◆ Jmolで見るトピックス分子(14-2) ◆

No.401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660
→ 以下は今後改変: Vol.12345678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: ネオニコチノイド系農薬問題2014年にエボラ出血熱感染拡大危険ドラッグ

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11およびFirefox(バージョン51以前)で閲覧できます。
★一時Jmolコンテンツが表示できなくなりましたが,Jmol 14.4.0 2015-10-20版に更新して表示可能になりました。


  1. 既存医薬品リファンピシンに広い認知症予防効果を確認(大阪市立大学,2016/03/29) [NEW!]

    リファンピシン(抗生物質,抗結核薬)
    Rifampicin - Wikipedia

    リファンピシン(rifampicin)
    ※参考(リファンピシン結合タンパク質例): 3aod*(多剤排出タンパク質AcrB) ミノサイクリン選択 リファンピシン選択 同PDBsumデータ3aod_RFP(リファンピシン)$ [Multiple drug resistance - WikipediaMinocycline - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    [左]リファンピシン(rifampicin) [中]リファンピシンが結合した多剤排出タンパク質AcrB例3aod [右]同PDBsumデータ
    ※AcrB関連情報例: Nature記事(2011/11/27)今月の分子 No.95 - 多剤耐性輸送体(PDBj,2007/11)


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. 今月の分子 196: 鉛の毒(Lead Poisoning)(PDBj,2016/04)Molecule of the Month(PDB) [NEW!]

    PDBデータ 1qnvの8量体(Chain A×8;5-アミノレブリン酸脱水素酵素)
    ALAD - WikipediaLead poisoning - Wikipedia
    1qnvの8量体(Chain A×8;5-アミノレブリン酸脱水素酵素) 同PDBsumデータ1qnv_PB [400](Pbイオン)$
    3twy(タンパク質キナーゼC) 同PDBsumデータ3twy_PB [11](Pbイオン)$ [Protein kinase C - Wikipedia
    ※参考: 5-アミノレブリン酸(5-aminolevulinic acid;δ-aminolevulinic acid;5ALA) | ポルフィリン(porphyrin) | 5-アミノレブリン酸(5ALA)とポルフィリンの同時表示 → 別トピック
    ※参考(Pbを含む他のPDBデータ例;生体分子の構成元素より)
    1b6g CSB(Pb含む)選択
    1v0d*

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 Pb選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    [左]1qnvの8量体(Chain A×8;5-アミノレブリン酸脱水素酵素)
    [中]1qnv(ALAD,上)と3twy(PKC,下)それぞれのPDBsumデータ
    [右]5-アミノレブリン酸(5ALA)とポルフィリン → 別トピック


  3. 第91回サイエンスカフェにいがた『日本の酒への誤解・無理解 〜 醸造アルコールが、何ですと? 〜』(2016/04/16開催) [NEW!]

    カプロン酸エチル(ethyl caproate;ヘキサン酸エチル ethyl hexanoate)
    Ethyl hexanoate - WikipediaEster - Wikipedia

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金
     
    背景・黒 灰 白 
    カプロン酸エチル(ethyl caproate;ヘキサン酸エチル ethyl hexanoate)
    酢酸イソアミル(isoamyl acetate;酢酸イソペンチル isopentyl acetate) [Isoamyl acetate - Wikipedia
    エタノール → アルコールとフェノール

  4. 構造生物学: レナリドミドはがんタンパク質を分解の標的にする(Nature ハイライト,2016/04/07) [NEW!]

    PDBデータ 5fqdのChain A-C((S )-レナリドミドが結合したDDB1-CRBN〈CRL4CRBN E3ユビキチンリガーゼ構成成分〉-CK1α複合体)
    Lenalidomide - WikipediaThalidomide - WikipediaUbiquitin ligase - WikipediaDDB1- WikipediaCereblon- WikipediaCasein kinase 1- Wikipedia

    5fqd((S )-レナリドミドが結合したDDB1-CRBN〈CRL4CRBN E3ユビキチンリガーゼ構成成分〉-CK1α複合体) 同PDBsumデータ5fqd_LVY$
    ※参考:別トピックのレナリドミド結合PDBデータほか
    4v30((S )-レナリドミドが結合したセレブロン) 同PDBsumデータ4v30_LVY [151(A)]$
    PDBsumデータ4v2y_EF2$((S )-サリドマイドが結合したセレブロン)
    (S )-サリドマイド | (R )-サリドマイド | 両分子同時表示

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    A鎖(IL-18)選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    5fqdのChain A-Cと同PDBsumデータ5fqd_LVY


    参考:PDBsumデータ4v30_LVY4v2y_EF2 → 別トピック


  5. がん幹細胞を狙い撃ちするナノテク抗がん剤の開発に成功 〜アスベスト被爆が原因となる難治がん(悪性中皮腫)に対する奏功を確認〜(東京大学,2016/04/22) [NEW!]

