◆ Jmolで見るトピックス分子(20-1) ◆

No.1-1011-20151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830831-840841-850851-860861-870871-880861-870881-890891-900
901-910911-920921-930931-940941-950
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: ネオニコチノイド系農薬問題川上モデル「鍵と鍵穴」模型元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。


  1. Molecular mechanism of light-driven sodium pumping(Nature Communications,2020/05/01) ※2020/05/27公開データ6xytを下掲(他に6yby・6ybz・6yc0・6yc1・6yc2・6yc3・6yc4公開)

    PDBデータ 6xytのChain A(光駆動ナトリウムポンプKR2)
    Deoxyhypusine synthase - Wikipedia
    6xytのChain A(光駆動ナトリウムポンプKR2) LYR(レチナール結合LYSINE)選択 Na+イオン選択 S70・L74・R109・N112・W113・D116・D251(Nature Communications論文中のアミノ酸残基;6xyt関連以外も含む)選択&α炭素ラベル表示 同PDBsumデータ6xyt_NA[319(A)]$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    光駆動ナトリウムポンプKR2の構造例6xyt(100KにおけるO-state;Nature Communications論文中のアミノ酸残基S70・L74・R109・N112・W113・D116・D251をスティック表示)と同PDBsumデータ


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. RCSB PDB 2020/06/03新規公開データより:6l7y Crystal structure of Cet1 from Trypanosoma cruzi in complex with #466 ligand ※他に6l7v・6l7w・6l7x(化合物 #951結合)公開

    PDBデータ 6l7y(RNAトリホスファターゼ)
    RNA triphosphatase - Wikipedia
    6l7y(RNAトリホスファターゼ) JJY(化合物 #466)選択 同PDBsumデータ6l7y_JJY$PDBsumデータ6l7x_E7R(化合物 #951結合)$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    化合物 #466が結合したRNAトリホスファターゼ6l7yとそのPDBsumデータ(化合物 #951結合6l7xとの比較)


  3. RCSB PDB 2020/06/10新規公開データより:6p6l HCV NS3/4A protease domain of genotype 1a in complex with glecaprevir ※他に6p6m・6p6o・6p6r〜6p6t・6p6v・6p6z公開

    PDBデータ 6p6l(グレカプレビル〈glecaprevir〉が結合したHCV NS3/4Aプロテアーゼ)
    NS3 (HCV) - WikipediaNS4A - WikipediaGlecaprevir - Wikipedia
    6p6l(グレカプレビル〈glecaprevir〉が結合したHCV NS3/4Aプロテアーゼ) O31(グレカプレビル)選択 同PDBsumデータ6p6l_O31$PDBsumデータ6p6s_O31$ PDBsumデータ6p6t_O31$ PDBsumデータ6p6v_O31$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    グレカプレビル(glecaprevir)が結合したHCV NS3/4Aプロテアーゼ6p6lおよびそのPDBsumデータ(6p6s6p6t6p6vとの比較)


  4. RCSB PDB 2020/06/17新規公開データより:6vkk Crystal Structure of human PARP-1 CAT domain bound to inhibitor rucaparib ※他に6vkq(阻害剤EB-47結合)公開

    PDBデータ 6vkkのChain A(阻害剤ルカパリブ〈rucaparib〉が結合したポリ(ADP-リボース)ポリメラーゼ1〈PARP-1〉)
    PARP1 - WikipediaRucaparib - Wikipedia
    6vkkのChain A(ルカパリブ〈rucaparib〉が結合したポリ(ADP-リボース)ポリメラーゼ1〈PARP-1〉) RPB(ルカパリブ)選択 同PDBsumデータ6vkk_RPB$PDBsumデータ6vkq_UHB$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    阻害剤ルカパリブ(rucaparib)が結合したポリ[ADP-リボース]ポリメラーゼ1(PARP-1)6vkkのChain AとそのPDBsumデータ(阻害剤EB-47結合の6vkqとの比較)


  5. 構造生物学:特徴が明らかになったTASKチャネル(Nature ハイライト,2020/06/18 ※“TASKチャネルは、2ポアドメインカリウム(K2P)チャネルで、心拍数や睡眠/覚醒周期などの調節に重要な役割を果たしている”。

    PDBデータ 6rv3のChain A(阻害剤BAY 1000493が結合したTASKチャネル)
    Two-pore-domain potassium channel - Wikipedia
    6rv3のChain A(阻害剤BAY 1000493が結合したTASKチャネル) KKQ(BAY 1000493)選択 同PDBsumデータ6rv3_KKQ$(A・B座標のA座標) | PDBsumデータ6rv4_KKZ(阻害剤BAY 2341237結合)$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    阻害剤BAY 1000493が結合したTASKチャネル6rv3のChain A(BAY 1000493はA・B座標重ね表示)とそのPDBsumデータ(A座標;BAY 2341237結合の6rv4との比較)


