◆ Jmolで見るトピックス分子（14-2） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11およびFirefox（バージョン51以前）で閲覧できます。
★一時Jmolコンテンツが表示できなくなりましたが，Jmol 14.4.0 2015-10-20版に更新して表示可能になりました。

  1. 既存医薬品リファンピシンに広い認知症予防効果を確認（大阪市立大学，2016/03/29）

    リファンピシン（抗生物質，抗結核薬）
    ［Rifampicin - Wikipedia］

    		リファンピシン（rifampicin）
    ※参考（リファンピシン結合タンパク質例）： 3aod*（多剤排出タンパク質AcrB）　リファンピシン選択　ミノサイクリン選択　同PDBsumデータ3aod_RFP（リファンピシン）$　同PDBsumデータ3aod_MIY（ミノサイクリン）$　［Multiple drug resistance - Wikipedia，Minocycline - Wikipedia］
    8qzlのChain A（阻害剤BDM91288が結合した多剤排出タンパク質AcrB）　同PDBsumデータ8qzl_lp$
    ※参考（ミノサイクリン）： ミノサイクリン（minocycline）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

        
    ［左］リファンピシン（rifampicin）　［中］リファンピシンが結合した多剤排出タンパク質AcrB例3aod　［右］同PDBsumデータ
    ※AcrB関連情報例： Nature記事（2011/11/27） ｜ 今月の分子 No.95 - 多剤耐性輸送体（PDBj，2007/11）

      
    ミノサイクリン（minocycline）と同分子結合3aodの同PDBsumデータ


    阻害剤BDM91288が結合した多剤排出タンパク質AcrB 8qzlのChain AとPDBsumデータ

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. 今月の分子 196: 鉛の毒（Lead Poisoning）（PDBj，2016/04） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    PDBデータ 1qnvの8量体（Chain A×8；5-アミノレブリン酸脱水素酵素）
    ［ALAD - Wikipedia，Lead poisoning - Wikipedia］
    		1qnvの8量体（Chain A×8；5-アミノレブリン酸脱水素酵素）　同PDBsumデータ1qnv_PB [400]（Pbイオン）$
    3twy（タンパク質キナーゼC）　同PDBsumデータ3twy_PB [11]（Pbイオン）$　［Protein kinase C - Wikipedia］
    ※参考： 5-アミノレブリン酸（5-aminolevulinic acid；δ-aminolevulinic acid；5ALA） ｜ ポルフィリン（porphyrin） ｜ 5-アミノレブリン酸（5ALA）とポルフィリンの同時表示　→ 別トピック
    ※参考（Pbを含む他のPDBデータ例；生体分子の構成元素より）
    1b6g　CSB（Pb含む）選択
    1v0d*
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　Pb選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

        
    ［左］1qnvの8量体（Chain A×8；5-アミノレブリン酸脱水素酵素）
    ［中］1qnv（ALAD，上）と3twy（PKC，下）それぞれのPDBsumデータ
    ［右］5-アミノレブリン酸（5ALA）とポルフィリン　→ 別トピック

  3. 第91回サイエンスカフェにいがた『日本の酒への誤解・無理解　〜 醸造アルコールが、何ですと？ 〜』（2016/04/16開催）

    カプロン酸エチル（ethyl caproate；ヘキサン酸エチル ethyl hexanoate）
    ［Ethyl hexanoate - Wikipedia，Ester - Wikipedia］

    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金
    　
    背景・黒　灰　白　紺
    		 カプロン酸エチル（ethyl caproate；ヘキサン酸エチル ethyl hexanoate）
    酢酸イソアミル（isoamyl acetate；酢酸イソペンチル isopentyl acetate）　［Isoamyl acetate - Wikipedia］
    エタノール → アルコールとフェノール
    		5.

      
    ［左］カプロン酸エチル（ethyl caproate；ヘキサン酸エチル ethyl hexanoate）
    ［右］酢酸イソアミル（isoamyl acetate；酢酸イソペンチル isopentyl acetate）

  5. 構造生物学： レナリドミドはがんタンパク質を分解の標的にする（Nature ハイライト，2016/04/07）

    PDBデータ 5fqdのChain A-C（(S )-レナリドミドが結合したDDB1-CRBN〈CRL4CRBN E3ユビキチンリガーゼ構成成分〉-CK1α複合体）
    ［Lenalidomide - Wikipedia，Thalidomide - Wikipedia，Ubiquitin ligase - Wikipedia，DDB1- Wikipedia，Cereblon- Wikipedia，Casein kinase 1- Wikipedia］

    		5fqdのChain A-C（(S )-レナリドミドが結合したDDB1-CRBN〈CRL4CRBN E3ユビキチンリガーゼ構成成分〉-CK1α複合体）　同PDBsumデータ5fqd_LVY$
    ※参考：別トピックのレナリドミド結合PDBデータほか
    4v30のChain A（(S )-レナリドミドが結合したセレブロン）　同PDBsumデータ4v30_LVY [151(A)]$
    9fjxのChain B（(S )-レナリドミドが結合したセレブロン）　同PDBsumデータ9fjx_LVY$
    PDBsumデータ4v2y_EF2$（(S )-サリドマイドが結合したセレブロン）
    (S )-サリドマイド ｜ (R )-サリドマイド ｜ 両分子同時表示
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    A鎖（IL-18）選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］(S)-レナリドミド（(S)-lenalidomide）
    ［中・右］(S )-レナリドミドが結合したDDB1-CRBN5fqdのChain A-CとPDBsumデータ5fqd_LVY


