◆ Jmolで見るトピックス分子(10-4) ◆

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→ 最近の本サイトコンテンツから: 2014年にエボラ出血熱感染拡大危険ドラッグ

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Javaバージョンの関係でJmol分子が表示されない場合はこちらで最新版をインストールしてください。


  1. 構造生物学: クラスC Gタンパク質共役受容体の構造(Nature ハイライト,2014/07/31)

    PDBデータ 4oo9(GPCR;代謝型グルタミン酸受容体5〈mGlu5〉)

    4oo9(GPCR;代謝型グルタミン酸受容体5) 同PDBsumデータ 4oo9_2U8$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    2U8(マボグルラント;mavoglurant)選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    代謝型グルタミン酸受容体のPDBデータ例4oo9


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. タンパク質分解装置の活性低下が細胞死を引き起こす初期経路の同定と食品成分による回復(京都大学,2014/07/31)

    レスベラトロールとd-セサミン((+)-セサミン)の同時表示
    Resveratrol - WikipediaSesamin - Wikipedia

    レスベラトロールとd-セサミン((+)-セサミン)の同時表示
    レスベラトロール
    d-セサミン((+)-セサミン)
    参考(レスベラトロール結合タンパク質例):2jizのChainA-G (F1-ATPase;レスベラトロールにより阻害) STL(レスベラトロール)選択 同PDBsumデータ 2jiz_STL(G鎖)$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    「GoogleドライブとChem3D for iPadで分子を見る」
    によるレスベラトロールとd-セサミンの同時表示


  3. 初期化および分化において鍵となるヒト内在性レトロウイルスの働き(CiRA,2014/08/05) ※山中4因子の1つであるKLF4関連データ例2wbsを以下に

    PDBデータ 2wbs(Klf4-DNA 複合体の例)
    KLF4 - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    DNA/RNA選択 同backbone選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    山中4因子(Oct3/4・Sox2・Klf4・c-Myc);左からPDBデータ1gt0(Oct4・Sox2),2wbs(Klf4),1nkp(c-Myc)


  4. 今月の分子 No.176: ダイニン(Dynein)(PDBj,2014/08)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 3vkhのChain A・C(キイロタマホコリカビのダイニン)
    Dynein - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  5. 構造生物学:サリドマイドの二通りの作用機構(Nature ハイライト,2014/08/07)

    PDBデータ 4ci1(E3ユビキチンリガーゼの構成因子DDB1-CRBN;S-サリドマイドが結合)
    Thalidomide - Wikipedia

    4oo9*(E3ユビキチンリガーゼ構成因子DDB1-CRBN) 同PDBsumデータ 4ci1_EF2$
    (S )-サリドマイド | (R )-サリドマイド | 両分子同時表示

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    (R )-サリドマイドと(S )-サリドマイドの模式的な構造変化


  6. ノーベル賞の山中伸弥さんが頭から氷水をかぶる動画【アイス・バケツ・チャレンジ】(ハフポ,2014/08/19)

    PDBデータ 4nioの10量体(Chain A×10;スーパーオキシドディスムターゼのGVTGIAQセグメント)
    Amyotrophic lateral sclerosis - WikipediaSuperoxide dismutase - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  7. RCSB PDB 2014/08/19 新規公開データより:4pkn Crystal structure of the football-shaped GroEL-GroES2-(ADPBeFx)14 complex containing substrate Rubisco

    PDBデータ 4pkn(フットボール型のGroEL-GroES2-(ADPBeFx)14複合体)
    Chaperonin - WikipediaChaperone (protein)

    4pkn(GroEL-GroES2-(ADPBeFx)14複合体)
    1gruのChain O〜U(分子シャペロンのGroES;1gruからGroEL部分を除いたもの) 同Chain A・O

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  8. RCSB PDB 2014/08/26 新規公開データより:4uuj POTASSIUM CHANNEL KCSA-FAB WITH TETRAHEXYLAMMONIUM

    PDBデータ 4uujの12量体(Chain A-C×4;テトラヘキシルアンモニウムが結合したカリウムチャネル)
    Potassium channel - Wikipedia

    4uujの12量体(Chain A-C×4;テトラヘキシルアンモニウムが結合したカリウムチャネル) XA7(テトラヘキシルアンモニウム)選択 同PDBsumデータ 4uuj_XA7_1131s$  4uuj_XA7_1132s$  4uuj_K_1127s$ (何れも元データに12量体データの該当アミノ酸残基追加)
    1bl8*(カリウムチャネル) 同PDBsumデータ 1bl8_K$(Kイオン)
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  9. 異常気象に適応せよ 〜進む農作物の温暖化対策〜 - NHK クローズアップ現代(NHK,2014/08/28放送)

    α-グルコースとアミロース部分構造,β-グルコースとセルロース部分構造

    α-グルコースとアミロース部分構造,β-グルコースとセルロース部分構造
    参考(セロビオースを含むタンパク質例):1g0c*(アルカリセルラーゼ) → 界面活性剤の種類

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  10. P2Y Receptors and Blood Clotting(PSI-Nature Structural Biology Knowledgebase,2014/09)

    PDBデータ 4pxz(P2Y12受容体;アゴニスト2MeSADPが結合)
    P2Y12 - WikipediaP2Y receptor - Wikipedia

    4pxz(P2Y12受容体;アゴニスト2MeSADPが結合) 6AD(2MeSADP)選択 同PDBsumデータ 4pxz_6AD$
    4ntj*(P2Y12受容体;アンタゴニストAZD1283が結合) AZJ(AZD1283)選択 同PDBsumデータ 4ntj_AZJ$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    P2Y12受容体構造例4ntj4pxz,およびそのPDBsumデータ(各画像クリックで拡大)


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