 CLF(Fe(8)-S(7)クラスター)選択 一酸化炭素選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    PyMOLによる4tkvChain Aの表示


    4tkv_ICE [502(A)](Fe-Mo-Sクラスター;C〈格子間炭素〉含む)
    ※一酸化炭素と3-ヒドロキシ-3-カルボキシ-アジピン酸が結合
    (I'/O'=0.889)
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
    C-Fe-Mo-Sクラスター(CFe7MoS8)選択 一酸化炭素選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 消去
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
    背景・黒 灰 白 

    4tkv_CLF(Fe(8)-S(7)クラスター)
     
    I'/O'=0.801
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
     
    空間充填 球棒 球60% スティック 消去
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
    背景・黒 灰 白 

    4tku_ICS [502(A)](Fe-Mo-Sクラスター;C〈格子間炭素〉含む)
    ※3-ヒドロキシ-3-カルボキシ-アジピン酸が結合
    (I'/O'=0.973)
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
    C-Fe-Mo-Sクラスター(CFe7MoS9)選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 消去
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
    背景・黒 灰 白 

    4tku_CLF(Fe(8)-S(7)クラスター)
     
    I'/O'=0.899
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
     
    空間充填 球棒 球60% スティック 消去
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
    背景・黒 灰 白 


  9. 第82回サイエンスカフェにいがた『古代ガラスにみる技術と心 〜日中韓のガラス工芸〜』(RCSB PDB,2014/11/22開催,会場:ジュンク堂書店新潟店)

    石英ガラス(シリカガラス)の部分構造例〈不定形,無機高分子〉
    Fused quartz - Wikipedia

    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 
    ※以下を参考にデータ作成:内野隆司,『ガラスにおける秩序構造とは −分子軌道計算によるガラスの構造と振動状態の解析』,化学と工業,52(2),128(1999)

    【参考】左水晶と右水晶
    分子の科学|二酸化ケイ素の結晶構造 左水晶と右水晶 …放送大学「分子の科学」ご担当の時田澄男先生作成の構造データです。
    左水晶

    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 
    右水晶

    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 


  10. 「現代化学」,2014年12月号(特集:2014年ノーベル賞)電子版発刊記念の無料版 ※連載『結晶美術館(24) アルカロイド』のアコニチン,カフェインを以下に。

    アコニチン(aconitine)
    Aconitine - Wikipedia

    アコニチン(aconitine) ‖ カフェイン(caffeine)
    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 


    Winmostarクラウド
    によるアコニチン(aconitine)の表示


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