    (S )-レナリドミドが結合したセレブロン9fjxのChain BとPDBsumデータ


    参考：PDBsumデータ4v30_LVYと4v2y_EF2　→ 別トピック

  6. がん幹細胞を狙い撃ちするナノテク抗がん剤の開発に成功 〜アスベスト被爆が原因となる難治がん（悪性中皮腫）に対する奏功を確認〜（東京大学，2016/04/22）

    スタウロスポリン（staurosporine；抗生物質，プロテインキナーゼ阻害剤）
    ［Staurosporine - Wikipedia］

    		スタウロスポリン（staurosporine）
    ※参考（スタウロスポリン結合タンパク質例）： 1aq1（阻害剤スタウロスポリンが結合したサイクリン依存性キナーゼ2）　同PDBsumデータ1aq1_STU（スタウロスポリン）$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    スタウロスポリン（staurosporine，左）と同分子が結合した1aq1のPDBsumデータ（右；上掲ニュースとは無関係）

  7. 世界最高強度の透明樹脂の開発に成功 −新しい概念のバイオプラスチック開発、ガラス代替による軽量化社会構築を−（筑波大学，2016/04/22） ｜ プレスリリース [PDF]　…資料[1] （掲載化合物 7・10 を以下に）

    新規合成バイオ由来芳香族ポリアミド (1)（上掲資料 [1] の高分子 10）
    ［Aramid - Wikipedia］

    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金
    　
    背景・黒　灰　白　紺
    		 新規バイオ由来芳香族ポリアミド (1)（資料 [1] の高分子 10）
    同 (2)（資料 [1] の高分子 7；n=4）
    ※他のアラミドの例　→ 代表的な高分子
    ケブラー（Kevlar）


    新規合成バイオ由来芳香族ポリアミド (1)（筑波大学プレスリリース [PDF] の高分子 10）

  8. New Drug Reported To Be 10,000 Times Stronger Than Morphine（IFLScience，2016/05/03）　※新規ドラッグW-18。

    W-18（新規ドラッグ）
    ［W-18 - Wikipedia］

    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金
    　
    背景・黒　灰　白　紺


    W-18〔4-クロロ-N-[1-[2-(4-ニトロフェニル)エチル]ピペリジン-2-イリデン]ベンゼンスルホンアミド〕

  9. RCSB PDB 2016/05/04 新規公開データより：5et3 Crystal Structure of De novo Designed Fullerene organizing peptide　※他に5hkn・5hkr公開。

    PDBデータ 5et3の4量体（Chain A・B×2；フラーレン（C60）結合デノボデザインペプチド）
    ［Fullerene - Wikipedia，Protein design - Wikipedia］

    		5et3の4量体（Chain A・B×2；フラーレン（C60）結合デノボデザインペプチド）　同PDBsumデータ5et3_60C [101(A)] ｜ 5hknのPDBsumデータ5hkn_60C [101(B)] ｜ 5hkrのPDBsumデータ5hkr_60C [101(B)]
    フラーレン（C60）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］フラーレン（C60）結合デノボデザインペプチド5et3の4量体（Chain A・B×2）　［右］同PDBsumデータ


    5et3・5hkn・5hkrのPDBsumデータ；I'/O'値については20種類のアミノ酸参照

  10. RCSB PDB 2016/05/04 新規公開データより：5hjg Crystal Structure of Human Transthyretin in Complex with Tetrabromobisphenol A (TBBPA)

    PDBデータ 5hjg（テトラブロモビスフェノールA〈TBBPA〉が結合したトランスサイレチン）
    ［Tetrabromobisphenol A - Wikipedia，Transthyretin - Wikipedia］

    		5hjg（TBBPAが結合したトランスサイレチン）　同PDBsumデータ5hjg_XDI
    TBBPA（テトラブロモビスフェノールA，tetrabromobisphenol A）
    ※参考（その他のTBBPA結合PDBデータ例）：3oswのChain A（TBBPAが結合したペルオキシソーム増殖剤活性化受容体γ）　同PDBsumデータ3osw_XDI
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    テトラブロモビスフェノールA（TBBPA）が結合したトランスサイレチン5hjgと同PDBsumデータ

  11. 鎮痛剤依存治療の難題、プリンスさん急死で焦点−カギは救命後　鎮痛剤過剰摂取が社会問題化する米国の医療関係者が抱えるジレンマ（WSJ，2016/05/12）　※記事中のパーコセット（オキシコドン＋アセトアミノフェン），ナロキソンを以下に。

    パーコセット（Percocet；オキシコドン・アセトアミノフェン〈パラセタモール〉の同時表示）
    ［Oxycodone/paracetamol - Wikipedia］

    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金
    　
    背景・黒　灰　白　紺
    		 パーコセット（Percocet；オキシコドン・アセトアミノフェン〈パラセタモール〉の同時表示）
    オキシコドン（oxycodone）　［Oxycodone - Wikipedia］ ｜ 参考：ヘロインとオキシコドンの同時表示
    アセトアミノフェン（acetaminophen；パラセタモール，paracetamol）　［Paracetamol - Wikipedia］
    ナロキソン（naloxone）　［Naloxone - Wikipedia］
    ブプレノルフィン（buprenorphine）　［Buprenorphine - Wikipedia］
    		13.

      
    ［左］パーコセット（Percocet；オキシコドン・アセトアミノフェン〈パラセタモール〉の同時表示）　［右］ブプレノルフィン（buprenorphine）

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」