Jmolで見るトピックス分子（20-3）

◆ Jmolで見るトピックス分子（20-3） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot⁺ v.2.2で取得したものです。

新しい非オピオイド系鎮痛薬が難治性腰痛に有効である可能性、ファイザーとイーライリリーの研究報告（@DIME，2020/08/20）　※“この鎮痛薬はtanezumabというモノクローナル抗体”。tanezumab構造例4edwを以下に。

PDBデータ 4edw（β-神経成長因子が結合したモノクローナル抗体tanezumab）
［Tanezumab - Wikipedia，Nerve growth factor - Wikipedia］

4edw（β-神経成長因子が結合したモノクローナル抗体tanezumab）　Chain L・H（tanezumabの軽鎖・重鎖）選択

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

β-神経成長因子（β-NGF）が結合したモノクローナル抗体tanezumab 4edw

ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO

酸性

中性

芳香族

塩基性

ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS

極性

酸性

塩基性

非極性（疎水性）

SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP

ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE

ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE

ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

アミノ酸および特性基の親水性・疎水性｜ Log Pをポケットに！

情報BOX：ナワリヌイ氏毒殺未遂に使用か、ノビチョクの正体（ロイター，2020/09/03）

ロシア反体制派指導者、スパイだまし毒盛られた方法聞き出す　パンツに毒と判明（CNN，2020/12/22）
- 毒殺されかけたプーチン大統領の政敵が「パンツに毒を仕込んだ」というスパイの自白を得ることに成功（GIGAZINE，2020/12/22）
G7外相、ロシア反体制指導者ナワリヌイ襲撃を強く非難　共同声明発表（ニューズウィーク日本版，2020/09/09）
意識戻ったロシア活動家、後遺症の恐れ　統一選へ影響は（朝日，2020/09/09）
ロシアの野党指導者、容体改善＝ドイツ・ベルリンの病院（BBC，2020/09/08）
猛毒ノビチョク、すでに製品化か　香水の瓶から噴出（朝日，2020/09/29）　※“サリンもVXも同じ有機リン系ですが、ノビチョクは安全に持ち運びでき、化学兵器禁止条約の規制物質にひっかからないように開発された「第4世代」の化学兵器です”。
ロシア反体制派ナワリヌイ氏、「ヤドクガエル」に含まれる毒で殺害　欧州5カ国が声明（CNN，2026/02/15） [NEW!]　※“南米のヤドクガエルに含まれる致死性の毒「エピバチジン」によって獄中で殺害されたとの見解”
化学テロ現場で神経剤を簡単に検知できる紙製検査チップを開発～化学テロへの迅速な対処による安全・安心の確保に期待～（北海道大学，2021/07/29）　※“サリンやVXなどの神経剤…構造未知の神経剤（ノビチョク）を含む様々な神経剤の検知が可能”，“従来区別が難しかった神経剤と有機リン系農薬の区別の可能性についても検討”。
- Paper-Based Analytical Device for the On-Site Detection of Nerve Agents（ACS Applied Bio Materials，2021/07/28）
兵器級神経剤「ノビチョク」には解毒剤がない──ロシア人開発者（ニューズウィーク日本版，2018/03/22）
ノビチョク - Wikipedia
新型神経剤ノビチョクを規制対象とするCWC附属書の技術的改正（外務省，2020/03/06）
地下鉄サリン事件（本サイト）｜アセチルコリンエステラーゼのSITE比較

PDBデータ 6ntoのChain A（ノビチョク剤例A-230が結合したアセチルコリンエステラーゼ）
［Novichok agent - Wikipedia，A-230 - Wikipedia，Cholinesterase - Wikipedia］

6ntoのChain A（ノビチョク剤例A-230が結合したアセチルコリンエステラーゼ）　L2Y（A-230）選択　同PDBsumデータ6nto_L2Y（A-230）$ ｜ PDBsumデータ6ntl_L1M（A-234）$
ノビチョク剤構造例： A-230　A-234　［A-234 (nerve agent) - Wikipedia］
エピバチジン（epibatidine）｜同分子結合PDBデータ例：8ut1のChain A（エピバチジン〈epibatidine〉が結合したα7ニコチン性アセチルコリン受容体）　同PDBsumデータ8ut1_EPJ$　［Epibatidine - Wikipedia］

