◆ 2015年は国際光年! ◆
ecosci.jpサイト内の光関係コンテンツ例の紹介します!
International Year of Light国際光年とは
2014年は世界結晶年!



光(電磁波)の波長とエネルギー

光の波長と色


結晶と光レチナールロドプシン光化学系II複合体の部分構造緑色蛍光タンパク質GFP
参考ページ・文献ニュース


ダイヤモンド(C)の結晶構造
フラーレン(炭素の同素体)
空間充填 球棒 スティック
 
背景・黒 灰 白 

石英(SiO2)の結晶構造
二酸化ケイ素の結晶構造 左水晶と右水晶
空間充填 球棒 スティック
 
背景・黒 灰 白 

窒化ガリウム(GaN)の結晶構造
分子モデルで見るノーベル賞
空間充填 球棒 スティック
 
背景・黒 灰 白 

塩化ナトリウム(NaCl)の結晶構造
水(雪と氷)と塩化ナトリウムの結晶構造
空間充填 球棒 スティック
 
背景・黒 灰 白 


2014年は世界結晶年!(様々な結晶構造)



空間充填 球棒 スティック
   
背景・黒 灰 白 


11-cis-レチナール,all-trnas-レチナール,11-cis-ビタミンA,all-trnas-ビタミンA,β-カロテン
※1番上は生体分子模型Kawakami Model(ウシロドプシンPDB 3PQR)の11-cis-レチナールとall-trnas-レチナール



バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
RET(レチナール)選択 PDBsumによるレチナールのSITE選択
リガンドのうちレチナールのみ空間充填表示
Gly90選択 Lys296選択 *

空間充填 球棒 球60% スティック(太) 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色
糖鎖別着色:Gal Glc Man Fuc Xyl Sia GalNAc GlcNAc GlcA

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド#
水素結合(太) OFF
 
 
背景・黒 灰 白 




アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!



PyMOLによる上記モデル表示例(Chain未分割;本間作成)



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バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 A鎖選択 リガンド選択
Mn4CaO5クラスター選択 クロロフィルa(CLA)選択

空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示
 
 
背景・黒 灰 白 


Mn4CaO5クラスターの比較



バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 A鎖選択 リガンド選択
空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示
 
 
背景・黒 灰 白 


※今後も追記予定です! → 参考;Googleによるecosci.jp内“光”画像検索結果




International Year of LightLosing the Dark - Flat Screen Version



WATCH: Here's how eyes evolved 500 million years ago(ScienceAlert,2015/01/12)
※関連書籍例:サイモン・イングス,「見る ―眼の誕生はわたしたちをどう変えたか」,早川書房(2009)


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