◆ Jmolで見るトピックス分子(13-5) ◆

No.401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640
→ 以下は今後改変: Vol.12345678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: ネオニコチノイド系農薬問題2014年にエボラ出血熱感染拡大危険ドラッグ

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11およびFirefox(バージョン51以前)で閲覧できます。
★一時Jmolコンテンツが表示できなくなりましたが,Jmol 14.4.0 2015-10-20版に更新して表示可能になりました。


  1. 『生物の科学 遺伝』,2016年1月号(エヌ・ティー・エス) [NEW!]同誌専用ページ [NEW!]同誌Facebook ※p.18で環境省レッドリストランクが絶滅危惧II類としてあげられているキキョウ関連分子例等を以下に(何れも記事とは無関係です)。


    (本号より本間が編集委員に加わりました)

    キキョウ由来のサポニン例プラチコン酸A(platyconic acid A)
    p.18 キキョウ:プラチコン酸A(platyconic acid A;キキョウ由来のサポニン)
    pp.28-33 サンゴ: サンゴ由来のタンパク質例 4p76(蛍光タンパク質Xpa〈Crystalizable and photo-activatable:クリスパ〉) → 別トピック4dxnのChain A(GFP様タンパク質) → 別トピック
    p.62 Toll様受容体:Toll様受容体
    p.65 クリプトクロム4gu5のChain A(ショウジョウバエのクリプトクロム) 同PDBsumデータ 4gu5_FAD(Mg含む)$ Trp314・375・420選択別トピック

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
     
    背景・黒 灰 白 


    プラチコン酸A(platyconic acid A;キキョウ由来のサポニン)

      
    [左]クリプトクロム4gu5のA鎖(左)と同PDBsumデータ(右);何れもFAD近傍の3つのTrpを強調表示 → 別トピック


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. RCSB PDB 2015/12/30 新規公開データより:5bvh CO-bound form of Selenium incorporated nitrogenase MoFe-protein (Av1-Se-CO) from A. vinelandii [NEW!]

    PDBデータ 5bvhのChain A・B(MoFeコファクターにSeを取り込んだニトロゲナーゼ;COが結合)
    Nitrogenase - Wikipedia

    5bvhのChain A・B(MoFeコファクターにSeを取り込んだニトロゲナーゼ) ICH(CFe7MoS6Se3)選択 ICS(CFe7MoS9)選択 CLF(Fe8S7)選択 CMO(一酸化炭素)選択 同PDBsumデータ 5bvh_ICH(ホモクエン酸が結合)$

    バックボーン 二次構造

    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    MoFeコファクターにSeを取り込んだニトロゲナーゼ5bvhのChain A・B(左)とそのPDBsumデータ(右;ICHにHCA〈ホモクエン酸〉が結合)


  3. 2016年,あけましておめでとうございます!! [HAPPY NEW YEAR !!]

      

    申年記念分子(実在しません)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
     
    背景・黒 灰 白 


  4. 今月の分子 193: シデロカリン(Siderocalin)(PDBj,2016/01)Molecule of the Month(PDB) [NEW!]

    PDBデータ 3cmpのChain A(シデロカリン;シデロフォアのエンテロバクチンが結合)
    Siderocalin - WikipediaSiderophore - WikipediaEnterobactin - Wikipedia

    3cmpのChain A(エンテロバクチンが結合したシデロカリン) 同PDBsumデータ 3cmp_EB4$
    EB4(エンテロバクチン)選択 Fe選択

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    エンテロバクチンが結合したシデロカリン3cmpのChain A(左)と同PDBsumデータ(右)


  5. Rational design of α-helical tandem repeat proteins with closed architectures(Nature,2015/12/16) [NEW!]

    PDBデータ 4yxyの8量体(Chain A-D×2;ドーナツ型のデノボタンパク質)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ドーナツ型のデノボタンパク質4yxyの8量体(Chain A-D×2)


  6. エボラ患者死亡率、マラリア治療薬で低下 長崎大助教ら(朝日,2016/01/09) [NEW!] ※“治療薬の一つアーテスネート・アモジアキン(ASAQ)の場合”のASAQを以下に。

    ASAQ;アーテスネート(artesunate;AS)とアモジアキン(amodiaquine;AQ)の同時表示
    Artesunate - WikipediaAmodiaquine - Wikipedia

    アーテスネート(artesunate;AS)
    アモジアキン(amodiaquine;AQ)
    ASAQ;アーテスネート(AS)とアモジアキン(AQ)の同時表示
    ※参考(アモジアキンが結合したPDBデータ例):4fgzのChain A(アモジアキンが結合した熱帯熱マラリア原虫由来のホスホエタノールアミン-N-メチルトランスフェラーゼ) 同PDBsumデータ 4fgz_CQA [301(A)]$ CQA(エンテロバクチン)選択

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]ASAQ;アーテスネート(artesunate;AS)とアモジアキン(amodiaquine;AQ)の同時表示
    [右]参考データ(アモジアキン結合PDBデータから):熱帯熱マラリア原虫由来のホスホエタノールアミン-N-メチルトランスフェラーゼ4fgzのPDBsumデータ