  6. RCSB PDB 2020/07/01新規公開データより:6y34 Streptavidin wildtype with a biotC4-1 cofactor - an artificial iron hydroxylase ※他に6y25・6y33・6y34・6y2m・6y3q公開

    PDBデータ 6y2t(biotC4-1コファクターが結合したストレプトアビジン)
    Streptavidin - Wikipedia
    6y2t(biotC4-1コファクターが結合したストレプトアビジン)
    ※別研究から:7efcの4量体(Chain A×4;ビオチンが結合したストレプトアビジン) 同PDBsumデータ7efc_BTN$PDBsumデータ7efd_BTN$ [Biotin - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]biotC4-1コファクターが結合したストレプトアビジン6y2t [右]ビオチンが結合したストレプトアビジン7efcの4量体(Chain A×4)そのPDBsumデータ(7efdとの比較)


  7. 今月の分子 247: ミエリン関連糖タンパク質(Myelin-associated Glycoprotein)(PDBj,2020/07)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 5lf5の2量体(Chain A×2;ミエリン関連糖タンパク質)
    Myelin-associated glycoprotein - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ミエリン関連糖タンパク質5lf5の2量体(Chain A×2)


  8. 書籍紹介: 田口善弘,「生命はデジタルでできている 情報から見た新しい生命像」,講談社ブルーバックス(2020)

    転移RNA構造例PDBデータ 1g59(tRNAGlu)のChain B
    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 (*印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示  
      
    背景・黒 灰 白 
    p.3ほか DNA/p.4ほか 二重螺旋/p.19ほか RNA:(以下はDNA部分構造例) → DNAとRNAのいろいろな姿
    1gt0のChain A・B(Oct4・Sox2・DNA 複合体;DNAのみ) | 1gt0全体* C鎖(Oct1)選択 D鎖(Sox2)選択 → Oct1/Sox2/DNA 複合体
    p.12・21・112ほか セントラルドグマ/p.32ほか コドン/p.112 RNAワールド仮説: → コドンと遺伝暗号表
    DNA部分構造例(mol形式データは塩基色表示ができません) H原子消去
    A-Tx2_G-Cx2  A-T_G-C(mol形式;以下の2データの同時表示)
    A-T 同mol形式
    G-C 同mol形式
    p.17ほか ウラシル(U):UUUUUUUUUUUUの構造例 → コドンと遺伝暗号表
    p.27 岡崎フラグメント:1gtcのModel 1(岡崎フラグメント構造例)
    p.33ほか 転移RNA(tRNA):1g59のChain B(tRNA構造例;tRNAGlu) 同Chain A・B(tRNAGluとGluRSの複合体)
    p.35・142ほか ヘモグロビン: → ヘモグロビン
    p.37・202ほか ヒストン/p.204 ヌクレオソーム:PDBデータ 1aoi(ヒストンを含むヌクレオソームの構造例) ヒストンH2A選択 H2B選択 H3選択 H4選択 [Histone - WikipediaNucleosome - Wikipedia
    いろな姿
    p.48ほか ロバスト: → DNAの脆弱性と強靭性
    p.57・96ほか イントロン・エキソン/p.96ほか スプライシング:1u6b(スプライシング時の投げ縄状構造例)Chain B(イントロン)選択 Chain C(エキソン)選択
    p.72 iPS細胞: → Oct1/Sox2/DNA 複合体 - iPS細胞の山中因子から
    p.75ほか RNAi法: → 2006年ノーベル生理学医学賞:RNA干渉
    p.80 RNAポリメラーゼ:6j4y(DNA/RNAが結合したRNAポリメラーゼの構造例) → Science誌論文別トピック [RNA polymerase - Wikipedia
    p.100ほか クリスパー: → CRISPR関連生体分子データ - ゲノム編集を考える
    p.100ほか ウイルス: → 本サイト“ウイルス”Google検索結果
    p.107 二〇種類のアミノ酸/p.121ほか アミノ酸:アミノ酸20種全表示(有機概念図I/O値順,pdb形式) |  → アミノ酸
    p.109 食塩:塩化ナトリウム(NaCl)の結晶構造
    p.109ほか 水:水(water)
    p.111ほか RNAワールド仮説: → コドンと遺伝暗号表
    p.116ほか タンパクの構造は一次から四次までの構造/p.116ほか αヘリックス・βシート: → ヘモグロビン(一次構造〜四次構造の例として)
    p.125ほか 受容体: → 本サイト“受容体 OR レセプター”Google検索結果GPCR(多彩な受容体例)
    p.129・131ほか 光受容体: → モノはなぜ見える
    p.135ほか 抗体: → 本サイト“抗体”Google検索結果
    p.137 ハブ毒:1bj3(ハブ毒構造例;血液凝固因子IXサブユニットAおよびB])
    p.140 薬とは何か?: → 日本発の医薬品
    p.145・193ほか オプジーボ(物質名ニボルマブ)/p.146 PD-L1/p.147 PD-1:5ggrのChain A・B・Y(ニボルマブのFabが結合したPD-1) Chain Y(PD-1)選択 3bik(PD-1/PD-L1複合体) Chain C(PD-1)選択 …本庶らによるPDBデータ(他にPD-L1のみの3bis) → 分子モデルで見るノーベル賞別トピック
    p.159 光合成: → 光合成に関係する生体分子のSITE例
    p.159 呼吸鎖: → 別トピック
    p.159ほか グルコース:α-グルコース(α-glucose) β-グルコース(β-glucose) → 甘味物質の秘密
    p.164ほか がん: → 話題の制がん剤・抗がん剤抗がん剤開発と標的タンパク質
    p.183ほか エピジェネティックス/p.185・192ほか DNAのメチル化: → 別トピック
    p.208 概日リズム: → 別トピック
    p.208 ドーパミン:ドーパミン/ドパミン(dopamine) → 抗うつ剤と神経伝達物質
    p.213 環境ホルモン: → 環境ホルモン情報環境ホルモンとして疑われている化合物例

