◆ Jmolで見るトピックス分子(Vol.5) ◆
最新版
※初期表示は光合成光化学系IIのデータ例PDB 3arcのMn4CaO5クラスター
(SITE含む)
※2011年4月以前のデータはVol.4に移しました!
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本サイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。データ番号と資料番号が対応しているほか,[ ]の事項クリックで関連情報やブログエントリーにジャンプします。
※話題50件ごとにデータをアーカイブに移動します。
Vol.1(No.1-50)2(51-100)3(101-150)4(151-200)
  1. PDBデータ 3j0j(ATPアーゼ;主鎖のみ)  [ATPase - Wikipedia
  2. PDBデータ 1ri1(mRNAのキャップ形成,メチルトランスフェラーゼ) SAH選択(リガンド表示・選択不調の時) [Messenger RNA - WikipediaMethyltransferase - Wikipedia
  3. フムロン(humulone) [Humulone - Wikipedia
  4. オレアノール酸(oleanolic acid) [Oleanolic acid - Wikipedia
  5. PDBデータ 1eve(アセチルコリンエステラーゼ;塩酸ドネペジルが結合) 同PDBsumデータ 1eve_E20$ Trp84・Trp279・Phe330選択 [Acetylcholinesterase - WikipediaDonepezil - Wikipedia
  6. PDBデータ 3ciy#(Toll様受容体;二重らせんRNAを含む) ロイシン(Leu)選択 [Toll-like receptor - Wikipedia
  7. PDBデータ 1npo(ニューロフィジンII〈ニューロフィシンII〉;B鎖は結合しているオキシトシン) 同B鎖(オキシトシン) 同PDBsumデータ 1npo_oxytocin$ [Oxytocin - Wikipedia
  8. PDBデータ 3arc(光合成光化学系II) 同PDBsumデータ 3arc_OEX$ [Photosynthesis - Wikipedia
  9. PDBデータ 1oxr(ホスホリパーゼA2;アスピリンが結合) 同PDBsumデータ 1oxr_AIN$ [Phospholipase A2 - Wikipedia
  10. PDBデータ 3m9sのChain 1-9・H・L-N・R(複合体I;H・L-N・R鎖はアミノ酸種別不明) [NADH dehydrogenase - WikipediaNAD(P)H dehydrogenase (quinone) - Wikipedia
  11. PDBデータ 3sqgのChain A-C(メタン分解酵素)
  12. PDBデータ 3aod*(多剤排出タンパク質AcrB) ミノサイクリン選択 リファンピシン選択 同PDBsumデータ 3aod_RFP(リファンピシン)$ [Multiple drug resistance - WikipediaMinocycline - WikipediaRifampicin - Wikipedia
  13. ヒドロキシメチルローダミングリーン(HMRG)
  14. PDBデータ 3aon(V型ATPase) セレノメチオニン選択 [ATPase - Wikipedia
  15. PDBデータ 3r1mの8量体(FBPアルドラーゼ/ホスファターゼのアルドラーゼ状態,Chain A×8;α炭素のみ) 同PDBsumデータ 3r1m_13P$(アルドラーゼ状態;DHAP結合) ‖  PDBsumデータ 3r1m_13P$(ホスファターゼ状態;FBP結合)
  16. PDBデータ 3ayx(酸素耐性膜結合型[NiFe]ヒドロゲナーゼ;鉄硫黄クラスター含む) 同PDBsumデータ 3ayx_F4S
    H2-reduced condition)$PDBsumデータ 3ayy_SF3(ferricyanide-oxidized condition)$  [Hydrogenase - Wikipedia
  17. PDBデータ 3zux(ナトリウム依存性胆汁酸輸送体〈ASBT,コレステロール調節タンパク質〉;タウロコール酸含む) タウロコール酸選択 同PDBsumデータ 3zux_TCH(LDA含む)$ [Taurocholic acid - Wikipedia
  18. PDBデータ 1t3g(インターロイキン1受容体アクセサリータンパク質1のTIRドメイン) セレノメチオニン選択 [IL1RAPL1 - Wikipedia
  19. PDBデータ 3pe4のChain A・B(O-GlcNAc転移酵素) UDP選択(リガンド選択不調の時) [OGT (gene) - Wikipedia
  20. PDBデータ 8cel(セルラーゼTrCel7A〈理論モデル〉;グルコース9量体が結合) 同PDBsumデータ 8cel_GLC9$ [Cellulase - Wikipedia
  21. PDBデータ 9pap(パパイン) [Papain - Wikipedia
  22. PDBデータ 1j8cのModel 1(ユビキリン2〈UBQLN2,ubiquilin 2〉) [UBQLN2 - Wikipedia
  23. PDBデータ 3og7(B-Rafプロテインキナーゼ;阻害剤ベムラフェニブが結合) 同PDBsumデータ 3og7_032$ [BRAF (gene) - WikipediaVemurafenib - Wikipedia
  24. PDBデータ 2xkw(PPAR-γ;糖尿病治療薬ピオグリタゾンが結合) 同PDBsumデータ 2xkw_P1B$ [Peroxisome proliferator-activated receptor - WikipediaPioglitazone - Wikipedia
  25. PDBデータ 3pmq(外膜デカヘムシトクロームc MtrF) デカヘムとSITE部分(PDBsumデータ: 3pmq_HEC 670(A) 〜 3pmq_HEC 679(A) )$
  26. PDBデータ 3axy(フロリゲン活性化複合体〈Hd3a-14-3-3-OsFD1複合体〉;Hd3aがフロリゲン〈A・B・G・H鎖〉) Chain B・D・F・G・I・K Chain B(Hd3a,フロリゲン)
  27. PDBデータ 2xow*(ロンボイドプロテアーゼGlpG;阻害剤が結合) 同PDBsumデータ 2xow_ISM$ [Rhomboid protease - Wikipedia
