◆ Jmolで見るトピックス分子(15-3) ◆

No.401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720
→ 以下は今後改変: Vol.12345678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: ネオニコチノイド系農薬問題2014年にエボラ出血熱感染拡大危険ドラッグ

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11およびFirefox(バージョン51以前)で閲覧できます。
★一時Jmolコンテンツが表示できなくなりましたが,Jmol 14.4.0 2015-10-20版に更新して表示可能になりました。


  1. RCSB PDB 2017/02/01 新規公開データより:5tvn Crystal structure of the LSD-bound 5-HT2B receptor [NEW!]

    PDBデータ 5tvn(LSDが結合した5-HT2Bレセプター)
    5-HT2B receptor - WikipediaLysergic acid diethylamide - Wikipedia

    5tvn(LSDが結合した5-HT2Bレセプター) 同PDBsumデータ5tvn_7LD$ 7LD(LSD)選択 Leu209選択
    LSD(lysergic acid diethylamide;LSD-25)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    LSDが結合した5-HT2Bレセプター5tvn(左)とLSD近傍部分の拡大(中),およびそのPDBsumデータ(右)


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. Harmful chemicals removed from products often replaced with something as bad or worse(Knowridge Science Report,2017/01/27) [NEW!] ※記事中のbisphenol-Sや温暖化関連分子を以下に。 → ビスフェノール関連別トピック

    ビスフェノールS(bisphenol S)
    Bisphenol - Wikipedia

    ビスフェノールS(bisphenol S)
    ビスフェノールA(bisphenol A)
    ※参考:5l4jのChain A(ビスフェノールSが結合したトランスサイレチン) 同PDBsumデータ5l4j_6JD$ → 別トピック
    二酸化炭素,メタン,一酸化二窒素,HFC(HFC-23),PFC(C2F6),SF6 → 温室効果ガス
    PFOS(スルホン酸) | PFOS(スルホン酸Na) → はっ水剤・難燃剤の生物体内蓄積性(PFOS類,PBDE類,HBCD,リン系難燃剤)


    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    [左]京都議定書(環境省資料)で削減対象となった温室効果ガス6種の同時表示
    [中]ビスフェノールSが結合したトランスサイレチン5l4jのChain A
    [右]5l4j5jid(PFOA結合トランスサイレチン)・5jim(PFOS結合トランスサイレチン)のPDBsumデータ


  3. 今月の分子 206: グロビンの進化(Globin Evolution)(PDBj,2017/02) [NEW!]Molecule of the Month(PDB) ※3rgkほかを以下に

    PDBデータ 3rgk(ヒトのミオグロビン)
    Globin - WikipediaMyoglobin - WikipediaHemoglobin - Wikipedia
    3rgk(ヒトのミオグロビン)
    2hhb(ヒトのヘモグロビン) 同Chain A(ヘモグロビンα) | PDBsumデータ2hhb_HEM(Chain A;ヘモグロビンα) $ 2hhb_HEM(Chain B;ヘモグロビンβ)$
    ※ヒトとヒト以外のヘモグロビンの比較 → マンモス以外はヘモグロビン
    3VRF(マンモスのヘモグロビン;一酸化炭素が結合) 同Chain A 同PDBsum 3vrf_HEM-CMO(Chain A) $ [Mammoth - Wikipedia
    ヒト(2hhb,左),マンモス(3vrf,右)の比較(何れもChain A)
    ヒト(2hhb),マンモス(3vrf),シロザメ(1gcw),チューブワーム(1yhu)の比較(左上から時計回りで;何れもChain A)
    参考: ハツカネズミ(3hrw,左),マンモス(3vrf,右;CO結合)の比較(何れもChain A)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]今月の分子 206: グロビンの進化(PDBj,2017/02)より(ミオグロビン配列からの系統樹)
    [右]ヘモグロビン構造の比較(何れもChain A): ヒト(2HHB,デオキシヘモグロビン),マンモス(3VRF,CO結合),シロザメ(1GCW,CO結合),チューブワーム(1YHU)



    第30回 公民館サイエンスカフェ『科学と文化を紡ぐビッグヒストリー』(2017/01/28)パワポより(slideshareで公開)



  4. 新生児黄疸の原因となる生体内の反応機構を世界で初めて解明 -50年以上に亘る謎を分子レベルで解き明かし、治療薬開発に手掛かり-(SPring-8,2017/02/07) [NEW!] ※2017/02/15公開データ5b3t5b3u5b3v(これのみ下掲)

    PDBデータ 5b3vのChain A(ビリベルジン〈biliverdin,biliverdine〉が結合したビリベルジン還元酵素)
    Biliverdin reductase - WikipediaBiliverdin - Wikipedia
    5b3vのChain A(ビリベルジンレダクターゼ;ビリベルジンが結合) BLA(ビリベルジン)選択 同PDBsumデータ 5b3v_BLA$ BLA 402(B)選択
    ※参考(他のビリベルジン結合タンパク質):
    1s8cのChain A(ヘムオキシダーゼ;ビリベルジンが結合) 同PDBsumデータ 1s8c_BLA$
    4i3bのChain A(UnaGタンパク質;ビリベルジンが結合) 同PDBsumデータ4i3b_BLA$ → ウナギの蛍光タンパク質“UnaG”

