◆ Jmolで見るトピックス分子（10-4） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Javaバージョンの関係でJmol分子が表示されない場合はこちらで最新版をインストールしてください。

  1. 構造生物学： クラスC Gタンパク質共役受容体の構造（Nature ハイライト，2014/07/31）

    PDBデータ 4oo9（GPCR；代謝型グルタミン酸受容体5〈mGlu5〉）
    ［Metabotropic glutamate receptor，Class C GPCR - Wikipedia，Metabotropic glutamate receptor 5 - Wikipedia，Mavoglurant - Wikipedia］

    		4oo9（GPCR；代謝型グルタミン酸受容体5）　同PDBsumデータ 4oo9_2U8$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    2U8（マボグルラント；mavoglurant）選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    マボグルラント（mavoglurant）が結合した代謝型グルタミン酸受容体のPDBデータ例4oo9とそのPDBsumデータ

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. タンパク質分解装置の活性低下が細胞死を引き起こす初期経路の同定と食品成分による回復（京都大学，2014/07/31）

    レスベラトロールとd-セサミン（(+)-セサミン）の同時表示
    ［Resveratrol - Wikipedia，Sesamin - Wikipedia］

    		レスベラトロールとd-セサミン（(+)-セサミン）の同時表示
    レスベラトロール
    d-セサミン（(+)-セサミン）
    ※参考（レスベラトロール結合タンパク質例）：2jizのChain A-G （F1-ATPase；レスベラトロールにより阻害）　STL（レスベラトロール）選択　同PDBsumデータ 2jiz_STL（G鎖）$
    ※参考（G1-ATPase）：9io5のChain A-G （G1-ATPase）　同PDBsumデータ 9io5_ATP[800(A)]（ATP）$　同PDBsumデータ 9io5_ADP[801(B)]（ADP）$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］「GoogleドライブとChem3D for iPadで分子を見る」    によるレスベラトロールとd-セサミンの同時表示
    ［右］レスベラトロール（resveratrol）結合タンパク質例F1-ATPアーゼ2jizのPDBsumデータ


    G1-ATPase 9io5のChain A-GとPDBsumデータ

  3. 初期化および分化において鍵となるヒト内在性レトロウイルスの働き（CiRA，2014/08/05）　※山中4因子の1つであるKLF4関連データ例2wbsを以下に

    PDBデータ 2wbs（Klf4-DNA 複合体の例）
    ［KLF4 - Wikipedia］

    		バックボーン　二次構造
    DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    DNA/RNA選択　同backbone選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    山中4因子（Oct3/4・Sox2・Klf4・c-Myc）；左からPDBデータ1gt0（Oct4・Sox2），2wbs（Klf4），1nkp（c-Myc）

  4. 今月の分子 No.176: ダイニン（Dynein）（PDBj，2014/08） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    PDBデータ 3vkhのChain A・C（キイロタマホコリカビのダイニン）
    ［Dynein - Wikipedia］

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

  5. 構造生物学：サリドマイドの二通りの作用機構（Nature ハイライト，2014/08/07）

    PDBデータ 4ci1（E3ユビキチンリガーゼの構成因子DDB1-CRBN；S-サリドマイドが結合）
    ［Thalidomide - Wikipedia］

    		4ci1*（E3ユビキチンリガーゼ構成因子DDB1-CRBN）　同PDBsumデータ 4ci1_EF2$
    (S )-サリドマイド ｜ (R )-サリドマイド ｜ 両分子同時表示
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］R-サリドマイドとS-サリドマイドの模式的な構造変化　［右］S-サリドマイド（S-thalidomide）が結合したE3ユビキチンリガーゼ構成因子DDB1-CRBN 4ci1のPDBsumデータ

  6. ノーベル賞の山中伸弥さんが頭から氷水をかぶる動画【アイス・バケツ・チャレンジ】（ハフポ，2014/08/19）

    PDBデータ 4nioの10量体（Chain A×10；スーパーオキシドディスムターゼのGVTGIAQセグメント）
    ［Amyotrophic lateral sclerosis - Wikipedia，Superoxide dismutase - Wikipedia］

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    スーパーオキシドディスムターゼのGVTGIAQセグメント 4nioの10量体（Chain A×10；別トピックも参照）

  7. RCSB PDB 2014/08/19 新規公開データより：4pkn Crystal structure of the football-shaped GroEL-GroES2-(ADPBeFx)14 complex containing substrate Rubisco

    PDBデータ 4pkn（フットボール型のGroEL-GroES2-(ADPBeFx)14複合体）
    ［Chaperonin - Wikipedia，Chaperone (protein)］

    		4pkn（GroEL-GroES2-(ADPBeFx)14複合体）
    1gruのChain O〜U（分子シャペロンのGroES；1gruからGroEL部分を除いたもの）　同Chain A・O
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

  8. RCSB PDB 2014/08/26 新規公開データより：4uuj POTASSIUM CHANNEL KCSA-FAB WITH TETRAHEXYLAMMONIUM

    PDBデータ 4uujの12量体（Chain A-C×4；テトラヘキシルアンモニウムが結合したカリウムチャネル）
    ［Potassium channel - Wikipedia］

    		4uujの12量体（Chain A-C×4；テトラヘキシルアンモニウムが結合したカリウムチャネル）　XA7（テトラヘキシルアンモニウム）選択　同PDBsumデータ 4uuj_XA7_1131s$　 4uuj_XA7_1132s$　 4uuj_K_1127s$　（何れも元データに12量体データの該当アミノ酸残基追加）
    1bl8*（カリウムチャネル）　同PDBsumデータ 1bl8_K$（Kイオン）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    テトラヘキシルアンモニウムが結合したカリウムチャネル4uujの12量体（Chain A-C×4）とそのPDBsumデータ（Chain Cデータ[1132(C)]に12量体データの該当アミノ酸残基追加）

  9. 異常気象に適応せよ 〜進む農作物の温暖化対策〜 - NHK　クローズアップ現代（NHK，2014/08/28放送）

    α-グルコースとアミロース部分構造，β-グルコースとセルロース部分構造

    		α-グルコースとアミロース部分構造，β-グルコースとセルロース部分構造
    ※参考（セロビオースを含むタンパク質例）：1g0c（アルカリセルラーゼ）　→ 界面活性剤の種類
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

  10. P2Y Receptors and Blood Clotting（PSI-Nature Structural Biology Knowledgebase，2014/09）

    PDBデータ 4pxz（P2Y12受容体；アゴニスト2MeSADPが結合）
    ［P2Y12 - Wikipedia，P2Y receptor - Wikipedia］

    		4pxz（P2Y12受容体；アゴニスト2MeSADPが結合）　6AD（2MeSADP）選択　同PDBsumデータ 4pxz_6AD$
    4ntj*（P2Y12受容体；アンタゴニストAZD1283が結合）　AZJ（AZD1283）選択　同PDBsumデータ 4ntj_AZJ$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    P2Y12受容体構造例4ntjと4pxz，およびそのPDBsumデータ（各画像クリックで拡大）

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」