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
ヒトの必須・非必須区別
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

ノビチョク剤例A-230が結合したアセチルコリンエステラーゼ6ntoのChain AとPDBsumデータ（A-234結合の6ntlとの比較），およびA-230とA-234の構造比較
※PDBデータ・PDBsumデータにはA-230・A-234のF原子が含まれていない。

エピバチジン（epibatidine），同分子結合α7ニコチン性アセチルコリン受容体8ut1のChain AとPDBsumデータ

【新薬】サクビトリルバルサルタン（エンレスト）　蛋白質分解酵素とRAA系を同時に阻害する新機序の慢性心不全治療薬（日経メディカル，2020/08/28）

サクビトリルバルサルタン（sacubitril valsartan）　※ナトリウム塩水和物が医薬
［Sacubitril/valsartan - Wikipedia］

サクビトリルバルサルタン（sacubitril valsartan）
サクビトリル（sacubitril）　［Sacubitril - Wikipedia］
バルサルタン（valsartan）　［Valsartan - Wikipedia］

バックボーン　二次構造
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
　　
背景・黒　灰　白　紺

［左］サクビトリルバルサルタン（両分子のナトリウム塩水和物が医薬）　［中・右］鈴木カップリングにより合成される分子例バルサルタンとクロスカップリング反応の概略図

Shared structural mechanisms of general anaesthetics and benzodiazepines（Nature，2020/07/31）　※ビデオデータ10件あり，2020/09/09公開データ6x3s・6x3t・6x3u（下掲）・6x3v・6x3w・6x3x・6x3z・6x40，邦題『構造生物学：全身麻酔薬とベンゾジアゼピン系薬に共有される構造的作用機構』（Nature v585 n7824）

Study details how general anesthetics and 'benzos' act on receptors in the brain（Phys.org，2020/09/02）
GABA_A受容体の別研究例
- Differential assembly diversifies GABA_A receptor structures and signalling（Nature，2022/03/30）　※2022/04/13公開データ7qn5・7qn6・7qn7・7qn8・7qn9・7qna・7qnb・7qnc・7qnd・7qne（下掲）
  - 構造生物学：GABA-A受容体の組み立てとシグナル伝達（Nature ハイライト，2022/03/30）
- Structural and dynamic mechanisms of GABA_A receptor modulators with opposing activities（Nature Communications，2022/08/06）　※2022/08/17公開8dd2（ゾルピデム結合，下掲）・8dd3（DMCM結合）
- Cryo-EM structures reveal native GABA_A receptor assemblies and pharmacology（Nature，2023/09/20）　※2023/09/20公開データ8foi・8g4n（下掲）・8g4o・8g4x・8g5f・8g5g・8g5h
  - 構造生物学：GABA_A受容体の構造とその薬理学的性質（Nature ハイライト，2023/10/05）
- The molecular basis of drug selectivity for α5 subunit-containing GABA_A receptors（Nature Structural & Molecular Biology，2023/10/30）　※2023/11/01公開データ8bgi・8bhg・8bej・8bhk・8bhm（下掲）・8bhb・8bhs・8bho・8bha・8bhr・8bhq・8bhi（未公開）
- Divergent mechanisms of steroid inhibition in the human ρ1 GABA_A receptor（bioRxiv，2024/01/26）　※2024/08/28公開データ8rh4・8rh7・8rh8・8rh9（下掲）・8rhg
- Resolving native GABA_A receptor structures from the human brain（Nature，2025/01/22）　※2025/01/22公開データ9crs・9crv・9csb・9ct0・9ctj・9ctp・9cxa・9ctv・9cxc・9cx7・9cxb・9cxd・9drx（下掲）
  - 構造生物学：GABA_A受容体の構造（Nature ハイライト，2025/02/13）
GABA受容体 - 脳科学辞典
GABA_A受容体 - Wikipedia
別トピック[1]・[2]

PDBデータ 6x3uのChain A-E（ベンゾジアゼピン拮抗薬フルマゼニルが結合したヒトGABA_A受容体）
［GABA_A receptor - Wikipedia，Flumazenil - Wikipedia］

