アルツハイマー病関連PDBデータ例
《以下 旧記事》
初期表示はドネペジル(塩酸ドネペジルが商品名アリセプト)
ドネペジル(donepezil)および同分子結合ヒトアセチルコリンエステラーゼ例6o4wのChain AとそのPDBsumデータ
初期表示はアルツハイマー病のアミロイドβ線維2mxuのModel 1
& Acetylcholinesterase: A gorge-ous enzyme(PDBe)参照;Jmolトピックスでも紹介
42残基のアミロイドβ線維2mxuおよび5kk3のModel 1(いずれも残基番号11-42)
[左]アミロイドβ2naoのModel 1(残基番号1-42 → PNAS論文)
[右]アルツハイマー病患者の脳から得られたアミロイドβ線維前駆体タンパク質6shs(残基番号1-40 → Nature Communications論文)
アルツハイマー病患者の脳に蓄積するタウタンパク質フィラメント(Paired helical filament)5o3l
前頭側頭葉変性症(FTLD)患者からのTAF15アミロイドフィラメント8ons
(残基番号7-99 → Nature論文) | Jmolトピック(FTLD関連)
●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順(特性基 R)
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 | Log Pをポケットに!
■参考情報
リバスチグミン(左)とガランタミン(右)
T-817MA
【参考】治験中のタウタンパク質凝集阻害剤TRx0237(商品名 LMTX)についての情報例
参考:タウタンパク質ペプチド(球棒表示)と14-3-3σタンパク質(針金表示)の構造例;PDBデータ4fl5のChain A・P
※Tau protein - Wikipedia | 14-3-3 protein
薬理色素NK-4(キノリン骨格3核シアニン系色素;2つのI-1は略)
参考:BDNFの構造例1bnd
(海外ニュースに掲載)
阻害剤OM00-3(Chain C)が結合したβ-セクレターゼ1m4hのChain A
(トピックス分子に掲載)
β-セクレターゼ BACE1のpH 5.0における構造2zhrのA鎖・C鎖(阻害剤OM99-2;空間充填部分含む):球棒はAsp32・Asp228
※pH 4.0は2zhs,pH 4.5は2zht,pH 5.0(阻害剤なし)は2zhu,pH 7.0は2zhv
L-ホモシステイン酸(homocysteic acid,2-アミノ-4-スルホブタン酸;分子上掲)
カルノシン酸(carnosic acid;Chime分子)
コレステロール(cholesterol;Chime分子)
参考:TDP43のPDBデータ例2cqgのModel 1(他に1wf0)
プロスタグランジンD2(Chime分子;プロスタグランジン分子データ集,アルツハイマー病治療薬参照)
番組中で紹介された治験中の新薬トラミプロセート(tramiprosate;3-amino-1-propanesulfonic acid)
Protein Fibrilの例2begのModel 1〔左〕とそのChain A〔右〕
参考:ソマトスタチン〔左〕とβアミロイド分解酵素ネプリライシンの構造例1r1h〔右〕
同研究による糖鎖識別ユビキチン連結酵1umi(糖鎖GlcNAc×2と近傍Phe177・Tyr279・Trp280・Lys281を強調)
※参考:古川鋼一ほか 編,「波及・深化する糖鎖研究」,羊土社(2007),表紙・巻頭カラー図17・p.232図1
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