◆ Jmolで見るトピックス分子(11-1) ◆

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→ 以下は今後改変: Vol.12345678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 2014年にエボラ出血熱感染拡大危険ドラッグ

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Javaバージョンの関係でJmol分子が表示されない場合はこちらで最新版をインストールしてください。


  1. RCSB PDB 2014/09/24 新規公開データより:4twf X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with bromomemantine ※同日公開の4twdにはメマンチン結合。

    PDBデータ 4twfのChain A-E(ブロモメマンチンが結合した黒脚病菌のリガンド開口型イオンチャネル)
    Memantine - Wikipedia

    4twfのChain A-E(黒脚病菌のリガンド開口型イオンチャネル;ブロモメマンチンが結合) 同PDBsumデータ 4twf_BR7$(401(A);他に402(A)・401(H)・401(I))
    4twdのChain A-E(同上;メマンチンが結合) 同PDBsumデータ 4twd_377$(401(A);他に402(A))

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    アゴニストTAK-875が結合したヒトGPR40のPDBデータ例4phu


    メマンチン,ブロモメマンチンのPDBsumデータ例(何れも401(A))


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. おなかいっぱい食べたい 〜緊急調査・子どもの貧困〜 - NHK クローズアップ現代(NHK,2014/09/25放送)

    コルチゾール(cortisol)
    Cortisol - WikipediaSerotonin - Wikipedia

    コルチゾール(cortisol)
    セロトニン(serotonin)
    参考(セロビオースを含むタンパク質例):4p6xのChain A・B(コルチゾールが結合したグルココルチコイド受容体) 同PDBsumデータ 4p6x_HCY$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    コルチゾールが結合したグルココルチコイド受容体4p6xのPDBsumデータ


  3. RCSB PDB 2014/10/01 新規公開データより:3wvs Crystal Structure of Cytochrome P450revI

    PDBデータ 3wvs(リベロマイシンA類縁体が結合したシトクロムP450revI)
    Cytochrome P450 - Wikipedia

    3wvs(シトクロムP450revI;リベロマイシンA類縁体が結合) 同PDBsumデータ 3wvs_RRM-HEM$(リベロマイシンA類縁体+ヘム) RRM(リベロマイシンA類縁体)選択
    リベロマイシンA(reveromycin A)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  4. RCSB PDB 2014/09/03 新規公開データより:3woq Crystal structure of the DAP BII hexapeptide complex III ※3woi〜3worが下記研究によるデータ。

    PDBデータ 3woq(ヘキサペプチドが結合したファミリーS46ペプチダーゼDAP BII)

    3woq(ファミリーS46ペプチダーゼDAP BII;ヘキサペプチドが結合) C・D鎖(ヘキサペプチド)選択 同PDBsumデータ 3woq_VYIHPF(C鎖のVAL-TYR-ILE-HIS-PRO-PHEを囲むA鎖のアミノ残基)$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  5. 米国でヘロインの過剰摂取による死者が倍増、2010〜12年(AFPBB News,2014/10/03) ※CDC。“ヘロイン使用者の4人中3人までが以前に「バイコディン(Vicodin)」「パーコセット(Percocet)」「オキシコンチン(OxyContin)」などの処方鎮痛薬依存に陥ったと話している”。ヘロインとOxyContin有効成分オキシコドンを以下に。

    ヘロイン(heroin)

    ヘロイン(heroin) [Heroin - WikipediaOpioid - Wikipedia
    オキシコドン(oxycodone) [Oxycodone - Wikipedia
    ヘロインとオキシコドンの同時表示
    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 


    ヘロイン(heroin)とオキシコドン(oxycodone)の同時表示


  6. 英NICE最終ガイダンス案 減酒薬ナルメフェンを推奨(ミクスOnline,2014/10/08)

    ナルメフェン(nalmefene)
    Nalmefene - Wikipedia

    ナルメフェン(nalmefene)
    エタノール(oxycodone)
    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 


  7. 今月の分子 178: エボラウイルスたんぱく質(Ebola Virus Proteins)(PDBj,2014/10)Molecule of the Month(PDB) [NEW!]

    PDBデータ 4lddの6量体(Chain A-C×2;エボラウイルスのVP40タンパク質)

    4lddの6量体(Chain A-C×2;エボラウイルスのVP40タンパク質)
    4lddの8量体リング(Chain A×8;同上)
    (その他のエボラウイルス由来データは2014年にエボラ出血熱感染拡大参照)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  8. RCSB PDB 2014/10/14 新規公開データより:3wj4 Crystal structure of PPARgamma ligand binding domain in complex with tributyltin [NEW!]

    PDBデータ 3wj4のChain A(トリブチルスズが結合したペルオキシソーム増殖剤活性化レセプターγ〈PPARγ〉)
    Peroxisome proliferator-activated receptor gamma - Wikipedia

    3wj4のChain A(ペルオキシソーム増殖剤活性化レセプターγ;トリブチルスズが結合) 同PDBsumデータ 3wj4_TBY$
    トリフェニルスズが結合したPPARγ3wj5のPDBsumデータ 3wj5_T9T$
    塩化トリブチルスズ(TBTC)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    PDBsumデータ;トリブチルスズ結合の3wj4_TBYとトリフェニルスズ結合の3wj5_T9T(黄色球はS)


  9. RCSB PDB 2014/10/21 新規公開データより:4pj0 Structure of T.elongatus Photosystem II, rows of dimers crystal packing [NEW!]

    PDBデータ 4pj0のChain A(好熱性シアノバクテリア Thermosynechococcus elongatusの光化学系IIの構造)

    4pj0のChain A(好熱性シアノバクテリア Thermosynechococcus elongatusの光化学系IIの構造) 同PDBsumデータ 4pj0_OEX$
    Mn4CaO5クラスターを含む別データ例:3arcのChain A(好熱性シアノバクテリア Thermosynechococcus vulcanusの光化学系II;現在3arcは3wu2に更新) 同PDBsumデータ 3arc_OEX(Mn4CaO5クラスター;水4分子追加)*$光合成に関係する生体分子PDB 3ARCの部分構造例

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    Mn4CaO5クラスター選択 クロロフィルa(CLA)選択 水分子選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    PDBデータ4pj03arcのChain Aの比較(空間充填がMn4CaO5クラスター,60%球表示がクロロフィルa)


  10. 手作りのエボラ対応マスク、無償提供 アフリカの3国に(朝日,2014/10/17) [NEW!] ※“殺菌効果のある「4級アンモニウム塩」”の例を以下に。

    塩化ベンゼトニウム(benzethonium chloride)

    塩化ベンゼトニウム(benzethonium chloride) [Benzethonium chloride - Wikipedia
    塩化ベンザルコニウム(benzalkonium chloride;直鎖疎水基の炭素数12を例に) [Benzalkonium chloride - Wikipedia
    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 


    塩化ベンゼトニウム


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