◆ Jmolで見るトピックス分子(23-3) ◆

No.1-1011-20151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830831-840841-850851-860861-870871-880861-870881-890891-900
901-910911-920921-930931-940941-950951-960961-970971-980981-990991-1000
1001-10101011-10201021-10301031-10401041-10501051-10601061-10701071-10801081-10901091-1100
1101-11101111-1120
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報川上モデル「鍵と鍵穴」模型元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記 → No.571(環境ホルモン)No.979(カプサイシン受容体)No.1046(ディールス・アルドラーゼ)


  1. Structural anatomy of Protein Kinase C C1 domain interactions with diacylglycerol and other agonists(Nature Communications,2022/05/16) ※2022/05/04公開7l92・7leo・7lf3・7knj・7lcb・7ko6(下掲)

    インゲノール 3-アンゲラートが結合したプロテインキナーゼC(PKC)7ko6
    Protein kinase C - WikipediaIngenol mebutate - Wikipedia
    7ko6(プロテインキナーゼC) 同PDBsumデータ7ko6_lp$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    インゲノール 3-アンゲラートが結合したプロテインキナーゼC(PKC)7ko6とそのPDBsumデータ


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. Functional and Structural Insights into Human PPARα/δ/γ Subtype Selectivity of Bezafibrate, Fenofibric Acid, and Pemafibrate(International Journal of Molecular Sciences,2022/04/25) ※2022/05/25公開7wgl・7wgn・7wgo・7wgp・7wgq(下掲)

    ペマフィブラート(pemafibrate)が結合したPPARγ7wgq
    Peroxisome proliferator-activated receptor - WikipediaPemafibrate - Wikipedia
    7wgq(ペマフィブラート〈pemafibrate〉が結合したPPARγ) 同PDBsumデータ7wgq_lp$
    8hum(アゴニストのラニフィブラノール〈lanifibranor〉が結合したPPARγ) 同PDBsumデータ8hum_lp$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ペマフィブラート(pemafibrate)が結合したPPARγ7wgqとそのPDBsumデータ


    アゴニストのラニフィブラノール(lanifibranor)が結合したPPARγ8humとそのPDBsumデータ


  3. 生化学:プライマーゼ-ポリメラーゼによるプライマー合成の機構(Nature ハイライト,2022/05/26) ※2022/05/04公開データ7nqd・7nqe・7nqf・7p9j・7qaz(下掲)

    プライマーゼ-ポリメラーゼとDNA鎖の複合体7qazのChain B・D
    Primase - WikipediaDNA polymerase - Wikipedia
    7qazのChain B・D(プライマーゼ-ポリメラーゼとDNA鎖の複合体) DZ4(ligand DZ4)選択 同PDBsumデータ7qazB_DZ4_lp$

    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    プライマーゼ-ポリメラーゼとDNA鎖の複合体7qazのChain B・DとそのPDBsumデータ


  4. Molecular architecture of the human caveolin-1 complex(Science Advances,2022/05/11) ※2022/05/25公開7sc0(下掲)

    カベオリン1(Cav1)7sc0
    Caveolin - Wikipedia
    7sc0(カベオリン1)-サイトカイン受容体複合体) 残基番号54・71・72・73・74・79・85・112・116・120・128空間充填/α炭素ラベル表示

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    カベオリン1(Cav1)7sc0;右の拡大図はScience Advances誌論文Fig. 3BのR54・V71・I72・A73(Fig. 3のA72は間違い)・E54・E74・H79・W85・A112・G116・A120・W128を球表示


  5. Design and Synthesis of Tranylcypromine-Derived LSD1 Inhibitors with Improved hERG and Microsomal Stability Profiles(ACS Medicinal Chemistry Letters,2022/04/29) ※2022/06/01公開7vqs・7vqt・7vqu(下掲)

