ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
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カーボンナノベルト(carbon nanobelt,CNB;還数12)の計算構造例
[左]アントラセンが結合したナフタレン-1,2-ジオキシゲナーゼ2hmm [中]参考PDBsumデータ [右]フラーレン結合デノボデザインペプチド5et3のPDBsumデータ
鉄硫黄クラスタータンパク質TtuA 5b4eとそのPDBsumデータ(他のFe4S4クラスターとの比較参照)
[Cytochrome P450 - Wikipedia,Ergocalciferol - Wikipedia]
[左]1α,25-ジヒドロキシビタミンD2が結合したシトクロムP450 5x7e
[右]ビタミンD類が結合したP450のPDBsumデータ例
[Calcium pump - Wikipedia,Calcium ATPase - Wikipedia]
左からリン脂質,AlF4-,ADP,Ca2+が結合したカルシウムポンプ5xa8とそのリン脂質部分の例(Lys,Argのドット表面表示),およびPDBsumデータ(リン脂質とAlF4-)
※中央の図の右側はSPring-8プレスリリース(2017/05/04)参照
[Taste receptor - Wikipedia,TAS1R2 - Wikipedia]
グルタミンが結合した味覚受容体T1r2-T1r3ヘテロ二量体5x2mのChain A・BとそのPDBsumデータ(Chain A・B・Dの比較)
味覚受容体T1r2-T1r3ヘテロ二量体のPDBsumデータ(上から);5x2q(グリシン結合),5x2n(アラニン結合),5x2o(アルギニン結合),5x2m(グルタミン結合),5x2p(グルタミン酸結合)
AGCGAリッチのDNA四重鎖構造例 5m2l
[Riboswitch - Wikipedia,Aptamer - Wikipedia]
[左]アデニンが結合したアデニンリボスイッチアプタマードメイン5swe [右]5swd(アデニン結合途中)と5sweのPDBsumデータ
左からシュードウリジマイシン(pseudouridimycin,PUM)と同分子が結合したRNAポリメラーゼ5x21および同PDBsumデータ(アミノ酸残基・核酸塩基それぞれのI・O加算してI''/O''値算出)
リファンピシン(リファンピン)が結合したRNAポリメラーゼ5uhgとそのPDBsumデータ
[Benzo(a)pyren - Wikipedia]
[左]3-ヒドロキシベンゾ[a]ピレンが結合したFabフラグメント22F12 5nbwのChain L・H
[右]5nbw,1em4,1dxaのPDBsumデータ比較