◆ PDBsumサイトで入手したAlphaFold構造 ◆

PDBsumサイトでAlphaFold/AlphaFold2データを取得可能に(ヒト由来データのみ)!
PDBサイトで入手可能なUniProt accession(またはUniProt id)入力により。

★RCSB PDBサイトでAlphaFold2構造を参照できるようになりました(全生物種)。 → RCSB PDBニュース(2022/08/31)
※本ページの分子モデルはWindowsのMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
%mmCIF → PDB converterでデータ変換したものです。
※本ページはJmolトピックNo.1057を独立させたものです。


PDBsumサイトで入手したAlphaFold構造例: 初期表示はP69905(ヒトのヘモグロビンα)
※“PDBj”のリンクは
「今月の分子」の該当ページ
※《 》内はアミノ酸残基番号範囲(残基番号が異なる場合があることに注意)
バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示
 
  
背景・黒 灰 白 
◆ヘモグロビンα → ヘモグロビンPDBj
P69905《1-142》(ヒトヘモグロビンのヘモグロビンα構造;PDBsumサイトで入手したAlphaFold構造,以下UniProt accession番号構造については同) 1hho_P69905_ps(以下のPDBsumデータA鎖1hho_HEM-OXYと同じアミノ残残基切出し)$AlphaFill構造 P69905《1-142》
※該当PDBデータ例:1HHOのChain A《1-141》(ヒトオキシヘモグロビンのヘモグロビンα) 同4量体(Chain A〈ヘモグロビンα〉・B〈ヘモグロビンβ〉×2)
 PDBsumデータ1hho_HEM-OXY(A鎖;ヘモグロビンα)$ 1hho_HEM-OXY(B鎖;ヘモグロビンβ)$
◆5-HT1A受容体 → GPCRPDBj
P08908《1-422》(ヒトの5-HT1A受容体構造)
※該当PDBデータ例:7e2yのChain R《35-415》(5-HT1A受容体;セロトニンが結合) SRO(セロトニン)選択 PDBsumデータ7e2y_SRO$
◆メラトニン受容体MT1 → GPCR東京大学プレスリリース(2021/07/27)
P48039《1-350》(ヒトのメラトニン受容体MT1構造)
※該当PDBデータ例:7db6のChain D《22-306》(メラトニン受容体MT1;ラメルテオンが結合) PDBsumデータ7db6_JEV$
◆Toll様受容体(TLR) → Toll様受容体PDBj
Q9NR97《1-1041》(ヒトのTLR8構造)
※該当PDBデータ例:7crf(CU-CPD107が結合したTLR8)《32-820》 GD0(CU-CPD107)選択 同PDBsumデータ7crf_GD0$
◆3-オキソ-5α-ステロイド-4-デヒドロゲナーゼ2 → JmolトピックNature Medicine論文(2021/10/12)
P31213《1-254》(ヒトの3-オキソ-5α-ステロイド-4-デヒドロゲナーゼ2の構造)
※該当PDBデータ例:7bw1《5-254》(3-オキソ-5α-ステロイド-4-デヒドロゲナーゼ2;NADP-ジヒドロフィナステリドが結合) NDX(NADP-ジヒドロフィナステリド)選択 同PDBsumデータ7bw1_NDX$
◆キナーゼSMG1 → Jmolトピック
Q96Q15《1-1400》(ヒトのキナーゼSMG1構造) アミノ酸残基1-146(7pw5のChain Aの配列以外)α炭素ラベル表示
※該当PDBデータ例:7pw5(キナーゼSMG1・SMG8・SMG9複合体;Chain AがSMG1《147-3661》) アミノ酸残基1401-3661(Q96Q15の配列以外)α炭素ラベル表示
◆トレースアミン関連受容体-1(TAAR1) → Jmolトピック
Q96RJ0《1-339》(ヒトのトレースアミン関連受容体-1〈TAAR1〉)
◆エストロゲン関連レセプターγ
AlphaFill構造 P62508《1-458;リガンドをビスフェノールAだけにし,AlphaFold2構造は略》% 同PDBsumデータP62508_2OH_lp$
※該当PDBデータ例:2e2r《232-458》(ビスフェノールAが結合したエストロゲン関連受容体γ) 同PDBsumデータ2e2r_2OH$ → 多様なリガンドを含むエストロゲン受容体および関連受容体等のSITE比較
