◆ Jmolで見るトピックス分子(15-5) ◆

No.401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740
→ 以下は今後改変: Vol.12345678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: ネオニコチノイド系農薬問題2014年にエボラ出血熱感染拡大危険ドラッグ

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11およびFirefox(バージョン51以前)で閲覧できます。


  1. 夢の筒状炭素分子「カーボンナノベルト」の合成に成功 〜単一構造のカーボンナノチューブの実現に道を拓く〜(JST,2017/04/14) [NEW!]

    カーボンナノベルト(carbon nanobelt;CNB)の構造例(還数12;分子ツールによるPM3計算構造)

    カーボンナノベルト(carbon nanobelt)の構造例(還数12)
    カーボンナノチューブ(アームチェア型の例) → フラーレン
    ※参考(CNBの部分構造例としてアントラセンまたはフェナントレン,および関連構造フラーレンを含むPDBデータ例;ただしアントラセンとフェナントレンは平板構造)
    2hmm(アントラセン〈anthracene〉が結合したナフタレン-1,2-ジオキシゲナーゼ) AN3(アントラセン)選択 FES(Fe2S2クラスター)選択 同PDBsumデータ 2hmm_AN3$ [Naphthalene 1,2-dioxygenase - Wikipedia
    2hmk(フェナントレン〈phenanthrene〉が結合したナフタレン-1,2-ジオキシゲナーゼ) PEY(フェナントレン)選択 同PDBsumデータ 2hmk_PEY$
    5et3の4量体(Chain A・B×2;フラーレン(fullerene,C60)結合デノボデザインペプチド) 同PDBsumデータ5et3_60C [101(A)] | 5hknのPDBsumデータ5hkn_60C [101(B)] | 5hkrのPDBsumデータ5hkr_60C [101(B)] → 別トピック

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    カーボンナノベルト(carbon nanobelt,CNB;還数12)の計算構造例

        
    [左]アントラセンが結合したナフタレン-1,2-ジオキシゲナーゼ2hmm [中]参考PDBsumデータ [右]フラーレン結合デノボデザインペプチド5et3のPDBsumデータ


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. RCSB PDB 2017/05/03 新規公開データより:5b4e Enzyme Veg136 protein in complex with ligand [NEW!] ※他に5gha5b4f未公開)

    PDBデータ 5b4e(鉄硫黄クラスタータンパク質TtuA)
    5b4e(鉄硫黄クラスタータンパク質TtuA) SF4(Fe4S4クラスター)選択 同PDBsumデータ 5b4e_SF4$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    鉄硫黄クラスタータンパク質TtuA 5b4eとそのPDBsumデータ(他のFe4S4クラスターとの比較参照)


  3. RCSB PDB 2017/05/10 新規公開データより:5x7e Crystal structure of vitamin D hydroxylase cytochrome P450 105A1 (R84A mutant) in complex with 1,25-dihydroxyvitamin D2 [NEW!]

    PDBデータ 5x7e(1α,25-ジヒドロキシビタミンD2が結合したシトクロムP450)
    Cytochrome P450 - WikipediaErgocalciferol - Wikipedia
    5x7e(1α,25-ジヒドロキシビタミンD2が結合したシトクロムP450) 7ZU(1α,25-ジヒドロキシビタミンD2)選択 同PDBsumデータ 5x7e_7ZU$
    ビタミンD2(エルゴカルシフェロール,ergocalciferol) ‖ ビタミンD3(コレカルシフェロール,cholecalciferol) | 活性型(カルシトリオール,calcitriol)
    ※参考(他のビタミンD類が結合したP450構造例):
    3czhのChain A(ビタミンD2が結合したP450) 同PDBsumデータ 3czh_D2V$
    3c6gのChain B(ビタミンD3が結合したP450) 同PDBsumデータ 3c6g_VD3$
    2zbz(1α,25-ジヒドロキシビタミンD3が結合したP450) 同PDBsumデータ 2zbz_VDX$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]1α,25-ジヒドロキシビタミンD2が結合したシトクロムP450 5x7e
    [右]ビタミンD類が結合したP450のPDBsumデータ例


