◆ Jmolで見るトピックス分子(9-4) ◆

No.401-410 | 411-420(作成中) | No.421-430441-
→ 以下は今後改変: Vol.12345678データ名一覧

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。


  1. 本サイト主宰など『化学サイト“生活環境化学の部屋”と科学イベントの運営』の業績で化学コミュニケーション賞2013を受賞致しました。 → 報告と最新情報はこちらに追記します。

      
    [左]ヘモグロビン(本サイト) [右]化学コミュニケーション賞2013募集ポスター(日本化学連合

    PDBデータ 4hhbのChain B(ecosci.jp内Jmolコンテンツ例として;ヘモグロビン〈タンパク質の1次構造〜3次構造を知るために〉)
    分子とは?から順にたどってみてください。

    ★水素原子は省略

    消去 針金[2] スティック[3] 球棒[4] 空間充填[5]
    Jmol色[1] 原子球白色表示

    背景・黒 灰 白 

    [ ] の番号順にボタンをクリックしてみましょう!
    あとは以下をいろいろ押してみよう。

    鍵と鍵穴区別表示1(1次構造;下の“鍵穴構成部品色別表示1”も押して)
    鍵と鍵穴区別表示2(2次構造)
    全選択 鍵穴を選択 鍵穴の一部を選択 鍵を選択
    鍵穴構成部品色別表示1 2 3
    鍵穴構造を維持する結合表示


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. Viroporins : SBKB(2014/03)

    PDBデータ 2m6xのModel 1(C型肝炎ウイルス由来のp7チャネル〈viroporin〉)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
     
    背景・黒 灰 白 


  3. 成人T細胞白血病:宮崎大 抑制効果のある遺伝子を特定(毎日,2014/02/27)


    PDBデータ 2xmrのChain A(NDRG2タンパク質)
    NDRG2 - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
     
    背景・黒 灰 白 


  4. NHKサイエンスZERO「冷凍革命! 水を凍らせない? 謎の物質」(2014/02/23放映)


    PDBデータ 4ke2(冬ヒラメの不凍タンパク質)
    Antifreeze protein - Wikipedia
    ※番組で別に紹介されたキシロマンナン部分構造例も表示可(代表的な高分子参照)

    4ke2(冬ヒラメの不凍タンパク質)
    キシロマンナン(xylomannan;部分構造例)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
     
    背景・黒 灰 白 


  5. 今月の分子 No.171: 神経伝達物質輸送体(Neurotransmitter Transporters)(PDBj,2014/03)Molecule of the Month(PDB)


    PDBデータ 4m48のChain A*(神経伝達物質輸送体;ノルトリプチリンが結合)
    Neurotransmitter transporter - Wikipedia

    4m48のChain A*(神経伝達物質輸送体;ノルトリプチリンが結合)
    ノルトリプチリン(nortriptyline)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 ノルトリプチリン選択
    HB選択($印のみ)

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
     
    背景・黒 灰 白 


    4m48_21B(ノルトリプチリン)
    I'/O'=0.857
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 消去
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
    背景・黒 灰 白 

    4m48_NA701(Naイオン;2個のうちの一方,HOH 809追加)
    I'/O'=4.167(HOHを除いて)
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 消去
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
    背景・黒 灰 白 

    4m48_CL(Clイオン)
    I'/O'=2.146
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 消去
    CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
    背景・黒 灰 白 


  6. iCeMS教授ら、ヒト多能性幹細胞を光らせる化合物を発見(京都大学,2014/03/07)

    KP-1(Kyoto Probe 1)

    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 


  7. RCSB PDB 2014/03/04 新規公開データより:2mh5 Structure and NMR assignments of lantibiotic NAI-107 in DPC micelles

    PDBデータ 2mh5のModel 1(DPCミセル中のランチビオティックNAI-107;放線菌Microbispora属由来)
    Lantibiotics - Wikipedia

    PDBデータ 2mh5のModel 1(DPCミセル中のランチビオティックNAI-107)
    同PDBsumデータ 2mh5_DPV111$(65個のDPCの中の11番目;DPV 111(A))

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DPC選択
    HB選択($印のみ) 

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
     
    背景・黒 灰 白 


  8. RCSB PDB 2014/02/05 新規公開データより:3wb2 HcgB from Methanocaldococcus jannaschii in complex with the guanylyl-pyridinol product in a model reaction of [Fe]-hydrogenase cofactor biosynthesis

    PDBデータ 3wb2(HcgB酵素;生成物グアニリルピリジノールが結合)
    Lantibiotics - Wikipedia

    PDBデータ 3wb2(HcgB酵素)
    同PDBsumデータ 3wb2_YGP$(A鎖;他にC鎖に2件)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 YGP選択
    HB選択($印のみ) 

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
     
    背景・黒 灰 白 


  9. 新型インフルエンザ用の新薬:「アビガン錠」厚労省が承認(毎日,2014/03/24) ※ファビピラビル(favipiravir,T-705,商品名アビガン;RNAポリメラーゼ阻害剤)と関連データを以下に再掲。

    ファビピラビル(favipiravir,T-705,商品名アビガン;RNAポリメラーゼ阻害剤)
    Favipiravir - WikipediaHypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase - Wikipedia

    ファビピラビル(favipiravir)
    PDBデータ 4kn6(ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ;T-705-リボース-5'-一リン酸が結合〈T-705は活性体の三リン酸体に変換されて阻害作用〉)
    同PDBsumデータ 4kn6_1RP$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    HB選択($印のみ) 

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
     
    背景・黒 灰 白 


  10. 検出困難「薬効かぬ菌」西日本で拡大か 大阪の院内感染(朝日,2014/03/31) ※肺炎桿菌由来のメタロ-β-ラクタマーゼ構造例を以下に再掲。 → 別トピック

    PDBデータ 3q6xのChain A(肺炎桿菌由来のメタロ-β-ラクタマーゼ,NDM-1;加水分解したアンピシリンが結合)
    Beta-lactamase - WikipediaCarbapenem resistant enterobacteriaceae - Wikipedia(CRE)]

    PDBデータ 3q6xのChain A(メタロ-β-ラクタマーゼ)
    同PDBsumデータ 3q6x_ZZ7$(Znイオン2個含む)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    HB選択($印のみ) 

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
     
    背景・黒 灰 白 

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