ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※分子モデルが表示されない場合は分子表示窓右の別データ表示ボタンを押してみてください。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記 → No.571(環境ホルモン) | No.979(カプサイシン受容体) | No.1046(ディールス・アルドラーゼ)
[左]ザナミビル(zanamivir)
[中・右]ザナミビル結合ノイラミニダーゼ構造例1a4gのChain AとそのPDBsumデータ
ザナミビル〔※リレンザ〕を含むPDBデータ1a4gのChain A → 新しい風邪薬・インフルエンザ治療薬
[Norepinephrine transporter - Wikipedia,Nisoxetine - Wikipedia]
[左]ニソキセチン(nisoxetine) [中・右]同分子が結合したノルアドレナリントランスポーター8yr2のChain AとそのPDBsumデータ
ノルアドレナリントランスポーター 左端はノルアドレナリン(noradrenaline)結合8hff,右端はデシプラミン(desipramine)結合8hfi,中央はそれぞれのPDBsumデータ
ジプラシドン(ziprasidone)が結合したノルアドレナリントランスポーター8wtyとそのPDBsumデータ
参考画像:PuzMolによるノルアドレナリン(noradrenaline)
→ 「亀-C-C-N」構造をもつ脳内物質のSITE例|窒素から見る生命の世界
[γ-Oryzanol - Wikipedia]
γ-オリザノール(γ-oryzanol)
ロラマイシン(lolamicin)
(mmCIF → PDB converterでcif→pdb変換)
サルモネラ菌のインジェクティソーム(injectisome)7ah9のChain 1A・1F・1G・1K・1Z・2J・5P・6A・7B
(mmCIF → PDB converterでcif→pdb変換)
オレアセイン(oleacein)
[左]TrkB-d5とニューロトロフィン-4/5の複合体1hcf(上掲文献中のTrp317・Ile334・Leu324・Glu326・Thr332を球表示)
[中・右]TrkBキナーゼドメイン4at5とそのPDBsumデータ
368とナロキソン(naloxone)が結合(両者で強調して阻害効果)したμオピオイド受容体9bjkのChain RとそのPDBsumデータ
[左](S)-368(異性体あり) [右]ナロキソン(naloxone)
参考図: オピオイド受容体の主要なクラス例 μ 4dkl,κ 4djh,δ 4ej4,および関連するノシセプチンオピオイド受容体(NOP) 4ea3
→ GPCR - 2012年ノーベル化学賞
参考:今月の分子 217: オピオイド受容体(Opioid Receptors)(PDBj,2018/01)
Double-zeta β-barrel (DZBB)構造例,design-2 (Ph1) 8jvpの2量体(Chain A×2)
KSI-6666
参考データ:スフィンゴシン-1-リン酸受容体1(S1PR1)3v2yとそのPDBsumデータ
(α炭素のみ;mmCIF → PDB converterでcif→pdb変換)
ESCRT-IIIタンパク質 6tz4(α炭素のみ)