◆ Jmolで見るトピックス分子(10-2) ◆

No.401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460
→ 以下は今後改変: Vol.12345678データ名一覧

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。


  1. 大腸がん抑える生理物質PGD2を発見(マイナビニュース,2014/06/05)

    プロスタグランジンD2(PGD2
    Prostaglandin - Wikipedia

    PGD2
    参考(PGD2が結合したタンパク質例):1ry0のChain A(PGF合成酵素) | 同PDBsumデータ 1ry0_PG2$(NAPとそのHB削除)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    PGD2


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. NHKサイエンスZERO「心と体を支配する! 神秘の物質ホルモン(1) 〜性ホルモン〜」(2014/06/09放送) ※番組で紹介されたジヒドロテストステロン(DHT)が結合したタンパク質例を以下に。 | 「(2) 〜オキシトシン〜」(2014/06/15放送予定)

    PDBデータ 1d2s*(ジヒドロテストステロンが結合した性ホルモン結合グロブリン)
    Dihydrotestosterone - Wikipedia

    性ホルモン関連
    1ereのChain A*(17β-エストラジオールが結合したエストロゲン受容体) 同PDBsumデータ 1ere_EST$
    2q7j*(テストステロンが結合したアンドロゲン受容体) 同PDBsumデータ 2q7j_TES$
    1d2s*(ジヒドロテストステロンが結合した性ホルモン結合グロブリン) 同PDBsumデータ 1d2s_DHT$
    オキシトシン関連
    オキシトシン
    リポオキシトシン-1(lipo-oxytocin-1,LOT-1)
    1npo(オキシトシンを含むタンパク質例) B鎖(オキシトシン)選択

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色
     ピンク 濃ピンク  

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]LOT-1(lipo-oxytocin-1) [右]オキシトシン(oxytocin)


  3. RCSB PDB 2014/06/10 新規公開データより:4qdh Crystal Structure of the C-terminal Domain of Mouse TLR9

    PDBデータ 4qdh#(Toll様受容体 TLR9)
    Toll-like receptor - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    Leu選択 BCAA球表示(Leu Ile Val

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色
     ピンク 濃ピンク  

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    糖鎖別着色: GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  4. 違った性質の攻撃行動には異なる遺伝子が関与する(国立遺伝学研究所,2014/06/13)

    セロトニン
    Serotonin - WikipediaTryptophan hydroxylase - Wikipedia

    セロトニン
    1mlw(セロトニン合成酵素トリプトファンヒドロキシラーゼ;上掲論文のTph2でなくTph1) 同PDBsumデータ 1mlw_HBI$
    参考(セロトニン結合タンパク質例):2ymd(5-HT3受容体)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  5. RCSB PDB 2014/06/17 新規公開データより:4p99 Ca2+-stabilized adhesin helps an Antarctic bacterium reach out and bind ice

    PDBデータ 4p99*(アドヘシン)
    Bacterial adhesin - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  6. ハチの餌集める能力低下 ネオニコ系農薬で実験 日本でも広く使用のイミダクロプリド(47NEWS,2014/06/09) ※ネオニコチノイド系農薬イミダクロプリドおよび同分子結合アセチルコリン結合タンパク質(AChBP)を以下に(書庫4・7から再掲)。ネオニコチノイド系農薬には他にクロチアニジン,チアメトキサム。 → ネオニコチノイド系農薬問題にまとめ直しました(更新情報はこちらへ) [NEW!]

    PDBデータ 3c79*(アセチルコリン結合タンパク質;ネオニコチノイド系農薬のイミダクロプリドが結合)
    Neonicotinoid - WikipediaImidacloprid - Wikipedia

    PDBデータ 3c79*(アセチルコリン結合タンパク質;イミダクロプリドが結合) 同PDBsumデータ 3c79_IM4$
    イミダクロプリド(imidacloprid;ネオニコチノイド系農薬)
    クロチアニジン(clothianidin;同)
    チアメトキサム(thiamethoxam;同)
    ジノテフラン(dinotefuran;同,異性体あり) [NEW!]
    参考:ニコチン(nicotine) ‖ ニコチン(最上段)とネオニコチノイド系農薬4種(イミダクロプリド,クロチアニジン,チアメトキサム,ジノテフラン;中段左から時計回りで)の同時表示
    参考(ネオニコチノイド系以前の農薬例):DDT(有機塩素系 → 新規POPs有害物質リスト) | マラチオン(malathion;有機リン系 → 環境ホルモンとして疑われている化合物の例) ‖ DDT,マラチオン,クロチアニジンの同時表示

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色
     ピンク 濃ピンク  

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    ニコチンとネオニコチノイド系農薬4種の同時表示
    (データ上掲;右は「GoogleドライブとChem3D for iPadで分子を見る」による)


  7. FacebookでのPDBe投稿(2014/06/24)より:PDB 4idc ※イチゴのフレーバー成分HDMF(4-hydroxy-2,5-dimethyl-3-furanone)とその生成タンパク質を以下に。

    PDBデータ 4idc(イチゴのエノン酸化還元酵素; HDMFとNADPHが結合)
    Furaneol - Wikipedia

    PDBデータ 4idc(イチゴのエノン酸化還元酵素; HDMFとNADPHが結合) 同PDBsumデータ 4idc_1XX(NADPH含む)$ HDMF選択
    HDMF(4-hydroxy-2,5-dimethyl-3-furanone;異性体あり)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色
     ピンク 濃ピンク  

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  8. Cover Story: 耐性と闘うやつ:長く使われてきたβ-ラクタム系抗生物質の作用を助けるコウジカビ属真菌由来天然物(Nature,2014/06/26)

    アスペルギロマラスミンA(aspergillomarasmine A;AMA)

    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 


    「GoogleドライブとChem3D for iPadで分子を見る」
    によるアスペルギロマラスミンA(aspergillomarasmine A)の表示


  9. 「禁忌薬」約40%の病院が使用(NHK,2014/06/30)

    プロポフォール(propofol;ディプリバン,Diprivan)
    Propofol - Wikipedia

    プロポフォール
    参考(プロポフォール結合タンパク質例):3p50*(リガンド開口型イオンチャネル) 同PDBsumデータ 3p50_PFL$(PLC含む) PFL(プロポフォール)選択

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  10. (科学の扉)狙い定めてゲノム編集 「はさみ」でDNAを切断(朝日,2014/06/30) ※“CRISPR/Cas9”に関係するデータ例を以下に。
    PDBデータ 4oo8のChain A・B・C(Cas9タンパク質-ガイド鎖RNA-標的DNAの複合体)
    Genome editing - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    DNA/RNA選択 同backbone選択
    B鎖(RNA)選択 C鎖(DNA)選択

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


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