◆ Jmolで見るトピックス分子(15-4) ◆

No.401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730
→ 以下は今後改変: Vol.12345678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: ネオニコチノイド系農薬問題2014年にエボラ出血熱感染拡大危険ドラッグ

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11およびFirefox(バージョン51以前)で閲覧できます。


  1. RCSB PDB 2017/03/22 新規公開データより:5tdu Toluene 4-monooxygenase (T4moHD) bound to product after turnover in crystal ※他に5tdt(こちらも以下に)・5tdv5tdw


    『一家に1枚 生きものすべては細胞から』
    から

    PDBデータ 5tdup-クレゾールが結合したトルエン-4-モノオキシゲナーゼ)

    5tdup-クレゾールが結合したトルエン-4-モノオキシゲナーゼ) 同PDBsumデータ 5tdu_PCR$
    5tdtのChain A・B・C・E(トルエンが結合したトルエン-4-モノオキシゲナーゼ) 同PDBsumデータ 5tdt_MBN$
    ※その他のバイオレメディエーション関連PDBデータ例
    5tl4のChain A(アリールO-デメチラーゼ LigM) [Demethylase - Wikipedia
    1t0s(4-ブロモフェノールが結合したトルエン/o-キシレン モノオキシゲナーゼ) BML(4-ブロモフェノール)選択 同PDBsumデータ 1t0s_BML[503(A)]$
    1g5f(1,2-ジクロロエタンが結合した1,3,4,6-テトラクロロ-1,4-シクロヘキサジエン ヒドロラーゼ) DCE(1,2-ジクロロエタン)選択 同PDBsumデータ 1g5f_DCE$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]p-クレゾールが結合したトルエン-4-モノオキシゲナーゼ5tdu [右]アリールO-デメチラーゼ LigM 5tl4のChain A(Materials Science記事参照)

      
    [左]トルエン結合5tdtp-クレゾール結合5tduのPDBsumデータ [右]4-ブロモフェノールが結合した1t0sと1,2-ジクロロエタンが結合した1g5f


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. RCSB PDB 2017/03/29 新規公開データより:5gu2 Crystal structure of Au(M).CL-apo-E45C/R52C-rHLFr ※他に5gu05gu15gu3

    PDBデータ 5gu2の24量体(Chain X×24;金イオンを内包したフェリチン)
    Ferritin - Wikipedia

    5gu2の24量体(Chain X×24;金イオンを内包したフェリチン) 同PDBsumデータ 5gu2_AU [AU 206(X)]$5gu2の3量体(Chain名をM・Q・Uに変更) 金(Au)選択 Auのみ球60%表示(他は消去) 同 中心のAu12原子 同PDBsumデータ 5gu2_AU [AU 202(Q)を元にChain M・Uデータ追加]
    ※参考: 金(Au)の結晶構造 → 2014年は世界結晶年!同結晶と上掲5gu23量体(Chain名 M・Q・U)中の中心Au12原子の同時表示

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    [左]金イオンを内包したフェリチン5gu2の24量体(Chain X×24) [中]同3量体(Chain名をM・Q・Uに変更)とそのPDBsumデータ [右]金の結晶構造と5gu2中Au12原子の同時表示


  3. 今月の分子 208: グルコース輸送体(Glucose Transporters)(PDBj,2017/04)Molecule of the Month(PDB) ※4pypを以下に

    PDBデータ 4pyp(グルコース輸送体GLUT1;β-ノニルグルコシドが結合)
    Glucose transporter - Wikipedia
    4pyp(β-ノニルグルコシドが結合したグルコース輸送体GLUT1) 同PDBsumデータ4pyp_BNG$
    ※参考(糖共輸送体の例): 3dh4のChain A(ガラクトースが結合したNa+/糖共輸送体)  同PDBsumデータ3dh4_GAL$ 同PDBsumデータ3dh4_NA$ → 別トピック

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    β-ノニルグルコシドが結合したグルコース輸送体GLUT1 4pypとそのPDBsumデータ


