◆ Jmolで見るトピックス分子(9-1) ◆

→ No.411-420(作成中) | 421〜
→ 以下は今後改変: Vol.12345678データ名一覧

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。


  1. エリアレビュー・大腸癌(セツキシマブ) 切除不能大腸癌の臨床概念を変える最新知見(日経メディカル,2013/12/24)

    PDBデータ 1yy9#(上皮増殖因子受容体に結合したセツキシマブ)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    糖鎖別着色:GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    水素結合表示
     
     
    背景・黒 灰 白 


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. Annual Report Published(RCSB PDB,2013/12/24)


    RCSB PDB“Annual Report 2013”表紙とその中のPDBデータ例4g1q(表紙上右;HIV-1ウイルスの逆転写酵素)


    PDBデータ 4g1q(HIV-1ウイルスの逆転写酵素;非核酸系逆転写酵素阻害剤リルピビリン〈リルピヴィリン/rilpivirine/TMC-278〉が結合)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
     
    背景・黒 灰 白 


  3. 米コロラド州で大麻販売を解禁、医療目的以外で全米初(ロイター,2014/01/02)


    テトラヒドロカンナビノール


    テトラヒドロカンナビノール(tetrahydrocannabinol,Δ9-THC)
    Tetrahydrocannabinol - Wikipedia

    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 


  4. タミフル耐性ウイルス 感染相次ぐ(NHK,2014/01/06) ※ラニナミビル(イナビルの一般名)関連データを以下に


    ラニナミビルオクタン酸エステル水和物(左)とラニナミビルが結合したH1N1インフルエンザウイルスのイラミニダーゼのPDBsumデータ例3ti3_LNV(右)


    PDBデータ 3ti3のChain A#(H1N1インフルエンザウイルスのイラミニダーゼ〈N1〉;ラニナミビルが結合)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    糖鎖別着色:GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    水素結合表示
     
     
    背景・黒 灰 白 


    ラニナミビルオクタン酸エステル水和物(CS-8958;ラニナミビルのプロドラッグ)
    Laninamivir - Wikipedia

    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 


  5. 今月の分子 No.169: HIV外被糖たんぱく質(HIV Envelope Glycoprotein)(PDBj,2014/01)Molecule of the Month(PDB)


    HIV外被糖タンパク質のPDBデータ例4ncoのChain A・B・E・F・I・J(がgp120,がgp41,他は糖鎖)


    PDBデータ 4ncoのChain A・B・E・F・I・J#(HIV外被糖タンパク質)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 gp120(A・E・I鎖)選択 リガンド選択

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    糖鎖別着色:GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    水素結合表示
     
     
    背景・黒 灰 白 


  6. 新しい抗うつ薬として期待されるケタミンはセロトニン神経系に作用 −即効性と持続性を持つ抗うつ薬のメカニズムの一端を解明−(理研,2014/01/08) ※ケタミン関連データを以下に


    (S)-ケタミン(左)と(R)-ケタミンが結合したGLICタンパク質のPDBsumデータ4f8h_RKE(右;理研研究とは無関係)


    [左](S)-ケタミン((S)-ketamine) [右] (R)-ケタミン

    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 

    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 


    参考:(R)-ケタミンを含むPDBデータ4f8h*(リガンド開口型イオンチャネル〈GLIC〉)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
     
    背景・黒 灰 白 


  7. 栗栖源嗣,『タンパク質結晶構造に基づく生命機能の理解 ─ 生体高分子構造解析の最前線 』,日本化学会「化学と工業」,2014年1号(特集:世界結晶年(IYCr2014)によせて) ※p.23図3該当データを以下に


    高電位鉄イオウタンパク質(HiPIP)のPDBsumデータ3a38_SF4(H原子追加)


    PDBデータ 3a38*(高電位鉄イオウタンパク質〈HiPIP〉)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    Arg28およびTrp74選択

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
     
    背景・黒 灰 白 


  8. アミノ酸命名法を標準化します(PDBj,2014/01/10)
    [左]ピロリジン(pyrrolysine,PYL) [右]セレノシステイン(selenocysteine,SEC)

    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 

    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 


  9. サイエンスZERO|国際宇宙ステーション大特集(2) ゼログラビティーがひらく科学の未来 後編(NHK,2014/01/12放送) ※デュシェンヌ型筋ジストロフィー薬開発の鍵となるタンパク質構造例を以下に


    阻害剤HQL-79(空間充填表示)が結合した造血器型プロスタグランジンD合成酵素のPDBデータ例2cvdのChain A・D


    PDBデータ 2cvdのChain A・D(造血器型プロスタグランジンD合成酵素;阻害剤HQL-79結合)
    PGDS - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    HQL(阻害剤HQL-79)選択


    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
     
    背景・黒 灰 白 


  10. エーザイ 12歳以上の抗てんかん剤ペランパネルを米国で発売(QLifePro医療ニュース,2014/01/14)


    ペランパネル(perampanel)
    Perampanel - Wikipedia

    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 


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