★PDBsumサイトでAlphaFold/AlphaFold2データを取得可能に(ヒト由来データのみ)!
★RCSB PDBサイトでAlphaFold2構造を参照できるようになりました(全生物種)。 → RCSB PDBニュース(2022/08/31)
… PDBサイトで入手可能なUniProt accession(またはUniProt id)入力により。
※本ページの分子モデルはWindowsのMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※%はmmCIF → PDB converterでデータ変換したものです。
※本ページはJmolトピックNo.1057を独立させたものです。
2v0mのChain A《PDBデータのアミノ酸配列範囲:30-498,最初と最後を赤字で》とP08684《fastaデータのアミノ酸配列範囲:1-503》のアミノ酸配列の比較 … I/O値順(特性基 R)着色
◆ESMFold/ESM-2関連情報
◆AlphaFill関連情報
※“PDBj”のリンクは「今月の分子」の該当ページ
※《 》内はアミノ酸残基番号範囲(残基番号が異なる場合があることに注意)
●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順(特性基 R)
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
[左]PDBsumサイトで表示されるP69905構造
[中・右]P69905構造とヒトオキシヘモグロビンのヘモグロビンα構造例(1hhoのChain A)のPyMOLによる重ね合わせ画像とその回転動画
[左]ヘモグロビン構造の比較(何れもChain A): ヒト(2hhb,デオキシヘモグロビン),マンモス(3vrf,CO結合),シロザメ(1gcw,CO結合),チューブワーム(1yhu)
[右]AlphaFill構造 P69905
[左・中]1hhoのChain AのPDBsumデータ(太いスティック)とP69905構造からそれと同じアミノ酸配列を切り出したもの(細いスティック)のPyMOLによる重ね合わせ画像とその回転動画(I/O値順着色)
[右]参考図:オキシヘモグロビン1hho(スティック表示)とデオキシヘモグロビン2hhb(針金表示)のPyMOLによる重ね合わせ表示(何れもChain AのPDBsumデータ)
[左]5-HT1A受容体構造P08908と7e2y(セロトニン結合)のChain Rの重ね合わせ
[中]7e2yのPDBsumデータ(太いスティック)とP08908の該当アミノ酸配列を切り出したもの(細いスティック)のPyMOLによる重ね合わせ
[右]参考図:7e2y紹介研究の他PDBデータのPDBsumデータ比較 → Natureハイライト記事
[左・中]メラトニン受容体MT1構造P48039と7db6(ラメルテオン結合)のChain Dの重ね合わせとその回転動画
[右]7db6のPDBsumデータ
[左]Toll様受容体TLR8構造Q9NR97と7crf(CU-CPD107結合)のChain Aの重ね合わせ
[中・右]7crfのChain A・BとそのPDBsumデータ
[左・中]3-オキソ-5α-ステロイド-4-デヒドロゲナーゼ2構造P31213と7bw1(NADP-ジヒドロフィナステリド結合)の重ね合わせとその回転動画
[右]7bw1のPDBsumデータ
キナーゼSMG1・SMG8・SMG9複合体7pw5と同Chain AのAlphaFold構造(UniProt accession Q96Q15の比較 → Jmolトピック
[左・中]電位依存性陰イオンチャネル構造2jk4とP21796 [右]両者のPyMOLによる重ね合わせ
左から ビスフェノールAが結合したエストロゲン関連受容体γ2e2rのPDBsumデータとその川上モデル
AlphaFill構造 P62508から得たPDBsumデータ(LigPlot v.2.2による)
PyMOLによるAlphaFill構造 P62508表示例
同回転アニメ画像
[左・中]メラトニンが結合したキノンレダクターゼ2 2e2rおよびAlphaFill構造 P16083のPDBsumデータ → 「亀-C-C-N」構造をもつ脳内物質のSITE例