  4. RCSB PDB 2017/04/05 新規公開データより:5mt9 Human insulin in complex with serotonin and arginine ※他に5mam5mt3

    PDBデータ 5mt9のChain F-P(セロトニンとアルギニンが結合したインスリン)
    Insulin - Wikipedia
    5mt9Chain F-P(セロトニンとアルギニンが結合したインスリン) SRO(セロトニン)選択 リガンドのARG(アルギニン)選択セロトニン アルギニン → アミノ酸
    ※他のインスリン構造例: 1trz*(インスリン) 同Chain A・B

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    セロトニン(大きい球表示)とアルギニン(小さい球表示)が結合したインスリン5mt9のChain F-P


  5. 小児期ADHDの適応で「インチュニブ錠」の製造販売承認を取得−塩野義とシャイアー(QLifePro 医療ニュース,2017/04/03) ※“一般名:グアンファシン塩酸塩”,“ADHD治療薬として初めての作用機序である選択的α2Aアドレナリン受容体作動薬”。

    グアンファシン(guanfacine)
    Guanfacine - Wikipedia

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金
     
    背景・黒 灰 白 
    グアンファシン(guanfacine)
    ※参考(他のADHD薬の例): メチルフェニデート(methylphenidate) ※塩酸塩がリタリン


    グアンファシン(guanfacine)


  6. 脳内の老廃物蓄積を抑制する物質が判明 アルツハイマー病の新規治療薬開発へ(国立循環器病研究センター,2017/04/04) ※“タキシフォリン群において脳内のAβオリゴマー量は大幅に減少し、脳血流量や認知機能も正常に近い状態まで回復することが明らかになりました”のタキシフォリンを以下に。

    タキシフォリン(taxifolin;(+)-taxifolin)
    Taxifolin - Wikipedia

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金
     
    背景・黒 灰 白 
    タキシフォリン(taxifolin;(+)-taxifolin)
    ※参考(他のポリフェノール例):
    レスベラトロール(resveratrol) → 別トピック
    没食子酸エピガロカテキン(epigallocatechin gallate;EGCG) → 別トピック


    タキシフォリン(taxifolin;(+)-taxifolin)


  7. RCSB PDB 2017/04/19 新規公開データより:5ng5 multi-drug efflux; membrane transport; RND superfamily; Drug resistance ※他に5v5s;2017/04/12公開の5nc5と初期表示を差し替え。

    PDBデータ 5ng5(多剤排出ポンプAcrA・AcrBおよび外膜タンパク質TolC複合体)
    Efflux (microbiology) - WikipediaPuromycin - Wikipedia
    5ng5(薬剤が結合した多剤排出ポンプAcrA・AcrBおよび外膜タンパク質TolC複合体) 同PDBsumデータ5ng5_5QF$
    5nc5(ピューロマイシン〈puromycin〉が結合した多剤排出ポンプAcrBZ) PUY(ピューロマイシン)選択
    ピューロマイシン(puromycin;アミノヌクレオシド系抗生物質)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    [左]多剤排出ポンプAcrA・AcrBおよび外膜タンパク質TolC複合体5ng5 [中]同PDBsumデータ
    [右]アミノヌクレオシド系抗生物質ピューロマイシン(puromycin)が結合した多剤排出ポンプAcrBZ 5nc5


  8. 書籍紹介: ニック・レーン 著,斉藤隆央 訳,「生命、エネルギー、進化」,みすず書房(2016) ★訳者の斉藤さんをゲストに迎えて2017/09/10に第100回サイエンスカフェにいがた『科学書を翻訳するという仕事』を開催します! [NEW!]

