◆ Jmolで見るトピックス分子(10-3) ◆

No.401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470
→ 以下は今後改変: Vol.12345678データ名一覧

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Javaバージョンの関係でJmol分子が表示されない場合はこちらを参考にアップデートファイルを削除すれば表示されます(この方法は自己責任でお願いします)。


  1. 今月の分子 No.175: 微小管(Microtubules)(PDBj,2014/07)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 3j2u(チューブリンのヘテロ2量体;キネシン様タンパク質Klp10Aが結合)
    Microtubule - Wikipedia

    3j2u(チューブリン-キネシン様タンパク質Klp10A複合体;Chain ACがα-チューブリン,BDがβ-チューブリン,KがKlp10A) K鎖選択
    1jff(チューブリン;パクリタキセル〈商品名 タキソール Taxol〉結合) 同PDBsumデータ 1jff_TA1$
    3edlの165量体(パクリタキセルが結合したチューブリン-キネシン複合体〈Chain ABDFG×33〉;AFがα-チューブリン,BGがβ-チューブリン,Dがキネシン-13モータードメイン) α炭素のみ(4.00MB)  D鎖選択 TA1(パクリタキセル)選択 CN2(コルヒチン誘導体)選択
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    パクリタキセル(paclitaxel,商品名 タキソール Taxol)を含むチューブリン-キネシン複合体3edlの165量体(Chain ABDFG×33;α炭素のみ)


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. RCSB PDB 2014/07/01 新規公開データより:4tll Crystal structure of GluN1/GluN2B NMDA receptor, structure 1

    PDBデータ 4tll#(GluN1/GluN2B NMDA受容体)
    NMDA receptor - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    糖鎖別着色: GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  3. 耐性ウイルス抑える物質開発 京大、ヘルペスで有効性(京都新聞,2014/07/09)

    FIT-039
    Cyclin-dependent kinase 9 - Wikipedia

    FIT-039
    参考(CDK9構造例;上掲JCI誌論文に記載の3TN8, 3BLQ, 3BLRから):3tn8(CDK9/cyclin T複合体;阻害剤CAN508が結合) *  A鎖(CDK9)選択 F18(CAN508)選択 同PDBsumデータ 3tn8_F18$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    FIT-039(FIT039)


  4. RCSB PDB 2014/07/08 新規公開データより:4tnh RT XFEL structure of Photosystem II in the dark state at 4.9 A resolution ※他に4tni4tnj,,4tnkよりMn4CaO5クラスターの構造比較

    Mn4CaO5クラスターの構造比較(4tnh4tni4tnj4tnk
    Photosystem II - Wikipedia

    4tnh
    (dark state)
    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 

    4tnj
    (500 ms after the 2nd illumination)
    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 

    4tnk
    (250 μs after the third illumination)
    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 

    4tni
    (500 ms after the third illumination)
    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 


    3arc
    (参考データ:別ページ参照)
    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 


  5. RCSB PDB 2014/07/15 新規公開データより:4pbu Serial Time-resolved crystallography of Photosystem II using a femtosecond X-ray laser The S1 state ※他に4q54よりMn4CaO5クラスターの構造比較

    Mn4CaO5クラスターの構造比較(4pbu4q54
    Photosystem II - Wikipedia

    4pbu
    (S1 state)
    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 

    4q54
    (S state after two flashes(S3))
    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 


  6. RCSB PDB 2014/07/15 新規公開データより:4m4a Human Hemoglobin Nitromethane Modified ※ニトロソメタン結合ヘモグロビンのPDBsumデータを以下に(酸素結合,一酸化炭素結合のものと比較)

    ニトロソメタン結合ヘモグロビンのPDBsumデータ4m4a_HEM-NSM(酸素結合,一酸化炭素結合のものと比較)

    4m4a_HEM-NSM
    (ニトロソメタン結合;A鎖)
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 消去
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
    背景・黒 灰 白 

    参考:1hho_HEM-OXY
    (酸素結合;A鎖)
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 消去
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
    背景・黒 灰 白 

    参考:1aj9_HEM-CMO
    (一酸化炭素結合;A鎖)
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 消去
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
    背景・黒 灰 白 


  7. 池袋暴走事件、脱法ドラッグ中に新種の合成カンナビノイド(BLOGOS,2014/07/12)

    脱法ドラッグの5F-AMBとAB-CHMINACAの同時表示

    5F-AMBとAB-CHMINACAの同時表示
    5F-AMB
    AB-CHMINACA
    JWH-018
    参考(MDMA結合PDBsumデータ例):同PDBsumデータ 3gm0_B41$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  8. "認知症800万人"時代 認知症をくい止めろ 〜ここまで来た!世界の最前線〜(NHKスペシャル,2014/07/20放映) ※紹介されたシロスタゾール(cilostazol)とインスリン構造例を以下に。

    シロスタゾール(cilostazol)およびインスリン構造例
    Cilostazol - WikipediaInsulin - Wikipedia

    シロスタゾール(cilostazol)
    1trz*(インスリンの構造例) 同Chain A・B

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    「GoogleドライブとChem3D for iPadで分子を見る」
    によるシロスタゾール(cilostazol)の表示


  9. エボラ出血熱、ナイジェリアでも死者 4か国目(AFPBB News,2014/07/26) → 最新情報・資料は2014年にエボラ出血熱感染拡大へ!!

    PDBデータ 4ibb(エボラウイルスのVP35タンパク質)
    Ebola virus disease - Wikipedia

    4ibb(エボラウイルスのVP35タンパク質) 同PDBsumデータ 4ibb_1DK$
    3csy#(エボラウイルス糖タンパク質3量体;ヒト由来抗体結合)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    糖鎖別着色: GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    上掲Cover Story掲載のNature表紙と当該データ3csy(ヒト由来抗体が結合したエボラウイルス糖タンパク質3量体;画像クリックで拡大)


  10. RCSB PDB 2014/07/29 新規公開データより:4qn7 Crystal structure of neuramnidase N7 complexed with Oseltamivir

    PDBデータ 4qn7(インフルエンザウイルスのN7ノイラミニダーゼ;オセルタミビル〈GS4071〉が結合)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 タンパク質選択
    G39(GS4071)選択

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    糖鎖別着色: GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    3cl0_G39(N1)
    I'/O'=1.811
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
    背景・黒 灰 白 

    4qn7_G39(N7)
    I'/O'=1.845
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
    背景・黒 灰 白 
    その他のGS4071(オセルタミビル代謝物)を含むPDBsumデータ


「生活環境化学の部屋」ホームページJmol版「分子の学習帳」