6x3uのChain A-E（フルマゼニルが結合したヒトGABA_A受容体）　FYP（フルマゼニル）選択　同PDBsumデータ6x3u_FYP（フルマゼニル）$ ｜ PDBsumデータ6x3s_J94（ビククリンメトブロミド）$　PDBsumデータ6x3x_DZP[406(A)]（ジアゼパム）$　PDBsumデータ6x40_RI5（ピクロトキシン）$
7qne（Ro15-4513が結合したGABA_A受容体）　EIE（Ro15-4513）選択　同PDBsumデータ7qneD_lp$　［Ro15-4513 - Wikipedia］
8dd2のChain A（ゾルピデムが結合したGABA_A受容体）　同PDBsumデータ8dd2A_lp$　［Zolpidem - Wikipedia］｜ゾルピデム（zolpidem）
8g4nのChain C（ゾルピデム，アロプレグナノロン，GABAが結合したGABA_A受容体；PDBx/mmCIF 変換サービスでCIF→PDB変換）　R5R（ゾルピデム）選択　Y4B（アロプレグナノロン）選択　ABU（GABA）選択　同PDBsumデータ8g4nC_lp_R5R$　同8g4nC_lp_Y4B$　同8g4nC_lp_ABU$　［Allopregnanolone - Wikipedia］
8bhmのChain A（DMCMが結合したGABA_A受容体）　同PDBsumデータ8bhm_lp$　［DMCM - Wikipedia］
8rh9のChain B（硫酸プレグネノロンが結合したGABA_A受容体）　同PDBsumデータ8rh9_lp$
9drxのChain D（ラモトリギン〈lamotrigine〉が結合したGABA_A受容体）　同PDBsumデータ9drx_IYJ$

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

［左・中］フルマゼニルが結合したヒトGABA_A受容体6x3uのChain A-EとPDBsumデータ（ビククリンメトブロミド結合6x3s・ジアゼパム結合6x3x・ピクロトキシン結合6x40との比較）
［右］Nature論文中のExtended Data Fig. 4（□が上図PDBsumデータのリガンド4種）

※参考図：［上］GABAとフルマゼニルが結合したGABA_A受容体6d6tのPDBsumデータ（6d6uとの比較）　→ 別トピック[1]
［下］ピクロトキシン（picrotoxin）が結合したGABA_A受容体6hugのPDBsumデータ，およびピクロトキシン結合6huj・ビククリン結合6huk・アルプラゾラムとGABA結合6huoのPDBsumデータ　→ 別トピック[2]

Ro15-4513が結合したGABA_A受容体7qneとPDBsumデータ

［左・中］ゾルピデムが結合したGABA_A受容体8dd2のChain AとPDBsumデータ　［右］ゾルピデム（zolpidem）

ゾルピデム，アロプレグナノロン，GABAが結合したGABA_A受容体8g4nのChain CとPDBsumデータ

DMCMが結合したGABA_A受容体8bhmのChain AとPDBsumデータ（H原子追加）

硫酸プレグネノロン（pregnenolone sulfate）が結合したGABA_A受容体8rh9のChain BとPDBsumデータ

ラモトリギン（lamotrigine）が結合したGABA_A受容体9drx（サブユニット構成β2-α1-β2-α1-γ2）のChain DとPDBsumデータ

ニホンザル胎仔の脳からポリ塩化ビフェニル（PCB）およびその代謝物（OH-PCB）を検出！（愛媛大学，2020/09/14）

Mother to Fetus Transfer of Hydroxylated Polychlorinated Biphenyl Congeners (OH-PCBs) in the Japanese Macaque (Macaca fuscata): Extrapolation of Exposure Scenarios to Humans（Environmental Science & Technology，2020/08/11）
Detection of PCBs and their metabolites (OH-PCBs) in the fetal brain of a Japanese macaque（EurekAlert! Science News，2020/09/14）
ニホンザル胎児の脳からPCB　「汚染物質リスクの基礎情報に」　愛媛大グループ（毎日，2020/09/15）
PCBによる環境汚染と子どもの健康（環境省，2013/01/22）　※“一部のOH-PCBは甲状腺ホルモンのチロキシン（T4）と構造や物性が類似しているため、血中T4輸送タンパクのトランスサイレチン（TTR）と強く結合する。そのためOH-PCBの血中半減期は長く、TTRに対するOH-PCBsとT4との競合結合作用が甲状腺ホルモンのホメオスタシス（恒常性）を攪乱することが指摘されている”。
ダイオキシン類の毒性等価係数（本サイト）｜新規POPs有害物質リスト｜バイオレメディエーションとファイトレメディエーション