◆キノンレダクターゼ2
AlphaFill構造 P16083《1-231;リガンドをメラトニンだけにし,AlphaFold2構造は略》% 同PDBsumデータP16083_ML1_lp$
※該当PDBデータ例:2qx4のChain A《1-230》(メラトニンが結合したキノンレダクターゼ2) 同PDBsumデータ2qx4_ML1-FAD(メラトニンの他にFAD含む)$
◆キノンレダクターゼc-ABL
AlphaFill構造 P00520《1-1123;リガンドをイマチニブだけにし,AlphaFold2構造は略》% 同PDBsumデータP00520_STI_lp$
※該当PDBデータ例:1iepのChain A《1-230》(イマチニブが結合したキノンレダクターゼc-ABL) 同PDBsumデータ1iep_STI$ → 抗がん剤開発と標的タンパク質 PDBsumのLigand-SITE情報と有機性・無機性
◆FK506結合タンパク質
AlphaFill構造 P62942《1-108;リガンドをタクロリムスだけにし(複数の中からF鎖のみ),AlphaFold2構造は略》% 同PDBsumデータP62942_FK5_lp$
※該当PDBデータ例:2fke《1-107》(タクロリムスが結合したFK506結合タンパク質) 同PDBsumデータ2fke_FK5$ → アトピー新薬/タクロリムス
◆グリシン受容体
AlphaFill構造 O75311《1-464;リガンドをイベルメクチンB1aだけにし,AlphaFold2構造は略》% 同PDBsumデータO75311_IVM_lp$
※該当PDBデータ例:5vdhのChain A《8-345》(イベルメクチンB1aが結合したグリシン受容体サブユニットα3) 同PDBsumデータ5vdh_IVM$ → 別トピック [Glycine receptor - WikipediaIvermectin - Wikipedia
◆葉酸受容体
AlphaFill構造 P15328《1-257;リガンドを葉酸だけにし,AlphaFold2構造は略》% 同PDBsumデータP15328_FOL_lp$
※該当PDBデータ例:4lrhのChain A《8-214》(葉酸が結合した葉酸受容体1) 同PDBsumデータ4lrh_FOL$ → 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン [Folate receptor 1 - Wikipedia
◆プロゲステロン受容体
AlphaFill構造 P06401《1-933;リガンドをミフェプリストン(mifepristone;RU-486)だけにし,AlphaFold2構造は略》% 同PDBsumデータP06401_486_lp$
※該当PDBデータ例:2w8yのChain A《8-214》(ミフェプリストンが結合したプロゲステロン受容体) 同PDBsumデータ2w8y_486$ → 低用量ピル [Progesterone receptor - Wikipedia
◆電位依存性陰イオンチャネル
P21796《1-283》(ヒトの電位依存性陰イオンチャネル構造)
※該当PDBデータ例:2jk4《1-288》 アミノ酸残基284-288(P21796の配列以外)α炭素ラベル表示
◆シトクロムP450 → P450データ集メニューPDBjRCSB PDBサイトAlphaFold2構造(“P450 3A4”検索より)
P08684《1-503》(ヒトのP450 3A4構造) アミノ酸残基1-29・499-503(2v0mのChain Aの配列以外)α炭素ラベル表示AlphaFill構造 P08684《1-503;リガンドをヘムとケトコナゾールだけに》
※該当PDBデータ例:2v0mのChain A《30-498》(ケトコナゾールが結合したP450 3A4) KLN[1501(A)]選択 同PDBsumデータ2v0m_KLN[1501(A)]$


  
[左]PDBsumサイトで表示されるP69905構造
[中・右]P69905構造とヒトオキシヘモグロビンのヘモグロビンα構造例(1hhoのChain A)のPyMOLによる重ね合わせ画像とその回転動画
 
[左]ヘモグロビン構造の比較(何れもChain A): ヒト(2hhb,デオキシヘモグロビン),マンモス(3vrf,CO結合),シロザメ(1gcw,CO結合),チューブワーム(1yhu
[右]AlphaFill構造 P69905
  