    PDBデータ 4heaのChain 1-H(呼吸鎖の複合体I)
    p.79 図8 呼吸鎖の複合体I:4heaのChain 1-H(呼吸鎖の複合体I) 同リガンドのみ FMN(フラビンモノヌクレオチド)選択 FMN・鉄硫黄クラスター選択 同PDBsumデータ4hea_FMN$ 4hea_SF4 [501(1)]$
    ※参考(呼吸鎖複合体Iとの比較を示した研究例から):5xf9のChain A-D(NAD+還元[NiFe]ヒドロゲナーゼ;air-oxidized state) 同リガンドのみ 5xf9_Ni$5xfaのChain A-D(NAD+還元[NiFe]ヒドロゲナーゼ;H2-reduced state) 同リガンドのみ 5xfa_Ni$
    p.85 図10 ATP合成酵素:1e79(ATP合成酵素;F1部分) 同PDBsumデータ1e79_ATP$ 同PDBsumデータ1e79_ADP$
    p.121 図11 鉄硫黄鉱物と鉄硫黄クラスター:Fe2S2・Fe4S4・Fe3S4(以上2wqyより),Fe8S73minより),黄鉄鉱(pyrite)部分構造の同時表示
    p.225 図26 核膜孔:5ijoの208量体(Chain A-Z×8,α炭素のみ;核膜孔複合体 )
    p.233 図27 スプライソソーム:5mqf(スプライソソーム)
    p.275 図31 呼吸鎖の複合体III:5gupのChain u-9(呼吸鎖の複合体III) 鉄硫黄クラスター(FESのみ)選択

    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    [左・中]呼吸鎖複合体I 4heaのChain 1-HとFMN(フラビンモノヌクレオチド)・鉄硫黄クラスター部分の構造,およびFMNのPDBsumデータ
    [右]呼吸鎖複合体III 5gupのChain u-9

        
    ※参考(呼吸鎖複合体Iとの比較を示した研究例から):
    [左・中]NAD+還元[NiFe]ヒドロゲナーゼ 5xf9(酸化型)のChain A-Dおよび同NiのPDBsumデータ(還元型5xfaとの比較)
    [右]NAD+還元[NiFe]ヒドロゲナーゼ 5xf9(Chain A-D)のリガンドのみ

      
    [左]ATP合成酵素1qo1 [右]鉄硫黄鉱物と鉄硫黄クラスター


    5mqf(RNAに結合したスプライソソーム)

      
    5ijoの208量体(Chain A-Z×8,α炭素のみ;核膜孔複合体)


  9. RCSB PDB 2017/04/19 新規公開データより:5xa1 Crystal structure of inositol 1,4,5-trisphosphate receptor cytosolic domain with inositol 1,4,5-trisphosphate ※他に5x9z5xa05gug未公開)

    PDBデータ 5xa1のChain A(IP3が結合したIP3受容体)
    Inositol trisphosphate receptor - WikipediaSecond messenger system - Wikipedia
    5xa1のChain A(IP3が結合したIP3受容体) 同PDBsumデータ5xa1_I3P$
    IP3 ‖ 他のセカンドメッセンジャーの例: cAMP (cyclic AMP) | cGMP (cyclic GMP) | ADPR (ADP-ribose)
    ※他のIP3結合タンパク質の例
    1mai 同PDBsumデータ1mai_I3P$
    1n4k 同PDBsumデータ1n4k_I3P$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    IP3とIP3受容体5xa1


    IP3受容体5xa1および他のIP3結合タンパク質1mai1n4kのPDBsumデータ


  10. New Method Produces Record-breaking 860 PDB Structures(RCSB PDB,2017/04/24) ※“75 ligand-bound structures”の中から5pwcを以下に

    PDBデータ 5pwcのChain A(E48115bが結合した核自己抗原Sp100)
    Sp100 nuclear antigen - Wikipedia
    5pwcのChain A(E48115bが結合した核自己抗原Sp100) 同PDBsumデータ5pwc_W77(W77にH原子追加)$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    PanDDA法で構造決定されたE48115bが結合した核自己抗原Sp100 5pwcのChain AとそのPDBsumデータ(リガンドにH原子追加)


「生活環境化学の部屋」ホームページJmol版「分子の学習帳」