◆ Jmolで見るトピックス分子(27-2) ◆

No.1-1011-20151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830831-840841-850851-860861-870871-880861-870881-890891-900
901-910911-920921-930931-940941-950951-960961-970971-980981-990991-1000
1001-10101011-10201021-10301031-10401041-10501051-10601061-10701071-10801081-10901091-1100
1101-11101111-11201121-11301131-11401141-11501151-11601161-11701171-11801181-11901191-1200
1201-12101211-12201221-12301231-12401241-12501251-12601261-12701271-12801281-12901291-1300
1301-1310
Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報川上モデル「鍵と鍵穴」模型元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※分子モデルが表示されない場合は分子表示窓右の別データ表示ボタンを押してみてください。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記 → No.571(環境ホルモン)No.979(カプサイシン受容体)No.1046(ディールス・アルドラーゼ)


  1. 『化学』,2025年6月号(化学同人) [NEW!]


    『化学』2025年6月号ほか最近の発行号,右端は本サイト運営者記事掲載号

    初期表示はテトロドトキシン(tetrodotoxin, TTX)
    p.15: ダイヤモンド(diamond) → フラーレン p.27: ジギトニン関連データとして:7xziのChain A・B(ジギトニンとイノシトール6リン酸が結合したTOC-TIC超複合体中のCtap3・Ctap4〈Ctapは葉緑体トランスロコン関連タンパク質〉) AJP(ジギトニン)選択 IHP(イノシトール6リン酸)選択 同PDBsumデータ7xzi_AJP[305(B)]$ → 別トピック
    p.37: ナイロン6(nylon 6)の繰り返し単位 | ナイロン66:ナイロン66(nylon 66)の繰り返し単位 → 代表的な高分子
    p.38: ポリエチレンテレフタラート(polyethylene terephthalate,PET)の繰り返し単位
    p.39: ポリビニルアルコール(polyvinyl alcohol,PVA)の繰り返し単位 | ビニロン(vinylon,VA部分+ホルマール化部分)
    p.43:テトロドトキシン(tetrodotoxin, TTX) | TDT(5,6,11-trideoxyTTX) | TTXとTDTの同時表示 → 別トピック[1][2]
    (今後も追記します)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ※ジギトニン関連参考データ:
    ジギトニンとイノシトール6リン酸が結合したTOC-TIC超複合体中のCtap3・Ctap47xziのChain A・BとPDBsumデータ
    (Ctapは葉緑体トランスロコン関連タンパク質)


    ポリエチレンテレフタラート(polyethylene terephthalate,PET)の繰り返し単位


    ※参考:テトロドトキシン(TTX)とその類縁体例 TDT(5,6,11-trideoxyTTX)

      
    [左]TTXの作用機序模式図
    [中・右]TTXが結合した電位依存性ナトリウムチャネルNav1.7 6j8jとそのPDBsumデータ


    ※関連情報:上掲誌発刊の化学同人は「一家に1枚」シリーズの周期表作成に貢献しており,
    同周期表は令和7年度 科学技術分野の文部科学大臣表彰を受賞しました。
     → 別トピック(2019年は国際周期表年)


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
      ●ヒトの必須・非必須区別
      ILE LEU VAL PHE MET TRP LYS HIS THR ARG ALA PRO CYS TYR GLY GLU GLN ASP SER ASN


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. 経口の優先的ホスホジエステラーゼ4B(PDE4B)阻害剤のネランドミラストについて肺線維症の治療薬として日本で製造販売承認を申請(Boehringer Ingelheim,2025/06/12) [NEW!]

    ネランドミラスト(nerandomilast)
    I = 730, O = 480, I/O = 1.521
    DRUG: ネランドミラスト - KEGG
    ネランドミラスト(nerandomilast)
    ピルフェニドン(pirfenidone) [医療用医薬品 : ピルフェニドン - KEGG
    ※参考(阻害剤結合PDE4B構造例):4nw7 同PDBsumデータ4nw7_2O5$ [PDE4B - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]ネランドミラスト(nerandomilast) [右]ピルフェニドン(pirfenidone)


    ※参考データ(阻害剤結合PDE4B構造例):4nw7とPDBsumデータ


  3. オールアジンナノリングの合成に成功 −超分子材料やエネルギー貯蔵材料などへの応用に期待−(理研,2025/06/09) [NEW!]