[左・中]1hhoのChain AのPDBsumデータ(太いスティック)とP69905構造からそれと同じアミノ酸配列を切り出したもの(細いスティック)のPyMOLによる重ね合わせ画像とその回転動画(I/O値順着色)
[右]参考図:オキシヘモグロビン1hho(スティック表示)とデオキシヘモグロビン2hhb(針金表示)のPyMOLによる重ね合わせ表示(何れもChain AのPDBsumデータ)
    
[左]5-HT1A受容体構造P08908と7e2y(セロトニン結合)のChain Rの重ね合わせ
[中]7e2yのPDBsumデータ(太いスティック)とP08908の該当アミノ酸配列を切り出したもの(細いスティック)のPyMOLによる重ね合わせ
[右]参考図:7e2y紹介研究の他PDBデータのPDBsumデータ比較 → Natureハイライト記事
   
[左・中]メラトニン受容体MT1構造P48039と7db6(ラメルテオン結合)のChain Dの重ね合わせとその回転動画
[右]7db6のPDBsumデータ
  
[左]Toll様受容体TLR8構造Q9NR97と7crf(CU-CPD107結合)のChain Aの重ね合わせ
[中・右]7crfのChain A・BとそのPDBsumデータ

  
[左・中]3-オキソ-5α-ステロイド-4-デヒドロゲナーゼ2構造P31213と7bw1(NADP-ジヒドロフィナステリド結合)の重ね合わせとその回転動画
[右]7bw1のPDBsumデータ

キナーゼSMG1・SMG8・SMG9複合体7pw5と同Chain AのAlphaFold構造(UniProt accession Q96Q15の比較 → Jmolトピック
  
[左・中]電位依存性陰イオンチャネル構造2jk4とP21796 [右]両者のPyMOLによる重ね合わせ
      
左から ビスフェノールAが結合したエストロゲン関連受容体γ2e2rのPDBsumデータとその川上モデル
AlphaFill構造 P62508から得たPDBsumデータ(LigPlot v.2.2による)
PyMOLによるAlphaFill構造 P62508表示例
同回転アニメ画像
  
[左・中]メラトニンが結合したキノンレダクターゼ2 2e2rおよびAlphaFill構造 P16083のPDBsumデータ → 「亀-C-C-N」構造をもつ脳内物質のSITE例
[右]PyMOLによる2e2rのChain AとAlphaFill構造 P16083の重ね合わせ
  
イマチニブが結合したキノンレダクターゼc-ABL 1iepおよびAlphaFill構造 P00520のPDBsumデータと後者の全体構造
抗がん剤開発と標的タンパク質 PDBsumのLigand-SITE情報と有機性・無機性
  
[左・中]タクロリムスが結合したFK506結合タンパク質 2fkeおよびAlphaFill構造 P62942のPDBsumデータ
[右]PyMOLによる2fkeAlphaFill構造 P62942の重ね合わせ → アトピー新薬/タクロリムス
    
[左・中]イベルメクチンB1aが結合したグリシン受容体 5vdhおよびAlphaFill構造 O75311のPDBsumデータと前者の全体構造(Chain A)
※PDBsumデータの前者はChain A・B含み,後者はChain A該当のみ
[右]PyMOLによる5vdhのChain AとAlphaFill構造 O75311の重ね合わせ → 別トピック
  
[左]葉酸受容体 4lrhおよびAlphaFill構造 P15328のPDBsumデータ
[右]PyMOLによる4lrhのChain Aと構造 P15328の重ね合わせ → 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミンAlphaFill
  
[左・中]プロゲステロン受容体 2w8yChain Aの構造,および同データとAlphaFill構造 P60401のPDBsumデータ
[右]PyMOLによる2w8yのChain AとAlphaFill構造 P60401の重ね合わせ → 低用量ピル
    
[左・中]シトクロムP450 3A4構造P08684(水色)とケトコナゾール(ketoconazole)が結合した2v0mのChain A(緑色)の重ね合わせの回転動画(タンパク質表面表示)と別動画
 [右]AlphaFill構造 P08684黄色)《1-503;リガンドをヘムとケトコナゾールだけに》


上掲左2者の1000万倍3Dプリンタ模型(スタジオミダスによるフルカラー樹脂プリンタでの一括出力(右端は水中,スタジオミダス撮影;川上モデルとは異なります)