[右]PyMOLによる2e2rのChain AとAlphaFill構造 P16083の重ね合わせ
イマチニブが結合したキノンレダクターゼc-ABL 1iepおよびAlphaFill構造 P00520のPDBsumデータと後者の全体構造
→ 抗がん剤開発と標的タンパク質| PDBsumのLigand-SITE情報と有機性・無機性
[左・中]タクロリムスが結合したFK506結合タンパク質 2fkeおよびAlphaFill構造 P62942のPDBsumデータ
[右]PyMOLによる2fkeとAlphaFill構造 P62942の重ね合わせ → アトピー新薬/タクロリムス
[左・中]イベルメクチンB1aが結合したグリシン受容体 5vdhおよびAlphaFill構造 O75311のPDBsumデータと前者の全体構造(Chain A)
※PDBsumデータの前者はChain A・B含み,後者はChain A該当のみ
[右]PyMOLによる5vdhのChain AとAlphaFill構造 O75311の重ね合わせ → 別トピック
[左]葉酸受容体 4lrhおよびAlphaFill構造 P15328のPDBsumデータ
[右]PyMOLによる4lrhのChain Aと構造 P15328の重ね合わせ → 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミンAlphaFill
[左・中]プロゲステロン受容体 2w8yChain Aの構造,および同データとAlphaFill構造 P60401のPDBsumデータ
[右]PyMOLによる2w8yのChain AとAlphaFill構造 P60401の重ね合わせ → 低用量ピル
[左・中]シトクロムP450 3A4構造P08684(水色)とケトコナゾール(ketoconazole)が結合した2v0mのChain A(緑色)の重ね合わせの回転動画(タンパク質表面表示)と別動画
[右]AlphaFill構造 P08684(黄色)《1-503;リガンドをヘムとケトコナゾールだけに》
;
上掲左2者の1000万倍3Dプリンタ模型(スタジオミダスによるフルカラー樹脂プリンタでの一括出力(右端は水中,スタジオミダス撮影;川上モデルとは異なります)
[左]P08684のdisorder部分(2v0mのChain A以外の部分)のα炭素ラベル表示 [中・右]2v0mのChain AとそのPDBsumデータ
1-50
2v0m (Chain A)
Met
Ala
Tyr
Gly
Thr
His
Ser
His
Gly
Leu
Phe
Lys
Lys
Leu
Gly
Ile
Pro
Gly
Pro
Thr
Pro
Leu
Pro
Phe
Leu
Gly
Asn
Ile
P08684
Met
Ala
Leu
Ile
Pro
Asp
Leu
Ala
Met
Glu
Thr
Trp
Leu
Leu
Leu
Ala
Val
Ser
Leu
Val
Leu
Leu
Tyr
Leu
Tyr
Gly
Thr
His
Ser
His
Gly
Leu
Phe
Lys
Lys
Leu
Gly
Ile
Pro
Gly
Pro
Thr
Pro
Leu
Pro
Phe
Leu
Gly
Asn
Ile
51-100
2v0m (Chain A)
Leu
Ser
Tyr
His
Lys
Gly
Phe
Cys
Met
Phe
Asp
Met
Glu
Cys
His
Lys
Lys
Tyr
Gly
Lys
Val
Trp
Gly
Phe
Tyr
Asp
Gly
Gln
Gln
Pro
Val
Leu
Ala
Ile
Thr
Asp
Pro
Asp
Met
Ile
Lys
Thr
Val
Leu
Val
Lys
Glu
Cys
Tyr
Ser
P08684
Leu
Ser
Tyr
His
Lys
Gly
Phe
Cys
Met
Phe
Asp
Met
Glu
Cys
His
Lys
Lys
Tyr
Gly
Lys
Val
Trp
Gly
Phe
Tyr
Asp
Gly
Gln
Gln
Pro
Val
Leu
Ala
Ile
Thr
Asp
Pro
Asp
Met
Ile
Lys
Thr
Val
Leu
Val
Lys
Glu
Cys
Tyr
Ser
101-150
2v0m (Chain A)
Val
Phe
Thr
Asn
Arg
Arg
Pro
Phe
Gly
Pro
Val
Gly
Phe
Met