  4. RCSB PDB 2017/05/17 新規公開データより:5xa8 Complete structure factors and an atomic model of the calcium pump (SERCA1A) and associated phospholipids in the E1-ALF4-ADP-2CA2+ crystals [NEW!] ※他に5xa75xa95xaa5xab

    PDBデータ 5xa8(リン脂質,AlF4-,ADP,Ca2+が結合したカルシウムポンプ)
    Calcium pump - WikipediaCalcium ATPase - Wikipedia
    5xa8(リン脂質,AlF4-,ADP,Ca2+が結合したカルシウムポンプ) PCW(リン脂質)選択 同PDBsumデータ5xa8_PCW[1017(A)] 同PDBsumデータ5xa8_ALF(AlF4-
    5xa7(リン脂質,Ca2+が結合したカルシウムポンプ)
    ※他のカルシウムポンプ構造例
    1su4(Ca2+が結合したカルシウムポンプ)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 Lys・Arg(リシン・アルギニン)選択 Trp(トリプトファン)選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    左からリン脂質,AlF4-,ADP,Ca2+が結合したカルシウムポンプ5xa8とそのリン脂質部分の例(LysArgのドット表面表示),およびPDBsumデータ(リン脂質とAlF4-
    ※中央の図の右側はSPring-8プレスリリース(2017/05/04)参照


  5. RCSB PDB 2017/05/24 新規公開データより:5x2m Crystal structure of the medaka fish taste receptor T1r2a-T1r3 ligand binding domains in complex with L-glutamine [NEW!] ※他に5x2n(アラニン結合)・5x2o(アルギニン結合)・5x2p(グルタミン酸結合)・5x2q(グリシン結合)

    PDBデータ 5x2mのChain A・B(グルタミンが結合した味覚受容体T1r2-T1r3ヘテロ二量体)
    Taste receptor - WikipediaTAS1R2 - Wikipedia
    5x2mのChain A・B(グルタミンが結合した味覚受容体T1r2-T1r3ヘテロ二量体) GLN(リガンドのグルタミン)選択 同PDBsumデータ5x2m_GLN[951(A)]$ 同PDBsumデータ5x2m_GLN[951(B)]$ 同PDBsumデータ5x2m_GLN[951(D)]$
    5x2n(アラニンが結合した味覚受容体T1r2-T1r3ヘテロ二量体)のPDBsumデータ5x2n_ALA[951(A)]$ 同PDBsumデータ5x2n_ALA[951(B)]$ ALA(リガンドのアラニン)選択
    5x2o(アルギニンが結合した味覚受容体T1r2-T1r3ヘテロ二量体)のPDBsumデータ5x2o_ARG[951(A)]$ 同PDBsumデータ5x2o_ARG[951(B)]$ ARG(リガンドのアルギニン)選択
    5x2p(グルタミン酸が結合した味覚受容体T1r2-T1r3ヘテロ二量体)のPDBsumデータ5x2p_GLU[951(A)]$ 同PDBsumデータ5x2p_GLU[951(B)]$ 同PDBsumデータ5x2p_GLU[951(D)]$ GLU(リガンドのグルタミン酸)選択
    5x2q(グリシンが結合した味覚受容体T1r2-T1r3ヘテロ二量体)のPDBsumデータ5x2q_GLY[951(A)]$ 同PDBsumデータ5x2q_GLY[951(B)]$ GLY(リガンドのグリシン)選択

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    グルタミンが結合した味覚受容体T1r2-T1r3ヘテロ二量体5x2mのChain A・BとそのPDBsumデータ(Chain A・B・Dの比較)






    味覚受容体T1r2-T1r3ヘテロ二量体のPDBsumデータ(上から);5x2q(グリシン結合),5x2n(アラニン結合),5x2o(アルギニン結合),5x2m(グルタミン結合),5x2p(グルタミン酸結合)


  6. RCSB PDB 2017/05/31 新規公開データより:5m2l Structure of DNA tetrameric AGCGA-quadruplex adopted by 15-mer d(GCGAGGGAGCGAGGG), VK34, oligonucleotide found in regulatory region of the PLEKHG3 human gene [NEW!] ※他に5m1l

