→ Jmolトピック
[左]チルゼパチドが結合したGLP-1受容体7rgpのChain P・R(Chain Pのアミノ酸残基:1-31)
[右]同7rbtのChain P(アミノ酸残基:1-32)
※チルゼパチド(tirzepatide)は39アミノ酸残基のペプチド
配列 YXEGTFTSDY SIXLDKIAQK AFVQWLIAGG PSSGAPPPS:
Tyr X GluGlyThrPheThrSerAspTyrSerIle X LeuAspLysIleAlaGlnLysAlaPheValGlnTrpLeuIleAlaGlyGlyProSerSerGlyAlaProProProSer
PDBsumデータ5a8e_XTK(7-メチルシアノピンドロール結合)と4bvn_P32(シアノピンドロール結合)の比較;○のメチル基のみ異なる
β2アドレナリン受容体-Gタンパク質複合体構造例3sn6
※中央図:伊東 広『〔化学賞〕GPCR研究の“三つの”ブレークスルー ─レフコヴィッツ博士とコビルカ博士の業績』,化学 2012年12月号(特集:2012年ノーベル賞を読み解く)
【参考】同解説p.15『第2のブレークスルー 遺伝子配列の決定』をもとに作成:7回膜貫通構造の類似性の例
※βARはPDB 3SN6より,OPS(ロドプシン)は同1F88 A鎖より(赤字は解説と異なるアミノ酸で,解説ではValでPDBデータではGlu)
βAR
Tyr
Ala
Ile
Ala
Ser
Ser
Ile
Val
Ser
Phe
Tyr
Val
Pro
Leu
Val
Ile
Met
Val
Phe
Val
Tyr
Ser
Arg
Val
Phe
Gln
Glu
OPS
Phe
Val
Ile
Tyr
Met
Phe
Val
Val
His
Phe
Ile
Ile
Pro
Leu
Ile
Val
Ile
Phe
Phe
Cys
Tyr
Gly
Gln
Leu
Val
Phe
Thr
Val
βAR
Leu
Gly
Ile
Ile
Met
Gly
Thr
Phe
Thr
Leu
Cys
Trp
Leu
Pro
Phe
Phe
Ile
Val
Asn
Ile
Val
His
Val
Ile
Gln
Asp
OPS
Met
Val
Ile
Ile
Met
Val
Ile
Ala
Phe
Leu
Ile
Cys
Trp
Leu
Pro
Tyr
Ala
Gly
Val
Ala
Phe
Tyr
Ile
Phe
Thr
His
Gln
βAR
Asn
Ser
Gly
Phe
Asn
Pro
Leu
Ile
Tyr
Cys
Arg
Ser
Pro
Asp
Phe
Arg
Ile
Ala
Phe
Gln
Glu
Leu
Leu
Cys
OPS
Lys
Thr
Ser
Ala
Val
Tyr
Asn
Pro
Val
Ile
Tyr
Ile
Met
Met
Asn
Lys
Gln
Phe
Arg
Asn
Cys
Met
Val
Thr
Thr
Leu
Cys
κオピオイド受容体構造例(JDTic結合)4djh
ヒスタミンH1受容体3rze中のドキセピン(3E体と3Z体)
※花粉症・アレルギーの発症因子の立体構造を世界で初めて解明−副作用を抑えた治療薬の探索・設計が可能に−(京都大学,2011/06/23)
※3rze引用別研究:東京理科大学「抗ヒスタミン薬Doxepinの異性体による結合特性のちがいを解明 〜次世代抗ヒスタミン剤の設計へ向けた新たな知見〜」(2024/07/01) [NEW!]
→ Journal of Molecular Recognition誌論文
センソリーロドプシンII構造例1h2s
※柳田敏雄・木下賢吾・笠原浩太・木寺詔紀・林 重彦・江口至洋・高木 周,「岩波講座 計算科学4 計算と生命」,p.80,岩波書店(2012)
ケモカイン受容体CXCR1(IL-8A受容体の別名)2lnl中のModel 1
※Natureハイライト: 膜内のCXCR1の構造(2011/11/29)
ウシロドプシンPDB 3PQRの新生体分子模型Kawakami Model(写真掲載)
※3Dプリンタによるタンパク質模型展示(日本コンピュータ化学会@サイエンスアゴラ2012)
GPCR研究の概観と系譜
※GPCR Target Tracking & Status (GPCR Network) [URL変更] とNature Reviewより。