◆ 2014年にエボラ出血熱感染拡大 ◆

ニュース等最新情報資料 ‖ 関連:SARSと抗ウイルス薬概要版) | HIVとエイズ抗生物質・抗菌剤/耐性菌/院内感染
→ 寄付募集: 日本赤十字社(〜2014/11/28)国境なき医師団(現在は通常寄付受付け)
※2014/09/10のPDB公開データ4qaz,4qb0を追加。


PDBデータ 3csy(エボラウイルス糖タンパク質3量体;ヒト由来抗体結合)
Ebola virus disease - Wikipedia

バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 
空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
糖鎖別着色: GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
水素結合表示 
  背景・黒 灰 白 
1h2c(エボラウイルスのVP40タンパク質;RNAが結合した8量体リング,Chain A・R×8)
2i8b(エボラウイルスのVP30タンパク質)
3csy#(エボラウイルス糖タンパク質3量体;ヒト由来抗体結合) 同 Chain I-N(エボラウイルス由来の一部のみ;中心部)
3fke(エボラウイルスのVP35タンパク質)
3v7o(エボラウイルスのVP30タンパク質)
3vne(エボラウイルスのVP24タンパク質)
4ibb(エボラウイルスのVP35タンパク質) 同PDBsumデータ 4ibb_1DK$
4ldd(エボラウイルスのVP40タンパク質;6量体,Chain A-C×2) ‖ 4ldm(同8量体リング,Chain A×8) ※他に2量体4ldb参照
4qaz*(エボラウイルスのヌクレオプロテイン;1976年ザイール種Mayinga株) | 4qb0*(同) → PDBj情報
4u2x*(エボラウイルスのVP24タンパク質;ヒトのカリオフェリンα1が結合〈カリオフェリンαは核移行受容体インポーチンのサブユニット〉) 同 Chain A-C(エボラウイルスのVP24のみ)
4ypi(エボラウイルスのヌクレオプロテインVP35タンパク質) A-D鎖(ヌクレオプロテイン)選択
4z9p(エボラウイルスのヌクレオプロテインのコアドメイン) → Jmolトピック
4ztg(エボラウイルスのヌクレオプロテイン-VP35複合体) VP35 21-46 peptide(一部欠落)選択 → Cell Reports論文(他に4zta4zti公開)
5bpv(エボラウイルスのVP35タンパク質;I278A変異体) [NEW!] 278番アミノ酸選択(他のVP35と比較用)
5f1b(ヒトNPC1に結合したエボラウイルスの糖タンパク質〈GP1・GP2〉) A鎖(エボラウイルスの糖タンパク質GP1)選択 C鎖(ヒトのNPC1)選択 [NPC1 - Wikipedia
5jq7#(エボラウイルス糖タンパク質6量体;Chain A・B×3,トレミフェンが結合) [NEW!] T0R(トレミフェン)選択 同PDBsumデータ 5jq7_T0R$ [トレミフェン - Wikipedia] | PDBsumデータ 5jqb_IBP$(イブプロフェンが結合) [イブプロフェン - Wikipedia
※2014/08/08ニュースのファビピラビル関連
ファビピラビル(favipiravir,T-705;インフルエンザウイルスのRNAポリメラーゼ阻害剤) [Favipiravir - Wikipedia] | 6-fluoro-3-oxo-4-(5-O-phosphono-β-D-ribofuranosyl)-3,4-dihydropyrazine-2-carboxamide;ファビピラビルの1リン酸体(活性体は3リン酸体) → PDBリガンド1RPファビピラビルの3リン酸体T-705RTP(活性体) | ファビピラビル,同3リン酸体T-705RTP,ブリンシドフォビルの同時表示
4kn6(ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ;T-705-リボース-5'-1リン酸が結合)
 ※T-705は活性体の3リン酸体に変換されて阻害作用 同PDBsumデータ 4kn6_1RP$ [トレミフェン - Wikipedia
※2014/11/14ニュースのブリンシドフォビル関連
ブリンシドフォビル(brincidofovir) [Brincidofovir - Wikipedia


アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  
下掲Cover Story掲載のNature表紙と当該データ3csy(ヒト由来抗体が結合したエボラウイルス糖タンパク質3量体;画像クリックで拡大)



[左]エボラ熱治療薬候補ファビピラビル(favipiravir)
[右]参考として:ファビピラビルが活性体の3リン酸体に変換されて阻害作用を示す様子のPDBsumデータ4kn6_1RP(データでは1リン酸体)
(ヒトのヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ)


ファビピラビル(T-705),同3リン酸体T-705RTP(活性体),ブリンシドフォビル(brincidofovir)の同時表示
※参考:Mechanism of Action of T-705 Ribosyl Triphosphate against Influenza Virus RNA Polymerase(Antimicrob Agents Chemother,2013/11)


GoogleドライブとChem3D for iPadで分子を見る
によるファビピラビル(favipiravir)




1970年代以降に出現した主な新興感染症
※以下の文献から主要部分を抜粋して編集.
◎竹田美文・岡部信彦,「SARSは何を警告しているのか」,岩波ブックレット(2003)
病原微生物 種類 疾病
1973 ロタウイルス ウイルス 小児の下痢
1977 エボラウイルス ウイルス エボラ出血熱
1977 Legionella pneumophila 細菌 レジオネラ症(在郷軍人病)
1977 ハンタウイルス ウイルス 腎症候性出血熱
1980 HTLV-I ウイルス 成人T細胞白血病
1982 病原性大腸菌O157:H7 細菌 出血性大腸炎,溶血性尿毒症症侯群
1983 HIV ウイルス エイズ
1983 Helicobacter pylori 細菌 胃潰瘍
1988 E型肝炎ウイルス ウイルス E型肝炎
1989 C型肝炎ウイルス ウイルス C型肝炎
1992 Vibrio cholerae O139 細菌 コレラ
1996 牛海綿状脳症プリオン プリオン(タンパク質)→ 参考ページ 変異型クロイツフェルト・ヤコブ病
1997 トリ型インフルエンザウイルス ウイルス インフルエンザ
1998 ニパウイルス ウイルス 脳炎
2002 SARSコロナウイルス ウイルス 肺炎


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