  
[左]P08684のdisorder部分(2v0mのChain A以外の部分)のα炭素ラベル表示 [中・右]2v0mのChain AとそのPDBsumデータ

2v0mのChain A《PDBデータのアミノ酸配列範囲:30-498,最初と最後を赤字で》とP08684《fastaデータのアミノ酸配列範囲:1-503》のアミノ酸配列の比較 … I/O値順(特性基 R)着色
1-50 2v0m (Chain A)                                             Met Ala Tyr Gly Thr His Ser His Gly Leu Phe Lys Lys Leu Gly Ile Pro Gly Pro Thr Pro Leu Pro Phe Leu Gly Asn Ile
P08684 Met Ala Leu Ile Pro Asp Leu Ala Met Glu Thr Trp Leu Leu Leu Ala Val Ser Leu Val Leu Leu Tyr Leu Tyr Gly Thr His Ser His Gly Leu Phe Lys Lys Leu Gly Ile Pro Gly Pro Thr Pro Leu Pro Phe Leu Gly Asn Ile
51-100 2v0m (Chain A) Leu Ser Tyr His Lys Gly Phe Cys Met Phe Asp Met Glu Cys His Lys Lys Tyr Gly Lys Val Trp Gly Phe Tyr Asp Gly Gln Gln Pro Val Leu Ala Ile Thr Asp Pro Asp Met Ile Lys Thr Val Leu Val Lys Glu Cys Tyr Ser
P08684 Leu Ser Tyr His Lys Gly Phe Cys Met Phe Asp Met Glu Cys His Lys Lys Tyr Gly Lys Val Trp Gly Phe Tyr Asp Gly Gln Gln Pro Val Leu Ala Ile Thr Asp Pro Asp Met Ile Lys Thr Val Leu Val Lys Glu Cys Tyr Ser
101-150 2v0m (Chain A) Val Phe Thr Asn Arg Arg Pro Phe Gly Pro Val Gly Phe Met Lys Ser Ala Ile Ser Ile Ala Glu Asp Glu Glu Trp Lys Arg Leu Arg Ser Leu Leu Ser Pro Thr Phe Thr Ser Gly Lys Leu Lys Glu Met Val Pro Ile Ile Ala
P08684 Val Phe Thr Asn Arg Arg Pro Phe Gly Pro Val Gly Phe Met Lys Ser Ala Ile Ser Ile Ala Glu Asp Glu Glu Trp Lys Arg Leu Arg Ser Leu Leu Ser Pro Thr Phe Thr Ser Gly Lys Leu Lys Glu Met Val Pro Ile Ile Ala
151-200 2v0m (Chain A) Gln Tyr Gly Asp Val Leu Val Arg Asn Leu Arg Arg Glu Ala Glu Thr Gly Lys Pro Val Thr Leu Lys Asp Val Phe Gly Ala Tyr Ser Met Asp Val Ile Thr Ser Thr Ser Phe Gly Val Asn Ile Asp Ser Leu Asn Asn Pro Gln
P08684 Gln Tyr Gly Asp Val Leu Val Arg Asn Leu Arg Arg Glu Ala Glu Thr Gly Lys Pro Val Thr Leu Lys Asp Val Phe Gly Ala Tyr Ser Met Asp Val Ile Thr Ser Thr Ser Phe Gly Val Asn Ile Asp Ser Leu Asn Asn Pro Gln
201-250 2v0m (Chain A) Asp Pro Phe Val Glu Asn Thr Lys Lys Leu Leu Arg Phe Asp Phe Leu Asp Pro Phe Phe Leu Ser Ile Thr Val Phe Pro Phe Leu Ile Pro Ile Leu Glu Val Leu Asn Ile Cys Val Phe Pro Arg Glu Val Thr Asn Phe Leu Arg
P08684 Asp Pro Phe Val Glu Asn Thr Lys Lys Leu Leu Arg Phe Asp Phe Leu Asp Pro Phe Phe Leu Ser Ile Thr Val Phe Pro Phe Leu Ile Pro Ile Leu Glu Val Leu Asn Ile Cys Val Phe Pro Arg Glu Val Thr Asn Phe Leu Arg
