◆ 抗がん剤開発と標的タンパク質(Jmol版) ◆
分子標的治療薬関連データも掲載 =
Chime版Jmol版「分子の学習帳」
話題の制がん剤・抗がん剤

グリッドコンピューティングによる抗がん剤候補探索で用いられたタンパク質
(初期表示はイマチニブを含む1iepのChain A)

821pRAS proteins
1agwのChain A 《Fibroblast Growth Factor Receptor
1aq1CDK-2リガンド結合部位(Chime版)
1bzhProtein-Tyrosine-Phosphatase 1B
1c1yRAF
1c25Catalytic Domain of Cell Cycle Control Phosphatase (Cdc25A)*
1d8dFarnesyltransferase
1e7u;ワートマニン(wortmannin) 《Phosphatidylinositol 3 Kinase
1fgiのChain A 《Fibroblast growth factor receptor-1
1fltVascular Endothelial Growth Factor / VEGFr1
1g6hBRAF: ADP-Binding transport protein
1h9oPhosphatidylinositol 3 Kinase (alpha)*
1iepのChain A;イマチニブ(商品名グリベック) 《C-ABL Tyrosine Kinase
1isaのChain A 《Superoxide dismutase*(Fe近接1分子)
1l3eのModel 1 《Hypoxia-inducible factor (HIF-1)
1m17;エルロチニブ 《Epidermal growth factor receptor
1nvsChk1
1o6kProtein Kinase B (AKT-2)
1qb0Catalytic Domain of Cell Cycle Control Phosphatase (Cdc25B)
1rv1Human Double Minute 2 (HDM2) with inhibitor*
1sqoUrokinase plasminogen activator (uPA)
2srcC-SRC Kinase
1t69Histone deacetylase (HDAC)
1t73Androgen receptor (AR)
1t76Androgen receptor (AR) ※1t74,1t79,1t7f,1t7m,1t7r,1t7tは略
1uouThymidine Phosphorylase
1v8kKinesin Kif2C*
1w22のChain A 《Histone deacetylase (HDAC)*
1xjdProtein Kinase C Θ
1ycrHuman Double Minute 2 (HDM2) bound to p53
1yet;ゲルダナマイシン 《Heat Shock Protein 90 (Hsp90)

 Screensaver Lifesaverで用いられた標的タンパク質
 Find-a-Drug: Projects - Cancerで用いられたタンパク質


分子標的治療薬関連データ(開発・治験中を含む)

2ito *;ゲフィチニブ(商品名イレッサ) SITE選択 | SITE
1l6x;リツキシマブ(商品名リツキサン) A鎖(Rituximab IgG1 Fc)選択
2oslのChain A・B・Q;リツキシマブ(商品名リツキサン,エピトープペプチド含む)
1n8z;トラスツズマブ(商品名ハーセプチン) A・B鎖(Herceptin Fab)選択 | A・B鎖のみ
1yy9;セツキシマブ C・D鎖(Cetuximab Fab)選択
2vu3;AT7519(細胞分裂阻害剤,SBDD〈構造に基づく医薬品設計〉)
3bbt;ラパチニブ(商品名タイケルブ)
3vry;RK-20449(「白血病幹細胞」を標的;
理研プレスリリース(2013/04/18)参照) 同PDBsumデータ 3vry_B43$ [NEW!]


抗がん剤を含むその他のデータ例

2inq*(D2O);メトトレキサート(メトトレキセート)


バックボーン 二次構造 | DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) (*印のみ)
空間充填 球棒 球10% 球30% 球40% 球60% スティック スティック(太) 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色 ‖ 濃赤 濃青  ピンク 濃ピンク   
糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcAAsn,Ser,Thr選択 | Asn Ser Thr
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示S-S結合表示 
   背景・黒 灰 白 
 Chain選択: A B C D E F G H I J K L M N O P Q R



ゲフィチニブ(商品名イレッサ)を含むPDBデータ例2ito〔左〕とそのSITE部分〔右〕(他に2itz



分子標的薬の例イマチニブを含む1iepのPDBsumデータより(画像クリックで拡大;分子データはこちら


「生活環境化学の部屋」ホームページJmolコンテンツリスト