ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※分子モデルが表示されない場合は分子表示窓右の別データ表示ボタンを押してみてください。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記 → No.571(環境ホルモン) | No.979(カプサイシン受容体) | No.1046(ディールス・アルドラーゼ)
初期表示はテトロドトキシン(tetrodotoxin, TTX)
※ジギトニン関連参考データ:
ジギトニンとイノシトール6リン酸が結合したTOC-TIC超複合体中のCtap3・Ctap47xziのChain A・BとPDBsumデータ
(Ctapは葉緑体トランスロコン関連タンパク質)
ポリエチレンテレフタラート(polyethylene terephthalate,PET)の繰り返し単位
※参考:テトロドトキシン(TTX)とその類縁体例 TDT(5,6,11-trideoxyTTX)
[左]TTXの作用機序模式図
[中・右]TTXが結合した電位依存性ナトリウムチャネルNav1.7 6j8jとそのPDBsumデータ
※関連情報:上掲誌発刊の化学同人は「一家に1枚」シリーズの周期表作成に貢献しており,
同周期表は令和7年度 科学技術分野の文部科学大臣表彰を受賞しました。
→ 別トピック(2019年は国際周期表年)
初期表示はピクロラム(picloram)
I = 730, O = 480, I/O = 1.521
[DRUG: ネランドミラスト - KEGG]
[左]ネランドミラスト(nerandomilast) [右]ピルフェニドン(pirfenidone)
※参考データ(阻害剤結合PDE4B構造例):4nw7とPDBsumデータ
I = 975, O = 840, I/O = 1.161
[左]オールアジンナノリングの例(C42H24N12),理研プレスリリースの図に準拠
[中][9]シクロパラフェニレン([9]cycloparaphenylene,[9]CPP)
[右][6]シクロパラフェニレン([6]cycloparaphenylene,[6]CPP)
ニトロゲナーゼ3u7qのChain A・BとPDBsumデータ
R-ワルファリン(R-warfarin)が結合したHSA(ヒト血清アルブミン)例2bxdのChain AとPDBsumデータ
[左]トリクロロシラン(trichlorosilane)
[右]シリコンウェハ製造用単結晶ケイ素(科博『人工結晶展』で撮影)
[左]2,4-D [右]2,4,5-T
[左]2,3,7,8-TCDD・2,3,7,8-TCDF・3,3',4,4',5-PeCBの同時表示(ダイオキシン類の毒性等価係数)
[中]ピクロラム(picloram) [右]カコジル酸(cacodylic acid)
金(Au)・銀(Ag)・銅(Cu)の結晶構造
「量子と量子技術」PDF(「一家に1枚」シリーズでダウンロード可能)
I = 477, O = 345, I/O = 1.383
[Ciprofloxacin - Wikipedia]
シプロフロキサシン(ciprofloxacin)
シプロフロキサシン(ciprofloxacin)が結合し多剤排出ポンプRE-CmeB 8gjlとPDBsumデータ
[4-Hydroxyphenylpyruvate dioxygenase - Wikipedia]
イプトリアゾピリド(iptriazopyrid)が結合した4-ヒドロキシフェニルピルビン酸ジオキシゲナーゼ(HPPD)9koyのChain AとPDBsumデータ