Lys
Ser
Ala
Ile
Ser
Ile
Ala
Glu
Asp
Glu
Glu
Trp
Lys
Arg
Leu
Arg
Ser
Leu
Leu
Ser
Pro
Thr
Phe
Thr
Ser
Gly
Lys
Leu
Lys
Glu
Met
Val
Pro
Ile
Ile
Ala
P08684
Val
Phe
Thr
Asn
Arg
Arg
Pro
Phe
Gly
Pro
Val
Gly
Phe
Met
Lys
Ser
Ala
Ile
Ser
Ile
Ala
Glu
Asp
Glu
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Trp
Lys
Arg
Leu
Arg
Ser
Leu
Leu
Ser
Pro
Thr
Phe
Thr
Ser
Gly
Lys
Leu
Lys
Glu
Met
Val
Pro
Ile
Ile
Ala
151-200
2v0m (Chain A)
Gln
Tyr
Gly
Asp
Val
Leu
Val
Arg
Asn
Leu
Arg
Arg
Glu
Ala
Glu
Thr
Gly
Lys
Pro
Val
Thr
Leu
Lys
Asp
Val
Phe
Gly
Ala
Tyr
Ser
Met
Asp
Val
Ile
Thr
Ser
Thr
Ser
Phe
Gly
Val
Asn
Ile
Asp
Ser
Leu
Asn
Asn
Pro
Gln
P08684
Gln
Tyr
Gly
Asp
Val
Leu
Val
Arg
Asn
Leu
Arg
Arg
Glu
Ala
Glu
Thr
Gly
Lys
Pro
Val
Thr
Leu
Lys
Asp
Val
Phe
Gly
Ala
Tyr
Ser
Met
Asp
Val
Ile
Thr
Ser
Thr
Ser
Phe
Gly
Val
Asn
Ile
Asp
Ser
Leu
Asn
Asn
Pro
Gln
201-250
2v0m (Chain A)
Asp
Pro
Phe
Val
Glu
Asn
Thr
Lys
Lys
Leu
Leu
Arg
Phe
Asp
Phe
Leu
Asp
Pro
Phe
Phe
Leu
Ser
Ile
Thr
Val
Phe
Pro
Phe
Leu
Ile
Pro
Ile
Leu
Glu
Val
Leu
Asn
Ile
Cys
Val
Phe
Pro
Arg
Glu
Val
Thr
Asn
Phe
Leu
Arg
P08684
Asp
Pro
Phe
Val
Glu
Asn
Thr
Lys
Lys
Leu
Leu
Arg
Phe
Asp
Phe
Leu
Asp
Pro
Phe
Phe
Leu
Ser
Ile
Thr
Val
Phe
Pro
Phe
Leu
Ile
Pro
Ile
Leu
Glu
Val
Leu
Asn
Ile
Cys
Val
Phe
Pro
Arg
Glu
Val
Thr
Asn
Phe
Leu
Arg
251-300
2v0m (Chain A)
Lys
Ser
Val
Lys
Arg
Met
Lys
Glu
Ser
Arg
Leu
Glu
Asp
Thr
Gln
Lys
His
Arg
Val
Asp
Phe
Leu
Gln
Leu
Met
Ile
Asp
Ser
Gln
Asn
Ser
Lys
Glu
Thr
Glu
Ser
His
Lys
Ala
Leu
Ser
Asp
Leu
Glu
Leu
Val
Ala
Gln
Ser
Ile
P08684
Lys
Ser
Val
Lys
Arg
Met
Lys
Glu
Ser
Arg
Leu
Glu
Asp
Thr
Gln
Lys
His
Arg
Val
Asp
Phe
Leu
Gln
Leu
Met
Ile
Asp
Ser
Gln
Asn
Ser
Lys
Glu
Thr
Glu
Ser
His
Lys
Ala
Leu
Ser
Asp
Leu
Glu
Leu
Val
Ala
Gln
Ser
Ile
301-350
2v0m (Chain A)
Ile
Phe
Ile
Phe
Ala
Gly
Tyr
Glu
Thr
Thr
Ser
Ser
Val
Leu
Ser
Phe
Ile
Met
Tyr
Glu
Leu
Ala
Thr
His
Pro
Asp
Val
Gln
Gln
Lys
Leu
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Glu
