◆ Jmolで見るトピックス分子(11-5) ◆

No.401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540
→ 以下は今後改変: Vol.12345678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 2014年にエボラ出血熱感染拡大危険ドラッグ

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Javaバージョンの関係でJmol分子が表示されない場合はこちらで最新版をインストールしてください。


  1. 今月の分子 181: カスケードとCRISPR(Cascade and CRISPR)(PDBj,2015/01)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 4qyz(標的ssDNAに結合したCasタンパク質-crRNA複合体)
    CRISPR - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    DNA/RNA選択 DNA選択 DNA/RNA backbone選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    4qyz(空間充填がcrRNA,小さめの球表示が標的ssDNA)


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. 画期的な新型抗生物質「Teixobactin」の有効性をマウスで実証、25年以上の戦いに終止符か(GIGAZINE,2015/01/08)

    テイクソバクチン(テキソバクチン,teixobactin)
    Teixobactin - Wikipedia

    テイクソバクチン(テキソバクチン,teixobactin)
    参考:バンコマイシン(vancomycin)
    参考(バンコマイシンが結合したPDBデータ例):1pnvのChain B(TDP-epi-vancosaminyltransferase GtfA;バンコマイシンが結合) 同PDBsumデータ1pnv_vancomycin$(リガンド名変更;MLU-OMZ-ASN-GHP-GHP-OMY-3FG → VAN)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    テイクソバクチン(テキソバクチン,teixobactin)


  3. 不登校12万人のかげで 〜広がる子どもの睡眠障害〜 - NHK クローズアップ現代(2015/01/08放送)

    PDBデータ 1tf7(時計タンパク質KaiC)
    KaiC - WikipediaCircadian rhythm - Wikipedia

    1tf7(時計タンパク質KaiC)
    メラトニン(melatonin;“睡眠ホルモン”の例)
    セロトニン(serotonin;“覚醒ホルモン”の例)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    1tf7