    リジン特異的ヒストン脱メチル化酵素1A(LSD1 / KDM1A)7vqu
    KDM1A - Wikipedia
    7vqu(リジン特異的ヒストン脱メチル化酵素1A) 7UQ選択 同PDBsumデータ7vqu_lp$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    リジン特異的ヒストン脱メチル化酵素1A(LSD1 / KDM1A)7vquとそのPDBsumデータ


  6. 今月の分子 270: ピルビン酸キナーゼM2(Pyruvate Kinase M2)(PDBj,2022/06)Molecule of the Month(PDB)

    ピルビン酸キナーゼM2 4fxfのChain A・D
    Pyruvate kinase - WikipediaPKM2 - Wikipedia
    4fxfのChain A・D(乳がん治療薬のモノクローナル抗体トラスツズマブが結合したHER2) ATP選択 OXL(シュウ酸イオン)選択 FBP(フルクトース二リン酸)選択

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ピルビン酸キナーゼM2 4fxfのChain A・D


  7. Structural basis of GABA reuptake inhibition(Nature,2022/06/08) ※邦題『構造生物学:GABA再取り込み阻害の構造基盤』(Nature v606 n7915),2022/06/08公開7sk2(下掲)

    チアガビン(tiagabine)が結合したGABAトランスポーター1(GAT1)7sk2
    GABA transporter type 1 - WikipediaTiagabine - Wikipedia
    7sk2(チアガビンが結合したGABAトランスポーター1〈GAT1〉)  同PDBsumデータ7sk2_lp$
    ※参考: → 20種類のアミノ酸

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    チアガビン(tiagabine)が結合したGABAトランスポーター1(GAT1)7sk2とそのPDBsumデータ


  8. アンモニア・トリメチルアミンに応答するヒトの鼻にある受容体を同定 ― 消臭作用のある香料も数種発見 ―(エステー,2022/06/10)

    トリメチルアミン(trimethylamine)
    Trimethylamine - Wikipedia
    アンモニア(ammonia;し尿のような臭い)
    トリメチルアミン(trimethylamine;腐った魚のような臭い)
    ※参考:トレースアミン関連受容体-1(TAAR1)のAlphaFold構造例:Q96RJ0_TAAR1(トレースアミン関連受容体-1〈TAAR1〉のAlphaFold構造例;UniProt accession Q96RJ0) → PDBsumサイトで入手 [TAAR1 - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]トリメチルアミン(trimethylamine;腐った魚のような臭い)
    [右]トレースアミン関連受容体-1(TAAR1)のAlphaFold構造例;UniProt accession Q96RJ0


  9. 沖縄のサンゴ礁にすむ海洋生物から強力な細胞増殖阻害物質を発見 −抗がん剤への応用が期待−(弘前大学,2022/06/13)

    イエゾシド(iezoside)
    イエゾシド(iezoside)
    ※参考:Ca2+-ATPアーゼ(SERCA)構造例:3nal(タプシガルギン誘導体が結合したSERCA) 同PDBsumデータ3nal_DBK$ [SERCA - WikipediaThapsigargin - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]イエゾシド(iezoside)
    [中・右]タプシガルギン誘導体が結合したCa2+-ATPアーゼ(SERCA)3nalとそのPDBsumデータ


  10. Mechanism of mitoribosomal small subunit biogenesis and preinitiation(Nature,2022/06/08) ※2022/06/15公開7pnt(下掲)・7pnu・7pnv・7pnw・7pny・7pnz・7po0・7po1・7po2・7po3・7po4;他に7bog・6rw4・6zm5ほか引用

    ミトリボソームの部分構造7pntのChain E・P
    Mitochondrial ribosome - Wikipedia - Wikipedia
    7pntのChain E・P(ミトリボソームの部分構造)  同PDBsumデータ7pntEP_lp$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ミトリボソームの部分構造例7pntとそのPDBsumデータ(鉄硫黄クラスター);Nature論文 Extended Data Fig. 6参照


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