◆ Jmolで見るトピックス分子(12-2) ◆

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No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560
→ 以下は今後改変: Vol.12345678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 2014年にエボラ出血熱感染拡大危険ドラッグ

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Javaバージョンの関係でJmol分子が表示されない場合はこちらで最新版をインストールしてください。


  1. RCSB PDB 2015/02/25 新規公開データより:4uwz Native FGFR1 with an inhibitor

    PDBデータ 4uwzのChain A(阻害剤のdovitinib類縁体が結合した線維芽細胞増殖因子受容体1〈FGFR1〉)
    Fibroblast growth factor receptor 1 - Wikipedia

    4uwzChain A(阻害剤が結合した線維芽細胞増殖因子受容体1) 同PDBsumデータ4uwz_DOV [1000(A)]$
    レンバチニブ(lenvatinib)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    4uwzのChain A


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. 「体によい」食品に指針 第3の表示制度、今夏にも発売(朝日,2015/03/03) ※図中のメチル化カテキン,DHAなどをいかに。

    メチル化カテキンの例(EGCGの3-O-メチル体)

    β-クリプトキサンチン → モノはなぜ見える
    メチル化カテキンの例 | EGCG(没食子酸エピガロカテキン) | EGCGとメチル化カテキン例の同時表示 → エピガロカテキンガレート(EGCG)を含む生体分子のSITE例
    DHA(ドコサヘキサエン酸,docosahexaenoic acid)
    アントシアニンの例: シアニジン(cyanidin) | ペラルゴニジン(pelargonidin) | デルフィニジン(delphinidin) → フラボノイドの生合成経路

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    EGCGとメチル化カテキン例の同時表示


  3. 「エボラウイルスなど抗体結合構造を解明(JST,2015/03/02)

    PDBデータ 3x2d(抗体MR78と結合したマールブルグウイルスGPタンパク質)
    Amyloid beta - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    A・E・I・M鎖(マールブルグウイルスGP1)選択 B・F・J・N鎖(同GP2)選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    3x2d(ドット表面表示がマールブルグウイルスGPタンパク質,他が抗体MR78と球表示の糖鎖)


  4. 今月の分子 183: フォトトロピン(Phototropin)(PDBj,2015/03)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 2z6c(フォトトロピン1のLOV1ドメイン)
    Phototropin - WikipediaFlavin mononucleotide - Wikipedia

    2z6c(フォトトロピン1のLOV1ドメイン) 同PDBsumデータ2z6c_FMN(フラビンモノヌクレオチド)$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    2z6cと同PDBsumデータ(フラビンモノヌクレオチド)


  5. ボツリヌス毒素体内侵入の仕組み解明 食中毒予防に期待(朝日,2015/02/17)

    PDBデータ 3winの15量体(Chain A-E × 3;ボツリヌス菌のヘマグルチニン)
    Botulinum toxin - WikipediaHemagglutinin - Wikipedia

    3winの15量体(Chain A-E × 3;ボツリヌス菌のヘマグルチニン)
    3bta(A型ボツリヌス毒素)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    A・E・I・M鎖(マールブルグウイルスGP1)選択 B・F・J・N鎖(同GP2)選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]3winの15量体(Chain A-E × 3;ボツリヌス菌のヘマグルチニン) [右]3bta(A型ボツリヌス毒素)


  6. アジア産のハーブ抽出成分、エボラウイルスに有効か 研究(AFPBB News,2015/02/27)

    テトランドリン(tetrandrine)
    Tetrandrine - Wikipedia

    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 


    テトランドリン(tetrandrine)


  7. Microbial soil cleanup at Fukushima(phys.org,2015/03/10)

    PDBデータ 3ws0のChain A(β-ラクタマーゼ;Ca2+,Cl-,Cs+が結合)
    Beta-lactamase - WikipediaBioremediation - Wikipedia

    3ws0のChain A(Ca2+,Cl-,Cs+が結合したβ-ラクタマーゼ) 同PDBsumデータ3ws0_CS(Cs+$
    3ws5のPDBsumデータ3ws5_SR(Sr2+$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    3ws03ws5のPDBsumデータ


  8. RCSB PDB 2015/03/11 新規公開データより:4x56 Structure of the class D Beta-Lactamase OXA-160 V130D in Acyl-Enzyme Complex with Ceftazidime ※他に4x53,4x55。

    PDBデータ 4x56(アシル化セフタジジムが結合したβ-ラクタマーゼ)
    Beta-lactamase - WikipediaCeftazidime - Wikipedia

    4x56(アシル化セフタジジムが結合したβ-ラクタマーゼ) 同PDBsumデータ4x56_CAZ$
    セフタジジム(ceftazidime)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    4x56


  9. 細胞内巨大プロテインクリスタルの運命 −自食機構によって隔離されるタンパク質結晶−(理研,2015/03/13) ※該当PDBデータと同じ研究グループによるKikGRタンパク質構造例を下掲(2009年,細胞外で人為的に結晶化)。

    PDBデータ 4p76(蛍光タンパク質Xpa〈Crystalizable and photo-activatable:クリスパ〉)

    4p76(蛍光タンパク質Xpa,2量体)
    2ddc(紫外線を浴びて緑色から赤色に変わる蛍光タンパク質KikGR;赤色状態,2量体)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    蛍光タンパク質のXpa4p76とKikGR2ddc


  10. カメレオンの体色はなぜ七変化する?長年の謎をジュネーブ大学が解明(IRORIO,2015/03/15)


    ※Suppl Movie S1(わかりやすい別動画

    グアニン(guanine)
    Guanine - WikipediaStructural coloration - Wikipedia

    グアニン(guanine)
    ※参考(グアニンの集合構造例;PDBデータ1kf1から作成)グアニンの集合構造例(記事の結晶構造とは異なります)

    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 


    PDBデータ1kf1から作成したグアニンの集合構造例(模擬的なもので記事の結晶構造ではありません)


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