L-チロキシン (L-thyroxine；レボチロキシン〈levothyroxine〉；T₄)および水酸化PCB例の4OH-CB187と4OH-CB202の同時表示

L-thyroxine (T₄)・4OH-CB187・4OH-CB202の同時表示
L-チロキシン（L-thyroxine；レボチロキシン〈levothyroxine〉；T₄）　［Levothyroxine - Wikipedia］
4OH-CB187（4-hydroxy-2,2',3,4',5,5',6-heptachlorobiphenyl）
4OH-CB202（4-hydroxy-2,2',3,3',5,5',6,6'-octachlorobiphenyl）
※参考（L-チロキシンが結合したトランスサイレチンの例）：5cr1のChain A（L-チロキシン〈レボチロキシン；T₄〉が結合したヒトトランスサイレチン）　同PDBsumデータ5cr1_T44（L-チロキシン〈レボチロキシン；T₄〉）$　→ Journal of Biological Chemistry誌論文（2015/12/11）
※参考（水酸化PCBが結合したトランスサイレチンの例）：2g5uのChain A（水酸化PCBが結合したヒトトランスサイレチン）　同PDBsumデータ2g5u_PCQ（3,3',5,5'-tetrachlorobiphenyl-4,4'-diol）$　→ Cell Chemical Biology誌論文（2004/12/01）

L-チロキシン (L-thyroxine；レボチロキシン〈levothyroxine〉；T₄)および水酸化PCB例の4OH-CB187と4OH-CB202

※参考：ヒトトランスサイレチン構造とPDBsumデータ例　［左］L-チロキシン（レボチロキシン；T₄）結合の5cr1　［右］水酸化PCB例の3,3',5,5'-tetrachlorobiphenyl-4,4'-diolが結合した2g5u

神経難病 ALS の治療薬候補となるエブセレン類縁化合物の開発に成功（名古屋大学，2020/08/31） [PDF]　※2020/09/16新規公開データ6z4iを以下に（他に6z4g・6z4o・6z4h・6z4j公開）

PDBデータ 6z4iのChain AAA（スーパーオキシドディスムターゼ1〈SOD1〉）
［Superoxide dismutase - Wikipedia，SOD1 - Wikipedia］

6z4iのChain AAA（スーパーオキシドディスムターゼ1〈SOD1〉）　Q85（compound 3）選択

化合物3が結合したスーパーオキシドディスムターゼ1（SOD1）6z4iのChain AAA

免疫調節薬サリドマイドの標的タンパク質への作用が体内代謝で変化するメカニズムを解明　-副作用の少ない創薬への展開に期待-（東京大学，2020/09/15）　※両リガンドとも“CRBNにSALL4のZF2ドメインをつなぎとめる役割を果たしていることが明らかになりました”。

Structural bases of IMiD selectivity that emerges by 5-hydroxythalidomide（Nature Communications，2020/09/14）　※2020/08/26公開PDBデータ7bqu・7bqv（下掲）
セレブロン構造別研究例：Discovery of BMS-986458, a Potent and Selective B-Cell Lymphoma 6 Protein Ligand-Directed Degrader, for the Treatment of B-Cell Non-Hodgkin Lymphoma（Journal of Medicinal Chemistry，2026/02/11） [NEW!]　※2026/02/18公開PDBデータ9ya9（下掲）
- BMS-986458記事例：再発・難治性の非ホジキンリンパ腫にBCL6を分解する経口薬BMS-986458が有用な可能性【ICML 2025】（がんナビ，2025/06/24）
サリドマイド - Wikipedia
参考（サリドマイド関連）：分子モデルで見るノーベル賞（本サイト）｜別トピック[1]・[2]

PDBデータ7bqv（SALL4と5-ヒドロキシサリドマイド〈5HT〉が結合したセレブロン）
［Cereblon - Wikipedia，SALL4 - Wikipedia］

