◆ 「亀-C-C-N」構造をもつ脳内物質のSITE例 ◆
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アドレナリンノルアドレナリンドーパミン/ドパミンアセチルコリン*セロトニンメラトニンエルゴタミンパロキセチン*
フェニルプロパノールアミンメタンフェタミンMDMA(R)-ケタミン*
* 「亀-C-C-N」構造を持たない参考データ

 

2hkk_ALE
I'/O'=1.708
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
リガンド中N選択
空間充填 球棒 球60% スティック 消去
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 

4a7u_ALE
I'/O'=2.379
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
リガンド中N選択
空間充填 球棒 球60% スティック 消去
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 

4ldo_ALE
I'/O'=1.500
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
リガンド中N選択
空間充填 球棒 球60% スティック 消去
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 



2qeo_LNR(D7タンパク質D7r4;マラリア蚊)
I'/O'=1.017
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
リガンド中N選択
空間充填 球棒 球60% スティック 消去
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 

3dye_LNR(D7タンパク質AeD7;マラリア蚊)
I'/O'=1.096
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
リガンド中N選択
空間充填 球棒 球60% スティック 消去
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 

3hcd_LNR(アドレナリン合成酵素PNMT)
I'/O'=1.305
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
リガンド中N選択
空間充填 球棒 球60% スティック 消去
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 

4pah_LNR(フェニルアラニンヒドロキシラーゼ)
(I'/O'=1.203) ※水2原子とFe 1原子含む
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
リガンド中N選択
空間充填 球棒 球60% スティック 消去
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 



2a3r_LDP
I'/O'=0.868
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
リガンド中N選択
空間充填 球棒 球60% スティック 消去
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 



2ha4_ACH
I'/O'=0.574
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
リガンド中N選択
空間充填 球棒 球60% スティック 消去
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 



3adv_SRO
I'/O'=0.740
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
リガンド中N選択
空間充填 球棒 球60% スティック 消去
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 

3q6k_SRO
I'/O'=0.807
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
リガンド中N選択
空間充填 球棒 球60% スティック 消去
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 



2qx4_ML1-FAD(FAD含む)
(I'/O'=0.281) …FAD除くアミノ酸残基のみ
全選択 タンパク質選択 メラトニン選択 HB選択
メラトニン中N選択
空間充填 球棒 球60% スティック 消去
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 



4iar_ERM
I'/O'=0.700
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
リガンド中N選択
空間充填 球棒 球60% スティック 消去
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 

4ib4_ERM
I'/O'=0.864
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
リガンド中N選択
空間充填 球棒 球60% スティック 消去
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 

4nc3_ERM
I'/O'=0.991
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
リガンド中N選択
空間充填 球棒 球60% スティック 消去
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 

【参考】エルゴタミン(MDL MOL形式)
空間充填 球棒 スティック
背景・黒 灰 白 
※参考:
GPCR - 2012年ノーベル化学賞(セロトニン受容体関連)



4l9i_8PR
I'/O'=1.151
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
リガンド中N選択
空間充填 球棒 球60% スティック 消去
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 
※参考:
抗うつ剤の分類(SSRI,SNRIなど)



3u8q_NPU
I'/O'=1.543
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
リガンド中N選択
空間充填 球棒 球60% スティック 消去
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 



3gkz_B40
I'/O'=0.861
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
リガンド中N選択
空間充填 球棒 球60% スティック 消去
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 



3gm0_B41
I'/O'=0.861
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
リガンド中N選択
空間充填 球棒 球60% スティック 消去
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 



4f8h_RKE
I'/O'=1.167
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
リガンド中N選択
空間充填 球棒 球60% スティック 消去
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 
※参考ニュース:
新しい抗うつ薬として期待されるケタミンはセロトニン神経系に作用 −即効性と持続性を持つ抗うつ薬のメカニズムの一端を解明−(理研,2014/01/08)





(-)-アドレナリンの受容体との結合
※参考文献:山川ほか「メディシナルケミストリー 第5版」(講談社)p.25,野崎ほか「創薬化学」(化学同人)p.49


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