    オールアジンナノリングの例(C42H24N12
    I = 975, O = 840, I/O = 1.161
    C42H24 オールアジンナノリングの例(C42H24N12
    [9]シクロパラフェニレン([9]cycloparaphenylene,[9]CPP;C54H36
    [6]シクロパラフェニレン([6]cycloparaphenylene,[6]CPP;C36H24) [Cycloparaphenylene - Wikipedia

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    CPK色 Jmol色 Rasmol色
     
    背景・黒 灰 白 

        
    [左]オールアジンナノリングの例(C42H24N12),理研プレスリリースの図に準拠
    [中][9]シクロパラフェニレン([9]cycloparaphenylene,[9]CPP)
    [右][6]シクロパラフェニレン([6]cycloparaphenylene,[6]CPP)


  4. 雑誌特集『量子科学技術の現在地』,「現代化学」2025年7月号 [NEW!] …特集記事掲載ページを赤文字で,それ以外を緑文字で以下に

    初期表示はピクロラム(picloram)
    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 
    p.31 ニトロゲナーゼ/PDB 3U7Q:3u7qのChain A・B(ニトロゲナーゼ) 同PDBsumデータ3u7q_ICS(MoFe7S9C;HCA含む) → 鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例
    p.25 ダイヤモンド:ダイヤモンド(diamond,C)の結晶構造 → 2014年は世界結晶年!
    p.28 ペンタセン:ペンタセン(pentacene) → モノはなぜ見える
    p.28 サリチル酸:サリチル酸(salicylic acid;サリチル酸-13Cでなく通常のサリチル酸) → 別トピック
    p.28 HSA(ヒト血清アルブミン):HSA構造例 2bxdのChain A(R-ワルファリンが結合したヒト血清アルブミン) 同PDBsumデータ2bxd_RWF$ → 別トピック
    p.28 ワルファリン:R-ワルファリン(R-warfarin)とS-ワルファリン(S-warfarin)の同時表示 R-ワルファリン(R-warfarin) S-ワルファリン(S-warfarin) → 別トピック
    p.29 ベンゾフェノン:ベンゾフェノン(benzophenone) → 環境ホルモンとして疑われている化合物の分子情報 (1)
    p.41 トリクロロシラン:トリクロロシラン(trichlorosilane)
    p.42 リモネン:(R)-リモネン〈(R)-limonene,オレンジ香味〉 (S)-リモネン〈(S)-limonene〉 → 分子モデルで見るノーベル賞
    p.42 カフェイン:カフェイン(caffeine) → 別トピック
    p.53 2,4-D:2,4-D → 環境ホルモンとして疑われている化合物の例(以下2データも同)
    p.53 2,4,5-T:2,4,5-T
    p.53 TCDD:2,3,7,8-TCDD
    p.53 ピクロラム:ピクロラム(picloram)
    p.53 カコジル酸:カコジル酸(cacodylic acid)
    p.58 銀:金(Au)・銀(Ag)・銅(Cu)の結晶構造同時表示 → 2014年は世界結晶年!


    ニトロゲナーゼ3u7qのChain A・BとPDBsumデータ


    R-ワルファリン(R-warfarin)が結合したHSA(ヒト血清アルブミン)例2bxdのChain AとPDBsumデータ

      
    [左]トリクロロシラン(trichlorosilane)
    [右]シリコンウェハ製造用単結晶ケイ素(科博『人工結晶展』で撮影)

      
    [左]2,4-D [右]2,4,5-T

        
    [左]2,3,7,8-TCDD・2,3,7,8-TCDF・3,3',4,4',5-PeCBの同時表示(ダイオキシン類の毒性等価係数
    [中]ピクロラム(picloram) [右]カコジル酸(cacodylic acid)


    金(Au)・銀(Ag)・銅(Cu)の結晶構造


    「量子と量子技術」PDF(「一家に1枚」シリーズでダウンロード可能)


  5. Ciprofloxacin Inhibits Angiotensin I-Converting Enzyme (ACE) Activity by Binding at the Exosite, Distal to the Catalytic Pocket(ACS Bio & Med Chem Au,2025/06/09) [NEW!] ※未公開PDBデータ9QAMを公開後下掲

    シプロフロキサシン(ciprofloxacin)
    I = 477, O = 345, I/O = 1.383
    Ciprofloxacin - Wikipedia
    シプロフロキサシン(ciprofloxacin)
    ※シプロフロキサシン結合タンパク質例:8gjl(多剤排出ポンプRE-CmeB) 同PDBsumデータ8gjl_CPF$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    シプロフロキサシン(ciprofloxacin)


    シプロフロキサシン(ciprofloxacin)が結合し多剤排出ポンプRE-CmeB 8gjlとPDBsumデータ


  6. 水稲用除草剤「イプトリアゾピリド」の作用メカニズムを解明(AIST,2025/06/11) [NEW!] ※2025/06/25公開9koy(下掲)・9koz・9kp0

    イプトリアゾピリド(iptriazopyrid)が結合した4-ヒドロキシフェニルピルビン酸ジオキシゲナーゼ(HPPD)9koyのChain A;cif→pdb変換
    4-Hydroxyphenylpyruvate dioxygenase - Wikipedia
    9koyのChain A(イプトリアゾピリド〈iptriazopyrid〉)が結合した4-ヒドロキシフェニルピルビン酸ジオキシゲナーゼ〈HPPD〉) 同PDBsumデータ9koy_lp$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    イプトリアゾピリド(iptriazopyrid)が結合した4-ヒドロキシフェニルピルビン酸ジオキシゲナーゼ(HPPD)9koyのChain AとPDBsumデータ


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