    スタウロスポリン(staurosporine;抗生物質,プロテインキナーゼ阻害剤)
    Staurosporine - Wikipedia

    スタウロスポリン(staurosporine)
    ※参考(スタウロスポリン結合タンパク質例): 1aq1(阻害剤スタウロスポリンが結合したサイクリン依存性キナーゼ2) 同PDBsumデータ1aq1_STU(スタウロスポリン)$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    スタウロスポリン(staurosporine,左)と同分子が結合した1aq1のPDBsumデータ(右;上掲ニュースとは無関係)


  6. 世界最高強度の透明樹脂の開発に成功 −新しい概念のバイオプラスチック開発、ガラス代替による軽量化社会構築を−(筑波大学,2016/04/22) [NEW!]プレスリリース [PDF] …資料[1] (掲載化合物 710 を以下に)

    新規合成バイオ由来芳香族ポリアミド (1)(上掲資料 [1] の高分子 10
    Aramid - Wikipedia

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金
     
    背景・黒 灰 白 
    新規バイオ由来芳香族ポリアミド (1)(資料 [1] の高分子 10
    同 (2)(資料 [1] の高分子 7n=4)
    ※他のアラミドの例 → 代表的な高分子
    ケブラー(Kevlar)


    新規合成バイオ由来芳香族ポリアミド (1)(筑波大学プレスリリース [PDF] の高分子 10


  7. New Drug Reported To Be 10,000 Times Stronger Than Morphine(IFLScience,2016/05/03) [NEW!] ※新規ドラッグW-18。

    W-18(新規ドラッグ)
    W-18 - Wikipedia

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金
     
    背景・黒 灰 白 


    W-18〔4-クロロ-N-[1-[2-(4-ニトロフェニル)エチル]ピペリジン-2-イリデン]ベンゼンスルホンアミド〕


  8. RCSB PDB 2016/05/04 新規公開データより:5et3 Crystal Structure of De novo Designed Fullerene organizing peptide [NEW!] ※他に5hkn5hkr公開。

    PDBデータ 5et3の4量体(Chain A・B×2;フラーレン(C60)結合デノボデザインペプチド)
    Fullerene - WikipediaProtein design - Wikipedia

    5et3の4量体(Chain A・B×2;フラーレン(C60)結合デノボデザインペプチド) 同PDBsumデータ5et3_60C [101(A)] | 5hknのPDBsumデータ5hkn_60C [101(B)] | 5hkrのPDBsumデータ5hkr_60C [101(B)]
    フラーレン(C60

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]フラーレン(C60)結合デノボデザインペプチド5et3の4量体(Chain A・B×2) [右]同PDBsumデータ


    5et35hkn5hkrのPDBsumデータ;I'/O'値については20種類のアミノ酸参照


  9. RCSB PDB 2016/05/04 新規公開データより:5hjg Crystal Structure of Human Transthyretin in Complex with Tetrabromobisphenol A (TBBPA) [NEW!]

    PDBデータ 5hjg(テトラブロモビスフェノールA〈TBBPA〉が結合したトランスサイレチン)
    Tetrabromobisphenol A - WikipediaTransthyretin - Wikipedia

    5hjg(TBBPAが結合したトランスサイレチン) 同PDBsumデータ5hjg_XDI
    TBBPA(テトラブロモビスフェノールA,tetrabromobisphenol A)
    ※参考(その他のTBBPA結合PDBデータ例):3oswのChain A(TBBPAが結合したペルオキシソーム増殖剤活性化受容体γ) 同PDBsumデータ3osw_XDI

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    テトラブロモビスフェノールA(TBBPA)が結合したトランスサイレチン5hjgと同PDBsumデータ


  10. 鎮痛剤依存治療の難題、プリンスさん急死で焦点−カギは救命後 鎮痛剤過剰摂取が社会問題化する米国の医療関係者が抱えるジレンマ(WSJ,2016/05/12) [NEW!] ※記事中のパーコセット(オキシコドン+アセトアミノフェン),ナロキソンを以下に。

    パーコセット(Percocet;オキシコドン・アセトアミノフェン〈パラセタモール〉の同時表示)
    Oxycodone/paracetamol - Wikipedia

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金
     
    背景・黒 灰 白 
    パーコセット(Percocet;オキシコドン・アセトアミノフェン〈パラセタモール〉の同時表示)
    オキシコドン(oxycodone) [Oxycodone - Wikipedia] | 参考:ヘロインとオキシコドンの同時表示
    アセトアミノフェン(acetaminophen;パラセタモール,paracetamol) [Paracetamol - Wikipedia
    ナロキソン(naloxone) [Naloxone - Wikipedia

  11. パーコセット(Percocet;オキシコドン・アセトアミノフェン〈パラセタモール〉の同時表示)


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