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ビリベルジンが結合したビリベルジン還元酵素5b3vとそのPDBsumデータ(2分子のビリベルジン)


  5. RCSB PDB 2017/02/15 新規公開データより:5kra Crystal Structure of the ER-alpha Ligand-binding Domain (Y537S) in Complex with DDT and DDE [NEW!] ※他に5kr9・5krc・5krf・5krh

    PDBデータ 5kraのChain A-D(DDT・DDEが結合したエストロゲン受容体α)
    Estrogen receptor alpha - Wikipedia

    5kraのChain A-D(DDT・DDEが結合したエストロゲン受容体α) 6WT(DDT)選択 6WS(DDE)選択 同PDBsumデータ5kra_6WT$ 5kra_6WS$
    p,p'-DDT o,p'-DDT
    p,p'-DDE o,p'-DDE
    p,p'-DDD o,p'-DDD

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    糖鎖別着色:GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]DDT・DDE(DDT代謝物)が結合したエストロゲン受容体α5kraのChain A-D [中・右]同PDBsumデータ

      
    環境ホルモンとして疑われた化合物の有機概念図とそれらの化合物の有機性・無機性値とlog P の関係(右) …何れも旧図に加筆


  6. RCSB PDB 2017/02/22 新規公開データより:5jei Crystal structure of the GluA2 LBD in complex with FW [NEW!]

    PDBデータ 5jei(5-フルオロウィラルジインが結合したAMPA型グルタミン酸受容体)
    Ionotropic glutamate receptor - WikipediaAMPA receptor - Wikipedia5-Fluorowillardiine - Wikipedia

    5jei(5-フルオロウィラルジインが結合したAMPA型グルタミン酸受容体) FWD(5-フルオロウィラルジイン)選択
    1ftmのChain A(AMPAが結合したAMPA型グルタミン酸受容体) AMQ(AMPA)選択 同PDBsumデータ1ftm_AMQ$ [AMPA - Wikipedia
    ※参考(イオンチャネル型でなく代謝型グルタミン酸受容体〈GPCR〉の例): 4or2(代謝型グルタミン酸受容体1) FM9選択 同PDBsumデータ4or2_FM9$ → 別トピック

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    糖鎖別着色:GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    5-フルオロウィラルジインが結合したAMPA型グルタミン酸受容体(GluA2)5jei


  7. RCSB PDB 2017/03/01 新規公開データより:5i55 Crystal Structure of the Virulent PSM-alpha3 Peptide Forming an cross-Alpha amyloid-like Fibril [NEW!]

    PDBデータ 5i55の20量体(Chain A×20;黄色ブドウ球菌が分泌するアミロイドペプチドPSMα3)
    Staphylococcus aureus - WikipediaPhenol-soluble modulin - Wikipedia

    5i55の20量体(Chain A×20;黄色ブドウ球菌が分泌するアミロイドペプチドPSMα3)
    ※参考(アミロイドβ構造の例):5kk3のModel 1(ヒトの42残基のアミロイドβ繊維;残基番号11-42) → その他の構造例


    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]5i55の20量体(Chain A×20;黄色ブドウ球菌が分泌するアミロイドペプチドPSMα35i55の20量体(Chain A×20;黄色ブドウ球菌が分泌するアミロイドペプチドPSMα3)
    [右]5kk3のModel 1(ヒトのアミロイドβ繊維の構造例)


  8. Fluorene-9-bisphenol is anti-oestrogenic and may cause adverse pregnancy outcomes in mice(Nature Communications,2017/03/01) [NEW!]

    フルオレン-9-ビスフェノール;(fluorene-9-bisphenol;BHPF)

    フルオレン-9-ビスフェノール(fluorene-9-bisphenol;BHPF)
    ビスフェノールA(bisphenol A;BPA)
    BPAとBHPFの同時表示
    ※参考(上掲論文で用いられたエストロゲン受容体α):3ert(4-ヒドロキシタモキシフェンが結合) 同PDBsumデータ3ert_OHT$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    [左]ビスフェノールA(BPA)とフルオレン-9-ビスフェノール(BHPF)
    [右]BHPFドッキング計算に用いられたエストロゲン受容体α3ert(4-ヒドロキシタモキシフェンが結合)のPDBsumデータ


  9. 今月の分子 207: 光活動性黄色タンパク質(Photoactive Yellow Protein)(PDBj,2017/03) [NEW!]Molecule of the Month(PDB) ※2pypを以下に

    PDBデータ 2pyp(光活動性黄色タンパク質;p-クマル酸が結合)
    p-Coumaric acid - Wikipedia
    2pypp-クマル酸が結合した光活動性黄色タンパク質) 同PDBsumデータ2pyp_HC4$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    p-クマル酸が結合した光活動性黄色タンパク質2pypとそのPDBsumデータ


  10. 先端技術も母なる海に。貝から生み出された史上最強の「水中用接着剤」(ギズモード・ジャパン,2017/03/21) [NEW!]

    ポリ(カテコール-スチレン)-ポリスチレン

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金
     
    背景・黒 灰 白 
    ポリ(カテコール-スチレン)-ポリスチレン | ポリ(カテコール-スチレン);poly(catechol-styrene) | ポリスチレン;polystyrene
    ※参考:L-DOPA | D-DOPA → 分子モデルで見るノーベル賞


    ポリ(カテコール-スチレン)-ポリスチレンとL-DOPA


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