  7. RCSB PDB 2016/01/13 新規公開データより:4xi3 Estrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain in Complex with Bazedoxifene [NEW!] ※同日でリガンドデータ件数が20000件を超えたが,Bazedoxifene(29S)も初登場である。

    PDBデータ 4xi3のChain A(バゼドキシフェンが結合したエストロゲン受容体α)
    Bazedoxifene - WikipediaEstrogen receptor alpha - Wikipedia

    4xi3のChain A(バゼドキシフェンが結合したエストロゲン受容体α) 同PDBsumデータ 4xi3_29S [601(A)]$

    バックボーン 二次構造

    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    バゼドキシフェン(bazedoxifene)が結合したエストロゲン受容体α4xi3のChain A


  8. 最近認可された小児用HIV治療薬の試験がケニアで始まります(DNDi Japan,2016/01/15) [NEW!] ※以下に“ロピナビル/リトナビル(LPV/r)”の2分子同時表示。

    LPV/r(ロピナビル/リトナビル)
    Lopinavir/ritonavir - WikipediaLopinavir - WikipediaRitonavir - Wikipedia

    LPV/r(ロピナビル/リトナビル)
    ロピナビル(lopinavir,LPV)
    リトナビル(ritonavir,RTV)
    ※参考(ロピナビルが結合したPDBデータ例):1mui(ロピナビルが結合したHIV-1プロテアーゼ) 同PDBsumデータ 1mui_AB1$
    ※参考(リトナビルが結合したPDBデータ例):1rl8(リトナビルが結合したHIV-1プロテアーゼ) 同PDBsumデータ 1rl8_RIT$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]LPV/r(ロピナビル/リトナビル) [右]HIV-1プロテアーゼ1mui1rl8のPDBsumデータ


  9. 新刊:ポルフィリン-ALA学会 編,「機能性アミノ酸 5-アミノレブリン酸の科学と医学応用 ─がんの診断・治療を中心に─」,東京化学同人(2015) [NEW!] ※以下に5-アミノレブリン酸とポルフィリンの同時表示。

    5-アミノレブリン酸(5-aminolevulinic acid;δ-aminolevulinic acid;5ALA)とポルフィリン(porphyrin)の同時表示
    Aminolevulinic acid - WikipediaPorphyrin - Wikipedia

    5-アミノレブリン酸(5ALA)とポルフィリンの同時表示
    5-アミノレブリン酸(5-aminolevulinic acid;5ALA)
    ポルフィリン(porphyrin)
    生物界で見られる4種類のテトラピロール → 窒素から見る生命の世界

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金
     
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]5-アミノレブリン酸(5ALA)とポルフィリン  [右]4種類のテトラピロール


  10. 【生態】欧州の海洋哺乳類の脂肪中のPCB濃度が有害なレベルに達している(Nature ハイライト,2016/01/15) [NEW!]

    3,3',4,4',5-ペンタクロロビフェニル(3,3',4,4',5-5塩化ビフェニル;3,3',4,4',5-PeCB)
    Polychlorinated biphenyl - Wikipedia

    分類・同族体名 WHO-TEF〔ヒト・ほ乳類〕
    ( )は2006年に示された新しい値
    ●PCBs(Non-ortho)
    3,4,4',5-TCB(81) 0.0001 a,b,c,e(0.0003)
    3,3',4,4'-TCB(77) 0.0001
    3,3',4,4',5-PeCB(126) 0.1
    3,3',4,4',5,5'-HxCB(169) 0.01(0.03)
    ●PCBs(Mono-ortho)
    2,3,3',4,4'-PeCB(105) 0.0001(0.00003)
    2,3,4,4',5-PeCB(114) 0.0005 a,b,c,d(0.00003)
    2,3',4,4',5-PeCB(118) 0.0001(0.00003)
    2',3,4,4',5-PeCB(123) 0.0001 a,c,d(0.00003)
    2,3,3',4,4',5-HxCB(156) 0.0005 b,c(0.00003)
    2,3,3',4,4',5'-HxCB(157) 0.0005 b,c,d(0.00003)
    2,3',4,4',5,5'-HxCB(167) 0.00001 a,d(0.00003)
    2,3,3',4,4',5,5'-HpCB(189) 0.0001 a,c(0.00003)
    ●参考:DecaPCB
    DecaCB
    【参考】PCDDsの例
    2,3,7,8-TCDD 1〔基準〕
    ※参考(PCB誘導体が結合したPDBデータ例)
  11. 1g3mのChain A(TCBジオールが結合したエストロゲンスルホトランスフェラーゼ) 同PDBsumデータ 1g3m_PCQ$
  12. 1utrのChain A((MeSO2)2-TCBが結合したウテログロビン) 同PDBsumデータ 1utr_PCB$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

  13. PCB誘導体が結合したPDBデータ例1g3m1utrのPDBsumデータ


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