    PDBデータ 5m2lのModel 1(AGCGAリッチのDNA四重鎖)
    5m2lのModel 1(AGCGAリッチのDNA四重鎖)
    5m1lのModel 1(同上)

    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 DNA/RNA選択 同backbone選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    AGCGAリッチのDNA四重鎖構造例 5m2l


  7. 今月の分子 210: アデニンリボスイッチの動き(Adenine Riboswitch in Action)(PDBj,2017/06) [NEW!]Molecule of the Month(PDB) ※5sweを以下に

    PDBデータ 5swe(アデニンが結合したアデニンリボスイッチアプタマードメイン)
    Riboswitch - WikipediaAptamer - Wikipedia
    5swe(アデニンが結合したアデニンリボスイッチアプタマードメイン) 同PDBsumデータ5swe_ADE$
    5swdのPDBsumデータ5swd_ADE$(アデニン結合途中のアデニンリボスイッチアプタマードメイン)

    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]アデニンが結合したアデニンリボスイッチアプタマードメイン5swe [右]5swd(アデニン結合途中)と5sweのPDBsumデータ


  8. 新抗生物質「シュードウリジマイシン」、耐性菌に高い効果(AFPBB News,2017/06/18) [NEW!] ※シュードウリジマイシン(pseudouridimycin,PUM),リファンピシン(rifampicin;リファンピン,rifampin),シュードウリジマイシン結合PDBデータ5x21を以下に。

    シュードウリジマイシン(pseudouridimycin,PUM)
    シュードウリジマイシン(pseudouridimycin,PUM) | リファンピシン(rifampicin;リファンピン,rifampin) [Rifampicin - Wikipedia
    5x21(シュードウリジマイシンが結合したRNAポリメラーゼ) PUM(シュードウリジマイシン)選択 同PDBsumデータ5x21_PUM$
    ※参考(リファンピシンが結合したPDBデータ例):5uhg(リファンピシンが結合したRNAポリメラーゼ) RFP(リファンピシン)選択 同PDBsumデータ5uhg_RFP$

    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    左からシュードウリジマイシン(pseudouridimycin,PUM)と同分子が結合したRNAポリメラーゼ5x21および同PDBsumデータ(アミノ酸残基・核酸塩基それぞれのI・O加算してI''/O''値算出)


    リファンピシン(リファンピン)が結合したRNAポリメラーゼ5uhgとそのPDBsumデータ


  9. Engineering protein stability with atomic precision in a monomeric miniprotein(Nature Chemical Biology,2017/05/22) [NEW!] ※5lo25lo35lo4(前2者を以下に)

    PDBデータ 5lo2のModel 1(設計された構造タンパク質)
    5lo2のModel 1(設計された構造タンパク質)
    5lo3のModel 1(設計された構造タンパク質) 0A1(L-peptide linking)選択

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 Pro(プロリン)選択 Tyr(チロシン)選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    設計された構造タンパク質5lo2のModel 1(上)と5lo3のModel 1(下)


  10. RCSB PDB 2017/06/28 新規公開データより:5nbw Crystal structure of the Fab fragment 22F12 in complex with 3-hydroxybenzo[a]pyrene [NEW!]

    PDBデータ 5nbwのChain L・H(3-ヒドロキシベンゾ[a]ピレンが結合したFabフラグメント22F12)
    Benzo(a)pyren - Wikipedia
    5nbwのChain L・H(3-ヒドロキシベンゾ[a]ピレン〈ベンゾ[a]ピレン-3-オール〉が結合したFabフラグメント22F12) 同PDBsumデータ 5nbw_8SK$
    ベンゾ[a]ピレン(benzo[a]pyrene)
    ※参考(他のベンゾ[a]ピレン誘導体・代謝物が結合したPDBsumデータ例): PDBsumデータ1em4_BPL$PDBsumデータ1dxa_BAP$

    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]3-ヒドロキシベンゾ[a]ピレンが結合したFabフラグメント22F12 5nbwのChain L・H
    [右]5nbw1em41dxaのPDBsumデータ比較


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