  4. 新刊:佐藤健太郎,「化学で「透明人間」になれますか? 人類の夢をかなえる最新研究15」,光文社新書(2014) ※一部化合物の分子モデルを以下に。

    著者の佐藤健太郎さんにサイエンスカフェにいがた『国道って何だろう』(2015/01/24,ジュンク堂書店新潟店)でお話いただきます。

    初期表示はメトホルミン(metformin)
    Metformin - Wikipedia

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金
     
    背景・黒 灰 白 
    p.17 ハーバー=ボッシュ法(アンモニア合成):N2 + 3 H2 → 2 NH3 … 窒素から見る生命の世界
    p.41 レスベラトロール:レスベラトロール(resveratrol)
    p.43 ラパマイシン:ラパマイシン(rapamycin) … 話題の制がん剤・抗がん剤
    p.44 メトホルミン:メトホルミン(metformin)
    p.54 ヒドラジン:ヒドラジン(hydrazine)
    p.60 ケブラー:ケブラー(Kevlar;商品名) … 代表的な高分子
    p.78 アンドロステノン:アンドロステノン(androstenon)
    p.80 オキシトシン:オキシトシン(oxytocin;PDB 1NPOのB鎖) …オキシトシン
    p.108 テストステロン:テストステロン(oxytocin;PDB 1NPOのB鎖) …性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝
    p.111 フォルスコリン:フォルスコリン(forskolin)
    p.115 リモナバン:リモナバン(rimonabant)
    p.116 マジンドール:マジンドール(mazindol) ※異性体あり …危険ドラッグアンフェタミン:d-アンフェタミン(dextroamphetamine) …ADHD薬
    p.117 オルリスタット:オルリスタット(orlistat)
    p.127 ヒスタミン:ヒスタミン(histamine)
    p.131 ジフェンヒドラミン:ジフェンヒドラミン(diphenhydramine)
    p.140 DHA:ドコサヘキサエン酸(docosahexaenoic acid,DHA) …有機化合物の名前・基礎の基礎
    p.145 グルタミン酸:グルタミン酸(glutamic acid) …アミノ酸メマンチン:メマンチン(memantine) …アルツハイマー病治療薬
    p.146 ピラセタム:ピラセタム(piracetam)
    p.148 メチルフェニデート:メチルフェニデート(methylphenidate) ※塩酸塩がリタリン
    p.149 モダフィニル:(R)-モダフィニル((R)-modafinil) ※別に(S)-体
    p.175 アトロピン:アトロピン(atropine) …地下鉄サリン事件 ※異性体あり
    p.179 ルミガン(一般名 ビマトプロスト):ビマトプロスト(bimatoprost) …プロスタグランジン分子データ集
    p.180 バイアグラ(一般名 シルデナフィル):シルデナフィル(sildenafil) …生活改善薬
    p.181 ロドデノール:ロドデノール(rhododenol) …Jmolトピック
    p.183 ヒアルロン酸:ヒアルロン酸(hyaluronic acid) …糖タンパク質データ集
    p.193 アナンダミド:アナンダミド(anandamide) | マリファナ(大麻):テトラヒドロカンナビノール(tetrahydrocannabinol,Δ9-THC;マリファナの有効成分) …危険ドラッグ
    p.195 イノシン酸:イノシン酸(inosinic acid)
    p.197 イボテン酸:イボテン酸(ibotenic acid)
    p.201 アスパルテーム:アスパルテーム(aspartame) …甘味物質の秘密
    p.203 ネオテーム:ネオテーム(neotame)
    p.204 グルタチオン:グルタチオン(glutathione)
    p.211 カフェイン:カフェイン(caffeine)
    p.213 エフェドリン:エフェドリン(ephedrine) | アセトアミノフェン:アセトアミノフェン(acetaminophen) | ジフェンヒドラミン:ジフェンヒドラミン(diphenhydramine)
    p.214 アスピリン(一般名 アセチルサリチル酸):アセチルサリチル酸(acetylsalicylic acid)
    p.217 ペニシリン:ペニシリンG(penicillin G) …抗生物質分子データ集
    p.221 タミフル(一般名 オセルタミビル):オセルタミビル(oseltamivir) …インフルエンザ
    p.222 リレンザ(一般名 ザナミビル):ザナミビル(zanamivir) | アビガン(一般名 ファビピラビル):ファビピラビル(favipiravir,T-705)
    p.237 サリドマイド(thalidomide):(S )-サリドマイド (R )-サリドマイド 両分子同時表示
    p.247 二酸化炭素:二酸化炭素(carbon dioxide) …温室効果ガスメタン:メタン(methane)
    p.264 メタンハイドレート:メタンハイドレート(methanehydrate;構造例) …メタンハイドレート(水素結合表示・非表示はこちらのページで)


  5. 新刊(再掲):佐藤健太郎,「化学で「透明人間」になれますか? 人類の夢をかなえる最新研究15」,光文社新書(2014) ※p.179のルミガン(一般名 ビマトプロスト;プロスタグランジン類似体)関連データを以下に。最近のプロスタグランジン関連記事も下掲。

    PDBデータ 2f38(ビマトプロストが結合したプロスタグランジンF合成酵素)
    Bimatoprost - WikipediaProstaglandin-F synthase - Wikipedia

    2f38(ビマトプロストが結合したプロスタグランジンF合成酵素) 同PDBsumデータ 2f38_15M(NADP結合)$ 15M(ビマトプロスト)選択
    ビマトプロスト(bimatoprost)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  6. RCSB PDB 2015/01/14 新規公開データより:4wnv Human Cytochrome P450 2D6 Quinine Complex ※初のキニーネ結合データ。下記記事はキニーネ関連の話題など。

    PDBデータ 4wnvのChain A(キニーネが結合したシトクロムP450 2D6)
    Cytochrome P450 - WikipediaQuinine - Wikipedia

    4wnvのChain A(キニーネが結合したシトクロムP450 2D6) 同PDBsumデータ4wnv_QI9$ QI9(キニーネ)選択
    キニーネ(quinine)
    参考(モーブ〈mauve;モーベイン,mauveine〉の構造例):モーベインA〈mauveine A〉 モーベインB〈mauveine B〉 | キニーネとモーベインA・Bの同時表示