7bqv（SALL4と5-ヒドロキシサリドマイド〈5HT〉が結合したセレブロン）　F4U（5HT）選択　同PDBsmデータ7bqv_F4U$ ｜ PDBsumデータ7bqu_EF2（(S)-サリドマイド）$
9ya9（分解剤BMS-986458が結合したBCL6-CRBN-DDB1複合体，cif→pdbデータ変換）　同PDBsmデータ9ya9_lp$
(S)-サリドマイド｜ (R)-サリドマイド｜両分子同時表示

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
ヒトの必須・非必須区別
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

SALL4と5-ヒドロキシサリドマイド（5HT）が結合したセレブロン7bqvとPDBsumデータ（S-サリドマイド結合の7bquとの比較）

(S)-サリドマイドと(R)-サリドマイドの同時表示

分解剤BMS-986458が結合したBCL6-CRBN-DDB1複合体9ya9

Development of Novel AKR1C3 Inhibitors as New Potential Treatment for Castration-Resistant Prostate Cancer（Journal of Medicinal Chemistry，2020/08/27）　※2020/09/23公開7c7f・7c7g（下掲）・7c7h

PDBデータ 7c7gのChain A（クロメン誘導体が結合したアルド・ケトレダクターゼ1C3〈AKR1C3〉）
［AKR1C3 - Wikipedia］

7c7gのChain A（クロメン誘導体が結合したアルド・ケトレダクターゼ1C3〈AKR1C3〉）　同PDBsumデータ7c7g_FJR（chromene derivative 2j）$　FJR（クロメン誘導体2j）選択｜ PDBsumデータ7c7h_FJU（chromene derivative 2l）$　FJU（クロメン誘導体2l）選択

クロメン誘導体2jが結合したアルド・ケトレダクターゼ1C3（AKR1C3）7c7gのChain Aと同PDBsumデータ（クロメン誘導体2l結合の7c7hとの比較）

今月の分子 250: カプサイシン受容体TRPV1（Capsaicin Receptor TRPV1）（PDBj，2020/10）｜ Molecule of the Month（PDB）　→ 別トピック（ノーベル生理学医学賞2021）

Heat-dependent opening of TRPV1 in the presence of capsaicin（Nature Structural & Molecular Biology，2021/07/08）　※2021/07/28公開7lp9（TRPV1^4C,APO）・7lpa （TRPV1^4C,CAP）・7lpb（TRPV1^25C,CAP）・7lpc （TRPV1^48C,APO）・7lpd （TRPV1^48C,CAP,INT）・7lpe（TRPV1^48C,CAP,OPEN；下掲）
TRPV1 structures in nanodiscs reveal mechanisms of ligand and lipid action（Nature，2016/05/18）　※2016/05/25公開5irx・5irz・5is0（下掲）
Extracellular cap domain is an essential component of the TRPV1 gating mechanism（Nature Communications，2021/04/12）　※2021/04/21公開7lqy・7lqz・ 7lr0（下掲）
Vanilloid-dependent TRPV1 opening trajectory from cryoEM ensemble analysis（Nature Communications，2022/05/24）　※2021/06/01公開7rqu・7rqv・7rqw（下掲）・7rqx・7rqy・7rqz
1つの受容体がさまざまな刺激に応答できる仕組みの一端を解明　―感覚受容の重要な役者TRPチャネルの理解を進める一歩に―（理研，2013/04/23）
その他のTRPV1研究例など
- Structural basis of TRPV1 inhibition by SAF312 and cholesterol（Nature Communications，2021/08/06）　※2021/08/14公開8jqr（下掲）・8x94
  - 痛みセンサーTRPV1が薬剤で阻害される際の構造基盤を解明　～新たな鎮痛薬開発に期待～（生理学研究所，2021/08/09）
- トウガラシから辛味を抑える物質を発見！　食品だけでなく医療にも応用されるかも？（Lab BRAINS，2025/05/23） [NEW!]　※“「カプシアノシドI (Capsianoside I)」「ロセオシド (Roseoside)」「ショウガ糖脂質A (Gingerglycolipid A)」と呼ばれる3種類が、実際に辛味を抑える作用があることが分かったんだよね！”のロセオシドを下掲。2021年ノーベル生理学医学賞，TRPV1にも言及。
  - Identification of Chili Pepper Compounds That Suppress Pungency Perception（Journal of Agricultural and Food Chemistry，2025/05/14） [NEW!]
  - 【Lab BRAINS解説】トウガラシから辛味を抑える物質を発見！医療にも応用が？【彩恵りり & KIWAMU】 - YouTube（2025/05/26） [NEW!]
辛さと熱さ／カプサイシン｜別トピック[1]・[2]・[3]