  28. PDBデータ 3os3*(MAPキナーゼキナーゼ1;MEK阻害剤CH4858061が結合) [Mitogen-activated protein kinase kinase - Wikipedia
  29. PDBデータ 3rvyの4量体*(Chain AB×2;Na+チャネル) [Sodium channel - Wikipedia
  30. PDBデータ 1u6b*(RNA〈スプライシング〉,リボヌクレオタンパク質) [RNA splicing - Wikipedia
  31. PDBデータ 1vth(DNA;ダウノマイシン〈daunomycin〉が結合) [Daunorubicin - Wikipedia
  32. PDBデータ 1bht(肝細胞増殖因子) [Hepatocyte growth factor - Wikipedia
  33. PDBデータ 3pt6のChain A・C・I*(DNAメチラーゼ) [DNA methylation - Wikipedia
  34. PDBデータ 3am6のChain A(ロドプシン,光駆動型プロトンポンプ) Arg78選択 [Rhodopsin - WikipediaBacteriorhodopsin - Wikipedia
  35. プランクスタリン(pranksterin) ※この化合物の取り扱いには十分注意してください!
  36. アルクチゲニン(arctigenin) [Arctigenin - Wikipedia
  37. PDBデータ 3rze*(ヒスタミンH1受容体;ドキセピン含む(5EHとD7Vの2構造重ね合わせ)) 5EH(3E体)消去 D7V(3Z体)消去 同PDBsumデータ 3rze_5EH-D7V$  5EH(3E体)のみ表示 D7V(3Z体)のみ表示 [Histamine H1 receptor - WikipediaDoxepin - Wikipedia
  38. PDBデータ 2yfjのChain A-F(ビフェニルジオキシゲナーゼ;ジベンゾフランと鉄硫黄クラスター含む) 同PDBsumデータ 2yfj_1IT$ [Dibenzofuran - WikipediaDioxins and dioxin-like compounds - Wikipedia
  39. PDBデータ 3aicのChain A(グルカンスクラーゼ〈GSase〉;阻害剤アカルボース結合) アカルボースのSITE選択 同PDBsumデータ 3aic_ACR$ [Glucansucrase - WikipediaAcarbose - Wikipedia] ※Vol.4にも掲載
  40. PDBデータ 1jsuサイクリン依存性キナーゼ2〈A鎖〉サイクリンA〈B鎖〉不定形タンパク質p27〈C鎖〉
  41. PDBデータ 3q6xのChain A(NDM-1;加水分解したアンピシリンが結合) [New Delhi metallo-beta-lactamase 1 - WikipediaAmpicillin - Wikipedia
  42. PDBデータ 3ay1(主鎖のみ,アミノ酸種別不記載)(ダイニン) [Dynein - Wikipedia
  43. PDBデータ 3oswのChain A(ペルオキシソーム増殖剤活性化受容体γ;テトラブロモビスフェノールAが結合) 同PDBsumデータ 3osw_XDI$ [Peroxisome proliferator-activated receptor - WikipediaTetrabromobisphenol A - Wikipedia] ‖ 3pbaのChain A(同;テトラブロモビスフェノールA一硫酸塩が結合)
  44. PDBsumデータ 2wqy_FeS_3$(コハク酸デヒドロゲナーゼのフラボタンパク質サブユニットの鉄硫黄クラスター;Fe2S2,Fe4S4,Fe3S4の3種類) [Iron-sulfur cluster - Wikipedia
  45. PDBデータ 3mg0(プロテアソーム;骨髄腫治療ボルテゾミブが結合) 同PDBsumデータ 3mg0_BO2$ [Proteasome - WikipediaBortezomib - Wikipedia
  46. PDBデータ 1qnu*#(O157の志賀毒素様毒素) [Escherichia coli O157:H7 - WikipediaShiga toxin - Wikipedia
  47. PDBデータ 2xp2(未分化リンパ腫キナーゼ(ALK);クリゾチニブ(PF-02341066)が結合) 同PDBsumデータ 2xp2_VGH$ [Anaplastic lymphoma kinase - WikipediaCrizotinib - Wikipedia
  48. PDBデータ 3h1j*(シトクロムbc1) 同PDBsumデータ 3h1j_FES$ [今月の分子 2011/05(PDBj)Coenzyme Q - cytochrome c reductase - Wikipedia
  49. PDBデータ 3av6(DNAメチルトランスフェアーゼ1,Dnmt1;S-アデノシルメチオニン結合) 同PDBsumデータ 3av6_SAM$ [DNA methyltransferase - WikipediaS-Adenosyl methionine - Wikipedia
  50. PDBデータ 2ere(調節タンパク質Leu3-DNA複合体)

バックボーン 二次構造 | DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) (*印のみ)
空間充填 球棒 球10% 球25% 球30% 球60% スティック スティック(太) 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色 ‖ 濃赤 濃青  ピンク 濃ピンク   
糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcAAsn,Ser,Thr選択 | Asn Ser Thr
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示S-S結合表示   背景・黒 灰 白 
 Chain選択: A B C D E F G H I J K L M N O P Q R


アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!



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