NCT-503

阻害剤BI-4924が結合したホスホグリセリン酸デヒドロゲナーゼ（PHGDH）6rj6のChain AとPDBsumデータ
※Journal of Medicinal Chemistry誌論文（2019/07/31）参照

texanol（テキサノール）
I = 160, O = 220, I/O = 0.727

p.7 カット：1-methyl-2-pyrrolidone（1-メチル-2-ピロリドン）　texanol（テキサノール） p.85 カット：ヨウ素デンプン反応図の模式構造として26量体シクロアミロース1c58のChain AにI2を2分子添加（厳密な分子計算はしていない）　→ 別トピック p.173 カット：methamphetamine（メタンフェタミン）　d-amphetamine（d-アンフェタミン）　methylphenidate（メチルフェニデート）　caffeine（カフェイン）　cocaine（コカイン） （今後も追記します） バックボーン　二次構造 全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ） 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去 アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別 疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 　 　　 背景・黒　灰　白　紺

  
p.7：
［左］1-methyl-2-pyrrolidone（1-メチル-2-ピロリドン）
［右］texanol（テキサノール）

p.85：ヨウ素デンプン反応模式図（26量体シクロアミロース構造1c58にI₂を2分子添加；厳密な分子計算はしていない）
→ 別トピック

  
p.173：［左］morphine（モルヒネ）ほかドラッグ例の分子モデル
［右］ドラッグ例分子群の有機概念図

p.173：cocaine（コカイン）の受容体との結合模式図
※山川ほか「メディシナルケミストリー 第4版」（講談社）pp.125-126
→ コカインを含む生体分子のSITE例

阻害剤NK036が結合したユビキチン特異的プロテアーゼUSP30キメラ9f19のChain AとPDBsumデータ

参考：ユビキチンアルデヒドが結合したユビキチン特異的プロテアーゼ（UBP）1nbfのChain A,D
→ 分子モデルで見るノーベル賞（本サイト；2004年ノーベル化学賞／ユビキチン）

  
［左］p.3ほか多数 転移RNA（tRNA）例1g59（tRNA^Glu）のChain B
［右］p.11ほか多数 DNA例1gt0の3Dプリンタ模型

p.76　生化学物質の大部分はこの6種類の元素だけからできている（C・N・H・O・P・S）：
→ 生体分子の構成元素

コリバクチン（colibactin）

  
※参考：ピロリ菌による発がん関連（2005年 ノーベル生理学医学賞関連）
［左］ピロリ菌がんタンパク質CagA 4dvy　［右］ピロリ菌の好中球活性化タンパク質1ji4

デルフィニジン（delphinidin）が結合したアントシアニジン3-O-グルコシルトランスフェラーゼ4remとPDBsumデータ（-O⁺= は -OH で計算）

デルフィニジン（平板構造のdelphinidin；旧Chime版で画像作成）

フラボノイドの生合成経路（抜粋）　→ フラボノイドの生合成経路
※大村恒雄・石村巽・藤井義明 編，「P450の分子生物学　第2版」，講談社サイエンティフィク(2009)

  
［右］6PPD-Q　［左］ポリイソプレン（polyisoprene，cis-1,4結合；天然ゴムの主成分）

東部馬脳炎ウイルス（Eastern Equine Encephalitis Virus，EEEV）6mx4の部分構造（Chain A-L）