Glu
Ile
Asp
Ala
Val
Leu
Pro
Asn
Lys
Ala
Pro
Pro
Thr
Tyr
Asp
Thr
Val
P08684
Ile
Phe
Ile
Phe
Ala
Gly
Tyr
Glu
Thr
Thr
Ser
Ser
Val
Leu
Ser
Phe
Ile
Met
Tyr
Glu
Leu
Ala
Thr
His
Pro
Asp
Val
Gln
Gln
Lys
Leu
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Glu
Glu
Ile
Asp
Ala
Val
Leu
Pro
Asn
Lys
Ala
Pro
Pro
Thr
Tyr
Asp
Thr
Val
351-400
2v0m (Chain A)
Leu
Gln
Met
Glu
Tyr
Leu
Asp
Met
Val
Val
Asn
Glu
Thr
Leu
Arg
Leu
Phe
Pro
Ile
Ala
Met
Arg
Leu
Glu
Arg
Val
Cys
Lys
Lys
Asp
Val
Glu
Ile
Asn
Gly
Met
Phe
Ile
Pro
Lys
Gly
Val
Val
Val
Met
Ile
Pro
Ser
Tyr
Ala
P08684
Leu
Gln
Met
Glu
Tyr
Leu
Asp
Met
Val
Val
Asn
Glu
Thr
Leu
Arg
Leu
Phe
Pro
Ile
Ala
Met
Arg
Leu
Glu
Arg
Val
Cys
Lys
Lys
Asp
Val
Glu
Ile
Asn
Gly
Met
Phe
Ile
Pro
Lys
Gly
Val
Val
Val
Met
Ile
Pro
Ser
Tyr
Ala
401-450
2v0m (Chain A)
Leu
His
Arg
Asp
Pro
Lys
Tyr
Trp
Thr
Glu
Pro
Glu
Lys
Phe
Leu
Pro
Glu
Arg
Phe
Ser
Lys
Lys
Asn
Lys
Asp
Asn
Ile
Asp
Pro
Tyr
Ile
Tyr
Thr
Pro
Phe
Gly
Ser
Gly
Pro
Arg
Asn
Cys
Ile
Gly
Met
Arg
Phe
Ala
Leu
Met
P08684
Leu
His
Arg
Asp
Pro
Lys
Tyr
Trp
Thr
Glu
Pro
Glu
Lys
Phe
Leu
Pro
Glu
Arg
Phe
Ser
Lys
Lys
Asn
Lys
Asp
Asn
Ile
Asp
Pro
Tyr
Ile
Tyr
Thr
Pro
Phe
Gly
Ser
Gly
Pro
Arg
Asn
Cys
Ile
Gly
Met
Arg
Phe
Ala
Leu
Met
451-500
2v0m (Chain A)
Asn
Met
Lys
Leu
Ala
Leu
Ile
Arg
Val
Leu
Gln
Asn
Phe
Ser
Phe
Lys
Pro
Cys
Lys
Glu
Thr
Gln
Ile
Pro
Leu
Lys
Leu
Ser
Leu
Gly
Gly
Leu
Leu
Gln
Pro
Glu
Lys
Pro
Val
Val
Leu
Lys
Val
Glu
Ser
Arg
Asp
Gly
Thr
Val
P08684
Asn
Met
Lys
Leu
Ala
Leu
Ile
Arg
Val
Leu
Gln
Asn
Phe
Ser
Phe
Lys
Pro
Cys
Lys
Glu
Thr
Gln
Ile
Pro
Leu
Lys
Leu
Ser
Leu
Gly
Gly
Leu
Leu
Gln
Pro
Glu
Lys
Pro
Val
Val
Leu
Lys
Val
Glu
Ser
Arg
Asp
Gly
Thr
Val
501
2v0m (Chain A)
Ser
Gly
Ala
His
His
His
His
P08684
Ser
Gly
Ala
日本コンピュータ化学会@サイエンスアゴラ2021企画Y-01『原子・分子をのぞいてみよう 〜身体も地球も原子・分子という暗号でできている!〜』紹介動画のecosci.jp担当部分のロングバージョンとスライド
(3Dプリンタ模型製作:スタジオミダス)
●AlphaFold/AlphaFold2関連情報
◆RoseTTAFold関連情報 ※上掲記事で*印はRoseTTAFoldにも言及