◆ Jmolで見るトピックス分子(10-1) ◆

No.401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450
→ 以下は今後改変: Vol.12345678データ名一覧

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。


  1. 新刊:中村春木 編,「見てわかる構造生命科学 生命科学研究へのタンパク質構造の利用」,化学同人(2014) ※pp.179-198がGPCR,p.192のβ2アドレナリン受容体(GPCR例)PDB 3P0Gを以下に。

    PDBデータ 3p0g(活性状態のβ2アドレナリン受容体;ナノボディとしてラクダの抗体分子が結合)
    Adrenergic receptor - WikipediaG protein-coupled receptor - Wikipedia

    3p0g
    同PDBsumデータ 3p0g_P0G(アゴニストBI-167107)$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 B鎖(ナノボディ)選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. RCSB PDB 2014/05/21 新規公開データより:4p7h Structure of Human beta-Cardiac Myosin Motor Domain::GFP chimera

    PDBデータ 4p7hのChain A*(β-心臓ミオシンのモータードメイン;GFPとのキメラタンパク質)
    Myosin - WikipediaGFP - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    GFP部分(792-1025[1017])選択 

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色
     ピンク 濃ピンク  

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    緑色がGFP部分


  3. IBMが「偶然」開発した画期的ポリマー:リサイクル可能で自己修復する(WIRED.jp,2014/05/21)

    ポリヘキサヒドロトリアジン(polyhexahydrotriazine:PHT)の例(部分構造)
    Polyhexahydrotriazine - Wikipedia

    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 


  4. 新刊:仲野 徹,「エピジェネティクス ―新しい生命像をえがく」,岩波新書(2014) ※一部キーワードに関係するデータ例を以下に(過去トピックの再掲データ含む)。
    PDBデータ 1aoi(ヌクレオソーム)ほか

    p.49 ヌクレオソーム:PDBデータ 1aoi(ヌクレオソーム) ヒストンH2A選択 H2B選択 H3選択 H4選択 [Nucleosome - WikipediaHistone - Wikipedia
    p.52 ヒストンH3のアセチル化 H3K9ac:PDBデータ 4lka(ヒストンアセチルトランスフェラーゼとヒストンH3〈H3K9ac含む〉) ALY(アセチルリシン)選択 [Acetylation - Wikipedia
    p.61 DNAのメチル化:PDBデータ 4da4(DNAメチルトランスフェラーゼ DNMT1;ヘミメチル化 CpG DNAが結合) メチル化シトシンの塩基選択 [Methyltransferase - WikipediaDNMT1 - Wikipedia
    同:PDBデータ 4qeo(ヒストンリシン-N-メチルトランスフェラーゼ〈KRYPTONITE〉;mCHH DNA, H3(1-15) ペプチド,SAHとの複合体) メチル化シトシンの塩基選択
    p.62 ヒドロキシメチル化シトシン(DNA):PDBデータ 4hli*(ヒドロキシメチル化シトシンを含むDNA) ヒドロキシメチル化シトシン(5hmC)選択核酸塩基は4つだけではない(Chem-Station,2012/07/13) [5-Hydroxymethylcytosine - Wikipedia
    p.68 アザシチジン:アザシチジン(azacytidine) ※シチジン(cytidine)のCがNに置き変わった構造 そのNを選択 [Azacitidine - Wikipedia
    p.122 ビスフェノールA ほか:ビスフェノールA(bisphenol A) | 17β-エストラジオール(17β-estradiol;エストロゲンの例) | 葉酸(ビタミンM) → 環境ホルモンとして疑われている化合物の例(本サイト)水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン

    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    DNA/RNA選択 同backbone選択

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    1aoi


  5. RCSB PDB 2014/05/28 新規公開データより:4cqh Structure of Infrared Fluorescent Protein IFP2.0

    PDBデータ 4cqh(赤外蛍光タンパク質IFP2.0)

    3p0g
    同PDBsumデータ 3p0g_P0G$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 B鎖(ナノボディ)選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  6. 今月の分子 No.174: GFP様たんぱく質(GFP-like Proteins)(PDBj,2014/05)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 1g7k(GFP様たんぱく質 dsRED)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  7. RCSB PDB 2014/06/03 新規公開データより:3wct The structure of a deoxygenated 400 kda hemoglobin provides a more accurate description of the cooperative mechanism of giant hemoglobins: Oxygenated form