        
    [左]DNA(p.3)の3Dプリンタ模型 [中]転移RNA(tRNA)1g59(tRNAGlu)のChain B(p.33) [右]DNA/RNAが結合したRNAポリメラーゼ6j4yp.80

        
    [左]スプライシング時の投げ縄状構造例1u6bB鎖:イントロン C鎖:エキソンp.96) [中]20種類のアミノ酸p.107) [右]タンパク質の一次構造〜四次構造の例としてヘモグロビン4hhbp.117

      
    [左]ニボルマブ(商品名 オプジーボ)のFabが結合したPD-1 5ggrp.145) [右]PD-L1が結合したPD-1 3bikp.147

      
    [左]呼吸鎖複合体I 4heaのChain 1-HとFMN(フラビンモノヌクレオチド)(p.159) [右]ヒストンを含むヌクレオソームの構造例1aoip.202


  9. エーザイ、自社創製の新規不眠症治療薬「デエビゴ(R)」(一般名:レンボレキサント)が日本において不眠症に対する適応で新発売(朝日,2020/07/06)

    レンボレキサント(lemborexant)
    Lemborexant - Wikipedia
    レンボレキサント(lemborexant)
    ※例レンボレキサント結合PDBデータ例:6totのChain A(レンボレキサントが結合したオレキシン1〈OX1〉受容体) NRK(レンボレキサント)選択 同PDBsumデータ6tot_NRK[401(A)]$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    [左]レンボレキサント(lemborexant) [中・右]レンボレキサントが結合したオレキシン1(OX1)受容体6totのChain AとそのPDBsumデータ


  10. アデュカヌマブ、アルツハイマー治療薬として米国FDAへ生物製剤ライセンス申請完了(エーザイ,2020/07/08)

    PDBデータ 6co3(アミロイドβが結合したアデュカヌマブの構造例)
    Aducanumab - Wikipedia
    6co3(阻害剤BAY 1000493が結合したTASKチャネル) Chain Q(アミロイドβ)選択 同PDBsumデータ6co3_ALA~ASP(ALA-GLU-PHE-ARG-HIS-ASP)$
    ※参考(他のアミロイドβ構造例):2naoのModel 1〔アルツハイマー病に関連する42残基のアミロイドβ線維;残基番号1-42〕 残基番号2-7(ALA-GLU-PHE-ARG-HIS-ASP)選択

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左・中]アミロイドβが結合したアデュカヌマブ(aducanumab)の構造例6co3とそのPDBsumデータ
    [右]他のアミロイドβ構造例2naoのModel 1(残基番号1-42);球表示は残基番号2-7(ALA-GLU-PHE-ARG-HIS-ASP)


    第95回サイエンスカフェにいがた(2016/10/16)でaducanumab紹介(紹介論文(2016)会場写真参照)


    ※アミロイドβのアミノ酸配列例:6co3(太字がChain Qに含まれる部分)と2naoの比較
    PDB 6CO3 (Chain Q)
    Asp Ala Glu Phe Arg His Asp Ser Gly Tyr Glu
    PDB 2NAO Asp Ala Glu Phe Arg His Asp Ser Gly Tyr Glu Val His His Gln Lys Leu Val Phe Phe Ala Glu Asp Val Gly Ser Asn Lys Gly Ala Ile Ile Gly Leu Met Val Gly Gly Val Val Ile Ala


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