PDBデータ 7lpe（カプサイシンが結合したカプサイシン受容体TRPV1）
［TRPV1 - Wikipedia，Capsaicin - Wikipedia］

7lpe（カプサイシンが結合したカプサイシン受容体TRPV1）　4DY（カプサイシン）選択　同PDBsmデータ7lpe_4DY[1003(C)]$ ｜ PDBsmデータ7lpa_4DY[905(A)]$ 　PDBsmデータ7lpb_4DY[3000(A)]$　PDBsmデータ7lpd_4DY[904(A)]$ ∥ カプサイシン（capsaicin）
7lr0のChain A（カプサイシンが結合したTRPV1）　4DY（カプサイシン）選択　同PDBsmデータ7lr0_lp[903(A)]$ ｜ 3j9j（リガンドなし）
5is0（カプサゼピンが結合したカプサイシン受容体TRPV1）　同PDBsmデータ5is0_6ET$
8jqrのChain A（コレステロールと阻害剤SAF312が結合したカプサイシン受容体TRPV1）　同PDBsmデータ8jqr_lp$
7rqwのChain A（レシニフェラトキシン〈resiniferatoxin〉が結合したバニロイド受容体TRPV1）　6EU（レシニフェラトキシン）選択　同PDBsmデータ7rqwA_lp$ ∥ レシニフェラトキシン（resiniferatoxin，RTX） → 辛さと熱さ／カプサイシン　［Resiniferatoxin - Wikipedia］
ロセオシド（roseoside）

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

カプサイシン（capsaicin）が結合したカプサイシン受容体TRPV1 7lpeと7lpa （TRPV1^4C,CAP）・7lpb（TRPV1^25C,CAP）・7lpd （TRPV1^48C,CAP,INT）・7lpe（TRPV1^48C,CAP,OPEN）のPDBsumデータ比較

［左・中］カプサイシン（capsaicin）が結合したカプサイシン受容体TRPV1 7lr0のChain AとPDBsumデータ　［右］カプサイシン（capsaicin）

ロセオシド（roseoside）

カプサゼピン（capsazepine）が結合したカプサイシン受容体TRPV1 5is0とPDBsumデータ

コレステロールと阻害剤SAF312が結合したカプサイシン受容体TRPV1 8jqrとPDBsumデータ

レシニフェラトキシン（resiniferatoxin）が結合したバニロイド受容体TRPV1 7rqwのChain AとPDBsumデータ

抗体が糖ペプチドと結合する立体構造を明らかに　―生命科学で重要となる糖鎖構造の解明へ前進―（東北大学，2020/09/28）　※2020/09/30公開データ7c94（下掲）・7c95

Crystal structure of an anti-podoplanin antibody bound to a disialylated O-linked glycopeptide（Biochemical and Biophysical Research Communications，2020/09/10）

PDBデータ 7c94のChain A・B・C・G（糖ペプチドが結合した抗体Fabフラグメント）
［Antibody - Wikipedia，Fragment antigen-binding - Wikipedia］

7c94のChain A・B・C・G（糖ペプチドが結合した抗体Fabフラグメント）　Chain C（ポドプラニン由来ペプチド）選択　Chain G（糖鎖）選択　同PDBsmデータ7c94_C_VAL~ASP（ポドプラニン由来ペプチド）$　同PDBsmデータ7c94_G_A2G~SIA（糖鎖）$

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
　
　　
背景・黒　灰　白　紺

糖ペプチドが結合した抗体Fabフラグメント7c94のChain A・B・C・GとPDBsumデータ（ドット表示がリガンドでI'/O'値計算から除く）

「生活環境化学の部屋」ホームページ｜ Jmol版「分子の学習帳」