◆ 光合成 光化学系IIの部分構造例(“歪んだ椅子”) ◆
《 旧タイトル: 光合成に関係する生体分子PDB 3ARCの部分構造例 》
光合成に関係する生体分子のSITE例
※2014/09/03に3ARCの更新データ3WU2が公開されました。

[TOPIC] 2014/12/03にSACLAによるフェムト秒X線結晶構造解析法で解析されて構造が公開されました。 → Jmolトピックス
[TOPIC] 大阪市立大学と岡山大学のチームによる研究Science誌のBreakthrough of the Year, 2011に選ばれました。

    

アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!




3arcのChain A(Thermosynechococcus vulcanusの光化学系II;現在3arcは3wu2に更新) 同PDBsumデータ 3arc_OEX(Mn4CaO5クラスター;水4分子追加)*$
光化学系IIの全体構造例: 5tis Chain A(Mn4CaO5クラスター含む)選択 Chain M(PsbMクラスター)選択 PL9(プラストキノン-9)選択
【以下参考】
  • SACLAによる2014/12/03公開データ:4ub6のChain A(同上) PL9選択
  • 2016/01/20公開データ:4yuuのChain A(cifフォーマット)
  • 2016/05/25公開データ:3jcuのChain A-Z PL9選択
  • 2016/11/23公開データ:5kafのChain A | 5kaiのChain A | 5tisのChain A PL9選択
  • 2017/02/01公開データ:5b5eのChain A | 5b66のChain A PL9選択
  • 2017/03/15公開データ:5gthのChain A | 5gtiのChain A | 5ws5のChain A | 5ws6のChain A OEY(Mn4CaO6クラスター)選択 PL9選択 ‖ ※参考: 5ws5のChain M(PsbM) | 5ws6のChain M
  • 2017/03/22公開データ:5h2fPsbM欠損)のChain A PL9選択 同PDBsumデータ5h2f_OEX$
  • 2017/08/30公開データ:5v2cのChain A [NEW!] PL9選択 同PDBsumデータ5v2c_OEX$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    Mn4CaO5クラスター選択 クロロフィルa(CLA)選択
    (一方のMn4CaO5クラスターの近傍4分子のみ)

    空間充填 球棒 球60% スティック(太) 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合(太) OFF
     
      
    背景・黒 灰 白 
  • 光合成光化学系IIの構造例3arcのChain A ほか
    ※リガンドはOEX(Mn4CaO5クラスター;近傍に水4分子),CLA(クロロフィルa),PHO(フェオフィチンa)のみ
    ※参考:
    光合成酸素発生の謎を解明(SPring-8,2011/04/18)関連動画参照

      
    PyMOLによる上記モデル表示例(左)とKawakami Model(右)

      
    PyMOLによる上記モデル表示例(左)とKawakami Model(右)

      
    PDB 5tis(Chain A・Mを球表示;左)と5ws6のChain M(PsbMサブユニット;右)



    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    Mn4CaO5クラスター選択
    (一方のMn4CaO5クラスターの近傍4分子のみ)

    空間充填 球棒 球60% スティック(太) 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合(太) OFF
     
      
    背景・黒 灰 白 
    同上
    ※リガンドはOEXのみ(近傍に水4分子)




    3arc_OEX(Mn4CaO5クラスター;水4分子追加)
    I'/O'=2.1825
    リガンド球棒表示
    タンパク質選択 Mn4CaO5クラスター選択 水分子選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

    背景・黒 灰 白 

    3wu2_OEX(Mn4CaO5クラスター;3arcの更新データ
    I'/O'=2.1825
    リガンド球棒表示
    タンパク質選択 Mn4CaO5クラスター選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

    背景・黒 灰 白 

    3jcu_OEX(Mn4CaO5クラスター)
    I'/O'=2.3923
    リガンド球棒表示
    タンパク質選択 Mn4CaO5クラスター選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

    背景・黒 灰 白 
    ※Mn4CaO5クラスターを含む2014/07/08公開データ掲載Jmolトピックス,および2014/07/15公開データ掲載トピックスNature ハイライト,2014/09/11)参照


    5kaf_OEX(Mn4CaO5クラスター)[Chain A]
    dark-adapted (S1)
    I'/O'=2.3923
    リガンド球棒表示
    タンパク質選択 Mn4CaO5クラスター選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

    背景・黒 灰 白 

    5kai_OEX(Mn4CaO5クラスター)[Chain A]
    ammonia-bound two-flash illuminated (2F-NH3; S3-enriched)
    I'/O'=2.1825
    リガンド球棒表示
    タンパク質選択 Mn4CaO5クラスター選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

    背景・黒 灰 白 

    5tis_OEX(Mn4CaO5クラスター)[Chain A]
    two-flash illuminated (2F; S3-enriched)
    I'/O'=2.3923
    リガンド球棒表示
    タンパク質選択 Mn4CaO5クラスター選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

    背景・黒 灰 白 
    ※2016/11/23公開のMn4CaO5クラスターのPDBsumデータ(Nature,2016/11/21)参照


    5ws5_OEX(Mn4CaO5クラスター)[Chain A]
    dark-adapted (S1)
    I'/O'=2.3923
    リガンド球棒表示
    タンパク質選択 Mn4CaO5クラスター選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

    背景・黒 灰 白 

    5ws6_OEX(Mn4CaO5クラスター)[Chain A]
    ammonia-bound two-flash illuminated (2F-NH3; S3-enriched)
    I'/O'=2.3923
    リガンド球棒表示
    タンパク質選択 Mn4CaO5クラスター選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

    背景・黒 灰 白 

    5ws6_OEY(Mn4CaO6クラスター)[Chain A]
    two-flash illuminated (2F; S3-enriched)
    I'/O'=2.1825
    リガンド球棒表示
    タンパク質選択 Mn4CaO5クラスター選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

    背景・黒 灰 白 
    ※2017/03/15公開のMn4CaO5クラスターおよびMn4CaO6クラスターのPDBsumデータ(SPring-8,2017/02/21)参照



    3arc全体構造


    3arcのChain A(左はリガンドとしてOEX・CLA・PHOを含み,右はOEXのみ)

      
    “歪んだ椅子”あるいは“ゆがんだ椅子”と表現されるクラスター


    “歪んだ椅子”



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