251-300 2v0m (Chain A) Lys Ser Val Lys Arg Met Lys Glu Ser Arg Leu Glu Asp Thr Gln Lys His Arg Val Asp Phe Leu Gln Leu Met Ile Asp Ser Gln Asn Ser Lys Glu Thr Glu Ser His Lys Ala Leu Ser Asp Leu Glu Leu Val Ala Gln Ser Ile
P08684 Lys Ser Val Lys Arg Met Lys Glu Ser Arg Leu Glu Asp Thr Gln Lys His Arg Val Asp Phe Leu Gln Leu Met Ile Asp Ser Gln Asn Ser Lys Glu Thr Glu Ser His Lys Ala Leu Ser Asp Leu Glu Leu Val Ala Gln Ser Ile
301-350 2v0m (Chain A) Ile Phe Ile Phe Ala Gly Tyr Glu Thr Thr Ser Ser Val Leu Ser Phe Ile Met Tyr Glu Leu Ala Thr His Pro Asp Val Gln Gln Lys Leu Gln Glu Glu Ile Asp Ala Val Leu Pro Asn Lys Ala Pro Pro Thr Tyr Asp Thr Val
P08684 Ile Phe Ile Phe Ala Gly Tyr Glu Thr Thr Ser Ser Val Leu Ser Phe Ile Met Tyr Glu Leu Ala Thr His Pro Asp Val Gln Gln Lys Leu Gln Glu Glu Ile Asp Ala Val Leu Pro Asn Lys Ala Pro Pro Thr Tyr Asp Thr Val
351-400 2v0m (Chain A) Leu Gln Met Glu Tyr Leu Asp Met Val Val Asn Glu Thr Leu Arg Leu Phe Pro Ile Ala Met Arg Leu Glu Arg Val Cys Lys Lys Asp Val Glu Ile Asn Gly Met Phe Ile Pro Lys Gly Val Val Val Met Ile Pro Ser Tyr Ala
P08684 Leu Gln Met Glu Tyr Leu Asp Met Val Val Asn Glu Thr Leu Arg Leu Phe Pro Ile Ala Met Arg Leu Glu Arg Val Cys Lys Lys Asp Val Glu Ile Asn Gly Met Phe Ile Pro Lys Gly Val Val Val Met Ile Pro Ser Tyr Ala
401-450 2v0m (Chain A) Leu His Arg Asp Pro Lys Tyr Trp Thr Glu Pro Glu Lys Phe Leu Pro Glu Arg Phe Ser Lys Lys Asn Lys Asp Asn Ile Asp Pro Tyr Ile Tyr Thr Pro Phe Gly Ser Gly Pro Arg Asn Cys Ile Gly Met Arg Phe Ala Leu Met
P08684 Leu His Arg Asp Pro Lys Tyr Trp Thr Glu Pro Glu Lys Phe Leu Pro Glu Arg Phe Ser Lys Lys Asn Lys Asp Asn Ile Asp Pro Tyr Ile Tyr Thr Pro Phe Gly Ser Gly Pro Arg Asn Cys Ile Gly Met Arg Phe Ala Leu Met
451-500 2v0m (Chain A) Asn Met Lys Leu Ala Leu Ile Arg Val Leu Gln Asn Phe Ser Phe Lys Pro Cys Lys Glu Thr Gln Ile Pro Leu Lys Leu Ser Leu Gly Gly Leu Leu Gln Pro Glu Lys Pro Val Val Leu Lys Val Glu Ser Arg Asp Gly Thr Val
P08684 Asn Met Lys Leu Ala Leu Ile Arg Val Leu Gln Asn Phe Ser Phe Lys Pro Cys Lys Glu Thr Gln Ile Pro Leu Lys Leu Ser Leu Gly Gly Leu Leu Gln Pro Glu Lys Pro Val Val Leu Lys Val Glu Ser Arg Asp Gly Thr Val
501 2v0m (Chain A) Ser Gly Ala His His His His
P08684 Ser Gly Ala


日本コンピュータ化学会@サイエンスアゴラ2021企画Y-01『原子・分子をのぞいてみよう 〜身体も地球も原子・分子という暗号でできている!〜』紹介動画のecosci.jp担当部分のロングバージョンとスライド
(3Dプリンタ模型製作:スタジオミダス



「生活環境化学の部屋」ホームページJmol版「分子の学習帳」