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    A鎖(IL-18)選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]「GoogleドライブとChem3D for iPad/RCSB PDB Mobileで分子を見る」によるキニーネとモーベインA・Bの同時表示
    [右]PDBsumデータ4wnv_QI9


  7. 「国際光年」と「STEM教育」をキーワードに草の根連携はできないだろうか(GIGAZINE,2015/01/17) ※世界結晶年2014・国際光年2015に因んで結晶構造データ例を以下に

    ダイヤモンド(C),石英(水晶;SiO2),窒化ガリウム(GaN),塩化ナトリウム(NaCl)の結晶構造の同時表示

    ダイヤモンド,石英(水晶),窒化ガリウム,塩化ナトリウムの結晶構造の同時表示
    水(氷,雪)・塩化ナトリウムの結晶構造とスクロース・グルタミン酸ナトリウムの同時表示 水(氷,雪)の結晶構造のみ表示水素結合着色表示
    金(Au)・銀(Ag)・銅(Cu)の結晶構造同時表示 | 金(Au) 銀(Ag) 銅(Cu)
    参考(Siを含むPDBデータ例):1nd0のChain A-D(免疫グロブリンIgG2a) 同PDBsumデータ1nd0_DP4$ Si選択 → 別トピック


    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      

      
    2014年は世界結晶年!(様々な結晶構造)


  8. RCSB PDB 2015/01/21 新規公開データより:4u9h Ultra High Resolution Structure Of The Ni-R State Of [Nife]Hydrogenase From Desulufovibrio Vulgaris Miyazaki F ※他に4u9i(何れも新規リガンドNWN含む)。

    PDBデータ 4u9h(デスルホビブリオ・ブルガリス・ミヤザキFの[NiFe]ヒドロゲナーゼ)
    Hydrogenase - Wikipedia

    4u9h([NiFe]ヒドロゲナーゼ) 同PDBsumデータ4u9h_NWN$ NWN([NiFe]活性部位)選択
    ※参考(他の[NiFe]ヒドロゲナーゼ構造例)
    2frvのChain S・L*([NiFe]ヒドロゲナーゼ) 同PDBsumデータ2frv_FCO-O$ 同PDBsumデータ 2frv_Ni$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]4u9h(大きい球棒表示が[NiFe]活性部位)
    [右]PDBsumデータの比較(4u9h_NWNと2frv_FCO-O;アミノ酸のSを黄色で表示)


  9. 新刊:審良静男・黒崎知博,「新しい免疫入門 自然免疫から自然炎症まで」,講談社ブルーバックス(2014) ※p.25図1-5で細胞・ウイルスの双方を認識するTLR9,およびp.180の痛風特効薬コルヒチン関連データを以下に。 → 別トピック(TLR9)同(コルヒチン誘導体が結合したチューブリン-キネシン複合体)

    PDBデータ 4qdh(Toll様受容体9)
    Toll-like receptor - Wikipedia

    4qdh(Toll様受容体9)
    4o2b(コルヒチンが結合したチューブリン) 同PDBsumデータ 4o2b_LOC$ LOC(コルヒチン)選択
    コルヒチン(colchicine) [Colchicine - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    Leu選択 BCAA球表示(Leu Ile Val
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]4qdh [右]4o2bとPDBsumデータ(コルヒチン)


  10. ホップの成分にアルツハイマーやパーキンソン病の予防効果が期待できるとの研究結果(IRORIO,2015/01/31) ※記事中のキサントフモールやホップ関連別記事の成分例(フムロン,イソフムロン)を以下に。

    キサントフモール(xanthohumol)
    Xanthohumol - Wikipedia

    キサントフモール(xanthohumol)
    フムロン(humulone) | イソフムロン(isohumulone;異性体あり) | フムロンとイソフムロンの同時表示

    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 


    「GoogleドライブとChem3D for iPad/RCSB PDB Mobileで分子を見る」
    によるフムロンとイソフムロンの同時表示


「生活環境化学の部屋」ホームページJmol版「分子の学習帳」