    PDBデータ 3wctの24量体(Chain A-H×3;チューブワームの一種サツマハオリムシの巨大ヘモグロビン)

    3wctの24量体#
    チューブワーム由来1yhu
    チューブワーム由来1yhu(左)とヒトヘモグロビン1hho(4量体;右)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    ヘム選択 Fe選択 酸素O2選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    チューブワーム由来1yhuとサツマハオリムシ由来3wct(糖鎖含む)のヘムの並び方の違い

    ※チューブワーム由来1yhuとサツマハオリムシ由来3wctのアミノ酸配列比較(何れもChain A) → その他の生物を含めた配列比較
    001-050
    チューブワーム Ala Cys Ala Met Leu Glu Arg Ala Lys Val Lys Asp Glu Trp Ala Lys Ala Tyr Gly Ile Gly Ala Ala Arg Ser Lys Phe Gly Asp Ala Leu Trp Arg Asn Val Phe Asn Tyr Ala Pro Asn Ala Arg Asp Ile Phe Glu Ser Val Asn
    サツマハオリムシ Asp Cys Asn Ile Leu Gln Arg Leu Lys Val Lys Met Gln Trp Ala Lys Ala Tyr Gly Phe Gly Thr Glu Arg Ala Lys Phe Gly Asn Ser Leu Trp Thr Ser Ile Phe Asn Tyr Ala Pro Asp Ala Arg Asp Leu Phe Lys Ser Val Lys
    051-100
    チューブワーム Ser Lys Asp Met Ala Ser Pro Glu Phe Lys Ala His Ile Ala Arg Val Leu Gly Gly Leu Asp Arg Val Ile Ser Met Leu Asp Asn Gln Ala Thr Leu Asp Ala Asp Leu Ala His Leu Lys Ser Gln His Asp Pro Arg Thr Ile Asp
    サツマハオリムシ Ser Glu Asp Met Arg Ser Pro Gln Phe Lys Ala His Ile Ala Arg Val Ile Gly Gly Leu Asp Arg Val Ile Ser Met Phe Asp Asn Glu Asp Ala Leu Asn Ala Asp Leu Glu His Leu Lys Ser Gln His Asp Pro Arg Gly Leu Asp
    101-
    チューブワーム Pro Val Asn Phe Val Val Phe Arg Lys Ala Leu Ile Ala Thr Val Ala Gly Thr Phe Gly Val Cys Phe Asp Val Pro Ala Trp Gln Gly Cys Tyr Asn Ile Ile Ala Lys Gly Ile Thr Gly Ser Asp Ala Ala
    サツマハオリムシ Ala Leu Asn Phe Val Val Phe Gly Lys Ala Leu Phe Ala Thr Val Gly Gly Gln Phe Gly Val Cys Phe Asp Leu Pro Ala Trp Glu Ser Cys Tyr Lys Val Ile Ala Met Gly Ile Thr Gly Asn Asp Met Phe Ser


  8. Cover Story: 脂質との結託:結合した脂質が膜タンパク質の機能を調節する仕組み(Nature,2014/06/05)

    PDBデータ 4nh2のChainA・D・F(アンモニアチャネル AmtB;ホスファチジルグリセロールが結合)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  9. Structural View of HIV/AIDS: A Video Challenge for High School Students(RCSB PDB)2014 Competition Winners Announced ※Video 11で利用されている阻害剤リトナビルを含むHIVプロテアーゼ1hxwを以下に。

    PDBデータ 1hxw(HIVプロテアーゼ;阻害剤リトナビルが結合)

    1hxw
    同PDBsumデータ 1hxw_RIT$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  10. 最近読んだ本から:木田敏之,『ドーナツ型オリゴ糖の穴を用いて分子を捕まえる』,「ドーナツを穴だけ残して食べる方法」(大阪大学出版会,2014)収載 ※p.158 図7-8のγ-シクロデキストリンポリマーによるPCBの除去を参考にPCBの一種を取り込んだγ-シクロデキストリン構造を以下に。

    PCB 169(3,3',4,4',5,5'-HxCB)が入り込んだγ-シクロデキストリン

    γ-シクロデキストリン
    γ-シクロデキストリン+PCB 169(3,3',4,4',5,5'-HxCB) γ-CD選択
    参考(γ-シクロデキストリンが結合したタンパク質例):1d3c同PDBsumデータ 1d3c_gCD$(3つ含まれるγ-シクロデキストリンのうち GLC 692(A)-GLC 699(A))

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


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